• 更新日 : 2026年10月5日

ふるさと納税はなぜ年末調整で控除できない？確定申告・ワンストップ特例で正しく申告する方法

ふるさと納税は、会社が行う年末調整では控除できません。ふるさと納税による寄附金控除は、そもそも会社が行う年末調整の対象に含まれていません。年末調整で処理できる控除は、生命保険料控除や配偶者控除、住宅ローン控除（2年目以降）など法令で定められた項目に限られており、医療費控除や住宅ローン控除の初年度分と同様に、寄附金控除（ふるさと納税）は年末調整では扱えず、確定申告またはワンストップ特例制度によって自分自身で申告する必要があります。

控除を受けるには、確定申告かワンストップ特例制度のどちらかで、自分自身が申告する必要があります。本記事では、年末調整でふるさと納税の控除ができない理由と、確定申告・ワンストップ特例それぞれの申告方法、必要書類、期限までを整理して解説します。

ふるさと納税はなぜ年末調整で控除できないのか？

ふるさと納税による税額控除は、会社の年末調整の手続きでは完結しません。ふるさと納税で受けられる寄附金控除は、会社の年末調整の手続きには含まれていません。年末調整で対応できる控除は、生命保険料控除や配偶者控除、住宅ローン控除（2年目以降）など、あらかじめ法令で範囲が決められています。

寄附金控除（ふるさと納税）はこの対象に入っておらず、医療費控除や住宅ローン控除の初年度分と同じく、確定申告かワンストップ特例制度を利用して、自分自身で手続きを行う必要があります。

年末調整の対象期間とふるさと納税の関係

年末調整では、生命保険料控除や配偶者控除、扶養控除など、勤務先が把握・確認しやすい一部の所得控除に限って会社が代わりに手続きを行います。

一方、寄附金控除（ふるさと納税）は、たとえ寄附がその年の早い時期に完了し、寄附額が確定していたとしても、年末調整の対象科目には含まれていません。これは、医療費控除や雑損控除と同様に、法令上「年末調整では処理せず、確定申告で個人が申告する」と定められている控除だからです。

そのため、ふるさと納税を行った年は、寄附のタイミングにかかわらず、必ず確定申告かワンストップ特例制度で自分自身が申告する必要があります。

医療費控除や住宅ローン控除も年末調整の対象外

ふるさと納税に限らず、年末調整だけでは完結しない控除は他にもあります。医療費控除や、住宅ローン控除の初年度分などは、いずれも年末調整では処理できず、翌年に確定申告で手続きする必要がある点でふるさと納税の寄附金控除と共通しています。

ふるさと納税の控除を受けるための申告方法は？

ふるさと納税の控除を受ける方法は、確定申告とワンストップ特例制度の2つです。最終的に控除される税額はどちらの方法でもほぼ同額になりますが、控除される税金の種類や手続きの手間が異なります。

確定申告とワンストップ特例制度の違い

ワンストップ特例制度の申請期限は寄附した翌年の1月10日必着、確定申告の期限は翌年の3月15日です。期限日が土日祝にあたる場合は、翌開所日まで延長されることもあります。

参考：2026年版｜ふるさと納税の申込期限はいつまで？年内の締切・ワンストップ特例・確定申告を解説｜ふるさとチョイス

どちらの申告方法を選ぶべきか

確定申告が不要な会社員で、寄附先が5自治体以内に収まるなら、ワンストップ特例制度のほうが手軽です。一方、医療費控除など他の控除もあわせて申告したい人や、寄附先が6自治体以上になった人は、確定申告を選ぶことになります。

確定申告でふるさと納税を控除する手順は？

確定申告でふるさと納税の控除を受けるには、寄附を証明する書類を準備し、確定申告書に寄附金控除額を記入して税務署へ提出します。

確定申告が必要になる主なケース

次のいずれかに該当する人は、ふるさと納税の控除にかかわらず確定申告が必要です。

確定申告の手続きステップ

確定申告は、次の4ステップで進めます。

寄附金控除の適用を受けるためには本来、寄附ごとの寄附金の受領書等の添付が必要ですが、令和3年分以後の確定申告では、特定事業者が発行する年間寄附額を記載した「寄附金控除に関する証明書」を、寄附ごとの受領書に代えて添付することができます。この証明書はデータ（XML形式）で発行されるため、e-Taxでの申告時にアップロードするだけで済み、複数回の寄附をまとめて処理できます。

参考：ふるさと納税に係る寄附金控除に関する証明書等について｜国税庁

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ワンストップ特例制度で控除を受ける手順は？

ワンストップ特例制度は、確定申告をせずに寄附先の自治体へ申請書を送るだけでふるさと納税の住民税控除が受けられる仕組みです。1回の確定申告によらず、寄附の都度手続きが完結する手軽さが特徴です。

ワンストップ特例制度を利用できる条件

ワンストップ特例制度で申請を行うには、もともと確定申告の必要がない給与所得者等であること、その年の寄附先が5自治体以内であること、寄附先の全自治体に翌年1月10日までに申請書を必着で送付することの3条件を満たす必要があります。いずれか1つでも満たさない場合は、確定申告での手続きに切り替える必要があります。

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ワンストップ特例制度を使うことで、確定申告が不要のまま、ふるさと納税分の寄附金控除が受けられます。確定申告の経験がないサラリーマンでも安心です。 ただし、申請条件や必要な書類、申請期限などがあるので事前にチェックしておき

ワンストップ特例申請書提出の流れ

同じ自治体に複数回寄附をした場合は、その都度申請書の提出が必要になる点に注意しましょう。

オンラインでワンストップ特例を申請する方法もある

マイナンバーカードとスマートフォンがあれば、オンライン上でワンストップ特例申請を完了させることもできます。各ふるさと納税ポータルサイトが提供する「自治体マイページ」などのオンライン申請サービスを利用すると、マイナンバーカードをスマートフォンにかざすだけで本人確認が完了し、紙の申請書や確認書類の郵送が不要になります。年末の駆け込み申請では、郵送より確実で速いオンライン申請が有効です。

参考：オンラインでワンストップ特例申請｜ふるさとチョイス

確定申告・ワンストップ特例に必要な書類は？

どちらの申告方法でも、寄附を証明する書類と本人確認書類が必要になります。必要書類の内容は申告方法によって一部異なります。

確定申告で必要な書類

ワンストップ特例制度で必要な本人確認書類の組み合わせ

郵送で申請する場合、本人確認書類は次のいずれかの組み合わせが必要です。

本人確認書類として資格確認書などを提出する場合は、自治体の案内に従って必要な書類を用意してください。

ふるさと納税の控除申告の期限はいつまで？

ふるさと納税の控除申告の期限は、確定申告とワンストップ特例制度で異なります。

ワンストップ特例制度の期限は「自治体必着」であるため、郵送の場合は年内、遅くとも年明け早々に発送しておくと安心です。

参考：2026年版｜ふるさと納税の申込期限はいつまで？年内の締切・ワンストップ特例・確定申告を解説｜ふるさとチョイス

申告を忘れた・期限に間に合わなかった場合はどうなる？

ワンストップ特例の期限に間に合わなかった場合や、寄附先が6自治体以上になった場合でも、確定申告をすれば控除を受けられます。確定申告の期限を過ぎてしまった場合も、還付申告は期限後5年以内であれば行うことができるため、控除をあきらめる必要はありません。

ワンストップ特例制度が無効になる主なケース

6自治体以上に寄附した場合、確定申告を行った場合、申請書の提出期限（翌年1月10日必着）を過ぎた場合、必要書類に不備があった場合には、ワンストップ特例制度は無効になります。これらに該当した場合は、寄附をした翌年の確定申告で「寄附金控除」を申請し直しましょう。

参考：【2026年最新版】ふるさと納税の手続きはいつまで？ワンストップ特例申請や確定申告について｜ふるさとプレミアム

年末調整任せにせず、確定申告かワンストップ特例で申告しよう

ふるさと納税は年末調整では控除できないため、確定申告かワンストップ特例制度のいずれかで自分自身が申告する必要があります。給与所得者で寄附先が5自治体以内ならワンストップ特例が手軽ですが、医療費控除など他の申告がある人や6自治体以上に寄附した人は確定申告を選びましょう。期限内の手続きを忘れず行い、正しくふるさと納税の税額控除を受けてください。

よくある質問

年末調整でふるさと納税の控除は受けられますか？

控除を受けることはできません。詳しくはこちらをご覧ください。

ふるさと納税の控除を受けるための手段にはなにがありますか？

確定申告か、ワンストップ特例制度のどちらかの方法で申請ができます。詳しくはこちらをご覧ください。

• 監修：橋爪 祐典（税理士）

  2018年より税理士法人に勤務し、中小企業の決算・申告から財務デューデリジェンス等の高度な会計分析まで幅広く従事。株式会社・合同会社の設立登記支援を多数手がけ、税務署や自治体への各種届出から、創業融資・事業計画書作成、補助金申請の実務支援まで一貫して対応しています。 実務においては、最新の制度改正を踏まえた解説や、役員報酬のシミュレーション、キャッシュフロー計算書を用いた毎月の収支説明など、経営判断に直結する専門知識を提供。相続案件まで含めた多角的な視点を活かし、起業家の挑戦を実務面から強力にバックアップします。