更新日 : 2025年2月21日

フレックスタイム制の残業とは｜考え方や計算方法の基本を解説

フレックスタイム制の残業では、日々の労働時間ではなく、清算期間内の総労働時間を基準に残業を判断する点が特徴です。労働者が柔軟な働き方を実現できる一方で、計算方法や基準がわかりにくいと感じる場面も少なくありません。

本記事では、フレックスタイム制の残業に関する基本的なルールや計算方法について解説します。

残業（時間外労働）とは法定労働時間を超えた労働
- フレックスタイム制の残業は「法定労働時間の総枠」を超えた労働
フレックスタイム制での残業時間の計算方法
- 清算期間が1ヶ月以内の場合
- 清算期間が1ヶ月を超える場合
フレックスタイム制の基本ルール
フレックスタイム制で残業が違法になるケース
企業側におけるフレックスタイム制のメリット
- フレックスタイム制は残業代の支払いが減る可能性がある
- 人材を確保しやすくなる
フレックスタイム制と残業の関係を正しく理解しよう

残業（時間外労働）とは法定労働時間を超えた労働

法律で定められた「法定労働時間」を超えた労働時間を「残業（時間外労働）」といいます。固定時間制では、1日8時間以内、または週40時間以内が法定労働時間です。

残業には、次の2種類があります。

種類	定義	割増賃金の必要性
法定時間内残業	会社が定めた所定労働時間を超えても、法定労働時間内で働く場合	支払い義務なし
法定時間外残業	法定労働時間（1日8時間、週40時間）を超えて働く場合	25%以上の割増賃金を支払う義務あり

たとえば、1日の所定労働時間が7時間の企業で1日8時間働いた場合、この1時間は法定時間内残業にあたります。一方、8時間を超えて働いた場合は、法定時間外残業として割増賃金が必要です。

所定労働時間については、以下の記事で詳しく解説しています。

所定労働時間とは？法定労働時間との違いやフレックスの場合

フレックスタイム制の残業は「法定労働時間の総枠」を超えた労働

フレックスタイム制では、日ごとや週ごとの労働時間ではなく「清算期間内の総労働時間」が残業の基準です。

清算期間内の労働時間が「法定労働時間の総枠」を超えた場合にだけ残業とみなされます。

法定労働時間の総枠は、以下の計算式で求められます。

1週間の法定労働時間（40時間） × （清算期間の暦日数 ÷ 7）

たとえば、清算期間が28日間の場合の計算式は、以下の通りです。

40時間 ×（28日 ÷ 7）＝160時間

この場合、清算期間内の実労働時間が180時間であれば、20時間が残業時間です。

ただし、清算期間が長い場合や、週平均労働時間を守る必要がある場合、さらに複雑なルールが適用されます。具体的な計算方法は次の章で解説します。

フレックスタイム制での残業時間の計算方法

フレックスタイム制では、清算期間ごとに残業時間の計算方法が異なります。以下では具体的な例を挙げながら、仕組みを解説します。

清算期間が1ヶ月以内の場合

清算期間が1ヶ月以内の場合「清算期間内の総労働時間」が「法定労働時間の総枠」を超えたときに残業が発生します。

たとえば、清算期間が28日間のうち実労働時間が170時間だった場合の計算式は以下の通りです。

法定労働時間の総枠	40時間 ×（ 28 ÷ 7） ₌ 160時間
実働朗時間	170時間
残業時間	170時間 – 160時間 = 10時間

この場合、10時間分が残業に該当し、事業主が労働者に対して割増賃金を支払う義務があります。

清算期間が1ヶ月を超える場合

清算期間が1ヶ月を超える場合、次の2つの基準を使って残業時間を計算します。

1ヶ月ごとの労働時間が、週平均50時間を超えていないか
清算期間全体の労働時間が、週平均40時間を超えていないか

以下に具体例を挙げて説明します。なお、今回は計算を簡略化するために、全ての暦日数を28日とした架空の月を例に挙げて解説しています。

【清算期間が3ヶ月（各月28日間）の場合】

期間（各月の暦日数）	実労働時間	（1）週平均50時間となる労働時間数 50時間 × （28日 ÷ 7）	（2）法定労働時間の総枠 40時間 × （84日 ÷ 7）
X月（28日）	208時間	200時間	ｰ
Y月（28日）	160時間
Z月（28日）	170時間
合計	538時間	ｰ	480時間

（1）各月の残業時間の計算

X月：208時間 – 200時間＝ 8時間

Y月：160時間 – 200時間＝ 0時間

Z月：170時間 – 200時間＝ 0時間

1ヶ月ごとの労働時間が週平均50時間を超えた場合は、各月の残業代が給与に反映されます。この場合、4月の実労働時間が週平均50時間を8時間超えているため、X月分の給与に8時間分の残業代を反映します。

（2）清算期間全体の残業時間の計算

3ヶ月の実労働時間	538時間
各月の残業時間の合計	8時間
残業時間	538時間 – 480時間 – 8時間 = 50時間

清算期間全体の労働時間（538時間）から、法定労働時間の総枠（480時間）と1ヶ月ごとの残業時間の合計（8時間）を差し引きます。この場合、50時間が清算期間全体の残業時間として扱われ、割増賃金を清算期間の最終月の給与に反映します。

フレックスタイム制の基本ルール

フレックスタイム制を導入するには法律で定められたルールを守る必要があります。

フレックスタイム制の概要について以下の記事で解説していますので、参考にしてみてください。

フレックスタイム制とは？メリット・デメリットや導入の注意点をわかりやすく解説！

フレックスタイム制の導入時に必要な要件

フレックスタイム制を導入するためには、次の2つの要件を満たさなければなりません。

1. 就業規則にフレックスタイム制を導入する旨を記載する

企業は就業規則にフレックスタイム制を採用することを明記します。

記載例

フレックスタイム制が適用される従業員の始業および終業の時間については、従業員の自主的決定に委ねるものとする。

2. 労使協定を締結し、以下の4つの事項を定める

なお、コアタイムやフレキシブルタイムを設ける場合には、その事項も定めなくてはなりません。また、清算期間が1ヶ月を超えるものである場合には、労使協定の有効期間を定めることも必要です。

対象となる労働者の範囲
清算期間の設定
清算期間内の総労働時間
標準となる1日の労働時間

出典：フレックスタイム制のわかりやすい解説＆導入の手引き｜厚生労働省

清算期間の設定方法

清算期間とは、従業員が労働時間を調整しながら働く期間を指します。平成31年4月の法改正により、清算期間の上限が1ヶ月から3ヶ月に延長されました。

清算期間を設定する際は、次の2点を必ず明確に決める必要があります。

項目	詳細
清算期間の期間の長さ	清算期間は、最長3ヶ月まで設定できます。期間の長さは労使間の協議に基づき決定します。
起算日の設定	清算期間の始まりの日（起算日）を決めます。

清算期間の例

清算期間を1ヶ月間とし、毎月1日を起算日とする

清算期間における総労働時間の設定方法

清算期間における総労働時間とは、従業員がその期間内で働くべき時間を指します。清算期間内での総労働時間は、以下の2つのルールを守って設定しなければなりません。

項目	詳細
清算期間全体の労働時間が週平均40時間を超えないこと	清算期間を通じて、週平均の労働時間が法定労働時間を超えないように設定します。
1ヶ月ごとの労働時間が週平均50時間を超えないこと	清算期間が長期の場合でも、1ヶ月ごとに労働時間が過剰にならないよう管理します。

これらの基準を超える場合、法定時間外労働として残業代が発生するため、総労働時間は法定労働時間の枠を超えないように設定する必要があります。

フレックスタイム制で残業が違法になるケース

フレックスタイム制では、残業に関するルールが明確に定められています。

フレックスタイム制は残業命令ができない

フレックスタイム制では、従業員が働く時間を柔軟に決められる仕組みのため、会社が残業を命じることはできません。

会社の繁忙期や会議などで残業が必要となった場合でも、従業員に残業を命じた場合は違法となります。一方で、会社が「月末までにこの業務を終わらせてほしい」といった期限を設定し、従業員が必要に応じて自主的に残業をする場合は問題ありません。

また、会社が従業員に時間外労働をさせるためには、フレックスタイム制に限らず「36協定」を締結する必要があります。この協定がない場合、時間外労働を命じること自体が法律違反です。

業務をスムーズに進めるためには、会社と従業員が話し合い、ルールを共有することが重要です。

フレックスタイム制の清算期間内でも残業時間は相殺できない

フレックスタイム制では、清算期間内で働きすぎた分は、時間外労働として扱い、残業代を支払う必要があります。一方で、清算期間内の労働時間が不足している場合、その不足分を翌月に繰り越すことは可能です。

たとえば、労使協定で定めた清算期間内の総労働時間が160時間で、実労働時間が150時間の場合、労働者は翌月に10時間の不足分を繰り越せます。しかし、同じ条件で170時間働いた場合、その10時間を翌月の労働時間と相殺することは法律で認められていません。この場合、10時間分の残業代を支払う必要があります。

さらに、不足分を繰り越した結果、翌月の労働時間が法定労働時間の総枠を超えた場合、超過分には残業代が発生します。

時間外労働の上限がある

フレックスタイム制でも、時間外労働には法律で上限が設けられています。上限を超えると違法となり、罰則の対象になります。

時間外労働の上限は以下の通りです。

月：45時間以内
年：360時間以内

上限を超えた場合、会社には「6ヶ月以下の懲役」または「30万円以下の罰金」といった罰則が科される可能性があります。ただし、臨時的な理由や特別な事情がある場合、労使間で「特別条項付き36協定」を締結すれば、上限を超えて労働することが可能です。

この特別条項を適用する場合でも、以下の制限を守る必要があります。

時間外労働：年720時間以内
時間外労働＋休日労働の合計：月に100時間未満、かつ2～6ヶ月の平均が80時間以内
月45時間超の時間外労働：年6ヶ月まで

このようにフレックスタイム制でも、時間外労働の上限を超えないようにするために、労働時間の管理を徹底する必要があります。

参考：“残業違反”に罰則！「時間外労働の上限規制」を解説

残業違反の罰則については、以下の記事で詳しく解説しています。

“残業違反”に罰則！「時間外労働の上限規制」を解説

適正な残業代が支払われていない

フレックスタイム制での時間外労働に対し、適正な残業代が支払われない場合は違法です。万が一、会社が残業代を支払わない場合、従業員は未払い分を請求する権利があります。

会社側には労働時間を正しく記録する義務が課されているため、労働時間の管理を適切に行いましょう。とくに、清算期間が1ヶ月を超える場合、残業時間の計算が複雑になるため注意が必要です。

企業側におけるフレックスタイム制のメリット

フレックスタイム制は、従業員に柔軟な働き方を提供できるだけでなく、企業にとっても多くの利点があります。

フレックスタイム制は残業代の支払いが減る可能性がある

フレックスタイム制では、清算期間内の総労働時間を基準に残業時間を判断するため、固定時間制に比べて残業代が削減できる場合があります。

固定時間制の場合、1日8時間または週40時間を超えた時点で残業代が発生します。しかし、フレックスタイム制では清算期間全体で法定労働時間を管理するため、1日や1週間で労働時間が超過しても、清算期間内で調整できれば残業代は発生しません。

たとえば、1日10時間働く日が数日続いても、清算期間内で他の日の労働時間を短くすれば、総労働時間を法定内に抑えることが可能です。この仕組みにより、企業は人件費の負担を抑えられる場合があります。

ただし、従業員の労働時間の調整は本人に委ねられるため、実際に残業代が削減できるかどうかは運用次第です。また、繁忙期が続いたり、業務の特性上調整が難しかったりする場合には、期待通りの効果が得られない可能性もあります。

人材を確保しやすくなる

フレックスタイム制は、ワークライフバランスを重視する人材にとって魅力的な制度です。小さな子どもを育てる親や、趣味を重視する人にとって働く時間を柔軟に調整できる点は大きなメリットであり、求職者からの関心を集めやすくなります。

また、柔軟な働き方ができる環境を整えることで、従業員が長く働きやすいと感じ、離職率の低下にもつながります。フレックスタイム制の導入によって家族との時間を確保できるようになり、従業員の満足度が向上した結果、優秀な人材が会社に定着しやすくなるケースもあるでしょう。

フレックスタイム制は、短期的な採用の強化だけでなく企業力の向上にもつながります。

フレックスタイム制と残業の関係を正しく理解しよう

フレックスタイム制を正しく運用すれば、企業と従業員の双方に多くのメリットがあります。しかし、フレックスタイム制の残業は固定時間制の残業時間と異なり、複雑な勤務管理が必要です。

複雑なフレックスタイム制の勤怠管理をスムーズに行うには、勤怠管理システムの活用もおすすめです。清算期間内の総労働時間や残業時間を自動で計算できるシステムを導入することで、人為的なミスを防ぎやすくなります。従業員の負担を軽減し、企業全体の効率を向上させるためにも、ツールの活用をぜひ検討してみてください。

※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。