• 更新日 : 2026年6月30日

インボイス制度の経過措置とは？仕入税額控除の適用要件をわかりやすく解説

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インボイス制度は2023年10月1日から施行され、多くの企業や個人事業主が対応を迫られていますが、一定の期間内は経過措置を受けられることをご存じでしょうか。

新制度への移行に伴う事業者の負担を考慮しての措置で、一定の要件を満たす場合インボイスの発行を受けずに税額控除を利用できます。インボイス制度の経過措置について、期間や利用条件、受けられる控除の内容を解説します。

インボイス制度の要点確認

経過措置の説明に入る前に、インボイス制度の内容をおさらいします。要点は「正確な税額の算出が目的であること」と「仕入税額控除の適用を受けるために適格請求書が必要になったこと」です。

インボイス制度が施行された理由や仕組みの概要を解説します。

インボイス制度の目的

インボイス制度の目的は、事業者の正確な消費税の税率を適用した税額の算出にあります。これまで免税事業者は製品やサービスの販売で受け取った対価に対して消費税を納める必要がなく、課税事業者との不公平さが問題視されてきました。

免除や軽減措置の適用を受け、事業者が受け取った税額は「益税」と呼ばれます。インボイス制度は本来なら負担すべき税金を納め、益税をなくすことも目的の一つです。

一方でインボイス制度が始まった主要な背景には、複数税率のもとで、適用税率と消費税額を正確に把握し、仕入税額控除を適正に計算することがあります。
消費税には標準税率10％と軽減税率8％があるため、買手側が仕入税額控除を適用するには、どの取引にどの税率が適用され、消費税額がいくらなのかを正確に把握する必要があります。

そこで、売手である適格請求書発行事業者は、登録番号、適用税率、税率ごとに区分した消費税額等を記載した適格請求書を交付し、買手はその保存を通じて仕入税額控除を行う仕組みとなっています。

インボイス制度の仕組み

インボイス制度は2023年10月から開始した消費税の仕入税額控除の方式で、「適格請求書保存方式」とも呼ばれます。仕入税額控除とは、事業者が納税額を算出する際に、仕入時に支払った消費税を差し引く制度です。

今までは本制度の利用にあたり請求書に特別な要件はありませんでしたが、インボイス制度の施行後は仕入先からの適格請求書（インボイス）の受領と保存が必要です。

なおインボイスを発行するには、消費税の課税事業者ならびにインボイス発行事業者の登録を受ける必要があります。これらに登録すると、仕入先の免税事業者は原則として消費税を納めることになります。

経過措置の仕入税額控除とは？

インボイス制度には経過措置があります。制度の開始後は免税事業者に支払った消費税の仕入税額控除が一切認められなくなるわけではありません。対象期間内は免税事業者からの仕入でも一定割合の金額を控除できます。

経過措置の具体的な内容や条件を見てみましょう。

仕入税額控除の経過措置の期間

令和8年度税制改正により、経過措置の期間が延長され、控除割合の段階も細分化されました。

インボイスの施行に伴う経過措置の期間と金額は次の通りです。

仕入元は、インボイスの登録をしていない免税事業者からの仕入でも、上記の期間内は一定割合の仕入税額控除が受けられます。

たとえば2024年中の取引で、仕入先に1,000円の消費税を支払ったケースでは、納付額から800円を差し引くことが可能です。

なお、令和8年度税制改正では、経過措置の対象となる課税仕入れの上限額についても見直しが行われ、一の適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れに係る経過措置の対象上限額が、その年またはその事業年度の合計額で現行の10億円から1億円に引き下げられました。

この上限額の引き下げは、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。

出典：令和８年度税制改正特集｜国税庁

仕入税額控除の条件

仕入税額控除で経過措置の適用を受ける際の条件は次の通りです。

それぞれ正確な条件について解説します。

区分記載請求書等と同じ項目の記載事項を満たす請求書の受取

仕入税額控除の経過措置を受けるには、以下の記載事項を記した請求書の受取が必要です。

適格請求書の場合、インボイス発行事業者の登録番号や税率ごとに区分した納税額の記載が必要です。

規定の項目を記載した帳簿の保存・保管

経過措置の適用を受けるには、上記の請求書に加えて、以下の事項を備えた帳簿が必要です。

「経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨」とは、取引ごとに「免税事業者からの仕入」「80%控除対象」等と記載するほか、取引の備考欄に「☆」や「※」と記載し、欄外に「☆は80%控除の対象」と一括りに記載することも可能です。

仕入税額控除を利用する際の会計処理

仕入税額控除の経過措置を利用する場合、適格請求書の発行によるインボイス制度と比べて、控除額は制限を受けます。

2026年9月30日までは仕入税額相当額の20％分を仕入税額控除できません（20％分自己負担が必要）。2026年10月1日以降は段階的に自己負担割合が増加し、2026年10月～2028年9月は30%負担、2028年10月～2030年9月は50%負担、2030年10月～2031年9月は70%負担、2031年10月以降は控除不可（全額自己負担）となります。

経過措置の適用を受ける場合、消費税の差額を会計上どのように扱えば良いのか疑問を抱くでしょう。対応する方法は費用への上乗せまたは雑損失への振り替えです。

インボイスの経過措置を受けるために必要な会計処理について解説します。

費用に上乗せする

一つは仕入税額控除を受けられない金額を費用に計上する方法です。経過措置の対象となる取引がある場合、都度仕訳を行います。

たとえば80%控除の対象期間内に5,500円分の仕入を実施して、仕入先にキャッシュで支払ったとしましょう。

取引の時点で行う仕訳では、貸方に「現金：5,500円」と、借方には「仕入：5,100円」と「仮払消費税等：400円」と二段構えで記載します。なお経過期間中とはいえ支払金額に変更はありません。

通常と異なるのは消費税額の扱いで、仕入税額控除の適用を受けられるのは80％分の400円のみです。残りの100円は仕入の金額に上乗せし、費用とみなします。決算時の会計処理では従来と同様、期間中の仮受消費税と仮払い消費税を差し引きして、未払い消費税を計上します。

雑損失など適切な勘定科目に振り替える

インボイスの経過措置にかかる取引は、例外的に決算時に雑損失など適切な勘定科目へ振り替える処理もあります。

この方法を採用する場合、取引時点での仕訳はインボイス施行前と同様です。

前の見出しと同じケースと仮定しましょう。貸方の仕訳は「現金5,500円」で変わりませんが、借方が「仕入：5,000円」「仮払い消費税等：500円」と記載します。決算の時期が到来したとき、期間内に計上した仮払い消費税等の合計額から控除を受けられない20%分を雑損失に振り替えます。

仮払い消費税額等のトータルが1,000円であれば、雑損失に振り替え処理をする金額は200円です。期末にまとめて仕訳に反映すれば良いため、変更が伴う作業が少なく、負担を感じにくい方法です。

一方で、取引時点では控除できない金額まで仮払い消費税に含める必要があります。決算の時期まで実情と帳簿の内容が乖離することから、実態の把握には不都合が生じる可能性があります。

経過措置の少額特例とは？

インボイス制度で免税事業者からの仕入でも控除を受けられる制度は、経過措置の80%控除や50%控除にとどまりません。

もう一つの利用できる特例制度に、税込1万円未満の課税仕入が対象となる「少額特例」があります。一定の条件を満たすことで、インボイスの受領・保管がなくても、帳簿の保管のみで仕入税額控除の適用を受けられる制度です。

（全額）少額特例の適用を受けられる期間や少額特例の対象者について解説します。

少額特例が適用される期間

少額特例が適用される期間は、2023年10月1日から2029年9月30日までの6年間です。期間内は1万円未満の仕入では少額特例を、1万円以上の仕入では80%控除や50%控除の適用を受けられます。

ただし、少額特例の判定単位は課税仕入にかかる商品ごとの金額ではなく、取引単位であることに注意してください。商品単位では1万円未満でも、複数の商品を同時に購入した請求ベースで金額が超えていれば、対象外と判定されます。

ただし、月ごとに専門業者に業務を発注する場合、期間中の取引は一つにまとめられる場合もあります。たとえば清掃業務を外注し、請求金額が15万円、稼働日が20日間だとしましょう。稼働日に換算すると請求額は1万円を下回りますが、月まとめで一つの取引と考えるため、少額特例の対象から外れます。

少額特例の対象者

少額特例の適用を受けられるのは、次のいずれかに該当する事業者です。

個人事業主の場合、基準期間は取引が発生した年度の前々年、特定期間は前年1月～6月までの期間です。また、法人の基準期間は当事業年度の前々事業年度、特定期間は前事業年度の開始日以降6ヵ月間です。

対象者の条件に該当し、特定の事項が記載されている帳簿を保存していれば、1万円未満の課税仕入では、仕入先がインボイス発行事業者と免税事業者のどちらでも、全額の仕入税額控除を受けられます。勘違いしやすいのは、毎月の仕入額が1万円を下回るから自分はインボイスの発行をしなくて良いと思うことです。

少額特例は仕入元のインボイス要件を緩和したにとどまり、仕入先のインボイスの発行義務がなくなるわけではありません。仕入税額控除の適用を希望する買い手側が適格請求書の発行を求めるときは、売り手側はインボイス発行事業者の届出が必要です。

インボイス制度による簡易課税制度への影響

上述の少額特例の適用を受けられるのは、消費税の申告や納税に本則措置を導入している事業者です。課税売上で受け取った税額から、仕入で支払った税額を差し引いて、納税額を算出している会社とも言い換えられます。

消費税の算出方法には、事業ごとに定められたみなし仕入率を利用して消費税を算出する簡易課税制度があります。仕入に要した支払額を算出する手間がなく、経理作業の効率化に資する方法です。

手続きの簡便さから導入している企業も多いですが、インボイス制度の施行には影響があるのでしょうか。買い手側・仕入側の視点に分けて、簡易課税制度への影響を解説します。

買い手側の影響

簡易課税制度を採用する買い手側の事業者は、受け取った納品書や請求書がインボイスであるかないかにかかわらず、納税額には影響が生じません。なぜなら、簡易課税制度のもとで仕入税額控除の適用を受けることは、適格請求書がなくても可能なためです。

仕入先からのインボイスの提出は必要ありません。つまり消費税額の計算に伴う業務を変える手間はかからず、書類の保存方法や記載内容も今まで通りで良いのです。
ただし、法人税・所得税上の経費計上、電子帳簿保存法、社内の経費精算や証憑管理の観点から、請求書、領収書、契約書などの保存が不要になるわけではない点には留意が必要です。

課税売上で受け取った消費税から控除する金額は、売上にみなし仕入率を乗じて簡易的に算出できるため、支払った税額の計算は不要です。ただし簡易課税制度の適用を受けるための条件を満たす必要があります。

売り手側の影響

売り手側がインボイスを発行するには、適格請求書発行事業者への登録が必要になります。

簡易課税事業者でも、インボイス発行事業者になって税務署から登録番号の付与を受けない限り、仕入税額控除の要件となる適切な請求書は発行できません。

インボイスによる仕入税額控除と簡易課税制度のうち、どちらの控除額が大きいかはケースバイケースです。したがって簡易課税制度を利用する事業者から、適格請求書の発行を求められる状況も否定できません。

インボイス制度で利用できる支援措置

インボイス制度の施行後は、免税事業者との取引が多い課税事業者の仕入元が多大な税負担に迫られたり、仕入先の事業者が取引先の減少や新たに発生した納税義務に悩まされたりする懸念があります。

上記の負担を和らげる要請を受け、2023年の税改正によって、さまざまな支援措置が取り入れられました。買い手側と売り手型の立場別で利用できる支援策を紹介します。

買い手側の事業者

仕入税額控除の適用を受ける買い手側の負担軽減につながる制度は、次の通りです。

インボイス制度では基本的に仕入先からの適格請求書の保管が求められますが、以下のようなケースに該当した場合は、インボイスの受取・保管義務は免除され、帳簿のみで仕入税額控除が受けられます。

インボイスの発行が不要な取引に該当する場合は、必要事項を記載した帳簿の保管のみで仕入税額控除の適用を受けられます。

参考：国税庁「適格請求書の交付義務が免除される取引」

売り手側の事業者

売り手側の事業者は買い手側と同じく、次の支援措置を利用できます。
ただし、補助金の対象者、補助額、申請期限、インボイス特例の有無は年度や公募回によって変わるため、利用前に最新の公募要領を確認しましょう。

そのほか、売り手側の事業者に関わるもう一つの軽減措置が、2割特例です。インボイスの発行事業者になることによる事務作業の増加や納税の負担を防ぐための制度で、インボイス制度の施行に伴い、免税事業者から課税事業者になった事業者が対象です。

2割特例を適用する場合、原則的な本則課税のように、 消費税額の算出で受け取った額から支払った額を差し引くのではなく、簡易的に「売上にかかわる消費税×20%」で納税額を算出します

2割特例の適用期間は、個人事業主は令和8年（2026年）分まで、法人は令和8年9月30日までの日を含む課税期間までです。

なお、令和8年度税制改正により、2割特例終了後の激変緩和措置として、納税額を「売上にかかる消費税×30%」で算出できる3割特例が新設されました。

適用期間は、原則として個人事業主が令和9年および令和10年に含まれる各課税期間です。ただし、現行の2割特例の適用を受けていた適格請求書発行事業者の場合は、令和8年10月1日以後に終了する課税期間から本特例を適用できます。

出典：令和８年度税制改正特集｜国税庁

また、本来インボイスの発行事業者は、取引後の減額や相手方から返品を受けたときは適格返還請求書の送付が必要ですが、振込手数料の負担や事務処理の増大を懸念し、1万円未満の値引きや返品があった際には適格返還請求書の交付義務が免除されることになりました。なお、本特例の対象事業者や対象期間は設定されていません。

インボイス制度導入に際して利用できる補助金

インボイスの導入に伴う負担の軽減が目的の場合、補助金の活用を考えるのも一つの手です。

インボイス制度の導入で使える補助金には「IT導入補助金」と「小規模事業者持続化補助金のインボイス特例」が挙げられます。それぞれ金額や利用条件などをみてみましょう。

IT導入補助金（デジタル化・AI導入補助金）

インボイス制度の対応に伴い会計ソフトを購入する場合は、経済産業省主管のIT導入補助金を使えるケースがあります。事業が抱える課題の解決に役立つツールを導入した際に、費用の一部が補助されます。

IT導入補助金は複数の種類がある中、インボイス制度と関わりがあるのは「デジタル化・AI導入補助金2026」のインボイス枠（インボイス対応類型）です。

ソフトウェアの購入費や最大2年間のクラウド利用料、ハードウェアの購入費や導入関連経費が補助されます。補助額や補助率は有する機能の種類に応じて変動しますが、会計・受発注・決済・EC機能の場合は以下の通りです。

ただし法改正によって50万円の補助下限額の制限が撤廃されました。より安価な会計ソフトでも、補助金によって予算に限りがある中小企業者や個人事業主も利用しやすくなっています。申請前には、必ず最新の公募要領と対象ITツールを確認することをお勧めします。

参照：IT導入補助金 – 中小企業基盤整備機構

小規模事業者持続化補助金のインボイス特例

小規模事業者持続化補助金は、持続的な経営を推進するための取り組みに励む小規模事業者向けの補助金で、上限額は通常50万円です。

免税事業者から課税事業者に転換する事業者に対しては「インボイス特例」で上限額がさらに上乗せされる措置があります。上乗せ額、対象者、登録時期、申請要件は公募回ごとに変わる可能性があります。従って、利用を検討する場合は、商工会・商工会議所または事務局が公表する最新の公募要領で、インボイス特例の有無と適用要件を必ず確認しましょう。

参照：【公式】小規模事業者持続化補助金【2026年最新版】

インボイス制度の経過措置や支援措置を活用して負担を最小限に抑えよう

インボイス制度に適切に対応するには、経過措置や支援措置、補助金の活用が効果的です。利用できる制度や補助金などを知ることで、負担を最小限に抑えましょう。

インボイス制度への対応自体がまだの方は、請求代行サービスの利用もおすすめです。『マネーフォワード 掛け払い』では、法改正への対応と同時に請求業務の効率化も図ることができます。

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• 監修：安木 識晃（公認会計士準会員）

  公認会計士準会員。監査法人にて4年弱、外資系保険会社などの財務諸表監査・内部統制監査に従事。その後、FAS（財務アドバイザリー）領域にてIPO支援（事業計画・資本政策・内部統制構築）、M\&AにおけるPPA・無形資産評価などを担当。スタートアップ企業のCFOとして、経理財務体制の構築、資金調達、海外展開支援にも従事。現在は都内のFASコンサルティングにて、IPO準備企業や成長企業の財務支援を行う傍ら、ライティング・記事監修業務も精力的に実施。専門分野に根差した実務的かつ分かりやすい情報発信を得意とする。