• 更新日 : 2026年9月11日

育休中の年末調整はどうする？必要書類の書き方や扶養の壁の基準を解説

育児休業（育休）中は給与収入がないケースが多く、「年末調整は必要なのだろうか」と迷う方は少なくありません。結論として、育休中でも年末調整が必要になるケースや、提出すべき年末調整書類があります。本記事では、育休中の年末調整の要否から、令和8年分の書類の書き方、扶養の判断基準、企業側の実務対応までを解説します。

育休中の年末調整 記載例と控除の書き方ガイド

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育休中でも年末調整は必要？

おおまかにいうと、育休中の年末調整が必要かどうかは、年内に給与の支払いがあったかどうかで決まります。育児休業給付金や出産手当金は課税対象外のため、これらの給付だけでは年末調整の対象にはなりません。

年末調整が必要になる基本条件

年末調整の対象となるのは、勤務先に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出しており、年内に給与の支払いを受けた人です。育休に入るまでの期間に給与の支払いがあれば、その給与から源泉徴収された所得税を精算する必要があるため、年末調整の対象になります。

年末調整とは、毎月の給与から仮払いのかたちで天引きされている所得税（源泉徴収税額）の合計と、1年間の正しい所得税額とを比較し、差額を精算する手続きです。育休により年の途中で給与の支払いが止まっても、それまでに支払われた給与に対する源泉徴収額が本来の税額より多ければ、年末調整によって差額が還付されます。

参考：No.2665 年末調整の対象となる人｜国税庁

給与収入がゼロなら年末調整は不要

年内の給与収入が一切なく、受け取ったのが育児休業給付金のみという場合、会社が行う年末調整の対象にはなりません。精算すべき源泉徴収税額が存在しないためです。なお、生命保険料控除等は所得から差し引く制度であるため、他に課税所得がなく源泉徴収税額も0円であれば、確定申告をしても所得税の還付は生じません

育児休業給付金や出産手当金は年末調整の対象になる？

育児休業給付金や出産手当金は、年末調整で計算する所得税の課税対象には含まれません。雇用保険・健康保険から支給される非課税所得にあたるためです。

給付金が非課税所得とされる理由

育児休業給付金や出産手当金（傷病手当金なども含む）は、法律上の非課税所得として扱われ、所得税・住民税のいずれも課されません。そのため、年末調整や確定申告で収入として計上する必要はなく、育休中に給与の支払いが一切なければ、年間の給与収入は実質的に「ゼロ」として扱われます。

参考：No.1400 給与所得｜国税庁

収入状況別に見る、育休中の年末調整のポイントは？

育休中の年末調整では、年間の給与収入がゼロなのか一部あるのかによって、必要な対応が変わります。以下の表で状況別のポイントを整理します。

給与収入ゼロの場合

給与収入がゼロの場合、会社を通じた年末調整は行われません。前述のとおり源泉徴収税額がなく精算の必要がないためで、必要に応じて翌年の確定申告で控除を申告する流れになります。

一部給与がある場合

年の途中で復職した月の給与や、育休前に支給された賞与などがある場合は、通常の社員と同様に会社を通じて年末調整を行います。育休に入るまでに支払われた給与と復職後の給与を合算し、年間の所得税を精算する仕組みです。

給与収入が一定額以下の場合の取り扱い

年間の給与収入が一定水準以下であれば、年末調整をしても還付・追徴が発生しないため、実務上は処理が簡略化されるケースがあります。所得税の基礎控除・給与所得控除の見直しにより、目安として給与収入がおおむね160万円以下であれば給与所得控除と基礎控除の合計額で課税所得がゼロとなり、所得税が発生しない仕組みになっているためです。育休で年間の給与収入がこの水準以下にとどまる場合、源泉徴収税額自体が0円となっていることも珍しくありません。

参考：令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁

配偶者の扶養に入るための年収の壁は？

育休中に配偶者の扶養に入れるかどうかは、税法上の扶養と社会保険上の扶養で判断基準が異なります。それぞれ収入の壁となる金額が違うため、混同しないよう注意が必要です。

税法上の扶養（配偶者控除・123万円の壁）

育休中の社員本人の年間の給与収入が123万円以下であれば、配偶者は配偶者控除を受けられます。育児休業給付金は非課税のため収入に含まれず、給与収入だけで判定されるため、育休中は給与が大きく減ることで扶養の対象になりやすくなります。

なお、令和8年分では、育休中の配偶者の合計所得金額が62万円以下、給与収入のみの場合は136万円以下であれば、その他の要件を満たすことで配偶者控除の対象となります。**育児休業給付金や出産手当金は非課税であり、この所得判定には含めません。なお、控除を受ける側の本人にも合計所得金額1,000万円以下などの要件があります。

育休中の社会保険上は「130万円の壁」で判断しない

会社の健康保険・厚生年金に加入したまま育児休業を取得する従業員は、原則として被保険者資格を維持します。そのうえで、事業主が所定の手続きを行うことで、一定の育児休業期間について本人負担分・会社負担分の健康保険料・厚生年金保険料が免除されます。したがって、育休によって給与収入が130万円未満になったからといって、通常は配偶者の社会保険上の扶養へ切り替えるわけではありません。。

育休中に提出する年末調整書類と書き方は？（令和8年分対応）

育休中に提出する主な年末調整書類は、扶養控除等申告書、基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼特定親族特別控除申告書兼所得金額調整控除申告書、保険料控除申告書の3種類です。住宅ローンがある場合は住宅借入金等特別控除申告書も必要になります。令和8年度税制改正により、基礎控除の引き上げや扶養親族等の所得要件の見直しが行われ、令和8年分の各申告書様式にも変更が反映されています。

扶養控除等申告書（源泉控除対象親族欄の新設）

引用：令和８年分扶養控除等（異動）申告書｜国税庁

令和8年分の「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」からは、従来の控除対象扶養親族に加えて、一定の特定親族を含めた「源泉控除対象親族」を記載する形式に変わりました。この記載により、月々の給与計算の段階から特定親族特別控除が反映される仕組みになっています。育休中の方で、育休に入るまでに給与の支払いがあった場合は、この申告書の提出が必要です。控除対象配偶者や扶養親族がいる場合は、その情報を正確に記載しましょう。

基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼特定親族特別控除申告書兼所得金額調整控除申告書

引用：令和8年分 給与所得者の基礎控除申告書 兼 給与所得者の配偶者控除等申告書 兼 給与所得者の特定親族特別控除申告書 兼 所得金額調整控除申告書｜国税庁

この申告書1枚で、基礎控除、配偶者控除・配偶者特別控除、特定親族特別控除、所得金額調整控除をまとめて申告できます。令和8年分は基礎控除額の引き上げ等の改正に対応した様式に修正されており、育休中で給与収入が減った場合は、基礎控除や配偶者控除の見積額の記載に影響が出るため、育休前後の給与収入見込みを正確に把握したうえで記載する必要があります。

保険料控除申告書

引用：令和8年分 給与所得者の保険料控除申告書｜国税庁

生命保険料、地震保険料、国民健康保険料や国民年金保険料などを個人で支払った場合に、所得控除を受けるために提出します。育休中は会社負担の健康保険料・厚生年金保険料が免除されますが、国民年金の任意加入分などを自分で支払っている場合は、その金額を控除対象にできます。年末までに保険会社や日本年金機構から送付される控除証明書の添付が必要です。

住宅ローン控除の申告書

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）を受けている場合も、引き続き年末調整で申請します。必要書類は「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」と、金融機関などから発行される年末残高証明書です。育休で所得税額がゼロになると還付される金額もゼロになりますが、翌年以降に給与収入が戻れば控除を受けられるため、申請自体は毎年継続することが重要です。

年内に出産した場合の扶養控除等申告書の書き方

年内に子どもが生まれた場合、扶養控除等申告書には「16歳未満の扶養親族」欄に子どもの情報を記載します。扶養控除は16歳以上の扶養親族が対象のため所得税の扶養控除自体は適用されませんが、翌年度の住民税の計算に必要な情報となるため、忘れずに記載して提出しましょう。

扶養控除等申告書を提出しないとどうなる？

扶養控除等申告書を提出していないと、源泉徴収税額表の「乙欄」が適用され、通常よりも高い所得税が毎月天引きされます。申告書の提出は、翌年の源泉徴収額を左右する重要な手続きです。

給与所得の源泉徴収では、扶養控除等申告書の提出状況に応じて「甲欄」と「乙欄」のいずれかが適用されます。申告書を提出していれば甲欄が適用され、扶養親族の有無などに応じた通常の税額が徴収されますが、未提出の場合は乙欄が適用され、同じ給与額でも源泉徴収額が高くなります。育休中で連絡が滞りがちな場合でも、扶養控除等申告書と保険料控除申告書だけは早めに提出してもらうよう案内すると安心です。

育休中に年末調整ができなかった場合、確定申告は必要？

育休中に年末調整の機会を逃した場合や、給与収入がゼロで会社の年末調整の対象外だった場合でも、自身で確定申告を行うことで控除の適用や還付を受けられます。

確定申告が必要になる主なケース

以下のようなケースでは、確定申告によって還付金を受け取れる可能性があります。

確定申告の進め方

確定申告は、原則として翌年の2月16日から3月15日までの期間に行います。

STEP1：必要書類を準備する

源泉徴収票（給与の支払いがあった場合）、各種控除証明書（保険料、年金など）、マイナンバー関連書類などを揃えます。

STEP2：確定申告書を作成する

国税庁の確定申告書等作成コーナーを利用すると、画面の案内に沿って申告書を作成できます。

STEP3：申告書を提出する

税務署への持参、郵送、またはe-Tax（電子申告）で提出します。

参考：確定申告書等作成コーナー｜国税庁

【企業向け】育休中の社員の年末調整、人事労務担当者が気をつけるポイントは？

育休中の社員がいる場合、人事・労務担当者は通常よりも余裕をもったスケジュール管理と、確実な書類回収の工夫が求められます。育休中は連絡が取りづらいことが多いため、対応方法をあらかじめ決めておくことが重要です。

書類の依頼・回収方法

年末調整書類は、自宅への郵送と返送用封筒の同封が一般的な方法です。オンラインの年末調整システムを導入していれば、育休中の社員も自宅から入力・申告できるため、最もスムーズに進められます。

連絡が取りづらい場合の対応

育休中の社員は育児に専念しているため、日中の電話連絡が難しいことがあります。メールやチャットなど連絡が取りやすい手段を事前に確認し、緊急時に備えて配偶者など代替の連絡先も把握しておくと安心です。

提出スケジュールを前倒しする

育休中の社員とのやり取りには通常より時間がかかることを見込み、社内での提出期限を1〜2週間ほど早めに設定するのが実務上のポイントです。連絡や書類不備の確認に充てる時間を確保しやすくなります。あわせて、年内に退職した社員や年末調整が不要な社員の源泉徴収票発行と合わせて、育休中の社員の分も準備を進めておきましょう。

育休中の年末調整でよくある質問

育休中の年末調整に関して、特に問い合わせが多い質問をまとめました。

育児休業給付金に税金はかかる？

育児休業給付金は非課税所得のため、所得税も住民税もかかりません。年末調整や確定申告の際に収入として計上する必要はありません。

産休と育休で提出書類は違う？

産休中（出産手当金受給中）も、基本的な考え方は育休中と同じです。給与収入があれば年末調整が必要になります。産休は出産から8週間程度と短期間であることが多いため、年間の給与収入額に応じて控除の扱いが変わる点を確認しましょう。

育休明けが年明け1月の場合はどうなる？

育休明けが翌年1月の場合、前年分については育休前に支払われた給与等をもとに、年末調整対象者であれば前年分の年末調整を行います。復職した年については、復職後から年末までに支払が確定した給与等をもとに年末調整します。

年内に子どもが生まれた場合、扶養控除等申告書にはどう書く？

年内に出産した場合は、扶養控除等申告書の「16歳未満の扶養親族」欄に子どもの情報を記載します。所得税の扶養控除は対象外ですが、翌年度の住民税計算に関わる情報のため、提出時に忘れず記入しましょう。

育休中の年末調整を正しく進めるために

育休中の年末調整は、給与収入の有無や育児休業給付金の非課税扱い、扶養の判定など、通常の年末調整より確認すべき点が多くなります。給与収入がゼロなら会社の年末調整は不要ですが、控除を受けたい場合は確定申告で対応できます。育休中の社員は書類提出の期限を守り、企業側は連絡方法とスケジュールを柔軟に調整することが、育休中の年末調整をスムーズに進めるポイントです。

よくある質問

育休中でも年末調整は必要ですか？

正確な所得税納税のために必要で、払い過ぎがあれば還付金が受け取れます。詳しくはこちらをご覧ください。

手当金や給付金は、年末調整の対象ですか？

産休中や育休中の手当金や給付金は年末調整の対象になりません。 詳しくはこちらをご覧ください。

• 監修：安木 識晃（公認会計士準会員）

  公認会計士準会員。監査法人にて4年弱、外資系保険会社などの財務諸表監査・内部統制監査に従事。その後、FAS（財務アドバイザリー）領域にてIPO支援（事業計画・資本政策・内部統制構築）、M\&AにおけるPPA・無形資産評価などを担当。スタートアップ企業のCFOとして、経理財務体制の構築、資金調達、海外展開支援にも従事。現在は都内のFASコンサルティングにて、IPO準備企業や成長企業の財務支援を行う傍ら、ライティング・記事監修業務も精力的に実施。専門分野に根差した実務的かつ分かりやすい情報発信を得意とする。