更新日 : 2025年9月22日

年末調整を自動化するには？国税庁の無料ソフトやアプリでのやり方を解説

毎年、多くの担当者を悩ませる年末調整。膨大な書類の配布や回収、複雑な控除額の計算、度重なる修正依頼など、その業務は多岐にわたり、大きな負担となりがちです。

この記事では、年末調整を自動化するための具体的な方法を解説します。国税庁が提供する無料ソフトの活用法から、Webやスマートフォンを利用したネット申請の手順、さらにはe-Taxとの連携まで、担当者の負担を軽くする方法を理解しましょう。

年末調整の自動化が求められる理由
年末調整を自動化する具体的な方法
e-Tax（eLTAX）と連携すればさらなる効率化が可能に
年末調整の自動化に失敗しないための注意点
最適なシステムで年末調整の自動化を実現しましょう

年末調整の自動化が求められる理由

年末調整業務の自動化は、単に作業が楽になるだけでなく、企業と従業員の双方に大きなメリットをもたらします。

煩雑な手作業の削減

申告書の配布・回収、記載内容のチェック、控除額の検算、給与システムへの入力といった一連の作業は、担当者に大きな時間的、精神的負担をかけます。自動化システムを導入することで、これらの手作業が大幅に減り、担当者は問い合わせ対応や本来注力すべきコア業務に時間を使えるようになります。

法改正への迅速な対応

年末調整に関連する法令は頻繁に改正されます。信頼できるシステムを導入すれば、最新の法令へ自動でアップデート対応するため、担当者が自ら情報を追いかける必要がありません。これにより、法改正の見落としによる申告誤りのリスクを未然に防ぎ、コンプライアンスを強化できます。

計算ミスの防止

システムが控除額などを自動で計算するため、人為的な計算ミスを防ぎ、正確な申告を実現します。担当者は複雑な計算ロジックを都度確認する必要がなくなり、検算や修正対応に費やしていた時間を大幅に削減できます。

ペーパーレス化の実現

申告書や証明書類を電子データでやり取りすることで、紙代や印刷代、郵送費、保管スペースといった物理的なコストを削減できます。さらに、アクセス制限や暗号化が施されたシステムで情報を管理するため、書類の紛失や盗難といったセキュリティリスクを低減させることが可能です。

年末調整を自動化する具体的な方法

年末調整の自動化を実現するには、いくつかの方法があります。企業の規模や状況に合わせて、最適な手段を選ぶことが重要です。ここでは、代表的な3つの方法を紹介します。

1. 年末調整ソフト（給与計算ソフト）の活用

年末調整に特化したソフトウェアや、年末調整機能を含む給与計算ソフトがあります。これらの多くはクラウド型で提供され、従業員からの申告データ収集、計算、進捗管理までを一元的に行えます。導入コストは発生しますが、手厚いサポートや他システムとの連携機能が充実している点が特長です。

2. 国税庁の年末調整控除申告書作成用ソフトウェア

国税庁は、無料で利用できる「年末調整控除申告書作成用ソフトウェア（年調ソフト）」を提供しています。従業員がこのソフトを使って控除申告書データを作成し、企業に提出することで、担当者はそのデータを給与システムに取り込みます。コストをかけずに電子化を始められる第一歩となります。

参考：年末調整手続の電子化に向けた取組について｜国税庁

ソフトウェアのダウンロード
国税庁のウェブサイトにあるダウンロードページから、誰でも無料でソフトウェアを入手できます。Windows版、Mac版、そしてスマートフォン版（Android/iOS）が用意されています。ページの案内に従い、お使いのデバイスにインストールすれば準備は完了です。
マイナポータル連携で控除証明書を自動入力
このソフトや国税庁の年末調整アプリは、マイナポータル経由で取得した控除証明書データを読み込み、申告書に自動反映させることが可能です。これにより、従業員の手入力の手間とミスを減らせます。
作成したデータの提出
従業員は作成した電子データをメールなどで勤務先に提出します。企業側は、そのデータを給与計算ソフトなどに取り込むことで、後の計算作業を効率化できます。

3. Webやスマホアプリを利用した申告

多くの年末調整システムは、Webブラウザや専用のスマートフォンアプリを通じて従業員が申告情報を入力できる仕組みを備えています。これにより、従業員は場所や時間を選ばず、手軽に申告作業を完了できます。特に若い世代の従業員にとっては直感的で分かりやすい方法です。

Webブラウザからの入力手順

基本的な流れとして、まず企業から案内されたURLにアクセスし、ログインします。その後、画面の案内に従って、扶養家族の情報や保険料の支払額などを入力していきます。生命保険料控除証明書などの書類は、スマートフォンで撮影した画像やPDFデータをアップロードするだけで提出が完了します。これが、年末調整のWeb入力の基本的なやり方です。

スマホアプリでの申請手順

スマートフォンを利用する場合、専用アプリをダウンロードするか、スマホ対応のWebサイトにアクセスします。質問に答えていくだけで申告が完了する対話形式のインターフェースが多く、PC操作が苦手な従業員でも簡単です。スマホでのやり方を社内で周知することで、提出率の向上が期待できます。

ネット申請で準備するもの

従業員が個人でネット申請を行うには、マイナンバーカードや保険会社から送られてくる控除証明書データ（電子データ）などが必要です。特にマイナポータルと連携することで、各種証明書データを一括で取得し、自動入力できるため大変便利です。この利便性を従業員に伝えることが、自動化推進の助けとなります。

e-Tax（eLTAX）と連携すればさらなる効率化が可能に

年末調整の自動化をさらに高いレベルで実現するためには、e-Tax（eLTAX）との連携が欠かせません。これにより、データの収集から行政への提出まで、一貫したデジタル化が可能になります。

企業は、従業員から集めた年末調整の電子データを給与システムに取り込み、年税額を計算します。その後、源泉徴収票や給与支払報告書といった法定調書を作成し、e-Tax（eLTAX）を利用して税務署や各市区町村へ電子申告します。これにより、印刷・郵送の手間とコストを無くすことができます。

参考：e-Tax

年末調整の自動化に失敗しないための注意点

年末調整の自動化は多くのメリットをもたらしますが、システムの導入を成功させるためには、いくつかの注意点があります。事前の準備を怠ると、かえって業務が混乱する可能性もあります。

自社の規模や課題に合ったシステムを選ぶ

年末調整システムは、機能や価格帯が様々です。従業員数が少ない企業であればシンプルな機能のもので十分ですが、複雑な給与体系を持つ大企業の場合は、より高機能なシステムが必要になります。自社の規模やニーズを明確にし、複数のシステムを比較検討することが重要です。

導入・運用コストと費用対効果を見極める

システムの導入には、初期費用や月額利用料が発生します。自動化によって削減できる人件費や印刷コストと比較し、費用対効果を慎重に見極める必要があります。無料トライアル期間などを活用して、実際の使い勝手を確認した上で、本格導入を決定すると良いでしょう。

従業員への周知とサポート体制を整える

新しいシステムを導入する際は、従業員への事前説明が不可欠です。操作マニュアルの配布や説明会の開催など、従業員がスムーズに利用開始できるようなサポート体制を整えましょう。特にデジタルツールに不慣れな従業員への配慮を忘れないことが、円滑な移行のポイントです。

最適なシステムで年末調整の自動化を実現しましょう

年末調整の自動化は、もはや一部の企業だけのものではなく、あらゆる規模の企業にとって現実的な業務改善策です。紙に頼った従来の方法から脱却し、デジタルツールを活用することで、担当者の負担は劇的に軽くなり、計算ミスといったヒューマンエラーも防止できます。

国税庁の無料ソフトから始める小規模な電子化、Webやスマホアプリを活用した全社的な効率化、そしてe-Tax（eLTAX）連携による完全ペーパーレス化まで、その選択肢は多岐にわたります。2025年の年末調整こそ、自社に最適な自動化の方法を見つけ出し、業務の正確性と生産性を飛躍的に向上させる絶好の機会です。この記事で紹介した情報を参考に、人事労務のDXに向けた第一歩を踏み出してください。

※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。

監修：涌井好文（社会保険労務士）
平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。