- 作成日 : 2025年9月9日
税務調査の流れとは？実施時期やチェックされやすい項目などを解説
税務調査の通知が届くと、事前に実施の流れを把握しておきたくなる方は多いでしょう。
本記事では、税務調査の基本的な流れをステップごとにわかりやすく解説します。そのほかにも、下記のような内容を解説します。
- 税務調査の実施時期
- 何年分が調査の対象になるのか
- チェックされやすい項目
- 税務調査の対象になりやすいケース
- 成功させるポイント
はじめて税務調査に対応する方でも、安心して臨めるようにチェックしておきましょう。
税務調査とは？
税務調査とは、納税者の申告が正しく行われているかを、税務署や国税局が確認する手続きです。
税務調査で申告漏れや不正が判明した場合、適切な納税額への修正の指示や場合によっては追加課税などのペナルティを科されます。
税務調査には2種類があり、「任意調査」と「強制調査」に分かれます。
任意調査は名前のとおり任意とされていますが、実際には拒否できず、応じない場合はペナルティを受けるかもしれません。
これに対して強制調査は、裁判所の令状にもとづいて国税局査察部が行うもので、巨額脱税の疑いがあるケースなどに適用されるものです。
税務調査の流れ
税務調査の一連の流れを理解しておくことで、突然の連絡にも冷静に対応できます。ここでは、実際の手続きや進行のポイントをわかりやすく解説します。
税務署からの事前通知が届く
一般的に任意調査では、税務署から事前に電話で連絡が入ります。ただし、連絡がとりにくい場合は書面通知に切り替えることもあります。
顧問税理士がいる場合は、通知が税理士宛に届くケースが一般的です。通知には、主に下記のような内容が記載されています。
- 調査の目的
- 日時
- 場所
- 対象税目
- 課税期間
- 必要書類
日程や場所などを確認し、税務調査の当日に備えましょう。
なお、通知の時期については法律で明確に定められていません。基本的には、税務署の裁量で決定されます。
日程調整する
税務調査の日程は、まず税務署職員とのやり取りを通じて決定されます。基本的には納税者本人の予定や業務状況を踏まえて調整できるため、無理のない日を選ぶことが可能です。
日程の決定後であっても、入院や親族の葬儀、業務上どうしても避けられない事情など、正当な理由があれば日程変更に応じてもらえます。
さらに、税理士の同席を希望する場合には、税務署と納税者だけでなく、税理士の予定も考慮して日程を調整します。
税務調査の必要書類を準備する
税務調査の日程が確定したら、実施に備えて必要な書類を揃えます。準備すべき資料の主な種類は、以下のとおりです。
顧問税理士がいる場合は、調査対象期間を把握し、そのうえでどのような対応をとるべきか具体的に検討することが重要です。
また、法律や税法に関する疑問点は事前に解消しておくことで、税務調査に臨む際の不安を和らげられます。
必要書類を整える過程で、申告漏れや誤りが見つかった場合には、調査が始まる前に速やかに修正申告や期限後申告を行うことが望ましいでしょう。
自主的に修正を行えば、課される罰則が軽減される可能性があります。
税務調査当日
税務調査の当日は、税務署の職員が事業所を訪れ、会社や事業の概要について確認をします。続いて、総勘定元帳や仕訳帳、決算書などの会計資料を詳細にチェックしていきます。
税理士に立ち会いを依頼していれば、専門的なやり取りをサポートしてもらうことが可能です。ただし、日常の取引内容や実務に関しては納税者自身への質問もあるため、正確に答える姿勢が求められます。
調査期間は事業規模によって異なりますが、多くの場合2日〜3日程度かかります。
税務署職員からの質問に答える
税務調査では、税務署職員から取引の背景や経費処理に関する質問を受けることが多くなります。そのため、証拠となる資料を整え、正確に答えられるよう準備しておくことが大切です。
納得できない指摘に対しては、根拠を示して冷静に反論や交渉を行う姿勢も求められます。
答えられない内容がある場合は、理由を正直に伝えることが重要です。
あいまいな返答や虚偽の説明をすると、不信感を招きます。取引先や金融機関への、反面調査に発展する可能性もあるため注意が必要です。
税務調査の結果が届く
通常、税務調査の終了後およそ1か月ほどで結果が通知されます。
ただし、事業規模が大きい場合や大きな申告漏れが見つかった場合には、調査が長期化することもあります。
税務調査の結果は、主に下記の3種類です。
| 結果 | 内容 |
|---|---|
| 申告是認 | 申告内容に問題がなかった場合 |
| 修正申告 | 税務署からの指摘を認め、納税者が正しく申告し直す |
| 更正 | 指摘に対し納税者が納得せず、修正申告を出さない場合に税務署が納税額を示す |
調査の結果、申告内容に問題がないと判断されれば「是認通知書」が送付され、それをもって手続きは終了します。
一方で、申告に誤りがあった場合には、納税者自身が修正申告を行うか、税務署による更正処分に応じる必要があります。
その後、追加の納税が求められるため対応しましょう。
また、更正処分が不服であれば、不服申立てを行うこともできます。
修正申告の対応・追徴課税を納付する
修正申告を行うことになった場合には、不足分の税金も含め、追徴課税を納める必要があります。
修正申告をするかどうかの判断は、納税者本人の判断に委ねられています。顧問税理士がいる場合は、十分に相談した上で決定するのが望ましいでしょう。
一方、税務署の指摘に納得できない場合は修正申告をせず、更正処分を待つという選択肢もあります。更正処分後、不服申立てを行うことも可能です。
ただし、その場合には自主的に修正申告をしない等、税務署からの心証は悪くなります。
また、延滞税や重加算税といった税負担が、修正申告に比べて増加する可能性がある点に注意が必要です。
税務調査の実施時期
税務調査は年間を通じて行われるため、明確な時期の規定はありません。
しかし、8月から11月中旬にかけては実施件数が多い傾向があります。これは、税務署の年度が7月から翌年6月までであることに加え、日本企業の多くが3月決算であることが主な理由です。
税務署は、7月初旬の人事異動後、新体制となり、組織が安定するお盆明け頃から本格的に調査が始まります。
法人の決算月によって調査時期も異なり、下記のような時期に調査が集中するのが一般的です。
- 2月〜5月決算の法人：7月〜12月
- 6月〜翌1月決算の法人：1月〜6月
とくに3月決算企業が多い日本では、7月〜12月に税務調査が偏る傾向がみられます。
税務調査はどこまで調べる？何年分？
通常は、直近の事業年度から過去3事業年度程度が対象となります。しかし、法的な上限はなく、疑いがある場合には、さらに過去の年度まで調査されることもあります。
とくに事実の隠蔽や仮装申告が発覚した場合、最大で7事業年度分まで、さかのぼって調査が行われるでしょう。
税務調査では、調査官が疑問や不審を抱いた場合、記帳の根拠となる「原始記録」を確認します。原始記録を確認するにあたり、PCデータや書類棚など必要に応じてあらゆる場所を調べることが可能です。
調査官は「質問検査権」を有しており、納税者には調査に応じる「受忍義務」があるため、基本的に拒否はできません。
税務調査でよく確認されるポイント4選
ここでは、税務調査でとくに確認されやすい項目について解説します。事前に把握しておくことで、適切な準備と対応ができるでしょう。
1. 経費の計上が適切かどうか
税務調査では、領収書や請求書などの証拠書類をもとに、私的利用や架空経費の計上がないか細かく確認されます。
とくに、頻繁に利用する飲食店や領収書のない交通費は私的利用と疑われやすいため、日付や目的など詳細な記録を残すことが重要です。
業務上の飲食代や交通費が大きい場合は、証拠書類を確実に保管しておきましょう。また、事業との関連性を明確に示せるよう、準備しておくことが求められます。
2. 売上や経費の計上時期が適切か
売上や経費の計上時期のズレは、利益操作とみなされる場合があり、税務調査で発覚すると問題になる可能性があります。
売上の未計上や費用の前倒し、架空取引の計上などによる利益操作は、意図がない場合でも納税額に影響するため、適切な修正が求められます。
会計処理のミスや基準の認識違いが生じることもありますが、意図的と判断されれば不正とされるでしょう。修正申告に加え、重加算税のリスクがあります。
長期プロジェクトや、年度末前後の取引では、とくに注意が必要です。
3. 増減の幅が大きい理由
前年と比べて増減が大きい項目は、税務調査で重点的に確認されやすくなります。ただし、正当な理由があれば問題にはなりません。
たとえば、売上が大幅に減少した場合や特定の経費が急増した場合には、背景や理由を具体的に説明することが求められます。
説明の際には、契約書や取引に関する証拠書類を整備し、税務署職員が納得できる形で示せるよう準備しておくことが重要です。
4. 在庫の計上が適切かどうか
製造業や卸売業など、多くの在庫を抱える業種では、在庫の計上が適切かどうかも税務調査の重要な項目のひとつです。
棚卸資産は金額が大きくなる傾向があるため、計上漏れがあると、税額に大きな影響をおよぼす可能性があります。在庫管理や、帳簿への正確な反映が重要です。
具体的な棚卸資産の例としては、下記のようなものが挙げられます。
とくに、未着品やトラック品は注意が必要です。未着品は所有権が移転していても届いていないもの、トラック品は発送済みでも先方に納品されていないものを指します。
年度末に注文した未着品は、翌年度に到着するため、計上漏れが生じやすく、正確な在庫管理が求められます。
税務調査の対象となりやすいケース
ここでは、税務調査でとくに注目されやすいケースについて解説します。事前に把握することで、適切な対応や準備が可能です。
過去の税務調査で不正があった場合
過去に申告漏れや処分を受けた経験がある場合、その後も適正な申告が行われているかを確認するため、税務調査の対象に選ばれやすくなります。
不正再発防止の観点から、こうした納税者はとくに注意が必要です。
売上が大きく増減した場合
直近の事業年度と比べて売上や利益の変動が大きい場合、税務署は要因を確認するため税務調査の対象にしやすくなります。
とくに突然赤字になった場合は、不正による納税負担の軽減が疑われることもあるでしょう。増減の理由を合理的に説明できるように、準備しておくことが重要です。
不正がみられやすい業種の場合
下記のような業種は、現金取引が多く売上の計上漏れを起こしやすいため、実地調査で不正が発覚しやすい傾向にあります。
- 道路貨物運送業
- 建築工事業
- 飲食業
- 美容業
そのため、正しく申告していても、業種を理由に税務調査の対象になりやすいといえます。
売上額が1,000万円にわずかに届かない場合
売上が1,000万円を超えると、消費税の課税事業者となります。
課税事業者となるラインにギリギリ届かない売上の場合、税務署は過少計上による消費税の回避を疑うことがあるため、注意が必要です。
事業の規模が大きい場合
事業規模が大きく売上や利益が多い法人は、納税額のミスや申告漏れによる影響が大きくなりやすいといえます。
そのため疑いがなくても確認の意味で、税務調査の対象になりやすい点に注意が必要です。
税務調査をスムーズに実施するための成功ポイント
税務調査を円滑に進めるには、事前準備や書類整理が重要です。ここでは、税務調査をスムーズに進めるためのポイントを解説します。
質問に対して正直に回答する
税務署からの指摘や質問には、正直かつ一貫した回答を心がけることが重要です。嘘や言い逃れをすると疑いが強まり、あとで不正が発覚した場合には通常より重いペナルティが課される可能性があります。
万が一、ミスがあった場合でも、誠実に対応し協力的な態度を示すことで、調査を円滑に進めやすくなります。
手元に残す書類はコピーする
事業規模が大きく書類が多い場合、税務署から書類の持ち帰りを求められることがあります。
書類を渡す際は、事業に支障がない資料かを確認し、紛失に備えてコピーを残すことが重要です。
持ち帰りに応じることで調査は円滑に進みますが、重要書類はコピーを残しておくなど、業務に支障が出ないように対策する必要があります。
余計な話はしない
税務調査では、質問されていないことまで話すと、矛盾を指摘される可能性があります。
家族構成や趣味などの雑談から情報を引き出されることが多いため、聞かれたことだけに誠実に答えることが重要です。
余計な情報を話さないことで、調査のチェックポイントを増やさず、税務調査をスムーズに進められます。
税理士に依頼する
税務調査に自信がない場合は、税理士への依頼がおすすめです。税務調査への立ち会いを依頼すれば、心理的負担が軽減され、書類準備や当日のやり取りも任せられます。
会計ソフト「マネーフォワード」には、税理士の検索機能があり、条件を絞って税務調査に強い税理士を探すことも可能です。
税務調査の実績がある税理士を探したい方は、ぜひご活用ください。
※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。
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