- 更新日 : 2025年9月2日
年末調整の手続きが期限に間に合わないときはどうする？対応方法を解説
年末調整に間に合わないと、所得税を多く徴収されていた場合でも還付を受けることができません。個人で確定申告を行うか勤務先に連絡するかのどちらかの対応方法をとることで、払い過ぎ分を取り戻すことができます。納付額が不足している場合に年末調整も確定申告もしないと、延滞税や無申告加算税といった罰則が科せられる場合があるので注意する必要があります。今回は、年末調整の手続きが期限に間に合わなかった場合の対処方法などを解説します。
目次
年末調整に間に合わないときの対応方法は？
会社員は、年末調整を行ってはじめてその年に支払われた給与に対して正確な所得税額を納付することができます。源泉所得税は、毎月の給与から差し引かれているものの、この天引き額はあくまで概算によるものであるため、1年間分を合計しても正しい所得税額にはなりません。還付や追加徴収によって過不足額を精算し、正確な金額とすることが必要で、これら一連の手続きのことを年末調整と言います。
年末調整の詳細については、以下の記事を参考にしてください。
所得税は未納付にならないよう、また何かと出費がかさむ年末に追加徴収ではなく還付となるように、毎月の給料からは多めに差し引かれています。還付を受けるため、また毎月の差引額の合計が不足となった場合には追加徴収を行うために、年末調整をきちんと行う必要がありますが、間に合わない場合には以下のような方法で対応することができます。
個人で確定申告を行う
年末調整に間に合わない場合にとるべきひとつ目の方法は、個人で確定申告をする、というものです。
確定申告は会社で行う年末調整の対象者とはならない自営業者などが行う、所得税の計算・納付のための手続きです。また会社で年末調整を行っていても医療費控除を受けたり、マイホームを購入した年に最初の住宅ローン控除を受けたりする際に必要です。年末調整に間に合わない場合に、年末調整の代わりとすることもできます。
確定申告は毎年同じ時期に行われ、実施期間は2月16日から3月15日までの1カ月間です。土・日曜日にあたる場合は、次の月曜日になります。税務署や設置される特別会場で手続きするほか、郵送やインターネットで申告を行うことができます。
勤務先に相談する
年末調整に間に合わない場合にとることができるふたつ目の方法は、勤務先に相談する、というものです。
勤務先である会社は従業員一人ひとりに対して行った年末調整について取りまとめて、管轄の税務署に対して所得税の納付や必要書類の提出を行います。従業員全員の申告書について不備がないか確認しながら正確な所得税計算や還付・追加徴収作業を行わなければならないことから、通常は従業員からの申告書類を集める期限を早めに設定しています。
会社からあらかじめ指示されていた提出期限を多少過ぎてしまっていても対応できる可能性は高く、年末調整に間に合わないと勝手に諦めてしまわずに勤務先に相談するようにしましょう。12月支給分の給与計算が始まる前であれば、大抵のことは勤務先に対応してもらえます。
また会社が年末調整の結果をもとに税務署へ所得税を納付する期限は1月10日、法定調書や住民税関連の必要書類を提出する期限は1月末日です。この日までならば年末調整に間に合わなかったとしても勤務先に連絡すれば、多くのケースが対応できます。12月支給分の給与計算に間に合わなかったとしても、1月給与で年末調整をやり直せることも可能になっています。
年末調整の手続きが間に合わなかった場合、罰則はある？
定められていた提出期限までに書類を提出しなかったなど、会社員が勤務先で行う年末調整に間に合わない場合でも、罰則はありません。従業員が年末調整に間に合わない理由にはうっかり忘れていた、長期の休業で出社しなかった、添付書類が準備できなかった、といったことが考えられます。いずれの場合でも年末調整が行われないだけで、罰則はありません。
ただし会社には、従業員の年末調整を行う義務があり、怠った場合は罰則が科せられます。
年末調整に間に合わず確定申告の手続きも怠った場合は？
会社員は年末調整に間に合わない場合でも、確定申告を行って代わりとすることができます。年末調整は12月に行われますが、確定申告の実施は翌年の2月16日から3月15日までです。年末調整が終わってからの準備でも十分に間に合わせることができます。
万が一確定申告にも間に合わなかった、あるいは怠ったとしても、所得税を多く払い過ぎていて還付が受けられる場合には罰則は科せられません。しかし、追加で納付する必要がある場合に確定申告をしないと、所得税法に違反する行為として延滞税や無申告加算税を納付しなければならない場合があります。
年末調整に遅れないようにあらかじめ必要書類を準備しておこう！
年末調整は所得税を正確に支払うために必要な手続きです。提出書類を期限までに会社に提出して、きちんと受けなければなりません。
年末調整の提出書類については、以下の記事を参考にしてください。
忘れていた、面倒くさいといった理由で行わないと、毎月の給料から多く徴収され過ぎていた場合でも還付を受けることができません。また徴収額が少ない場合に故意に年末調整を行わなかったと判断されると、罰則が課せられる可能性もあります。一緒に出す添付書類が準備できない、ということのないよう、しっかり準備しておきましょう。
よくある質問
年末調整に間に合わないときはどうすればよいですか？
勤務先に連絡するか、確定申告をします。詳しくはこちらをご覧ください。
年末調整の手続きが間に合わなかった場合、罰則等はありますか？
追加徴収が必要な場合に、違法行為とみなされると、延滞税や無申告加算税が科せられる可能性があります。詳しくはこちらをご覧ください。
※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。
人事労務の知識をさらに深めるなら
※本サイトは、法律的またはその他のアドバイスの提供を目的としたものではありません。当社は本サイトの記載内容（テンプレートを含む）の正確性、妥当性の確保に努めておりますが、ご利用にあたっては、個別の事情を適宜専門家にご相談いただくなど、ご自身の判断でご利用ください。
関連記事
iDeCoは年末調整で申告できる？年末調整や確定申告の書き方や手順を解説！
自分で将来の年金を積み立てていくiDeCo（個人型確定拠出年金）は、掛け金に応じて、所得税や住民税の控除を受けることができます。個人払込で掛け金を支払っている場合には、年末調整の際に支払額の申告が必要です。 iDeCoの申告が必要になるケー…
詳しくみる年末調整書類の記入例
年末調整に関する書類は記入項目がたくさんあるため、毎年記入している人も初めて記入する人も、なんとなく自信がないまま提出することになりがちです。 しかし年末調整書類の記入例があれば、苦手な書類作成をスムーズに行うことができます。今回は年末調整…
詳しくみる国民年金の追納分は年末調整が必要？いくら戻る？やり方を解説
免除や納付猶予を受けていた国民年金保険料について追納を行った場合には、所得税の計算において保険料控除が受けられます。年末調整の際に控除証明書を添付して保険料控除申告書を提出することで申告できます。控除は申告しないと受けられないため、きちんと…
詳しくみる年末調整と確定申告は両方必要？両者の違いから解説！
通常、勤め先から給与支払いを受けているサラリーマンは、会社が行う年末調整で所得税が精算されますが、副業での収入がある人や、医療費控除や寄付金控除などを申告する場合には、別途確定申告が必要です。 ここでは、年末調整と確定申告の違いを解説すると…
詳しくみる年末調整の計算方法とは？端数処理などの具体例も解説
年末調整では、さまざまな控除額の計算をしなければなりません。どのような計算順序で進めていけばよいのでしょうか？この記事では、年末調整に必要な各種申告書を示すとともに、配偶者特別控除、社会保険料控除、生命保険料控除、地震保険料控除、扶養控除な…
詳しくみる年末調整は自分でできる？できない？
年末調整は基本的に会社が実施してくれるため、意識されない方も多いのではないでしょうか。確定申告とは異なり、会社員が年末調整で行わなければならないケースは多くはありません。では、年末調整は確定申告のように、自分で行うことはできるのでしょうか。…
詳しくみる