• 作成日 : 2025年9月9日

税務調査とは？調査対象になりやすい法人の特徴や準備すべきポイントを解説

法人企業にとって、税務調査は実施される可能性のある重要事項です。とくに、これまで調査を受けたことがない場合は、「突然来たらどうしよう」と不安を感じている方もいるでしょう。

本記事では、税務調査の基本的な知識から調査の流れ、準備すべきポイントについて解説します。ぜひ参考にしてください。

税務調査とは

税務調査とは、法人や事業者が提出した申告内容に誤りや漏れがないかを、税務署や国税局が調査をする制度です。税金が法律にもとづいて正しく計算されているかを、帳簿や証憑をもとに調べることで、適正な納税の実現を目指すのが目的です。

調査と聞くと罰則や処分を連想しがちですが、必ずしも罰則等を前提として行われるものではありません。税務調査はあくまで「任意」が基本であり、調査官と納税者で対話を重ねながら、帳簿や資料の確認を行うのが一般的です。

ただし、悪質な申告漏れや脱税の疑いがあると判断された場合は、より踏み込んだ調査が実施されることもあります。

次章より、税務調査の種類や流れ、確認項目について詳しく解説します。

税務調査の種類

税務調査には大きく分けて、「任意調査」と「強制調査」の2種類があります。

一般的に法人に対して行われるのが任意調査です。税務署や国税局の職員が事前に通知を行い、日程を調整したうえで会社へ訪問されます。「任意」と表されますが、法的な質問検査権にもとづいて実施されます。

また、国税通則法第74条の2により、調査官には質問や帳簿の検査を行う権限が与えられています。調査を正当な理由なく拒否した場合は、罰則（国税通則法第128条）を受ける可能性があります。

一方で強制調査は、悪質な脱税行為などが強く疑われる場合に、国税局査察部が裁判所の令状を取得して行う調査です。いわゆる「マルサ」とも呼ばれ、事前連絡なしで調査が開始され、調査の拒否は一切できません。

通常の法人が対象となることはまれですが、重大な不正があると判断された場合には実施される可能性もあります。

参考：e-GOV法令検索「国税通則法第74条の2」

税務調査の流れ（任意調査の場合）

任意調査の基本的な流れは、以下のとおりです。

まず税務署から「税務調査を実施したい」という旨の事前通知が電話などで届きます。

その後、調査日や確認する内容についての打ち合わせが行われ、通知を受けた法人は、調査に必要な書類や資料の準備をします。実地調査は、1〜3日にわたって行われるのが一般的です。

調査官は、帳簿や領収書、通帳の内容などを確認しつつ、必要に応じて代表者や経理担当者へのヒアリングも行います。調査のなかで問題点が見つかった場合、後日修正申告を促されることもあり、内容によっては追徴課税が発生することもあります。

調査中は調査官とのやり取りを正確に把握し、対応を間違えないようにすることが重要です。事前に対応マニュアルを整備しておいたり、税理士に立ち会ってもらうことで、不要なトラブルを防げます。

税務調査の入る確率と時期

税務調査が入る確率や時期には明確な決まりがあるわけではありませんが、一般的には「3〜10年に1回」と言われています。調査の頻度は、法人の規模や業種、過去の調査履歴などによって異なります。

とくに調査が入りやすいのは、売上や利益が急増した場合や、経費比率が異常に高くなっている場合、または無申告や申告漏れが疑われる状況です。

税務署側はリスク分析にもとづいて調査対象を選定しており、毎年の申告内容をもとに調査の優先順位をつけています。

時期としては、3月決算の法人が多いことから、7月〜12月頃に調査が集中する傾向にあります。税務署側も3月〜5月は個人所得税の確定申告対応で忙しく、それ以降に法人調査へと移るケースがあるためです。

税務調査で確認される主な期間と項目

税務調査では、多くの場合、直近3年分の申告内容が主な調査対象となります。これは法律で明確に「3年」と定められているわけではありませんが、実務上の慣行として一般的に行われている期間です。

ただし、過去に申告漏れや意図的な誤りや不正が疑われた場合には、5年あるいは7年にまでさかのぼって調査される可能性もあります。

また、法人には帳簿書類の保存義務があり、原則としては7年間です。しかし、10年間分は保存をしておくのが無難です。

調査官はこれらの資料を保存期間内で確認し、必要に応じて過去の処理内容までさかのぼってチェックを行います。

調査項目としては、「売上」「仕入」「経費」の整合性が主なポイントです。とくに現金売上が帳簿に正しく記載されているか、私的な支出が経費に含まれていないかなどが注視されます。

そのほか、消費税の課税・非課税の区分や源泉所得税の処理状況も確認対象になります。こうした部分で記載ミスが見つかれば、軽微なものであっても調査官から指摘されることが少なくありません。

調査は書類上の数値だけでなく、実際の業務実態と照らし合わせて行われます。社長や経理担当者へのヒアリングを通じて、不明点を確認しながら進行するのが一般的です。

回答に矛盾や虚偽が見られた場合は、得意先や仕入先に対して反面調査が実施される可能性もある点に留意しましょう。

税務調査の対象になりやすい法人の特徴

税務調査は、すべての法人に等しく実施されるわけではありません。

国税当局では、提出された申告書や業績データをもとにリスク分析を行い、調査対象を優先的に選定しています。そのため、税務調査が入りやすい法人には、いくつか共通する傾向が見られます。

一方で、調査のリスクが低い法人には以下のような特徴があるのが一般的です。

税務調査は、平均的には4～5年ごとに行われると言われています。ただし、上記のような条件を満たす法人では、10年、あるいはそれ以上調査が入らない例も存在しています。

しかし、決して調査が来ないという保証はありません。たとえ過去に是認された法人であっても、売上構成の変化や税制改正、新たな帳簿不備の疑いなどがあれば調査対象になる可能性は十分にあります。

日頃から帳簿や証憑の整理を徹底し、調査が入っても慌てずに対応できる体制を整えておくことが重要でしょう。

税務調査に備えて準備すべき書類一覧

税務調査では、法人が日々行っている取引の証拠や、申告内容の裏付けとなる書類が確認されます。そのため、調査官が重点的に見るポイントをおさえておき、各種書類を適切に保存・整理しておくことが重要です。

税務調査時に提出が求められやすい代表的な書類は、以下のとおりです。

税務申告書・決算書などの提出書類

法人税や消費税、源泉所得税などの税務申告書一式は調査時に必ず確認されます。たとえば、勘定科目ごとの金額の根拠を尋ねられるケースもあるため、決算内容と連動した書類管理が求められます。

申告書に添付されている内訳書や勘定科目明細書、別表なども含めて保管しておきましょう。

仕訳帳・総勘定元帳などの帳簿類

会計処理の全体像を把握するうえで、仕訳帳や総勘定元帳、補助簿、試算表は不可欠な資料です。取引が正しく記録されているかを確認するために、これらの帳簿が調査されます。

総勘定元帳は、各勘定科目の詳細な動きが一目でわかる資料として、とくに注視されます。くわえて、日付や取引先ごとの記載が明確であることも重要です。

売上明細・請求書・領収書などの売上と仕入に関する書類

売上や仕入の妥当性を判断するために、以下のような書類提出が求められます。

調査官は、売上の計上漏れや経費の不正計上がないかを確認するため、帳簿とこれら証憑の整合性を丁寧にチェックします。

取引先との契約書・業務委託契約書

外注費や顧問料、人件費など、金額が大きくなりがちな取引については、その支出の正当性を証明できる契約書類が必要です。

とくに、継続的に支払っている取引については「契約の実在性」「報酬の妥当性」「業務内容の具体性」が見られるため、業務委託契約書や覚書などを保管しておくと安心です。

電子データ

紙の書類だけでなく、デジタル形式の証憑も調査対象になります。

また、2022年1月施行の電子帳簿保存法改正により、電子取引の保存ルールが強化されています。電子取引データは、定められた条件で保存しなければなりません。

証憑管理や帳簿の保存・検索を効率化したい場合、クラウド会計ソフトの導入が非常に効果的です。

たとえば、「マネーフォワード クラウド会計」は、日々の業務から税務調査の対応までを一貫してサポートできます。具体的には以下のとおりです。

書類管理を人手で行っている場合に比べてミスが防げ、調査時の対応負担も軽減できます。

税務調査で指摘されやすい項目とチェックすべきポイント

税務調査では、すべての帳簿や書類が一律にチェックされるわけではありません。調査官は経験やデータにもとづいて「不自然な点」や「リスクが高い項目」に焦点を当て、重点的に確認を進めます。

ここでは、実際に指摘を受けやすい代表的な項目の対策方法について解説します。チェックすべきポイントは、以下のとおりです。

売上の計上漏れはないか

調査対象としてもっとも多くの指摘があるのが、「売上除外」や「売上計上漏れ」に関する項目です。

これらの状況は、売上の計上漏れと見なされるリスクが非常に高いといえます。とくに現金売上は記録が曖昧になりやすいため注意が必要です。

売上に関する記録は、日々の業務のなかでこまめに記帳し、請求書・領収書・通帳の入金履歴を一元的に管理することが重要です。これにより、売上の記帳漏れといった指摘を防ぎやすくなります。

また、POSレジを導入している場合は、取引データをCSV形式で出力・保存しておくことで、税務調査時の提出に対応しやすくなります。

経費の私的流用がないか

次にチェックされやすいのが、交際費や旅費交通費などの経費の妥当性です。

たとえば、以下のような支出は問題視される傾向があります。

調査官は、金額よりも「事業に関連しているかどうか」を厳しく確認します。

こうしたリスクを防ぐためには、レシートに「誰と・どこで・何のために」使ったかをメモで添える、または帳簿に記録を残しておくことが有効です。

さらに、個人カードで立て替えた経費は、内容が明確に事業に関連していると判断できるものに限定することで、指摘を受けるリスクを軽減できます。

役員の立替金や貸付金が適切に処理されているか

役員貸付金や立替金の処理も、調査でよく見られるポイントです。こうした処理は、「会社資金の私的流用」と見なされかねません。

たとえば、以下のようなケースがチェックされやすい傾向です。

対策としては、役員貸付金や仮払金、立替金として帳簿上で他の経費と明確に区分し、返済期日や金額をあらかじめ設定しておくことが基本です。

返済が長期に及ぶ場合は、利息の計上や返済スケジュールを記した社内書類を整備し、透明性を高めておくことも求められます。

消費税の取引区分に誤りがないか

消費税の計算でのミスも、指摘を受けやすい項目です。以下のようなミスは、消費税の過少申告や追徴課税の原因になります。

誤りを防ぐためには、会計ソフトやExcelを使って正しい税区分を登録しておくようにしましょう。たとえば、以下のように区分しておくことで管理しやすくなります。

くわえて、決算期には課税売上・非課税売上の一覧表を作成し、仕入控除の対象も洗い出しておくことも大切です。

原価や費用計上に不審な点はないか

売上に比べて仕入や外注費、材料費が不自然に多い場合、利益操作を疑われる可能性があります。たとえば、以下のようなケースがあげられます。

こうした指摘が入ると、意図していなくても仮装隠蔽と見なされる可能性があります。

リスクを減らすためには、仕入先や外注先との契約書・納品書・請求書・振込記録などの一式を保管し、業務実態を裏付ける資料に整えておきましょう。

必要に応じて、社内の作業報告書や納品チェックリストなど、実務上の証拠も準備しておくのも有効です。

役員報酬は適正か

最後に確認されやすいのが役員報酬の設定状況です。

役員報酬が他社と比べて過大・過少だったり、業績に見合わない金額が設定されている場合、税務調査のチェック対象になります。

また、毎月の報酬金額が変動していると、法人税法上の損金算入が認められません。そのため、役員報酬は定期同額で支給し、株主総会の議事録や報酬決定書を明文化して保管することが原則です。

報酬水準が妥当かを業界の平均データと比較して検討しておくことで、調査時の説明が円滑になります。

税務調査を見据えた対策ポイント

日頃から税務調査の対策をしっかりしておけば、慌てることなく対応できます。

ここでは、税務調査を想定した以下のポイントについて解説します。

帳簿と証憑の整合性をとる

税務調査では、帳簿の記録と証憑の一致が重視されます。たとえば、売上や経費、仮払金が帳簿上に正確に記載されていても、それを裏付ける証拠が不足していれば、疑いを持たれる可能性があります。

また、紙の証憑だけでなく、PDFやスキャンデータなどの電子保存を行っている場合は、電子帳簿保存法に準拠した保存形式にしておくことが重要です。

領収書や請求書は、日付順や科目別に整理し、帳簿との突合がすぐできるようにファイリングしておきましょう。

仮払金や立替金については、精算処理が行われていることを明確にし、仕訳と証憑が一致しているかを定期的に見直す必要があります。

電子ファイルの場合は、「日付_支払先_金額」などの命名ルールを決めておき、誰が見てもわかるフォルダ管理を徹底することが大切です。

定期的に内部監査を実施する

税務調査が予告なく行われることを踏まえると、日頃からのセルフチェックが最も有効な備えとなります。

毎月、または四半期ごとに社内の経理担当や顧問税理士と一緒に帳簿や証憑を確認するだけでも、調査時のトラブルを大きく減らせます。

売上・仕入・経費の推移に異常がないかをチェックし、もし偏りが見られた場合は、その原因を明確にし、修正や説明の準備を整えておくことが重要です。

交際費や旅費などの私的要素が混入しやすい経費は、社内でダブルチェックする仕組みを作っておくと安心でしょう。

信頼のおける税理士との顧問契約をする

税務調査の対応において、実績のある税理士のサポートは非常に心強い武器になります。

税理士と顧問契約を結んでいれば、税務署からの事前通知が届いた際にも、過去の申告内容や懸念点を共有しながら、調査に備えることが可能です。

とくに、税務調査の立ち合い経験が豊富な税理士は、調査官との対応にも慣れており、不要な指摘を避けるアドバイスも期待できるでしょう。

日常的にチェックを依頼し、リスクの高い処理や不明瞭な会計項目を早期に修正する体制を築いておくことが、結果的に企業の信用維持にもつながります。

税務調査におけるよくある質問

税務調査については、「いつ来るのか」「どのような会社が対象になるのか」など、気になる疑問が多くあります。

ここでは、経営者が抱えやすい以下の質問について解説します。ぜひ参考にしてください。

法人を廃業したあとでも税務調査は入る？

法人を廃業していたとしても、過去の申告内容に問題があると判断された場合、税務調査が実施される可能性は十分にあります。

とくに、帳簿や証憑の保管義務がある7年から最大10年の期間内であれば、廃業後であっても調査対象になり得ます。

万が一、廃業前に不自然な処理や未申告の所得などが見つかった場合は、修正申告や追徴課税が求められる可能性もあるため、廃業後もしっかりと記録を残しておくことが重要です。

追徴課税が払えない場合はどうすればいい？

税務調査の結果、追徴課税が発生してもそのまま放置してしまうと、財産の差押さえなどの強制執行に発展するリスクがあります。原則として追徴課税は免除されず、自己破産しても免責にはなりません。

もし、支払いが困難な場合は、「納税猶予制度」などの救済措置を検討しましょう。これは、所定の条件を満たすことで分割払いが認められる制度であり、税務署との協議により一定期間の延納や分割納付が可能になります。

小規模法人でも税務調査は入る？

「うちは小さな会社だから関係ない」と思われがちですが、小規模法人や個人事業主も税務調査の対象になり得ます。

とくに以下のような条件に当てはまる場合は、調査対象として優先的に選ばれる可能性が高まります。

小規模であっても、正しい会計処理を行うことが重要です。、帳簿や証憑の整備をし、調査リスクを減らしましょう。

法人を立ち上げてから何年目に税務調査は入る？

税務調査が法人設立の何年目に入るかについて明確なルールはありませんが、一般的に設立から3年以上経過した企業が調査対象になりやすいと言われています。

なぜなら、税務調査では過去3年分の申告内容を確認することが多く、開業から3期が終わったタイミングで、調査の候補として浮上する可能性があるためです。

売上急増や不審な取引があれば、それ以前でも調査が入ることもあります。

• 監修：佐藤大貴（税理士）

  上場企業で10年間経理、事業管理部門に従事後、税理士資格を取得し、独立開業。税理士業務を行う傍ら、租税教育にも力を入れ、各種セミナーなどを行う。

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