• 更新日 : 2026年10月5日

年末調整の必要書類が未提出だったらどうする？対応方法と確定申告の期限について解説

年末調整の必要書類を未提出のまま提出期限が過ぎてしまった場合、会社での再調整が間に合わなければ自分で確定申告を行うことで控除が受けられます。本記事では、年末調整で未提出の書類がある場合の対応方法と、2026年分(令和8年分)の年末調整・確定申告における最新の制度変更点をあわせて解説します。

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年末調整は何のための制度？

年末調整とは、会社が従業員に代わって1年間の所得税額を正しく計算し直し、過不足を精算する手続きです。毎月の給与から控除されている所得税は概算額であるため、年末に正確な税額との差額を調整する必要があります。

会社員に支払う毎月の給与からは、あらかじめ所得税(復興特別所得税を含む)が控除されています。この控除額は、毎月の給与総支給額から社会保険料等を差し引いた金額をもとに、源泉徴収税額表から算出したものであり、実際にその年に支払った1年間の給与総額から正確に算出した所得税額とは一致しないのが通常です。

年末調整は、この一致しない差額を会社が精算し、正しい所得税額を申告・納付する手続きです。正確な所得税額よりも毎月の控除額が多い場合には、払いすぎた分が還付されます。

自営業者のように自分で事業を行う個人事業主や、給与を2つの会社から受け取るなど年末調整の対象とならない人は、確定申告により1年間の所得をもとに所得税額を計算し、納付します。所得がある人でも、所得税法上、確定申告が必要となる人と、一定の要件を満たすことで確定申告が不要となる人がいます。会社員については、勤務先で年末調整を受けることで、原則として確定申告が不要となる場合があります。

年末調整で受けられる主な控除と提出書類は？

年末調整では、扶養控除・保険料控除・住宅ローン控除など複数の控除を受けることができますが、それぞれ会社への提出書類が必要です。書類が揃っていないと該当する控除が適用されません。

「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」で受けられる控除

この申告書を提出することで、配偶者控除・扶養控除等、家族構成に関する控除が受けられます。2026年分からは、扶養親族等の判定方法が一部変更されているため、家族の所得見込みを事前に確認しておくことが重要です(詳細は後述します)。

「保険料控除申告書」「基礎控除申告書兼配偶者控除等申告書兼特定親族特別控除申告書兼所得金額調整控除申告書」で受けられる控除

これらの申告書により、生命保険料控除、地震保険料控除、社会保険料控除、小規模企業共済等掛金控除、配偶者控除・配偶者特別控除、特定親族特別控除、所得金額調整控除などの適用を受けることができます。

生命保険料控除・地震保険料控除については、保険会社などから発行される「生命保険料控除証明書」「地震保険料控除証明書」の添付が必要です。証明書が電子データで発行されている場合もあるため、勤務先の指示に従って提出方法を確認しましょう。

「(特定増改築等)住宅借入金等特別控除申告書兼計算明細書」で受けられる控除

住宅ローン控除の適用2年目以降は、年末調整で控除を受けることができます。ただし初年度は従業員自身で確定申告を行う必要があります。金融機関から発行される「住宅ローンの年末残高証明書」の添付が必要です。

参考：年末調整で住宅借入金等特別控除の適用を受ける方へ｜国税庁

年末調整で必要書類が未提出だった場合はどうなる？

年末調整に必要な申告書や証明書類が未提出の場合、その書類に対応する控除を年末調整で適用できないことがあります。ただし、書類の種類や提出時期によっては、会社で年末調整の再調整ができる場合もあります。この場合、まずは会社に再調整を依頼し、間に合わなければ自分で確定申告を行うことになります。

会社への再提出・年末調整のやり直しは可能か

年末調整を行うために、会社は従業員に必要書類を交付し、記入と提出を依頼します。従業員がその時点で書類を提出すれば、会社が所得税の計算・過不足の調整を行うため、個別の確定申告は不要です。

しかし提出が間に合わなかった場合でも、給与を支払った年の翌年1月31日が、各市区町村への給与支払報告書の提出期限となっているため、それまでの期間であれば会社側で再調整に応じてもらえる可能性があります。まずは経理・人事担当者に年末調整の再調整ができないか相談してみましょう。

会社の対応が間に合わなかった場合は確定申告で控除を受ける

会社での手続きが間に合わなかった場合や、提出期限以降に未提出の書類が見つかった場合は、従業員自身で必要書類を揃えて確定申告を行うことで、各種所得控除が受けられます。

面倒だからと確定申告をしないままでいると、所得控除が適用されず、所得税を払い過ぎていたとしても還付を受けられません。節税の観点からも、未提出の書類があるなら確定申告を行いましょう。

年末調整の書類が未提出だった場合の確定申告の手続きは？

年末調整の未提出書類に対応する確定申告は、通常の確定申告期間内、または還付申告として最長5年以内に行うことができます。

確定申告の申告期間と提出先

令和8年分(2026年分)の所得税の確定申告期間は、2027年2月16日(火)から3月15日(月)までです。令和8年(2026年)分の所得税確定申告期限は2027年3月15日(月)となっており、この日が平日であるためそのままの日付が期限となります。申告書の提出先は、自分の住んでいる場所を所轄する税務署です。

申告書は税務署の窓口のほか、国税庁の確定申告書等作成コーナーからも入手・作成できます。なお、2026年分の確定申告(2027年2月16日から3月15日まで)からは、確定申告会場における休日の相談対応を実施しない予定であることが公開されています。混雑を避けるためにも、自宅から手続きできるe-Tax(国税電子申告・納税システム)の利用がおすすめです。

還付の申告はいつまで提出できる？

払いすぎた税金を取り戻す還付申告は、通常の確定申告期間に関係なく、翌年1月1日から5年間提出できます。令和8年(2026年)分の還付申告であれば、2027年1月1日から2031年12月31日までが提出可能期間です。

年末調整の未提出書類による控除漏れも、この還付申告の枠組みで対応できます。早めに提出すれば、それだけ早く還付金を受け取れるため、書類が揃い次第すみやかに申告することをおすすめします。

年末調整では受けられない控除とは？

年末調整では、医療費控除・寄附金控除(ワンストップ特例を除く)・雑損控除・住宅ローン控除の初年度分については控除を受けることができません。

これらの控除がある場合は、年末調整の対象書類がすべて揃っていたとしても、別途自分自身で確定申告を行う必要があります。医療費控除の申告期間も、原則として確定申告期間と同じ2月16日から3月15日までですが、還付申告であれば翌年1月1日から5年間申告可能です。

2026年分の年末調整で押さえておきたい税制改正のポイントは？

2026年分(令和8年分)の年末調整では、基礎控除・給与所得控除の引き上げと扶養親族等の所得要件の見直しが行われるため、必要書類の記載内容や控除額に影響が出ます。

基礎控除・給与所得控除はどう変わる？

2025年分に続き、2026年分と2027年分では基礎控除と給与所得控除がさらに見直され、所得税の課税最低限がいわゆる「178万円の壁」まで引き上げられます。基礎控除は合計所得金額2,350万円以下の人について58万円から62万円に引き上げられるのが本則で、2026年分と2027年分に限り特例が上乗せされ、合計所得金額に応じて最大104万円となります。

給与所得控除についても最低保障額の引き上げが行われているため、給与収入が低い層ほど控除額の変動が大きくなります。年末調整の担当者は、従業員から回収する基礎控除申告書の記載内容が新様式に対応しているかを必ず確認しましょう。

扶養親族等の所得要件・源泉控除対象親族はどう変わる？

2026年分からは、扶養控除等申告書における扶養親族等の数の算定方法が変わり、新たに「源泉控除対象親族」という区分が設けられています。

2026年分からの給与の源泉徴収事務では、源泉控除対象配偶者と新たな源泉控除対象親族に該当する人数で扶養親族等の数を算定します。財務省の税制改正大綱では、同一生計配偶者や扶養親族の合計所得金額要件を62万円以下に引き上げる内容が示されており、扶養判定に影響する可能性があるため、従業員の家族の所得見込みを確認する必要があります。

大学生年代の子どもがアルバイトをしている家庭などは、年収の壁(103万円・150万円等)の考え方が変わっている場合があるため、扶養控除等申告書の記入前に最新の所得要件を確認しておくと安心です。

年末調整の申告書様式はどう変わる？

2026年分の年末調整では、源泉徴収簿や各種申告書の様式が変更されているため、前年分の様式をそのまま使い回さないよう注意が必要です。

源泉徴収簿は様式が変更されているため、令和8年分の様式を使用する必要があり、手計算で年末調整を行う場合は前年分の様式を流用せず新様式に切り替え、給与計算システムを利用している場合は様式変更と控除欄の追加が反映されているかを確認します。

未提出書類の再確認をあわせて行う際にも、様式の版が古いままだと控除額の計算がずれてしまう可能性があるため、国税庁が公表する最新の様式・手引きを必ず確認しましょう。

年末調整の書類が未提出の場合には確定申告を忘れずに

年末調整は会社員にとってありがたい制度ですが、必要書類の未提出があると控除が受けられません。まずは会社に再調整を相談し、間に合わない場合は確定申告で控除漏れを取り戻しましょう。あわせて2026年分は基礎控除・扶養要件の改正も重なるため、年末調整の書類確認は例年以上に早めに行うことをおすすめします。

• 監修：橋爪 祐典（税理士）

  2018年より税理士法人に勤務し、中小企業の決算・申告から財務デューデリジェンス等の高度な会計分析まで幅広く従事。株式会社・合同会社の設立登記支援を多数手がけ、税務署や自治体への各種届出から、創業融資・事業計画書作成、補助金申請の実務支援まで一貫して対応しています。 実務においては、最新の制度改正を踏まえた解説や、役員報酬のシミュレーション、キャッシュフロー計算書を用いた毎月の収支説明など、経営判断に直結する専門知識を提供。相続案件まで含めた多角的な視点を活かし、起業家の挑戦を実務面から強力にバックアップします。