作成日 : 2025年11月6日

電子帳簿保存システムとは？主な機能からメリット・デメリット、比較のポイントまで徹底解説

電子帳簿保存システムの導入を検討中ですか？改正電子帳簿保存法やインボイス制度への対応は、今や事業者の重要課題です。

本記事では、電帳法対応システムの基本機能からメリット・デメリット、自社に最適なシステムの選び方のポイントまでを徹底解説。さらに、タイプ別に分類した15の具体的なサービス例も紹介し、自社に最適なシステム選びと、その先の業務効率化を力強くサポートします。

電子帳簿保存システムとは？
- 電子帳簿保存法（電帳法）との関係
電子帳簿保存システムの主な機能は？
電子帳簿保存システムを導入するメリットやデメリットは？
- メリット：業務効率化からコスト削減まで
- デメリット：導入・運用コストと社内浸透の課題
電子帳簿保存システムを選ぶ際の比較ポイントは？
主な電子帳簿保存法対応ソフト・サービス15選
電子帳簿保存システムで、未来のバックオフィスを創造しよう

電子帳簿保存システムとは？

電子帳簿保存システムとは、会計帳簿や領収書、請求書といった国税関係帳簿書類を、紙ではなく電子データで一元管理・保存するためのツールです。このシステムは、電帳法の要件を満たしながら、書類の作成・管理・保存を効率化することを目的としています。従来、紙で管理していた書類をデジタル化することで、ペーパーレス化を促進し、企業のバックオフィス業務における生産性向上を実現します。

電子帳簿保存システム、または「電帳法対応システム」とも呼ばれるこのツールは、単に書類をデータ化して保存するだけではありません。データの真実性と可視性を確保するための重要な機能を備えています。

真実性の確保：保存したデータが改ざんされていないことを証明するための機能（タイムスタンプの付与、訂正・削除履歴の記録など）
可視性の確保：必要なデータをいつでも速やかに検索・表示できる状態を保つための機能（日付、金額、取引先などでの検索など）

これらの要件を満たすことで、法的に認められた形で帳簿書類を電子保存することが可能になります。

電子帳簿保存法（電帳法）との関係

電子帳簿保存システムは、電帳法の複雑な要件に対応するために開発された専用のシステムです。

電帳法では、電子データの保存方法について「電子帳簿等保存」「スキャナ保存」「電子取引データ保存」の3つの区分を定めており、それぞれに満たすべき要件が細かく規定されています。これらの要件を自力で満たすことも可能ですが、システムを導入することは、確実かつ効率的な対応策の一つです。

電帳法の3つの保存区分と、システムがどのように対応するかを以下の表にまとめます。

保存区分	対象となる書類の例	システムの主な役割
電子帳簿等保存	会計ソフトで作成した総勘定元帳、仕訳帳、貸借対照表など	作成した帳簿データを要件を満たす形で保存検索機能の確保
スキャナ保存	紙で受領した領収書、請求書、契約書などをスキャンしたデータ	スキャンデータの解像度や階調のチェックタイムスタンプの付与バージョン管理（訂正・削除履歴の保存）
電子取引データ保存	メール添付の請求書PDF、ECサイトの領収書データなど	授受した電子取引データに対し、改ざんを防ぐための措置（タイムスタンプの付与、訂正・削除履歴が残るシステムの利用、または事務処理規程の整備など）を講じた上で保存検索要件（取引年月日、取引金額、取引先）の確保

特に2024年1月から義務化された「電子取引データ保存」への対応は、電子取引を行うすべての事業者にとって急務です。

電子帳簿保存システムは、これらの複雑な法的要件をクリアするための強力なサポートツールと言えます。

電子帳簿保存システムの主な機能は？

電子帳簿保存システムの主な機能は、書類の「保存機能」、必要な情報を探す「検索機能」、データの信頼性を担保する「真実性・可視性の確保機能」、そして他システムと連携する「連携機能」です。これらの機能は、電帳法の要件を満たしつつ、利用者の利便性を高めるために設計されています。各機能が連携して動作することで、ペーパーレス化と業務効率化を同時に実現します。

書類の保存機能（スキャナ保存・電子取引）

紙の書類をスキャンしたり、電子的に受け取ったデータをアップロードしたりして、法令要件に準拠した形でシステム内に保存する機能です。

スキャナ保存：スマートフォンやスキャナで読み取った領収書などの画像データを保存します。AI-OCR（光学的文字認識）機能を搭載したシステムでは、画像から文字情報を自動で読み取り、日付や金額、取引先などをデータ化してくれるため、手入力の手間が大幅に削減されます。
電子取引データの保存：メールやWebサイトからダウンロードした請求書PDFなどの電子データを、ドラッグ＆ドロップなどの簡単な操作でアップロードし、保存します。

検索機能

保存した膨大な電子データの中から、必要な書類を即座に見つけ出すための機能です。

電子帳簿保存法では、基本的に「取引日」「金額」「取引先名」で検索できる機能の備え付けが求められています。これには、日付と金額の範囲指定や、2つ以上の項目を組み合わせたAND検索ができることも含まれます。ただし、税務職員のダウンロードの求めに応じられるようにしている場合など、一定の条件下ではこれらの検索要件が緩和されることもあります。

多くのシステムでは、これに加えて以下のような複合的な検索が可能です。

日付の範囲指定検索（例：2024年4月1日〜4月30日）
金額の範囲指定検索（例：10,000円以上、50,000円以下）
複数の項目を組み合わせたアンド検索（例：「株式会社A」かつ「50,000円以上」）
フリーワード検索

この機能により、「あの領収書はどこにしまったか」とファイリングキャビネットを探し回る必要がなくなり、必要なデータを速やかに提示できるため、税務調査などへの対応がしやすくなります。

真実性・可視性の確保機能

保存されたデータが「本物」であり、いつでも「確認できる」状態であることを保証するための機能群です。

訂正・削除履歴の管理：一度保存したデータに訂正や削除があった場合、その履歴をすべて記録・保存します。これにより、不正な改ざんを防ぎ、データの信頼性を担保します。
タイムスタンプ付与：認定タイムスタンプを付与することで、その時刻にデータが存在し、それ以降改ざんされていないことを証明します。システムによっては、書類のアップロード時に自動でタイムスタンプを付与する機能がありますが、これは法令上の必須要件ではありません。製品によって仕様が異なるため、確認が必要です。
バージョン管理：書類の内容を修正した場合でも、修正前の古いバージョンを破棄せずに保存し、いつでも参照できるようにする機能です。

連携機能（会計ソフトなど）

会計ソフトや販売管理システム、ERP（統合基幹業務システム）など、他の社内システムとデータを連携させる機能です。

保存した請求書や領収書のデータを、仕訳データとして会計ソフトに自動で取り込むことができます。これにより、経理担当者の入力作業が劇的に削減され、入力ミスも防止できます。API（Application Programming Interface）連携に対応しているシステムであれば、よりシームレスなデータ共有が可能です。

電子帳簿保存システムを導入するメリットやデメリットは？

最大のメリットは「業務効率化」と「コスト削減」です。デメリットとしては「導入・運用コスト」と「社内ルールの整備・浸透」が挙げられます。

システムの導入は、単なる法対応にとどまらず、バックオフィス業務全体の在り方を変革するポテンシャルを持っています。しかし、その効果を最大限に引き出すためには、費用対効果や組織への影響を事前に理解しておくことが重要です。

メリット：業務効率化からコスト削減まで

ペーパーレス化による物理的な制約からの解放が、多岐にわたるメリットを生み出します。

メリット項目	具体的な内容
業務効率の大幅な向上	書類の検索、閲覧、共有が瞬時に完了書類のファイリング、押印、郵送作業が不要に会計ソフト連携による入力作業の自動化
コスト削減	紙代、インク代、郵送費、ファイル代などの消耗品費を削減書類の保管スペース（キャビネット、倉庫）が不要に作業時間短縮による人件費の削減
多様な働き方への対応	テレワークやリモートワーク環境でも経理業務が可能にオフィスに出社しなくても請求書の確認や承認ができる
コンプライアンス強化	電帳法の要件を確実に満たし、法的リスクを低減データの改ざん防止機能による内部統制の強化
セキュリティ向上	アクセス権限設定により、閲覧できる担当者を制限紛失、盗難、災害による書類消失といった物理的なリスクを軽減

デメリット：導入・運用コストと社内浸透の課題

金銭的なコストが発生する点と、新しい業務フローへ全社的に適応する必要がある点が主なデメリットです。

デメリット項目	具体的な内容と対策
導入・運用コスト	内容：初期費用や月額のライセンス費用が発生する。対策：複数のシステムを比較検討し、自社の規模や必要な機能に見合った料金プランを選ぶ。補助金を活用することも有効。
業務フローの変更	内容：従来の紙ベースの業務フローを大幅に見直す必要がある。対策：導入前に新しい業務フローを明確に設計し、マニュアルを作成する。
社内教育・浸透	内容：全従業員がシステムを正しく利用できるよう、研修や説明会が必要。対策：操作が直感的なシステムを選び、導入の目的やメリットを丁寧に説明して協力を得る。
システム障害のリスク	内容：サーバーダウンやネットワーク障害が発生すると、一時的にシステムが利用できなくなる可能性がある。対策：クラウド型のシステムを選び、ベンダーのサポート体制や稼働率を確認する。

電子帳簿保存システムを選ぶ際の比較ポイントは？

自社の業務内容に合った「対応書類の範囲」、信頼性の指標となる「JIIMA認証」、従業員が使いこなせる「操作性」、そして「セキュリティ」「サポート体制」「料金体系」の6つのポイントを総合的に比較することが重要です。

電子帳簿保存システムは多種多様であり、機能や価格も様々です。自社の目的や規模に合わないシステムを選んでしまうと、コストが無駄になったり、業務が逆に非効率になったりする可能性があります。以下のポイントを参考に、慎重に選定を進めましょう。

ポイント1：自社の保存対象書類に対応しているか

まず、自社が電子化したい書類（請求書、領収書、契約書など）のすべてに対応しているかを確認しましょう。システムによって、得意とする書類の種類や、対応している保存区分（電子帳簿、スキャナ保存、電子取引）が異なります。

例えば、契約書の管理に特化したシステムや、経費精算に強いシステムなどがあります。自社の主要な業務で扱う書類は何かを洗い出し、それらを網羅できるシステムを選びましょう。

ポイント2：JIIMA認証を取得しているか

JIIMA認証は、製品が電帳法の要件を満たしていることを第三者機関が認定した証であり、信頼性の高い指標となります。JIIMA（公益社団法人日本文書情報マネジメント協会）は、市販のソフトウェアが電帳法の法的要件を満たしているかをチェックし、認証する制度を運営しています。JIIMA認証は、ソフトウェアが法令の機能要件を満たしていることの客観的な指標となります。

ただし、認証はあくまで機能面の適合を示すものであり、社内規程の整備や適切な運用体制の構築は別途必要です。

ポイント3：操作性は直感的で分かりやすいか

経理担当者だけでなく、書類を提出するすべての従業員が簡単に使えるかどうかは、導入後の浸透を左右する重要な要素です。多機能であっても、操作が複雑では形骸化してしまいます。無料トライアル期間などを活用し、実際に複数の担当者に操作してもらいましょう。

画面デザインの見やすさ、マニュアルを見なくても直感的に使えるか、スマートフォンのアプリは使いやすいかなどをチェックすることが大切です。

ポイント4：セキュリティ対策は万全か

企業の機密情報である帳簿書類を預けるため、堅牢なセキュリティ対策が施されているかは必須の確認項目です。確認すべきセキュリティ関連のポイントは以下の通りです。

データの暗号化
IPアドレス制限や二段階認証などのアクセス制御機能
ISO27001（ISMS）などの第三者認証の取得状況
データセンターの物理的なセキュリティ対策

ポイント5：サポート体制は充実しているか

導入時の設定支援や、運用開始後にトラブルが発生した際のサポート体制が手厚いかを確認しましょう。サポートの形式（電話、メール、チャット）、対応時間（平日のみか、24時間365日か）、レスポンスの速さなどを確認します。特にITに不慣れな従業員が多い場合は、導入支援や操作説明会などを実施してくれるベンダーを選ぶと安心です。

ポイント6：料金体系は予算に合っているか

初期費用と月額費用（ランニングコスト）をトータルで算出し、費用対効果を検討しましょう。料金体系は主に「ユーザー数課金」や「保存データ容量課金」などがあります。自社の利用規模を予測し、将来的な拡張性も考慮して最適なプランを選びます。隠れた追加費用がないか、見積もりの段階でしっかり確認することが重要です。

主な電子帳簿保存法対応ソフト・サービス15選

電子帳簿保存システムは得意分野によって「総合・会計ソフト型」「請求書受領特化型」「経費精算特化型」「文書管理特化型」の4タイプに大別できます。ここでは代表的な15サービスをご紹介します。

なお、料金体系は利用するユーザー数や保存するデータ量、必要な機能によって大きく異なります。ここに掲載する情報はあくまで一部です。導入を検討する場合は、正確な価格やプランの詳細について必ず公式サイトから資料請求をしたり、直接問い合わせて見積もりを取得したりするようにしてください。

【総合・会計ソフト型】

会計機能を軸に、請求書や経費精算まで幅広くカバーするタイプです。

マネーフォワードクラウド

会計・請求書・経費精算などバックオフィス業務を幅広くカバー
各サービスがシームレスに連携し、データを一元管理・自動化
JIIMA認証取得済みで、最新の法制度に準拠

会計や請求書など各サービスが強力に連携し、バックオフィス業務全体を自動化するクラウド型ERPです。

特長や料金などは、下記ページに詳しく記載していますので、ぜひ参考にしてください。

＞＞マネーフォワードクラウド

freee会計

銀行口座や法人カードと連携し、取引明細を自動で記帳
請求書発行から帳簿保存までを一気通貫で管理
個人事業主や中小企業向けの直感的な操作性が特徴

日々の記帳から決算までを自動化し、会計知識がなくても使いやすいクラウド会計ソフトです。

【請求書受領特化型】

請求書の受け取りとデータ化作業を効率化するタイプです。

マネーフォワードクラウドインボイス

AI-OCRとオペレーターの組み合わせで、受け取った請求書を高精度にデータ化
「マネーフォワードクラウド会計」と連携し、仕訳や支払いを自動化
電子帳簿保存法・インボイス制度に対応

AIと人の手で受け取った請求書をデータ化し、同社の会計ソフトとシームレスに連携して月次決算を加速させるサービスです。適切な設定と運用を行うことで、各種法制度への対応をスムーズに進められます。

特長や料金などは、下記ページに詳しく記載しています。

＞＞マネーフォワードクラウドインボイス

TOKIUMインボイス

あらゆる形式の請求書を代理で受領し、データ化から原本保管まで代行
オペレーター入力により99.9%以上とされるデータ化精度
請求書処理業務の完全なアウトソーシングを実現

請求書の受領・データ化・保管までを丸ごと委託でき、社内の請求書処理業務をゼロにできるサービスです。

Bill One

請求書をオンラインで一元的に代理受領し、高精度にデータ化
名刺管理技術を活かしたAIとオペレーター入力が強み
複数拠点に届く請求書もまとめて管理し、月次決算を加速

組織全体の請求書を一元管理・可視化することで、迅速な支払い業務と意思決定を支援します。

バクラク請求書

AI-OCRが請求書を読み取り、仕訳・振込データを自動生成
複数枚の請求書PDFも、アップロードだけで自動分割・処理
学習機能付きAIで、使うほど自社業務に最適化

高性能なAI-OCRで請求書のデータ化から支払いまでを自動化し、手入力の手間を大幅に削減します。

BtoBプラットフォーム請求書

請求書の「発行」と「受取」の両方に対応したプラットフォーム
国内導入企業数が多く、取引先との完全なデジタル取引を実現
紙の請求書もAI-OCRや郵送代行で電子化可能

広範な導入企業ネットワークを活かし、企業間の請求書業務を完全にペーパーレス化します。

【経費精算特化型】

従業員の経費申請・精算業務の効率化に特化したタイプです。

楽楽精算

交通系ICカード連携や乗換案内機能で交通費精算を自動化
領収書の自動読み取りや規定違反の自動チェック機能が豊富
企業の運用ルールに合わせて柔軟に設定をカスタマイズ可能

特に交通費精算の自動化に強く、申請・承認・経理の全工程の負担を軽減するシステムです。

Concur Expense

法人カードや出張予約サービスと連携し、経費明細を自動入力
グローバルに利用され、多言語・多通貨に対応
ガバナンス強化や不正防止機能が充実

経費利用の可視化とコンプライアンス遵守を徹底し、大企業やグローバル企業の経費管理を支援します。

TOKIUM経費精算

領収書をスマホで撮影し、システム内の「レシートポスト」にアップロードするだけで申請が完了
オペレーターが内容を代行入力するため、申請者の手間を大幅に削減
原本保管サービスも提供（※所定のスキャナ保存要件を満たす運用を行えば、原本の破棄が可能です）

独自の「レシートポスト」機能で、従業員の面倒な入力作業をなくし、経費精算業務を効率化します。

バクラク経費精算

高精度AI-OCRが領収書を複数枚まとめてデータ化
申請内容の不備をAIが自動で検知し、差し戻しを削減
シンプルで直感的な操作画面

申請から承認まで、経費精算の全プロセスでAIがサポートし、業務全体の時間短縮に貢献します。

【文書管理特化型】

契約書などを含め、国税関係書類全般の保管と管理に強みを持つタイプです。

invoiceAgent

請求書や契約書など、あらゆるビジネス文書を一元管理
高度な検索機能と原本性担保の仕組みで、厳格な監査に対応
文書の自動仕分けや配信、保管をワンストップで実現

帳票のライフサイクル全体を管理し、法対応と業務効率化を両立させる文書活用プラットフォームです。

Fleekdrive

法人向けオンラインストレージに電帳法対応オプションを追加可能
タイムスタンプ自動付与や取引情報での検索に対応
普段のファイル管理に、法対応機能を追加する形で導入できる

使い慣れたオンラインストレージの操作感のまま、文書の法対応保管を実現できるサービスです。

DataDelivery

社内の様々なシステムから出力される帳票データを一元的に長期保管
電子取引やスキャナ保存など、JIIMAの主要4区分で認証を取得した高い信頼性
大容量データの高速検索が可能

企業の基幹システムから出力される大量のデータを、法的要件を満たしつつ安全に一元管理します。

DenHo

AI-OCR技術により、保管した書類の全文検索が可能
ファイル名だけでなく、書類に記載された内容で検索できる
シンプルな機能で手軽に導入できる

独自のAI全文検索機能により「あの取引」といった曖昧な記憶からでも目的の書類を迅速に探し出せます。

電子帳簿保存システムで、未来のバックオフィスを創造しよう

この記事では、電子帳簿保存システムの基本から機能、メリット・デメリット、そして選定ポイントまでを解説しました。電子帳簿保存システムは、単なる法対応ツールではなく、企業のペーパーレス化を推進し、バックオフィス全体の生産性を向上させるための戦略的なIT投資です。

自社の課題や目的に合致した電子帳簿保存システムを正しく選択・導入することで、バックオフィスの業務フローは大きく改善されるでしょう。ご紹介したサービス例も参考にして、まずは無料トライアルなどを活用し、その利便性を体感してみてはいかがでしょうか。

※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。

監修：マネーフォワードクラウド会計
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