- 更新日 : 2025年11月13日
医療費控除で住民税も安くなる
医療費が多くかかった年は、確定申告で所得税が安くなることをご存知の方も多いでしょう。実は、医療費控除では住民税も安くなります。所得税の確定申告をすれば、住民税のために追加で手続きをする必要はありません。

医療費控除・住民税減額シミュレーションシート
「医療費控除 住民税」「医療費控除 住民税 どれくらい安くなる」などで検索された方向けに、無料で提供しています。ぜひご自由にダウンロードして活用ください。
医療費控除とは
医療費控除とは、所得税の計算をするときに、課税対象の所得から医療費を差し引くものです。医療費は本人のものだけでなく、同一生計の家族のものも含みます。
医療費控除の金額は、実際に支出した医療費から10万円を引いた額です。生命保険・医療保険から入院給付金を受け取った場合や、健康保険から高額療養費・家族療養費・出産育児一時金などを受け取った場合は、その金額も医療費から差し引きます。
医療費控除の金額の計算方法は、次の図で表すことができます。

具体的な計算式は以下の通りです。
(※)所得が200万円未満の人は所得の5%
保険金の対象となる医療費よりも高い保険金が補填される場合、医療費を超える部分の金額は切り捨てとなります。そのほかの医療費の支払いから差し引かれることはありません。
医療費控除の対象になるものとならないもの
医療費控除の対象になるものとならないものは、次の表のとおりです。幅広い範囲の費用が認められる一方で、診療や医療に直接関係ないものは認められません。
医療費控除の対象になるもの |
|
医療費控除の対象にならないもの |
|
平成29年からセルフメディケーション税制が創設される
医療費控除の特例として、平成29年からセルフメディケーション税制が創設されます。セルフメディケーションとは、「自分自身の健康に責任を持ち、軽度な身体の不調は自分で手当てすること」をいいます。
セルフメディケーション税制では、医薬品の購入金額が1万2,000円を超えると所得控除が受けられます(上限は8万8,000円)。
ただし、健康維持や病気の予防のために健康診断や予防接種などを行っていることが条件です。また、医薬品であれば何でもよいわけではなく、対象となる品目が指定されています。
なお、セルフメディケーション税制と医療費控除を同時に適用することはできません。
この記事をお読みの方におすすめのガイド3選
この記事をお読みの方によく活用いただいている人気の資料・ガイドを紹介します。すべて無料ですので、ぜひお気軽にご活用ください。
※記事の内容は、この後のセクションでも続きますのでぜひ併せてご覧ください。
人事・労務の年間業務カレンダー
毎年大人気!人事労務の年間業務を月別にまとめ、提出や納付が必要な手続きを一覧化しました。
法改正やシーズン業務の対応ポイントについて解説するコラムも掲載していますので、毎月の業務にお役立てください。
所得税・住民税の課税・非課税ルール
所得税や住民税の課税・非課税の判断は、正確な給与計算の根幹となる重要な要素です。
本資料では、給与担当者が実務で迷いやすい項目を中心に、課税・非課税のルールを体系的に整理し、業務上の注意点についても解説します。
年末調整でよくある質問&回答集
年末調整で従業員から寄せられやすい19の質問と回答例、担当者として業務を進めるうえで知っておきたいポイントをまとめました。
資料で紹介した内容を従業員に事前周知するなど、年調業務の負担軽減にお役立てください。
医療費控除は住民税にも適用される
医療費控除は課税の対象になる所得から医療費を差し引くものです。医療費控除を適用するために確定申告をすると、所得税だけでなく住民税も安くなります。住民税のために追加で手続きをする必要はありません。
所得にかかる住民税の税率は10%(都道府県民税・市区町村民税の合計)であることから、医療費控除額の10%に当たる金額だけ住民税が安くなります。
所得税の場合、年末調整で納税が済んでいる人は、医療費控除で安くなった分だけ税額が還付されます。ただし、住民税は翌年6月以降に納めるため、所得税のように還付されることはありません。医療費控除で安くなった後の税額を6月以降に納めることになります。
医療費控除は所得税と住民税の節税になる
医療費控除は本人や同一生計の家族のための医療費を所得から差し引くものです。入院や通院の費用だけでなく、医薬品の購入費や介護の費用も対象になります。
医療費控除を適用すると、所得税だけでなく住民税も安くなります。ただし、確定申告をすると安くなった税額がすぐに住民税に反映されたり、税額が還付されたりするわけではありません。住民税に反映されるのは、翌年6月からになる点を覚えておきましょう。
よくある質問
医療費控除とは?
所得税の計算をするときに、課税対象の所得から医療費を差し引くもので、医療費は本人のものだけでなく、同一生計の家族のものも含みます。詳しくはこちらをご覧ください。
医療費控除の対象になるものは?
「医師・歯科医師による診療・治療のための費用」や、「人間ドックや健康診断の費用」などが対象になります。詳しくはこちらをご覧ください。
医療費控除は住民税にも適用される?
されます。所得にかかる住民税の税率は10%(都道府県民税・市区町村民税の合計)であることから、医療費控除額の10%に当たる金額だけ住民税が安くなります。詳しくはこちらをご覧ください。
※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。
人事労務の知識をさらに深めるなら
※本サイトは、法律的またはその他のアドバイスの提供を目的としたものではありません。当社は本サイトの記載内容(テンプレートを含む)の正確性、妥当性の確保に努めておりますが、ご利用にあたっては、個別の事情を適宜専門家にご相談いただくなど、ご自身の判断でご利用ください。
関連記事
-
# 給与計算
休日出勤手当とは?計算方法や割増率に関して解説!
業務量の増加や急なトラブル対応で、休日出勤をしたことがある方も多いことでしょう。休日出勤をさせた場合、事業主は労働者に対し休日出勤手当を支給しなければなりません。しかし、労使間で協…
詳しくみる -
# 給与計算
藤枝市の給与計算代行の料金相場・便利なガイド3選!代表的な社労士事務所も
藤枝市は、静岡県の東部に位置し、豊かな自然と歴史的な文化が調和する魅力的な地域です。農業や製造業を中心に、多様な産業が発展しており、多くの中小企業が活動しています。 このような環境…
詳しくみる -
# 給与計算
就業規則のマイカー通勤手当の記載例|厚生労働省のモデルに準拠したひな形付き
マイカー通勤は、従業員にとって便利な通勤手段である一方、企業にとっては事故発生時の使用者責任や、手当の公平性など、多くのリスクと課題をはらんでいます。明確なルールがないままでは、万…
詳しくみる -
# 給与計算
役員死亡退職金は規定がない場合でも支給される?従業員と兼務の場合や準備方法を解説
役員死亡退職金は規定なしでも支給できる? 役員死亡退職金は規定がなくても株主総会の決議があれば支給可能ですが、金額の妥当性や受取人を巡るトラブルを防ぐため、規定の整備が推奨されます…
詳しくみる -
# 給与計算
長崎県の給与計算代行の料金相場・便利なガイド3選!代表的な社労士事務所も
長崎県でビジネスを展開する企業にとって、給与計算は従業員の満足度を左右する重要な業務です。しかし、税務や社会保険の手続きは複雑で、専門知識が求められるため、自社で対応するのは大きな…
詳しくみる -
# 給与計算
賃金台帳に賞与は記載する?記入例やテンプレートを紹介
労働基準法第108条にもとづき、賃金台帳には従業員の賞与を記載しなければいけません。 従業員が働きやすい環境に整えるためにも、必要な項目を記載した賃金台帳の作成が重要です。 本記事…
詳しくみる


