更新日 : 2025年11月4日

【チェックリスト付】年末調整のダブルチェックとは？やり方やミスを防ぐ方法

監修：松本幸一（社会保険労務士）

年末調整の正確性を高めるには、担当者一人だけでなく、別の人による「ダブルチェック」がとても効果的です。このひと手間を加えることで、所得税の計算ミスや、後から税金を追加で支払うといったトラブルを未然に防げます。

人事や経理の担当者の方は、年末の忙しい時期に山のような書類を前に「扶養家族の申告が間違っていないか」「保険料の計算は合っているか」など、ヒューマンエラーへの不安を感じていないでしょうか。

この記事では、年末調整で起こりがちなミスを防ぐための、効果的なダブルチェックのやり方から、万が一間違えてしまったときの対処法まで、わかりやすく解説します。

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年末調整のダブルチェックはなぜ必要？
- ダブルチェックで防げる代表的なミス
- チェックを怠った場合のリスクとは
年末調整で発生しやすい間違いの具体例
紙やExcelで行うダブルチェックの進め方
システムを活用した年末調整のダブルチェックの進め方
ダブルチェックとトリプルチェックの違いは？
- ダブルチェックとは？
- トリプルチェックとは？
年末調整の間違いに気づいたらどうなる？
人とシステムのダブルチェック年末調整のミスを防ぐ

年末調整のダブルチェックはなぜ必要？

年末調整のダブルチェックは、計算ミスや申告漏れを防いで、正しい所得税額を計算するために欠かせない作業です。担当者一人の確認だけでは、どうしても見落としや「こうだろう」という思い込みによるヒューマンエラーにつながります。それが、後々の追徴課税や延滞税といったペナルティにつながってしまうかもしれません。

二人以上の目で確認することで、ぐっと客観性が増し、間違いを見つけやすくなります。これは、会社が法律を守り、税務調査のリスクを減らすだけでなく、従業員からの信頼を守ることにもつながる大切なひと手間なのです。

ダブルチェックで防げる代表的なミス

ダブルチェック体制をきちんと作っておけば、年末調整でよくある多くのミスを防ぐことができます。例えば、従業員から提出された申告書の記入漏れや添付書類の不足、担当者が給与システムへ入力する際の金額の打ち間違いなどです。

例えば、扶養控除申告書における扶養親族の所得要件の見落としや、保険料控除申告書に記載された金額と証明書の金額の相違などは、典型的なヒューマンエラーといえるでしょう。これらのミスは、担当者一人だけの確認では気づきにくい場合も少なくありません。

参照：No.2665 年末調整の対象となる人｜国税庁

チェックを怠った場合のリスクとは

もしダブルチェックをせず、間違いに気づかないまま手続きを進めてしまうと、会社と従業員の双方にさまざまなリスクが生じます。

税金のリスク
所得税の納付額が本来より少なかった場合、税務署から不足分の追徴課税と、ペナルティとして過少申告加算税や延滞税が課されることがあります。
信頼関係のリスク
納税額の不足を後から従業員に追加で徴収する必要が出たり、逆に還付が遅れたりすると、会社の管理体制への不信感につながります。
手間が増えるリスク
誤りが発覚した場合、会社は年末調整のやり直しや法定調書の再提出、従業員は確定申告による修正など、追加の事務手続きが必要になります。

こうした事態を避けるためにも、手間を惜しまずにしっかりとしたチェック体制を作ることが、最終的には会社全体を守ることにつながります。

この記事をお読みの方におすすめのガイド4選

続いてこちらのセクションでは、この記事をお読みの方によく活用いただいている人気の資料・ガイドを簡単に紹介します。すべて無料ですので、ぜひお気軽にご活用ください。

※記事の内容は、この後のセクションでも続きますのでぜひ併せてご覧ください。

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年末調整で発生しやすい間違いの具体例

年末調整のミスは、特定の誰かの責任というより、複雑なルールや忙しいスケジュールの中で起こりがちです。特に間違いやすいポイントを、書類や作業ごとに見ていきましょう。

「扶養控除等（異動）申告書」の不備

扶養控除等（異動）申告書は、控除額を決定する基礎となるため、特に慎重な確認が必要です。

① 扶養親族の所得要件の勘違い

一番多い間違いが、扶養に入れる家族の所得要件です。特にパートなど収入のある配偶者を対象とする「配偶者控除」の収入上限が、2025年分の所得から103万円から123万円に変更となりました。つまり、配偶者の給与収入が123万円（年間所得58万円以下）までであれば、扶養者は配偶者控除を受けられ、配偶者本人にも原則として所得税はかからなくなります。

② 親や子供など、扶養親族の増減申告漏れ

年の途中で扶養親族の状況が変わったにもかかわらず、申告書に反映されていないケースです。

扶養親族が増えた場合（子の出生など）
年の途中で子供が生まれた場合、その年から申告が必要です。16歳未満のため所得税の控除はありませんが、翌年度の住民税の非課税限度額の計算人数に含まれます。
扶養親族が減った場合（子の就職・親族の死亡など）
子供が就職して給与収入が123万円を超えた（合計所得金額が58万円を超えた）場合、扶養控除の対象外となります。
扶養していた親族が年の中途で亡くなった場合でも、その年については扶養控除の対象となります。誤って扶養から外さないよう注意が必要です。

③ 年齢区分と控除額の確認漏れ

扶養控除額は、扶養親族の年齢や同居の有無で変わります。

19歳～23歳未満の子供（特定扶養親族）：
控除額は63万円です。生年月日をしっかり確認しましょう。
70歳以上の親（老人扶養親族）：
- 同居している場合：控除額 58万円
- 同居していない場合：控除額 48万円
  同居の有無で控除額が10万円も変わるため、住所の確認も重要です。

④ 夫婦で同じ子供を扶養に入れてしまう

共働きの夫婦が、お互いに同じ子供を扶養親族として申告してしまうケースです。扶養に入れるのは、どちらか一人だけです。

参照：令和７年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について｜国税庁
参照：各種申告書・記載例（扶養控除等申告書など）｜国税庁

「保険料控除申告書」や「住宅ローン控除」の確認漏れ

証明書の添付が必要な手続きは、書類の現物と申告書の数字を見比べる地道な作業が欠かせません。

保険料の証明書と申告額が違う
生命保険や地震保険の控除には、保険会社から送られてくる「控除証明書」が必要です。申告書に書かれた金額と証明書の金額が一致しているか、必ず確認しましょう。
住宅ローン控除の計算ミス
2年目以降の住宅ローン控除は年末調整でできますが、金融機関の「年末残高等証明書」が必要です。申告された控除額が、証明書の残高にもとづいて正しく計算されているか、会社側でも確かめておくと安心です。

給与システムへの入力・計算ミス

申告書の内容が完璧でも、それを処理する会社側でミスが起こることもあります。

単純な打ち間違い（転記ミス）
申告書の数字を給与システムへ手入力する際に起こるミスです。扶養家族の人数や保険料の金額など、一桁間違うだけで税額は大きく変わってしまいます。
中途入社した人の前職分を合算し忘れる
年の途中で入社した社員がいる場合、前の会社の源泉徴収票をもらい、その給与額などを合算して年末調整をします。この作業を忘れると、正しい税額計算ができません。

紙やExcelで行うダブルチェックの進め方

紙の申告書やExcelシートを使って年末調整を行う場合、人の目に頼る作業が多くなるため、手順を明確にルール化することがミスの防止につながります。

STEP1：チェックリストの作成

まず、誰がチェックしても同じ品質を保てるように、標準化されたチェックリストを作成します。これまでのミス事例などを参考に、自社の状況に合わせて具体的な項目に落とし込むのがポイントです。

【チェックリストの項目例】

従業員情報：
氏名、住所に変更はないか。マイナンバーは正しく登録されているか。
扶養控除申告書：
扶養親族の所得要件は満たしているか。重複扶養はないか。年齢区分（19歳～23歳未満など）は正しいか。
保険料控除申告書：
証明書はすべて添付されているか。申告額と証明額は一致しているか。
住宅ローン控除：
残高証明書は添付されているか。
転記・計算：
申告書の各控除額がExcelシートへ正しく転記されているか。計算式は正しいか。

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STEP2：一次チェック（担当者自身による確認）

次に、年末調整の主担当者が、作成したチェックリストに沿って一通りの確認作業を行います。申告書と証明書を一つひとつ突き合わせ、記入漏れや計算ミス、添付書類の不備などを洗い出します。ここで見つかった不備は、修正したり従業員へ差し戻して確認を依頼したりします。

STEP3：二次チェック（別の担当者による確認）

主担当者とは別の担当者が、同じチェックリストを使って再度すべての項目を確認します。一次チェックで見落とした点や、担当者の思い込みによる誤りを、異なる視点から発見することがダブルチェックの目的です。より客観的な視点で確認しましょう。

STEP4：修正・フィードバック

チェックの過程でミスが見つかった場合、それを単に修正して終わりにするのではなく、「なぜこのミスが起きたのか」を分析し、来年に活かすことが重要です。例えば、特定の項目で従業員の記入ミスが多発しているなら、翌年は申告書の配布時にわかりやすい記入例を添付するなどの改善につなげましょう。

システムを活用した年末調整のダブルチェックの進め方

年末調整のクラウドサービスなどを活用すると、人とシステムの役割分担により、チェック作業の精度と効率を向上させることができます。手作業で起こりがちな転記ミスや計算ミスを、根本から防げるのが最大のメリットです。

STEP1：従業員による情報入力と証明書のアップロード

まず、従業員本人がスマートフォンやPCから、システムに直接情報を入力します。保険料の控除証明書なども、紙で回収する代わりに写真データをアップロードしてもらう形が一般的です。この時点で、紙からシステムへの転記作業そのものが不要になります。

STEP2：システムによる自動一次チェック

従業員が入力した情報は、システムが自動で一次チェックを行います。人の目では見落としがちな矛盾点やルール違反を検知します。

【システムの自動チェック例】

上限額チェック：入力された保険料の控除額が、法律上の上限を超えている場合に警告を出す。
整合性チェック：扶養親族の生年月日から、控除の種類（特定扶養など）を自動で判定し、間違いがあれば知らせる。
添付漏れチェック：保険料の金額が入力されているのに、証明書のデータがアップロードされていない場合にエラーを出す。
前年比較チェック：前年まで扶養に入っていた親族が申告されていないなど、大きな変更点があった場合に注意を促す。

STEP3：担当者による二次チェック

システムによる一次チェックが終わった後、担当者が内容を確認します。このとき、ゼロからすべてを確認する必要はありません。システムがアラートを出した箇所や、特に注意が必要な従業員に絞って重点的に確認すればよいため、作業時間を大幅に短縮できます。

STEP4：システム上での修正依頼と確定

もし不備が見つかった場合は、システム上で従業員に直接差し戻し、修正を依頼します。修正が完了し、担当者が最終的な承認を行えば、そのデータをもとに年税額が自動で計算され、年末調整の確認作業が完了します。

ダブルチェックとトリプルチェックの違いは？

チェック体制には、二人で確認するダブルチェックの他に、三人で確認するトリプルチェックもあります。それぞれの特徴を知り、自社に合った方法を選びましょう。

ダブルチェックとは？

ダブルチェックは、一人の作業者（一次チェック者）が行った業務内容を、別の担当者（二次チェック者）が確認する手法です。二人体制で確認することで、一人作業に比べてミスの発見率が飛躍的に高まります。

ダブルチェックのメリット

少ない人数でできるので、コストを抑えやすい。
一人より客観的で、品質が上がる。

ダブルチェックの注意点

二次チェック者も見落としの可能性は残る。
お互いを信頼しすぎると、確認が甘くなることも。

トリプルチェックとは？

トリプルチェックは、ダブルチェックにさらにもう1人、3人目の確認者（三次チェック者）を加える手法です。特に、ミスが許されない極めて重要な業務や、巨額の金銭が関わる処理などで採用されます。

トリプルチェックのメリット

多角的な視点で確認するため、ミスの見逃しを極限まで減らせる。
より高い正確性と信頼性が求められる業務に対応できる。

トリプルチェックの注意点

3人分の工数がかかるため、時間と人件費のコストが増大する。
業務のスピードが低下する可能性がある。

年末調整業務において、全ての従業員に対してトリプルチェックを行うのは非効率的かもしれませんが、例えば役員や、住宅ローン控除・扶養親族の変動など、計算が複雑な従業員に限定してトリプルチェックを実施するといった、メリハリのある運用は有効です。

年末調整の間違いに気づいたらどうなる？

どれだけ入念にチェックしても、後から間違いが発覚することはありえます。気づいたタイミングによって対処法が異なりますので、適切な手続きを取りましょう。

1月末（書類提出前）までに気づいた場合

会社が税務署などに書類を提出する前であれば、社内で対応できます。この期間内であれば、会社側で年末調整の再計算が可能です。正しい税額を算出し直し、給与システム上のデータを修正します。1月の給与支給時に、前年12月分の差額を精算（追加徴収または還付）し、従業員には修正後の正しい源泉徴収票を発行します。

源泉徴収票を渡した後～確定申告期間中に気づいた場合

従業員に源泉徴収票を渡してしまった後は、会社で年末調整をやり直すことはできません。この場合、会社は修正した正しい源泉徴収票を再発行し、従業員に渡します。そして、従業員本人が確定申告をして、税金の調整をする必要があります。
会社の担当者は、従業員がスムーズに確定申告できるよう、サポートすることが大切です。

確定申告後に気づいた場合（修正申告・更正の請求）

確定申告の期間（通常は翌年3月15日まで）も過ぎてから間違いに気づいた場合も、従業員本人が手続きをします。

修正申告：本来納めるべき税額より少なかった場合に、正しい税額に訂正するための手続きです。税務署に「申告書第一表、第二表」などを提出し、不足していた税額を納付します。e-Tax（国税電子申告・納税システム）を使えばオンラインでの申告も可能です。
更正の請求：逆に、税金を多く払い過ぎていた場合に、還付を求めるための手続きです。法定申告期限から5年以内に行うことができます。

参照：【確定申告・還付申告】｜国税庁

会社のミスが原因で過年度に遡る場合

もし、会社の計算ミスなどが原因で、過去の年度（過年度）の年末調整に誤りがあったことが判明した場合、会社は速やかに対応しなくてはなりません。

まず、影響を受ける従業員に事情を説明し、謝罪します。そのうえで、正しい源泉徴収票を再発行し、不足額を従業員から徴収のうえ納付する必要があります。現年度のように従業員の確定申告では対応できないため注意が必要です。。また、税務署から指摘を受ける前に、会社側から自主的に修正内容を報告することが、信頼を損なわないための重要な対応といえるでしょう。