• 更新日 : 2026年9月15日

休職中の従業員の年末調整はどうする？無給休業者への対応と2026年（令和8年分）の変更点

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休職中や休業中の従業員も年末調整の対象になるのか、判断に迷う担当者は少なくありません。本記事では、休職中の年末調整の要否、無給の場合の注意点、源泉徴収票の書き方に加え、2026年（令和8年分）の税制改正が休業中の従業員や扶養家族に与える影響まで、最新情報をもとに解説します。

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休業もしくは休職中の従業員は年末調整が必要？

休職・休業中であっても在籍している従業員である以上、原則として年末調整が必要です。給与の支払いがない月があっても、対象から外れるわけではありません。

年末調整は、毎月の給与から天引きしている源泉所得税の合計額と、その年の正しい所得税額とを一致させるための精算手続きです。差額は在籍の有無ではなく所得や控除の状況で生じるため、休業中であるかどうかにかかわらず、会社は年末調整を行う義務を負います。

年末調整が必要になる理由

労災による病気やケガで休業中の従業員、私傷病での療養で休職中の従業員のいずれについても、年末調整の必要性は変わりません。育児休業中や介護休業中の従業員も同様に対象です。

毎月の給与から控除している所得税額と、社会保険料の支払額や扶養親族の状況をもとに計算した実際の年税額との間には、休業の有無にかかわらず差が生じます。会社はこの差額を精算するために、在籍している全従業員について年末調整を行う必要があります。

年末調整が不要になる例外的なケース

休業中でも年末調整は原則必要ですが、以下に該当する場合は例外的に対象外となります。

2026年（令和8年分）税制改正が休職中の従業員に与える影響

2026年（令和8年）分の年末調整では、基礎控除および給与所得控除の最低保障額がさらに引き上げられ、休職中の従業員やその扶養家族の所得要件判定にも影響します。2025年（令和7年）分ですでに所得税の基礎控除が引き上げられ、扶養親族等の所得要件も緩和されており、2026年分ではこれに続く見直しが行われる形です。

国税庁が公表した情報によれば、令和8年度税制改正による基礎控除・給与所得控除の見直しは原則として令和8年12月1日から施行され、月次の源泉徴収税額表への反映は令和9年1月以後の給与からとなります。

そのため、2026年中に生じる差額は年末調整でまとめて精算する必要があります。休職中で無給の配偶者や子がいる従業員についても、所得要件の緩和により新たに扶養控除等の対象となる家族が生じる可能性があるため、扶養控除等（異動）申告書への追記漏れがないか確認することが重要です。

なお、2026年分の扶養控除等申告書については、源泉控除対象親族等の記載区分や所得要件などに変更があるため、前年様式をそのまま使用せず、国税庁の最新様式・記載要領を確認する必要があります。

参考：令和8年度税制改正による基礎控除等の見直しについて｜国税庁

無給休職中の従業員の年末調整で気をつけるポイントは？

無給休職中の従業員は、支給される給付の種類によって所得税の課税・非課税が異なるため、年末調整の際に区別して取り扱う必要があります。年末調整のやり方自体は他の従業員と変わりませんが、収入なしの状態での金額の扱いには注意が必要です。

以下の表のとおり、休職の原因や支給元によって課税・非課税の扱いが分かれます。

労災保険の休業補償給付・休業給付は非課税

休職の原因が業務上または通勤途中の病気やケガである場合、労災保険から支給される休業補償給付・休業給付は所得税が課税されません。

労災保険からは、３日間の待期期間後、４日目以降に休業補償給付または休業給付が支給されます。この間の３日間について会社が労働基準法上の休業補償を支払う場合や、会社が業務災害の損害賠償として労災保険に上乗せして補償を行う場合も、同様に所得税は非課税として扱います。

健康保険の傷病手当金も非課税

業務上・通勤途中以外の病気やケガによる休業の場合には、健康保険から傷病手当金が支給され、これも所得税は非課税です。

傷病手当金は生活保障を目的とした給付であるため、給与所得には該当せず、年末調整における課税対象からは除外されます。

会社都合の休業手当は課税対象になる

会社都合で従業員を休業させた場合に支払う休業手当は、給与として扱われるため所得税が課税されます。

ただし、法律の定めを超えて会社が独自に支給を行った金額については慰謝料的な性質と捉えられ、前述の非課税給付と同様に所得税課税は行われません。

社会保険料の取り扱いに注意

無給休業中の従業員の年末調整では、社会保険料の取り扱いに特に注意が必要です。産休中・育休中は社会保険料の支払いが免除されますが、それ以外の休業中は社会保険料を支払う義務があります。

無給休職中でも、健康保険・厚生年金保険の資格が継続している場合は、産休・育休等の保険料免除期間を除き、社会保険料の本人負担分が発生します。会社が本人負担分を立て替えている場合には、年末調整で社会保険料控除の対象となるのは、原則としてその年中に本人が実際に支払った額や給与等から控除された額です。会社が立て替えたまま本人から未回収の金額については、本人の社会保険料控除へそのまま含めないよう注意が必要です。

本人からの徴収ができず会社が代わりに支払っている場合でも、年末調整では本人の社会保険料控除として控除額計算に含める必要があり、立替金の精算は別に行う点に注意しましょう。

産前産後・育児休業中の従業員の年末調整はどう扱う？

産休・育休中の従業員も、在籍している以上は年末調整の対象です。社会保険料が免除される点を除き、基本的な取り扱いは私傷病による休職者と変わりません。

産前産後休業・育児休業中は健康保険・厚生年金保険の保険料が免除される一方、所得税の年末調整は通常どおり必要です。また、配偶者が無給で休業している場合、2025年分・2026年分の税制改正で緩和された所得要件により、これまで扶養控除の対象外だった配偶者や子が新たに対象となるケースもあるため、扶養控除等申告書の記載内容を従業員本人に確認しておくと安心です。

源泉徴収票にはどう記載する？

無給休職中の従業員の源泉徴収票には、源泉徴収した金額を0円として、社会保険料の金額とともに記載します。

源泉徴収額0円でも発行が必要な理由

源泉徴収額が0円であっても、源泉徴収票の発行が必要になる理由は以下にあります。

記載時の注意点

源泉徴収票を作成する際は、社会保険料控除額や扶養親族等の情報を最新の申告内容に基づいて正確に記載することが重要です。

2026年分は基礎控除額や扶養親族等の所得要件が見直されているため、従業員から提出された扶養控除等（異動）申告書や基礎控除申告書の内容と、実際に適用する控除額に相違がないか、発行前に確認しておきましょう。

休職中の従業員も年末調整を忘れず正しく行おう

会社は休職中の従業員に対しても、ほかの従業員と同じように年末調整を行う義務があります。特に無給で収入なしの場合は、労災保険の休業補償給付・休業給付、健康保険の傷病手当金が非課税である点、会社都合の休業手当は課税対象になる点を正しく区別することが欠かせません。あわせて2026年分の基礎控除・扶養控除の見直しにも注意し、休業中の従業員本人と扶養家族の双方について、社会保険料の取り扱いや源泉徴収票への記載内容を確認しながら、正確な年末調整を行いましょう。

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よくある質問

休職中の従業員について年末調整は必要ですか？

休職中の従業員でも会社の年末調整の対象に含まれます。 詳しくはこちらをご覧ください。

無給で休職している従業員は年末調整の対象ですか？

会社は無休休職中の従業員に対しても年末調整を行う必要があります。 詳しくはこちらをご覧ください。

• 監修：安木 識晃（公認会計士準会員）

  公認会計士準会員。監査法人にて4年弱、外資系保険会社などの財務諸表監査・内部統制監査に従事。その後、FAS（財務アドバイザリー）領域にてIPO支援（事業計画・資本政策・内部統制構築）、M\&AにおけるPPA・無形資産評価などを担当。スタートアップ企業のCFOとして、経理財務体制の構築、資金調達、海外展開支援にも従事。現在は都内のFASコンサルティングにて、IPO準備企業や成長企業の財務支援を行う傍ら、ライティング・記事監修業務も精力的に実施。専門分野に根差した実務的かつ分かりやすい情報発信を得意とする。