• 更新日 : 2025年12月11日

休職中の従業員について年末調整はどうなる？

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会社にはその年の最後の給料支払いで、従業員の年末調整を行う義務があります。休業中の従業員であっても在籍していることには変わりはなく、給料支払いの有無にかかわらず年末調整を行わなければなりません。ここでは、休職中の従業員の年末調整を行う際に注意すべきポイントを解説します。

休職者対応 年末調整の要否判断＆書類記載ガイド

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休業もしくは休職中の従業員は年末調整が必要？

会社は従業員へその年の最後の給与を支払う際、年末調整を行わなければなりません。対象外になる従業員もいますが、基本的にすべての従業員について年末調整を行う必要があります。

年末調整についてはこちらを参照してください。

確定申告の基礎知識｜マネーフォワード クラウド会計...

年末調整とは？確定申告との違いも徹底解説 | マネーフォワード クラウド

会社員は納税という行為を会社が行ってくれるため、あまり意識することはないですが、条件によっては自身で確定申告を行うことで、払いすぎた税金が戻ってくることもあります。年末調整の仕組み、確定申告のやり方を理解して、納税している意識を持ちましょう。

休業もしくは休職中の従業員の年末調整については、以下の基準に従って判断します

基本的には年末調整が必要

年末調整は、正しい所得税納付に欠かせない、大切な計算・手続きです。毎月の給料から控除している所得税の合計額を、所得税額に合致させるために行います。社会保険料の支払金額、扶養親族の人数・状況などから従業員のその年の所得税額を正確に計算し、毎月の給料における所得税控除の合計額が多い場合は還付し、少ない場合は控除額を増やして金額を合わせます。

毎月給料からの所得税控除額と正確な所得税額との差は、休業中であるか・ないかに関係なく生じます。そのため会社は、休業者に対しても生じている差額をなくすための年末調整を行う必要があります。労災による病気やケガで休業中の従業員、私傷病での療養で休職中の従業員、年末調整の必要性はどちらに対しても変わりません。また育児休業中や介護休業中の従業員に対しても年末調整は必要とされています。

休職中の年末調整の例外

休業中でも年末調整は行う必要がありますが、例外的に以下のような場合は不要になります。

• 給料が2,000万円以上になる場合
• 年内に転職により入社し、前の会社の源泉徴収票を提出していない場合
• 2カ所以上の会社で働いて、主たる給与としていない場合

また期日内に扶養異動申告書などの年末調整に必要な書類が送られて来なかった場合も、年末調整対象外として取り扱うことが認められています。

無給休職中の従業員の年末調整と源泉徴収票

休職中の従業員であっても年末調整のやり方自体は、他の従業員と変わることはありません。しかし、無給休職中で従業員が収入なしになっている場合の年末調整には、注意しなければならないポイントがいくつかあります。源泉徴収票へ記載する際も間違えないように、十分な確認が必要です。

休職で無給の従業員の年末調整のやり方

休職の原因となっている病気やケガが業務上または通勤途中によるものである場合、労災保険から３日間の待期期間後、４日目以降に休業補償給付または休業給付が支給されますが、いずれも所得税は課税されません。

業務災害の場合は、３日間の待期期間中、会社から労働基準法上の休業補償が支払われますが、同じく所得税はかかりません。また、会社が業務災害の損害賠償として労災保険に上乗せして補償した場合も、同様に所得税非課税で取り扱います。

業務上・通勤途中以外の病気やケガによる休業の場合には、健康保険から傷病手当金が支給され、これも所得税は非課税です。

一方、会社都合で従業員を休業させた場合に支払う休業手当は給与として扱われるため、所得税が課税されます。ただし、法律の定めを越えて会社が独自に支給を行った金額については慰謝料の意味と捉えられ、前段の給付のように所得税課税は行われません。

特に無給休業中の従業員の年末調整では、社会保険料の取り扱いに注意する必要があります。産休中・育休中は社会保険料の支払いが免除されますが、それ以外の休業中は社会保険料を支払わなくてはなりません。無給で収入なしであっても会社が立て替えるなどして、支払いが行われます。本人からの徴収ができずに会社が代わりに支払っている場合でも、年末調整では本人の社会保険料控除として控除額計算に入れなくてはならず、立替金の精算は別に考えることが必要です。

源泉徴収票への記載内容

源泉徴収票は従業員の給料から会社が源泉徴収した所得税額を記載する書類です。無給休職中の従業員に給与所得はなく、会社による源泉徴収もありません。このような場合、源泉徴収票には源泉徴収した金額を「0円」として、社会保険料の金額とともに記載します。

源泉徴収額が0円でも源泉徴収票を発行する理由として、まず従業員の確定申告に必要であるということが挙げられます。例えば無給休職中の従業員が、病気やケガの治療・療養中で相応の医療費を支払っている場合、確定申告を行って医療費控除を受けるために、源泉徴収票が必要になります。これを想定し、会社としては発行依頼を受ける前に準備しておくことで、スムーズな対応が可能になります。

2つ目の理由として、源泉徴収額0円でも源泉徴収票を作成することによって、年末調整を行ったという証拠が残ることが挙げられます。源泉徴収票がないと来年以降、無給休職中の従業員について年末調整を行ったかどうかが不明になる可能性があります。特に担当者が変わった場合などに問題となり、確認のために再び年末調整を行うことになる場合もあります。無意味のようでも源泉徴収額0円の源泉徴収票作成には、このような事態を防ぐ効果があるのです。

休職中の従業員について年末調整を忘れず行おう

会社には休職中の従業員に対しても、ほかの従業員と同じように年末調整をする義務があります。正確な所得税納税のため、責任を持って正しく行わなければなりません。

休職中従業員の年末調整では、特に無給で収入なしの場合に気をつける必要があります。労災保険から支払われる休業補償給付や休業給付は所得税非課税のため、年末調整には含めません。同じく会社からの休業補償、健康保険から支払われる傷病手当金も所得税は非課税になります。社会保険料の取り扱いや源泉徴収票への記載すべき内容も間違えないように注意しましょう。

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よくある質問

休職中の従業員について年末調整は必要ですか？

休職中の従業員でも会社の年末調整の対象に含まれます。 詳しくはこちらをご覧ください。

無給で休職している従業員は年末調整の対象ですか？

会社は無休休職中の従業員に対しても年末調整を行う必要があります。 詳しくはこちらをご覧ください。

• 監修：坪 義生（社会保険労務士）

  明治大学政治経済学部政治学科卒業、千葉大学大学院社会科学研究科修士課程修了（経済学）、学部在学中に宅建、行政書士、社会保険労務士試験に合格。その後、社会保険診療報酬支払基金、衆議院議員秘書、㈱矢野経済研究所、等を経て、91年、じんじ労務経営研究所を開設。船橋労働基準監督署の労働相談員として、約2年間委嘱。現在、じんじ労務経営研究所代表（社会保険労務士登録）、労働保険事務組合 鎌ヶ谷経営労務管理協会会長、清和大学法学部非常勤講師、「月刊人事マネジメント」（㈱ビジネスパブリッシング）取材記者。企業のトップ・人事担当者を中心に人事制度を取材・執筆するほか、自治体管理職研修の講師など広範に活動。著書に『社会保険・労働保険の実務　疑問解決マニュアル』(三修社)、『管理者のための労務管理のしくみと実務マニュアル』（三修社）、『リーダー部課長のための最新ビジネス法律常識ハンドブック』（日本実業出版社、共著）などがある。