• 作成日 : 2025年9月9日

法人の税務調査はいつ来る？実施頻度やタイミング・流れなどを解説

「法人の税務調査はいつ来るのか？」疑問に思う方もいるのではないでしょうか？

本記事では、法人の税務調査はいつ実施されるのか、具体的な流れや調査が入りやすいタイミング、10年以上調査がない法人の特徴などを解説します。

さらに、実際の税務調査の流れも紹介するので、調査のイメージを具体的につかめる内容になっています。ぜひ最後までご覧ください。

税務調査とは？

税務調査とは、法人や個人事業主が提出した確定申告書の内容が正確か否か確認するために、税務署・国税局が行う調査のことです。

日本では申告納税制度が採用されており、法人税や所得税は納税者自身が申告した内容にもとづいて納付します。しかし、申告には計算ミスや記載漏れのほか、故意の虚偽や不正が含まれる可能性もあります。

税務調査では誤りや不正の有無を確認し、問題があれば納税者に修正申告や追徴課税を求めるのが特徴です。

任意調査

任意調査は、税務署の職員が納税者の協力を得て実施する調査のことです。税務調査の多くが、任意調査となっています。

通常は事前に電話や通知書で連絡があり、日程を調整したのち、2〜3日ほどかけて帳簿や資料が確認されます。

任意とはいえ、納税者には応じる義務があり、調査を拒否したり正当な理由なく帳簿を提示しなかったりした場合は、処罰を受けるおそれがあるため注意が必要です。

任意調査のなかには、事前連絡のない無予告調査も存在します。しかし、対応が困難な場合は理由を確認し、あらめて通知を出して実施してもらうことも可能です。

強制調査

強制調査は、国税局査察部が裁判所の令状を得て実施するものです。基本的に事前の通知はなく、拒否することもできません。

強制調査は、重大な脱税行為を立件するための刑事捜査の一環として行われます。

通常の調査とは異なり、巨額の脱税や悪質な不正が強く疑われる場合に限定されるのが特徴です。対象となった納税者は、帳簿や資料を強制的に押収されることもあります。

任意調査とは異なり、脱税摘発を目的としています。

税務調査はいつ来る？

税務調査の実施時期は法律で定められていませんが、実際には一定の傾向があります。とくによく行われるのは、次の2つの時期です。

それぞれの背景について、詳しく解説します。

春：3月の確定申告が終了した4～5月頃

税務調査は年間を通じて行われますが、時期によって実施の多い傾向があります。

3月に個人の確定申告が終わるため、とくに4〜5月頃は、調査が入りやすい時期のひとつです。

また、決算月が6月から翌年1月にあたる法人は、法人の事業年度の下期にあたる1〜6月に調査対象となることが多く、4〜6月に集中しやすい傾向があります。

一方で、1〜3月は税務署が確定申告業務で繁忙期となるため、調査件数は比較的少ない傾向です。

秋：税務署・国税局の人事異動が終わる7月〜11月頃

税務調査は、7月の人事異動後から11月頃にも活発に行われやすい傾向があります。

国税庁の事務年度は、7月に始まり翌年6月までの1年間です。そのうち上期にあたる7〜12月は、決算月が2〜5月になる法人が優先的に調査対象となります。

とくに3月決算の法人は、この時期に調査を受ける可能性が高く、調査内容も厳しくなるケースが少なくありません。そのため決算の経理処理には、いっそうの注意が必要です。

税務調査の実施頻度はどれくらい？

税務調査は毎年必ず行われるわけではなく、対象や状況により頻度が異なります。ここでは、実施頻度について詳しく説明します。

法人の場合

法人への税務調査は、一般的に3〜10年に一度の頻度で実施されています。

調査では、主に過去3年分の帳簿や書類が確認され、申告内容に誤りがないかチェックされます。新設法人の場合は明確な時期は定められていませんが、事業が安定していれば設立から3年ほどで調査対象となることが多いです。

ただし、売上や利益の急激な変動や決算数値の不自然さ、消費税還付の有無などによっては、頻度が早まる可能性もあります。

個人の場合

個人事業主に対する税務調査は、法人よりも実施間隔が長く、一般的には5〜10年に一度程度といわれています。

しかし、法人のように明確な周期があるわけではなく、業種や売上規模、納付している所得税額などによって、調査の対象となるかどうかが決まります。

税務調査では、過去数年分の確定申告書や帳簿類を確認されるケースが多いでしょう。そのため日頃から記録を整理し、遡って提出できるように備えておくことが重要です。

税務調査が入りやすいタイミングは？

税務調査が入りやすい状況には、一体どのようなものがあるのでしょうか？ここでは、税務調査が入りやすいタイミングを解説します。

売上が急激に上がった場合

売上が短期間で急増すると、税務署から不正や申告漏れの可能性を疑われ、税務調査の対象になりやすくなります。

とくに、前年より倍以上売上が伸びた場合などは注目されやすく、経費の過剰計上や売上未申告の有無が精査されます。

売上が増加した場合は、とくに帳簿を正確に管理し、申告内容の根拠を明確にしておくことが重要です。これにより、税務調査時にもスムーズに対応できます。

確定申告をしなかった場合

確定申告をしなかった場合も、税務調査の対象になりやすくなります。

確定申告が必要にもかかわらず申告を怠ることは、所得税法に違反する行為とみなされ、税務署から速やかに申告をするように対応を求められます。

無申告の事業者は、脱税の疑いをかけられやすくなるため注意が必要です。追徴課税や罰則を受けるリスクも高いため、期限内に正確な申告を実施してください。

利益が不自然に少ない場合

売上が一定以上ある状況で、利益が極端に少ない場合、税務署は経費の過剰計上や損益調整の不正を疑います。そのため、税務調査の対象となりやすいでしょう。

たとえば、年間売上が1,000万円を超えているのに、ほとんど利益がない場合などは、架空経費による利益圧縮の可能性が疑われます。そのため、税務調査で申告内容の詳細が精査されることがあります。

税務署から疑いをかけられないためにも、利益や経費の計上について、正確な帳簿管理が重要です。

売上高1,000万円にわずかに届かない場合

消費税が課税される基準は、売上高が1,000万円超です。そのため、売上高がわずかに1,000万円を下回る場合、税務署は消費税の課税回避の可能性を疑い、税務調査の対象となりやすくなります。

たとえば、毎年売上が950万円前後の事業者は、意図的に売上の一部を未計上にして基準を下回らせていると判断され、税務調査を実施されることがあります。

売上が1,000万円付近にある場合は、正確な売上管理と適切な申告が必要です。

長年税務調査が実施されていない場合

過去に税務調査を受けたことがない、あるいは長期間受けていない事業者は、調査対象になりやすい傾向があります。

税務署は公平性を保つため、未調査の事業者にも目を向ける方針です。たとえば、10年以上税務調査が行われていない場合、申告内容に誤りや見落としがある可能性を考慮し、取引や帳簿を確認します。

長期間、税務調査を受けていないから大丈夫と安心せずに、日頃から適切な帳簿管理と正確な申告を実施してください。

税務調査が10年以上来ない法人の特徴

法人への税務調査は一般的に3〜10年に1回程度行われますが、なかには10年以上調査が入らないケースもあります。ここでは、長期間税務調査が実施されない法人の特徴について解説します。

前回の調査で問題がなかった

税務調査で問題が見つからなかった場合、正確に申告している事業者だと判断されます。その結果、以降の税務調査の対象となる頻度は低くなることが多い傾向にあります。

現金での取引が少ない

現金での取引が少なく、取引のほとんどを振込で行っている事業は、売上や申告の漏れが起こりにくくなります。そのため、税務調査の対象になりにくい傾向があります。

売上高があまり大きくない

売上高がそれほど大きくない企業は利益も少なく、不正の余地がほとんどありません。そのため、税務調査の対象から外れやすい傾向があります。

業種・規模から考えて納付額が適正といえる

税務署は業種や規模に応じた売上や利益、経費から算出される納税額を把握しています。適正な金額を納付していれば、申告内容が正しいと判断され、税務調査の対象になりにくくなります。

税務調査の基本的な流れ

ここでは、税務調査が実際にどのように進められるのか、基本的な流れについて解説します。

1. 税務署から通知が届く

通常、税務調査は税務署から事前に連絡があります。実地調査の約2週間前に、電話で通知されることが多いです。

ただし、申告内容に不正や疑いがある場合は、適正な調査のために事前通知が省略されることもあります。

また、税理士が税務代理権限証書を添付して申告している場合は、税理士に通知が届きます。

2. 税務調査実施日を決める

税務署から通知を受けたあとは、調査の実施日を会社や事業主の都合に合わせて決めます。休業日や繁忙日を避けることも可能です。

このとき、税理士に立ち会いを依頼する場合は、税理士とも日程を調整しましょう。

顧問税理士がいない場合や対応に不安がある場合は、事前に税理士を探して、相談しておくのがおすすめです。

3. 必要な書類を準備する

税務調査に備えて、事前に必要書類を整えておくことが重要です。顧問税理士がいる場合は、事前の打ち合わせで資料の不備や漏れを確認しましょう。

また、調査当日に想定される質問や、誤りではなくても税務署と見解が異なる可能性のある項目も整理しておくと、安心して対応できます。

4. 税務調査の当日

税務調査の当日は、事前に指定した会社や事務所に調査官が訪問します。

税務調査は通常2〜3日間かけて行われ、まず事業内容や経営状況に関するヒアリングが実施されます。そのあと、決算書や帳簿、現金や棚卸資産などの書類確認や実地検査に進む流れです。

5. 税務署の指摘に対して回答する

現場での訪問調査が終了したあとは、書面や電話で税務署とやり取りを行います。

後日、税務署から指摘や質問、追加資料の提出を求められる場合があるため、柔軟に対応してください。顧問税理士がいれば税理士が対応し、いなければ事業者自身が対応します。

税務調査の結果が届くまでには、1か月以上かかるのが一般的です。

6. 調査結果を確認する

税務調査の結果が届いたら、内容を確認しましょう。税務調査の結果は、下記の3種類に分けられます。

結果に応じて、そのあとの対応や納税額が変わるため、注意が必要です。

• 監修：佐藤大貴（税理士）

  上場企業で10年間経理、事業管理部門に従事後、税理士資格を取得し、独立開業。税理士業務を行う傍ら、租税教育にも力を入れ、各種セミナーなどを行う。