• 更新日 : 2026年10月8日

年末調整の書類回収を効率化するには？電子化や選び方を解説

年末調整の書類回収を効率化する方法として有効なのが、年末調整ソフトを導入した電子化です。申告書の計算・チェック・データ入力といった手作業が自動化され、担当者と従業員の双方の負担を減らせます。

年末調整の回収業務を効率化する電子化の仕組みから、導入のメリット、準備の手順、自社に合ったシステムの選び方までを解説します。

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年末調整の書類回収はなぜ大変なのか？

年末調整の書類回収が毎年大きな負担となるのは、業務フローが「回収」「チェック」「管理」の各段階で手作業に依存しているためです。記載内容の確認や修正に多くの工数がかかる点も見逃せません。

手作業が発生する3つの段階

負担が集中するのは、書類の回収、内容のチェック、データの入力・管理という3つの段階です。それぞれで発生する作業は次のとおりです。

これらの課題の中でも、特に業務を停滞させるのが差し戻しの多さです。一度差し戻しが発生すると、従業員との間で何度もやり取りが必要になり、双方にとって負担となります。

差し戻しの原因になりやすい記入ミス

差し戻しの原因となる記入ミスや不備には、いくつかの決まったパターンがあります。よく見られるのは次の4つです。

参照：年末調整がよくわかるページ｜国税庁

年末調整の書類回収を効率化する方法とは？

効率化の方法は、大きく分けて「現行業務の改善」と「システム導入による電子化」の2つです。手軽に始められるのは前者ですが、根本的な負担軽減につながるのは後者です。

現行業務の改善で効率化する

紙ベースの運用を前提とした改善策は、比較的すぐに着手できます。取り組みやすいのは次の3つです。

これらの方法は差し戻しを減らす効果が期待できますが、書類の配布、回収、手入力といった手作業そのものは残るため、担当者の負担軽減には限りがあります。

システムを導入して電子化する

年末調整システムを導入すると、回収・チェック・管理の各段階の課題を解消できます。手作業が発生していた工程が、次のように変わります。

紙のやり取りを前提とした改善には限界があるため、近年は多くの企業が電子化を進めています。

年末調整の電子化で何が変わる？

年末調整の電子化とは、これまで紙媒体で行っていた申告書の作成・提出・確認・保管といった一連の業務を、クラウドシステムなどを活用してデジタル上で完結させる仕組みです。国税庁もこの電子化を推進しています。

電子化による業務フローの変化

従業員は質問に答えるだけで申告書が作成でき、会社側は検算と手入力が不要になります。電子化の前後で、業務フローは次のように変わります。

出典：年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問（FAQ）｜国税庁

保険会社などから電子データで取得した控除証明書も、そのままアップロードできます。企業側は提出されたデータをシステム上で一元管理でき、最終的なデータは給与計算ソフトに直接取り込めるため、手入力作業そのものが不要になります。

参照：年末調整手続の電子化に向けた取組について｜国税庁

電子データで提出できる書類

従業員が提出するほとんどの申告書や控除証明書は、紙ではなく電子データで提出できます。対応している申告書は次のとおりです。

これらの申告書に添付が必要な各種証明書も、発行元の金融機関や保険会社から電子データ（XML形式）で受け取れます。

これらの証明書は、マイナポータル経由でまとめてデータ取得できます。従業員は自宅のパソコンやスマートフォンでダウンロードし、年末調整システムへ連携できるため、書類の紛失や提出忘れを防ぐことにもつながります。

参照：マイナポータル連携可能な控除証明書等発行主体一覧｜国税庁

電子化のメリットとデメリット

電子化は企業と従業員の双方に利点がありますが、導入前に知っておきたい課題もあります。整理すると次のようになります。

デメリットは、事前の計画と準備によって軽減できます。

年末調整の電子化はどう進める？

電子化を進めるには、段階的な準備が求められます。円滑な移行のために、次の3つのステップで進めましょう。

STEP1：対応システムの導入を検討する

従業員から申告書を電子データで提出してもらうためには、対応するシステムやクラウドサービスが必要です。選択肢としては、国税庁が提供する「年調ソフト」や、民間企業が提供する年末調整電子化サービスがあります。

システムを選定する際は、次の視点から比較しましょう。

サービスによって、入力方式やデータ授受方法、給与計算システムへの取り込み手順が異なるため、導入前に運用イメージを固めておきましょう。

STEP2：社内規程やシステム環境を整備する

電子データで申告書類を回収する場合、現在の運用ルールを見直す必要が生じることもあります。確認しておきたいのは次の3点です。

なお、電子データでの提出について、令和2年10月以降は税務署長への事前の承認申請は不要になりました。会社の判断で電子化を進められます。ただし、電子データを受け取る際の本人確認方法（社内ID・パスワードの付与など）は、あらかじめ定めておきましょう。

STEP3：従業員へ周知しサポート体制を整える

電子化を円滑に進めるためには、従業員への周知が欠かせません。従業員側でも、次のような準備が発生します。

準備には時間がかかることもあるため、少なくとも2か月前には電子化の流れを説明し、申告データの作成方法や取得方法を案内しておくと安心です。操作マニュアルの作成や問い合わせ窓口の設置もあわせて検討しましょう。

参照：年末調整手続の電子化へ向けた準備｜国税庁

年末調整ソフトはどう選ぶ？

自社に合った年末調整ソフトを選ぶには、いくつかのポイントを比較します。無料のツールから高機能な有料サービスまでさまざまですが、次の点を基準にすると選びやすくなります。

国税庁の年調ソフトと民間ソフトの違い

年調ソフトは無料で使えますが、会社側の計算業務までは対応していません。両者の違いは次のとおりです。

業務全体の効率化を考えるなら、給与システムとの連携まで見据えた民間ソフトの導入が選択肢になります。

年末調整の書類回収を効率化した企業の例

実際にシステムを導入すると、どれほどの効率化が実現できるのでしょうか。「マネーフォワード クラウド」を導入した2社の事例を紹介します。

脱・手作業で30％超の業務効率化に成功（オリオンビール株式会社）

オリオンビール株式会社では、給与計算を2名で担当し、源泉徴収票へのマイナンバーの手書き作業などが負担となっていました。特に年末調整は、従業員にとって記入が難しく、人事担当者が代理で記入するケースもあったため、本来の業務時間を圧迫していました。

そこで「マネーフォワード クラウド 給与・年末調整」等を導入。年末調整がわかりやすいアンケート形式になったことで、従業員自身での入力が進み、代理記入が不要になりました。書類の回収も早まり、チェック作業を前倒しで開始できるなど、年末調整業務全体の効率化を実現しています。

参照：クラウドによるサービス連携で脱・手作業 30%超の業務効率化に成功｜オリオンビール株式会社様の導入事例｜株式会社マネーフォワード

年末調整1,000人分をほぼ未経験の2名で完了（フレッシュ物流株式会社）

従業員1,000名弱で多数の物流拠点を展開するフレッシュ物流株式会社では、年末調整の書類配布に5人がかりで3日を要していました。全従業員分のデータは担当者1名が手入力しており、業務が特定の担当者に依存する状態でした。

ベテラン従業員の退職で業務の引き継ぎが困難になるという課題に直面し、クラウド型の年末調整システムを導入。その結果、ベテランが不在の中、ほぼ未経験の担当者2名だけで1,000名弱の年末調整を完了させました。

書類回収も早まり、業務負荷と残業時間を削減。クラウド化によって業務の属人化を解消し、持続できる体制を築いています。

参照：年末調整1,000人分をほぼ未経験の2名で完了 残業も減りました｜フレッシュ物流株式会社様の導入事例｜株式会社マネーフォワード

年末調整の電子化は義務になる？

本記事の執筆時点で、年末調整の電子化は義務ではありません。企業は従来どおり紙の申告書で年末調整を行うことも、電子化を導入することも選べます。

ただし政府は行政手続き全体のデジタル化を推進しており、税務関連手続きもその例外ではありません。実際に、大法人を対象とした法人税等の電子申告（e-Tax）はすでに義務化されています。

この流れをふまえると、将来的には年末調整手続きの電子化も義務化される可能性があるでしょう。法改正で義務化が決まってから慌てて対応するのではなく、業務効率化やペーパーレス化といった利点を得るためにも、早めに情報収集と導入検討を始めることをおすすめします。

年末調整の書類回収を効率化するにはシステムの導入から

年末調整の書類回収とチェック業務の効率化は、年末調整システムの導入による電子化で実現できます。手作業による書類の配布・回収・検算・入力といった一連の作業を自動化することで、担当者の負担を軽減し、従業員の手続きも簡素になります。

電子化には、費用や従業員への周知といった準備が必要ですが、税務署への事前の承認申請は不要です。会社の判断で進められます。

自社の規模や給与システムとの連携性を考えて最適なソフトを選び、毎年繰り返される煩雑な業務から離れて、生産性の高い業務に集中できる環境を整えましょう。

参照：年末調整がよくわかるページ｜国税庁

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• 監修：涌井 好文（社会保険労務士）

  平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。

• 監修：松本 幸一（社会保険労務士）

  元ハローワーク正職員の社会保険労務士。ハローワーク時代に社会保険労務士試験に合格し、その後社会保険労務士事務所、企業人事部勤務を経て独立。官・民・士業の三視点からのアドバイスを得意とする。独立後は顧問業務のほかWebメディア記事を通じた情報発信などを行っている。