• 更新日 : 2026年9月9日

【社労士監修】年末調整を忘れたらどうなる？対処法を解説！

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年末調整は、給与から源泉徴収した所得税を1年分まとめて精算する手続です。会社が計算を行いますが、保険料や扶養に関する申告書を従業員が提出しなければ、控除は反映されません。書類の出し忘れに気づいたとき、あるいは担当者が対象者を漏らしてしまったとき、どのような影響があり、何をすれば取り戻せるのかを整理します。

年末調整の申告漏れの対処マニュアル＆確定申告フロー

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年末調整を忘れたらどうなる？

年末調整をしなければ、本来、所得から控除されるはずの金額はそのまま処理されます。税金が過払いとなっていても、その状態は解消されません。つまり、払い過ぎた税金は返ってこないということになります。

年末調整ではなく、確定申告で清算することもできますが、会社が確定申告をしてくれることはありません。

各種控除の申告ができなくなる

年末調整で適用される控除には、従業員本人が申告しなければ手続できないものがあります。会社が給与の支払いを通じて確認できる社会保険料などは自動で反映されますが、本人しかわからない支払いや家族の状況は、申告書に記載しなければ会社に伝わりません。

次の控除については、従業員本人が会社に所定の情報を申告する必要があります。

配偶者控除

「配偶者控除」は、本人の合計所得金額が1,000万円以下で、生計を一にする配偶者の合計所得金額が62万円以下（給与収入のみなら136万円以下）のときに受けられます。控除額は本人の所得と配偶者の年齢で変わります。

配偶者特別控除

「配偶者特別控除」は、配偶者の合計所得金額が62万円を超えて配偶者控除の対象から外れた場合でも、133万円以下であれば段階的に受けられる制度です。給与収入では136万円超207万円以下が目安で、会社は配偶者の所得の確認が必要になります。

扶養控除

「扶養控除」は、その年の12月31日時点で生計を一にする親族を扶養している場合の控除です。扶養親族の合計所得金額の要件は62万円以下（給与収入のみなら136万円以下）となっています。

特定親族特別控除

「特定親族特別控除」は、生計を一にする19歳以上23歳未満の親族で、合計所得金額が62万円超123万円以下（給与収入136万円超197万円以下）のときに受けられます。学生アルバイトの収入が増えても、親側の税負担が一度に増えない仕組みです。

ひとり親控除

「ひとり親控除」は、婚姻歴や性別を問わず、生計を一にする子がいて合計所得金額が500万円以下などの要件を満たす場合の控除です。かつての寡夫控除は令和2年分からこの制度に統合され、控除額は令和8年分が35万円、令和9年分以後は38万円となります。

寡婦控除

「寡婦控除」は、ひとり親控除に該当しない人のうち、夫と離婚した後に婚姻しておらず扶養親族がいる人、または夫と死別した後に婚姻していない人などが対象です。いずれも合計所得金額500万円以下という要件があります。

勤労学生控除

「勤労学生控除」は、働きながら特定の学校に通う学生で、合計所得金額が89万円以下（給与収入のみなら163万円以下）などの要件に当てはまる場合に受けられます。

障害者控除

「障害者控除」は、本人、生計を同じくする配偶者、または扶養親族が所得税法上の障害者にあたる場合に、その区分に応じて受けられる控除です。

生命保険料控除

「生命保険料控除」は、保険会社に支払った一般生命保険料、介護医療保険料、個人年金保険料を申告して受ける控除です。23歳未満の扶養親族がいる場合は一般生命保険料控除の適用限度額が6万円となる特例があり、令和9年分まで延長されています。

社会保険料控除

「社会保険料控除」の対象は、会社で加入している健康保険や厚生年金保険の保険料ではなく、会社側では確認できない、本人が子どものために支払った国民年金保険料等です。

地震保険料控除

「地震保険料控除」は、家屋等についての損害保険契約で支払った地震等損害部分の保険料や掛金を所得控除するものです。

小規模企業共済等掛金控除（iDeCoなど）

「小規模企業共済等掛金控除」は、個人で支払った小規模企業共済の掛金と、確定拠出年金（iDeCo：イデコ）の掛金などを控除するものです。

住宅借入金等特別控除（2年目以降）

「住宅借入金等特別控除（住宅ローン控除）」は、住宅ローンでマイホームを購入、新築、増改築した場合の税額控除です。初年度は確定申告、2年目以降は年末調整で行い、適用期限は令和12年12月31日まで5年延長されています。

所得金額調整控除

「所得金額調整控除」は、その年の給与収入が850万円超で、本人が特別障害者である、同一生計の配偶者や扶養親族に特別障害者がいる、扶養親族が23歳未満であるなどの要件に当てはまるときの控除です。

令和8年分は還付される税額が大きくなりやすい

令和8年分の年末調整は、基礎控除などの引き上げ分をまとめて精算する場になります。改正の施行は令和8年12月1日で、11月までの毎月の源泉徴収に変更はありません。改正前の税額表で多めに源泉徴収された分が、12月の手続で一度に精算される流れです。

基礎控除や給与所得控除の額は合計所得金額に応じて段階的に決まるため、全員が同じ額にはなりません。それでも精算額は例年より大きくなりやすく、手続を受けられなかったときの影響もそのぶん増える傾向があります。

扶養親族等の所得要件も緩和されました。これまで対象外だった親族が新たに要件を満たす場合は、扶養控除等（異動）申告書を改めて提出する必要があります。

所得税と住民税を納めすぎたままになる

控除が反映されないと、多めに源泉徴収された所得税はそのまま戻りません。毎月の給与から差し引かれている所得税は概算で、1年分の収入と控除が確定して初めて正しい税額が決まるためです。

ただし、全員に還付が生じるわけではありません。還付されるのは、源泉徴収された所得税の合計額が、1年間の収入から計算した実際の税額を上回る場合に限られます。

この状態は、翌年6月以降に納める住民税にも引き継がれます。住民税（都道府県民税・市区町村民税）は前年の所得と各種控除をもとに計算され、その年の1月1日に居住している自治体へ納付する仕組みだからです。

所得税の還付を受け損なうだけでなく、翌年の手取りにも影響が続く点は注意しておきたいところです。

追加で納税が必要になるケースもある

源泉徴収された税額が不足していれば、逆に追加の納付が必要になります。次のようなケースでは、すでに差し引かれた所得税だけでは足りないことがあります。

この不足分は本来、年末調整で徴収されるものです。手続が行われなかったときは、確定申告で自分で納付することになります。

注意したいのは、その確定申告まで放置した場合です。申告期限を過ぎると、本来の税額に加えて無申告加算税や延滞税が課されるケースがあります。

確定申告の手間が増える

年末調整で完結していれば不要だった申告手続を、自分で行うことになります。証明書類をそろえて申告書に転記する作業が発生するため、慣れていないと計算違いや記入漏れも起こりやすくなります。

会社に控除申告書を提出しておけば避けられる負担です。提出時期がきたら、期限内に出しておくほうが確実でしょう。

参照：令和８年度税制改正による所得税の基礎控除の引上げ等について｜国税庁

年末調整を忘れたときの対処法はどうする？

気づいた時期によって、取れる手段は変わります。時期別の対応は次のとおりです。

会社に再年末調整を依頼する

会社がやり直せる期間であれば、社内の手続だけで解決します。会社は12月の給与支払時に年末調整を行い、翌年1月31日までに給与支払報告書や法定調書合計表を提出します。この提出前であれば、追加の書類を受け取って再計算できる場合があります。

社内では「再年調」とも呼ばれる手続です。まずは給与計算の担当部署に早めに相談してみましょう。

ただし源泉徴収票をすでに交付している場合は、訂正や再交付の負担が大きく、確定申告での対応を案内されるケースもあります。

確定申告をする

社内での再調整が間に合わないときは、確定申告で控除を適用します。申告期間は原則として毎年2月16日から3月15日までです。流れは次のとおりです。

提出方法は「郵便・信書便」「持参」「e-Tax」から選べます。郵送の場合は、郵便物（第一種郵便物）または信書便物としての送付となり、持参する場合の管轄税務署は会社の所在地ではなく従業員の住所地となる点に注意しましょう。

参照：申告手続の流れ｜国税庁確定申告書等作成コーナー｜国税庁

還付申告制度を利用する

確定申告の期間を過ぎていても、納めすぎた税金は還付申告で取り戻せます。還付申告は、本来は確定申告の必要がない人が納め過ぎた税金の還付を受けるための手続で、作成方法は確定申告と同じです。

指定された期限はなく、申告すべき年の翌年1月1日から5年間提出できます。数年前の分にさかのぼって申告することも可能です。還付金の受け取り方法は次のとおりです。

口座振込を選ぶ場合、申告書に記載できるのは本人名義の口座に限られます。また、一部のインターネット専用銀行では還付金の振込みができない場合があります。

参照：No.2030 還付申告｜国税庁

会社が年末調整を忘れた場合はどうなる？

年末調整は会社に課された義務で、対象者を漏らしたときの影響は従業員だけにとどまりません。所得税法には罰則の規定も置かれています。

従業員に確定申告を依頼することになる

社内で再調整できる期間を過ぎた場合は、対象の従業員に確定申告をしてもらうことになります。源泉徴収票を交付したうえで、申告期間と手続の流れを早めに案内しましょう。本人にとっては本来不要だった手続のため、連絡が遅れるほど不満につながりやすくなります。

対象者の抜けが起きやすいのは、次のような従業員です。

年内のうちに給与データと在籍者名簿を突き合わせておくと、漏れを見つけやすくなります。

所得税法上の罰則が定められている

年末調整に係る源泉徴収を行わなかった場合、所得税法にもとづく罰則の対象となります。所得税法第190条は、給与等の支払者が年末調整を行うことを義務づけています。

拘禁刑は、令和7年6月1日に施行された改正刑法により、従来の懲役と禁錮を一本化した刑罰です。古い資料では「懲役」と記載されている場合があります。

事務の遅れがただちに刑事罰に至るわけではないものの、法律上の義務として位置づけられた手続である点は押さえておきましょう。

そもそも年末調整の対象にならない人もいる

対象外の従業員については、手続を行わなくても忘れたことにはあたりません。12月に行う年末調整の対象は、扶養控除等（異動）申告書を提出していて、1年を通じて勤務している人や、年の途中で就職し年末まで勤務している人です。

ただし、次に当てはまる人は除かれます。

該当する従業員には、自分で確定申告が必要になる旨をあらかじめ伝えておくと、年明けの問い合わせを減らせます。対象者の範囲は次の記事で整理しています。

人事労務の基礎知識

年末調整の対象者になる条件とは？対象外の人や手続きを解説

Point年末調整の対象になるのは誰？扶養控除等申告書を提出し、年末まで在籍している従業員が対象です。 パートやアルバイトも条件を満たせば含む 年収2,000万円超の人は対象から外れる 副業がある人は申告書を出した1社のみで行う年の途中で死亡や心身の障害により退職した場合や、12月分の給与を受け取った後に退職した場合は対象になります。年末調整は、会社に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している従業員が対象者となる、所得税の過不足を精算する手続きです。そのため、従業員一人ひとりの状況に応...

参照：No.2665 年末調整の対象となる人｜国税庁

年末調整で必要な手続きは忘れないようにしよう！

年末調整を忘れた場合の影響と対処法を整理しました。控除が反映されないまま税額が確定すると、所得税の還付を受け損ない、翌年の住民税まで高いまま決まってしまいます。

それでも、気づいた時点で打てる手は残されています。社内での再調整、確定申告、還付申告と、時期に応じた選択肢があるためです。

会社側にとっても、対象者の漏れは従業員の負担増と罰則規定につながります。年内のうちに対象者を洗い出しておくと安心です。

控除申告書の提出時期がきたら、期限内に会社へ出しておくのが最も確実な進め方といえるでしょう。

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よくある質問

年末調整を忘れたらどうなる？

税金の過払いがあっても還付されません。詳しくはこちらをご覧ください。

年末調整を忘れたとき、どうすればいい？

自分自身で確定申告するか、還付申告することで過払いの税金は返ってきます。詳しくはこちらをご覧ください。

• 監修：涌井 好文（社会保険労務士）

  平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。

• 監修：山本 務（特定社会保険労務士/AFP/2級FP技能士/日商簿記2級/第一種衛生管理者）

  山本 務（特定社会保険労務士/AFP/2級FP技能士/日商簿記2級/第一種衛生管理者）
  やまもと社会保険労務士事務所所長
  大学卒業後、システム開発技術者、上場企業情報システム部＆人事部を経て2016年に開業。
  独立後も労働局の総合労働相談員として200件以上のあっせん事案に関与。労働相談は民間委託事業の電話相談も含めて1,000件以上の実績あり。
  労務相談、就業規則、給与計算を中心に、各種手続きや労使問題対応など、外部人事部員として活動。システムのことも分かる社会保険労務士です。

• 監修：坪 義生（社会保険労務士）

  明治大学政治経済学部政治学科卒業、千葉大学大学院社会科学研究科修士課程修了（経済学）、学部在学中に宅建、行政書士、社会保険労務士試験に合格。その後、社会保険診療報酬支払基金、衆議院議員秘書、㈱矢野経済研究所、等を経て、91年、じんじ労務経営研究所を開設。船橋労働基準監督署の労働相談員として、約2年間委嘱。現在、じんじ労務経営研究所代表（社会保険労務士登録）、労働保険事務組合 鎌ヶ谷経営労務管理協会会長、清和大学法学部非常勤講師、「月刊人事マネジメント」（㈱ビジネスパブリッシング）取材記者。企業のトップ・人事担当者を中心に人事制度を取材・執筆するほか、自治体管理職研修の講師など広範に活動。著書に『社会保険・労働保険の実務　疑問解決マニュアル』(三修社)、『管理者のための労務管理のしくみと実務マニュアル』（三修社）、『リーダー部課長のための最新ビジネス法律常識ハンドブック』（日本実業出版社、共著）などがある。