• 更新日 : 2025年7月16日

フレックスタイム制の残業とは｜考え方や計算方法の基本を解説

フレックスタイム制の残業では、日々の労働時間ではなく、清算期間内の総労働時間を基準に残業を判断する点が特徴です。労働者が柔軟な働き方を実現できる一方で、計算方法や基準がわかりにくいと感じる場面も少なくありません。

本記事では、フレックスタイム制の残業に関する基本的なルールや計算方法について解説します。

残業（時間外労働）とは法定労働時間を超えた労働

法律で定められた「法定労働時間」を超えた労働時間を「残業（時間外労働）」といいます。固定時間制では、1日8時間以内、または週40時間以内が法定労働時間です。

残業には、次の2種類があります。

たとえば、1日の所定労働時間が7時間の企業で1日8時間働いた場合、この1時間は法定時間内残業にあたります。一方、8時間を超えて働いた場合は、法定時間外残業として割増賃金が必要です。

所定労働時間については、以下の記事で詳しく解説しています。

所定労働時間とは？法定労働時間との違いやフレックスの場合

フレックスタイム制の残業は「法定労働時間の総枠」を超えた労働

フレックスタイム制では、日ごとや週ごとの労働時間ではなく「清算期間内の総労働時間」が残業の基準です。

清算期間内の労働時間が「法定労働時間の総枠」を超えた場合にだけ残業とみなされます。

法定労働時間の総枠は、以下の計算式で求められます。

たとえば、清算期間が28日間の場合の計算式は、以下の通りです。

この場合、清算期間内の実労働時間が180時間であれば、20時間が残業時間です。

ただし、清算期間が長い場合や、週平均労働時間を守る必要がある場合、さらに複雑なルールが適用されます。具体的な計算方法は次の章で解説します。

フレックスタイム制での残業時間の計算方法

フレックスタイム制では、清算期間ごとに残業時間の計算方法が異なります。以下では具体的な例を挙げながら、仕組みを解説します。

清算期間が1ヶ月以内の場合

清算期間が1ヶ月以内の場合「清算期間内の総労働時間」が「法定労働時間の総枠」を超えたときに残業が発生します。

たとえば、清算期間が28日間のうち実労働時間が170時間だった場合の計算式は以下の通りです。

この場合、10時間分が残業に該当し、事業主が労働者に対して割増賃金を支払う義務があります。

清算期間が1ヶ月を超える場合

清算期間が1ヶ月を超える場合、次の2つの基準を使って残業時間を計算します。

以下に具体例を挙げて説明します。なお、今回は計算を簡略化するために、全ての暦日数を28日とした架空の月を例に挙げて解説しています。

【清算期間が3ヶ月（各月28日間）の場合】

（1）各月の残業時間の計算

1ヶ月ごとの労働時間が週平均50時間を超えた場合は、各月の残業代が給与に反映されます。この場合、4月の実労働時間が週平均50時間を8時間超えているため、X月分の給与に8時間分の残業代を反映します。

（2）清算期間全体の残業時間の計算

清算期間全体の労働時間（538時間）から、法定労働時間の総枠（480時間）と1ヶ月ごとの残業時間の合計（8時間）を差し引きます。この場合、50時間が清算期間全体の残業時間として扱われ、割増賃金を清算期間の最終月の給与に反映します。

フレックスタイム制の基本ルール

フレックスタイム制を導入するには法律で定められたルールを守る必要があります。

フレックスタイム制の概要について以下の記事で解説していますので、参考にしてみてください。

フレックスタイム制とは？メリット・デメリットや導入の注意点をわかりやすく解説！

フレックスタイム制の導入時に必要な要件

フレックスタイム制を導入するためには、次の2つの要件を満たさなければなりません。

1. 就業規則にフレックスタイム制を導入する旨を記載する

企業は就業規則にフレックスタイム制を採用することを明記します。

記載例

2. 労使協定を締結し、以下の4つの事項を定める

なお、コアタイムやフレキシブルタイムを設ける場合には、その事項も定めなくてはなりません。また、清算期間が1ヶ月を超えるものである場合には、労使協定の有効期間を定めることも必要です。コアタイムやフレキシブルタイムを設ける場合は、それらについても定めなければなりません。

出典：フレックスタイム制 のわかりやすい解説 ＆ 導入の手引き｜厚生労働省

清算期間の設定方法

清算期間とは、従業員が労働時間を調整しながら働く期間を指します。平成31年4月の法改正により、清算期間の上限が1ヶ月から3ヶ月に延長されました。

清算期間を設定する際は、次の2点を必ず明確に決める必要があります。

清算期間の例

清算期間における総労働時間の設定方法

清算期間における総労働時間とは、従業員がその期間内で働くべき時間を指します。清算期間内での総労働時間は、以下の2つのルールを守って設定しなければなりません。

これらの基準を超える場合、法定時間外労働として残業代が発生するため、総労働時間は法定労働時間の枠を超えないように設定する必要があります。

フレックスタイム制でコアタイムを超えて働いたら残業になる？

前述のとおり、フレックスタイム制では、1日単位ではなく、清算期間（最長3ヶ月）を単位として、総労働時間の枠内で勤務時間を柔軟に調整できる仕組みになっています。このため、1日8時間を超えて働いたとしても、それが直ちに時間外労働（残業）として扱われるわけではありません。

残業が発生するのは、清算期間内における法定労働時間の総枠（例：月160時間）を超過した場合です。よって、ある特定の日に9時間働いても、そのぶん他の日を短くするなどして清算期間全体の総時間が上限内であれば、残業とはみなされません。

コアタイムを超える労働の扱いと判断ポイント

コアタイムとは、従業員が必ず勤務しなければならない時間帯（例：10時〜15時）を指しますが、この時間を超えて労働した場合でも、清算期間内の総労働時間に基づいて残業かどうかを判断します。つまり、コアタイムの前後で長時間勤務していたとしても、残業かどうかは清算期間の終了時点で決まるという点が特徴です。

ただし、1日あたりの労働時間が著しく長くなると、健康管理や安全配慮義務の観点から、企業側が制限を設けることもあります。フレキシブルタイム内で働ける時間の上限を定めておくなど、制度設計上の工夫も必要です。

フレックスタイム制における深夜労働の取り扱い

フレックスタイム制では、始業・終業時刻を柔軟に選べる仕組みがある一方で、深夜時間帯（午後10時〜午前5時）の労働に対する割増賃金の取り扱いは通常の制度と変わりません。以下では、フレックスタイム制と深夜労働の関係について整理します。

深夜労働は割増賃金の対象となる

労働基準法では、午後10時から翌朝5時までに行われた労働を「深夜労働」と定義しており、この時間帯に勤務した場合は、25％以上の割増賃金を支払う義務があります。これは、フレックスタイム制を導入していても例外ではありません。仮にフレキシブルタイムを22時以降まで設定していたとしても、その時間帯の勤務には割増が必要になります。

フレックス制度では本人の選択で深夜労働が発生することがありますが、「本人の希望で働いたから割増を支払わなくてよい」という扱いは認められていません。労働時間としてカウントされる限り、深夜割増は必ず適用する必要があります。

時間外労働と深夜労働が重なる場合の取り扱い

深夜労働に加えて、法定労働時間の総枠を超えた時間外労働が同時に発生している場合には、割増率が加算されます。具体的には、時間外労働分の25％に加えて、深夜労働分の25％を上乗せし、合計で50％以上の割増率となる点に注意が必要です。

フレックスタイム制では、清算期間全体で労働時間を調整するため、時間外労働の判定が月末や期間末にならないと確定しないケースもあります。しかし、深夜労働の割増はその都度発生するものであるため、労働日ごとの記録を適切に管理し、該当する時間帯には確実に割増を適用する体制を整えておく必要があります。

フレックスタイム制と休日労働の関係

フレックスタイム制では勤務日の柔軟な設定が可能ですが、法定休日に労働が発生した場合には通常の労働時間制度と同様、休日労働としての扱いとなります。割増賃金の対象となる条件や管理方法について正しく理解しておく必要があります。

法定休日の労働は割増賃金の対象となる

労働基準法では、少なくとも週に1日の法定休日（通常は日曜日など）を設けることが義務づけられています。たとえフレックスタイム制を導入していても、その法定休日に労働が発生した場合は、休日労働とみなされます。

休日労働が発生した場合は、当該時間に対して35％以上の割増賃金を支払う必要があります。フレックスタイム制で「出勤日」を柔軟に設定できるとしても、あらかじめ会社が定めた法定休日は変更されないため、そこに勤務が発生すれば割増の対象となります。

振替休日・代休制度との違いに注意する

休日労働に対応する手段として、振替休日や代休制度を設けている企業もあります。振替休日は事前に休日と労働日を入れ替える制度で、うまく設定すれば休日労働とはならず割増賃金の支払いが不要になります。一方、代休は休日労働の後に休みを与える制度であり、割増賃金の支払い義務は残ります。

フレックスタイム制であっても、これらの制度の適用ルールは変わらず、休日労働に該当するかどうかの判断と賃金支払いの根拠を明確にしておくことが必要です。

清算期間と休日労働の集計方法

フレックスタイム制は、清算期間内で労働時間を調整する制度ですが、休日労働についてはその日の時点で確定するものとされます。つまり、清算期間内の労働時間の超過・不足とは別に、休日労働が発生した時点で割増の対象となります。

そのため、月末にまとめて時間を精算する形式の企業であっても、休日労働が発生した日については即時に割増手当の集計と処理を行う必要があります。記録の正確性とタイムリーな反映が求められる点に注意が必要です。

有給休暇を取得した場合の残業時間への影響

フレックスタイム制においては、清算期間全体の労働時間で残業の有無が判断されます。有給休暇を取得した勤務実績のない日がある場合、その取り扱い次第で時間外労働の判断や割増賃金の計算に影響を及ぼすため、慎重な運用が必要です。

フレックスタイム制においても、有給休暇を取得した日は労使協定において定めた「標準となる1日の労働時間働いたもの」とみなされます。たとえば、標準となる1日の労働時間が8時間であれば、その日は実際に勤務していなくても、8時間勤務した扱いとして清算期間の労働時間に加算されます。

フレックスタイム制における残業代の計算方法と注意点

フレックスタイム制では、従業員の労働時間が日々異なるため、残業代の算定においても通常の勤務形態とは異なる考え方が求められます。制度を正しく運用するためには、労働時間の管理と計算の根拠を明確にし、支払いのタイミングを的確に把握しておくことが重要です。

残業の判断基準:清算期間における法定労働時間の総枠を超えた時間

フレックスタイム制における残業の有無は、「清算期間」における法定労働時間の総枠を基準に判断されます。たとえば、1ヶ月の清算期間で法定労働時間の総枠が160時間の場合、実働が165時間であれば、その超過5時間が残業となります。

一方で、1日9時間働いた日があっても、清算期間内で全体の労働時間が枠内に収まっていれば、その超過分は時間外労働とは扱われません。日々の超過よりも、期間全体の総合計が判断の対象となる点が、通常の勤務制度との大きな違いです。

割増率：通常の時間外労働と同じく25％以上

時間外労働として扱われた時間については、通常と同様に25％以上の割増賃金が支払われます。さらに、深夜（午後10時〜午前5時）に該当する労働については、追加で25％の深夜割増が必要です。

また、法定休日に出勤した場合には、35％以上の割増が発生するため、清算期間内の超過時間がこれらに該当する場合は、合算して適用されます。たとえば、清算期間超過分が深夜労働に該当する場合、割増率は50％以上となる点に注意が必要です。

支払い時期：清算期間終了後に確定・支払い

フレックスタイム制では、清算期間が終了しないと総労働時間が確定しないため、残業代の発生有無とその金額も期末に判断されるのが一般的です。このため、残業代の支払いは清算期間終了後の最初の給与支払日に行うのが基本的な運用となります。

企業としては、勤怠システムを活用して清算期間内の労働時間を日次で把握し、終了後に速やかに精算できる体制を整える必要があります。従業員への説明や運用マニュアルの整備もあわせて行うことで、制度運用に対する理解と信頼性が高まります。

フレックスタイム制で残業が違法になるケース

フレックスタイム制では、残業に関するルールが明確に定められています。

フレックスタイム制は残業命令ができない

フレックスタイム制では、従業員が働く時間を柔軟に決められる仕組みのため、会社が残業を命じることはできません。

会社の繁忙期や会議などで残業が必要となった場合でも、従業員に残業を命じた場合は違法となります。一方で、会社が「月末までにこの業務を終わらせてほしい」といった期限を設定し、従業員が必要に応じて自主的に残業をする場合は問題ありません。

また、会社が従業員に時間外労働をさせるためには、フレックスタイム制に限らず「36協定」を締結する必要があります。この協定がない場合、時間外労働を命じること自体が法律違反です。

業務をスムーズに進めるためには、会社と従業員が話し合い、ルールを共有することが重要です。

フレックスタイム制の清算期間内でも残業時間は相殺できない

フレックスタイム制では、清算期間内で働きすぎた分は、時間外労働として扱い、残業代を支払う必要があります。一方で、清算期間内の労働時間が不足している場合、その不足分を翌月に繰り越すことは可能です。

たとえば、労使協定で定めた清算期間内の総労働時間が160時間で、実労働時間が150時間の場合、労働者は翌月に10時間の不足分を繰り越せます。しかし、同じ条件で170時間働いた場合、その10時間を翌月の労働時間と相殺することは法律で認められていません。この場合、10時間分の残業代を支払う必要があります。

さらに、不足分を繰り越した結果、翌月の労働時間が法定労働時間の総枠を超えた場合、超過分には残業代が発生します。

時間外労働の上限がある

フレックスタイム制でも、時間外労働には法律で上限が設けられています。上限を超えると違法となり、罰則の対象になります。

時間外労働の上限は以下の通りです。

上限を超えた場合、会社には「6ヶ月以下の懲役」または「30万円以下の罰金」といった罰則が科される可能性があります。ただし、臨時的な理由や特別な事情がある場合、労使間で「特別条項付き36協定」を締結すれば、上限を超えて労働することが可能です。

この特別条項を適用する場合でも、以下の制限を守る必要があります。

このようにフレックスタイム制でも、時間外労働の上限を超えないようにするために、労働時間の管理を徹底する必要があります。

参考：“残業違反”に罰則！「時間外労働の上限規制」を解説

残業違反の罰則については、以下の記事で詳しく解説しています。

“残業違反”に罰則！「時間外労働の上限規制」を解説

適正な残業代が支払われていない

フレックスタイム制での時間外労働に対し、適正な残業代が支払われない場合は違法です。万が一、会社が残業代を支払わない場合、従業員は未払い分を請求する権利があります。

会社側には労働時間を正しく記録する義務が課されているため、労働時間の管理を適切に行いましょう。とくに、清算期間が1ヶ月を超える場合、残業時間の計算が複雑になるため注意が必要です。

企業側におけるフレックスタイム制のメリット

フレックスタイム制は、従業員に柔軟な働き方を提供できるだけでなく、企業にとっても多くの利点があります。

フレックスタイム制は残業代の支払いが減る可能性がある

フレックスタイム制では、清算期間内の総労働時間を基準に残業時間を判断するため、固定時間制に比べて残業代が削減できる場合があります。

固定時間制の場合、1日8時間または週40時間を超えた時点で残業代が発生します。しかし、フレックスタイム制では清算期間全体で法定労働時間を管理するため、1日や1週間で労働時間が超過しても、清算期間内で調整できれば残業代は発生しません。

たとえば、1日10時間働く日が数日続いても、清算期間内で他の日の労働時間を短くすれば、総労働時間を法定内に抑えることが可能です。この仕組みにより、企業は人件費の負担を抑えられる場合があります。

ただし、従業員の労働時間の調整は本人に委ねられるため、実際に残業代が削減できるかどうかは運用次第です。また、繁忙期が続いたり、業務の特性上調整が難しかったりする場合には、期待通りの効果が得られない可能性もあります。

人材を確保しやすくなる

フレックスタイム制は、ワークライフバランスを重視する人材にとって魅力的な制度です。小さな子どもを育てる親や、趣味を重視する人にとって働く時間を柔軟に調整できる点は大きなメリットであり、求職者からの関心を集めやすくなります。

また、柔軟な働き方ができる環境を整えることで、従業員が長く働きやすいと感じ、離職率の低下にもつながります。フレックスタイム制の導入によって家族との時間を確保できるようになり、従業員の満足度が向上した結果、優秀な人材が会社に定着しやすくなるケースもあるでしょう。

フレックスタイム制は、短期的な採用の強化だけでなく企業力の向上にもつながります。

フレックスタイム制と残業の関係を正しく理解しよう

フレックスタイム制を正しく運用すれば、企業と従業員の双方に多くのメリットがあります。しかし、フレックスタイム制の残業は固定時間制の残業時間と異なり、複雑な勤務管理が必要です。

複雑なフレックスタイム制の勤怠管理をスムーズに行うには、勤怠管理システムの活用もおすすめです。清算期間内の総労働時間や残業時間を自動で計算できるシステムを導入することで、人為的なミスを防ぎやすくなります。従業員の負担を軽減し、企業全体の効率を向上させるためにも、ツールの活用をぜひ検討してみてください。

• 【監修】マネーフォワード クラウド勤怠

  勤怠管理・労務管理に関するお役立ち情報を提供します。マネーフォワードクラウド勤怠は働き方改革に対応したい、労働環境を改善したい、勤怠の集計をラクにしたいという労務担当者の悩みを解決する勤怠管理システムです。

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