更新日 : 2025年8月28日

個人事業主のためのマイナンバーガイド｜外注・従業員対応・確定申告まで解説

マイナンバー制度は、行政の効率化を目的に導入された仕組みですが、個人事業主にとっても日常業務の中で関わる場面が多くあります。確定申告での記載義務、報酬の受け取り時や従業員の雇用時、外注先への支払い時など、あらゆる場面でマイナンバーの正しい取り扱いが求められます。

本記事では、個人事業主がマイナンバー制度とどのように関わるのかを解説します。

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個人事業主とマイナンバーの基本
個人事業主が受注者としてマイナンバーの提供を求められるケース
- 報酬の受け取りにマイナンバー提供が必要になる
- マイナンバー提供のタイミングと方法
個人事業主が発注者としてマイナンバーを扱うケース
- 法人に支払う場合と個人に支払う場合の違い
- マイナンバー収集の手順と注意点
個人事業主が従業員を雇う場合のマイナンバー管理
- 従業員・扶養家族のマイナンバー取得と提出書類
- 従業員・扶養家族のマイナンバーの保管と安全管理
個人事業主の確定申告とマイナンバーの関係
- 確定申告書へのマイナンバー記載義務
- マイナンバーカードを使った電子申告の活用
マイナンバー制度への理解を深め、正しく対応しよう

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個人事業主とマイナンバーの基本

まずはマイナンバー制度の概要と、個人事業主に関連する基本事項を押さえましょう。

マイナンバー（個人番号）とは

マイナンバーは、日本に住民票のあるすべての人に対して一人ひとつ割り当てられる12桁の番号です。2015年10月から通知が始まり、2016年1月から実際の利用が開始されました。この番号は、社会保障、税、災害対策の3分野に限定して使われ、行政機関間の情報連携や手続きの簡素化を目的としています。

個人事業主にとって重要なのは、税務手続きでの活用です。2016年度分から、確定申告書にマイナンバーの記載が義務化され、申告者本人のほか、扶養家族や配偶者がいる場合はその番号も記載する必要があります。

法人番号とマイナンバーの違い

法人番号は、株式会社などの法人に付与される13桁の番号で、誰でも自由に確認・利用できるオープンな番号です。一方、マイナンバーは特定個人情報として法的に利用目的が厳しく制限されており、取り扱いには細心の注意が必要です。

個人事業主は法人ではないため法人番号は存在せず、税務申告などの際には自身のマイナンバーを記載します。また、税務申告以外にも契約や受発注の際に取引先の法人番号を必要とする場合もあります。取引先が法人であれば法人番号で済みますが、相手が個人事業主の場合は法人番号が存在しないためマイナンバーをやりとりする必要があります。ただし、マイナンバーは法律により利用目的が制限されているため、マイナンバーのやり取りをする場合にはその目的を確認し、取り扱いには十分注意してください。

さらに、インボイス制度により導入された適格請求書発行事業者の登録番号も、法人と個人事業主で形式が異なるため、番号の性質を正しく理解しておくことが重要です。

適格請求書発行事業者の登録番号とマイナンバーの違い

適格請求書発行事業者の登録番号は、インボイス制度に基づき発行される13桁の識別番号で、「T＋数字」で構成されます。これは消費税の仕入税額控除の要件として利用され、法人・個人事業主のいずれにも発行されます。マイナンバーは個人に付与される12桁の番号で、税・社会保障・災害対策の分野に限定して使用されるものなので、両者を相互に代用することはできません。

個人事業主が受注者としてマイナンバーの提供を求められるケース

個人事業主がフリーランスなど受注者の立場で仕事をするときにマイナンバーの提供を求められる場合について解説します。クライアントからマイナンバーの提供を求められるのはどんな場合か、そのタイミングや提供方法、注意点を確認しましょう。

報酬の受け取りにマイナンバー提供が必要になる

個人事業主として仕事を受けた際、発注者である企業やクライアントからマイナンバーの提出を求められる場合があります。これは主に、クライアントが税務署に提出する「支払調書」に受注者のマイナンバーを記載する必要があるためです。支払調書は、報酬や料金などを一定額以上支払った場合に作成される法定調書で、誰にいくら支払ったかを明確に記載して税務署へ提出する義務が課されています。

2016年1月以降、この支払調書には、報酬を受け取る個人のマイナンバーを記載することが義務付けられました。たとえば、ライターの原稿料や講演料、弁護士・税理士などの専門職への報酬では、同一の支払者から年間5万円を超えて報酬を受け取った場合に、支払調書の作成とマイナンバー記載が必要になります。一方で、外交員報酬や接客業務報酬など特定の業種については、50万円を超える場合に調書提出の義務が発生します。

このように、報酬の種類によって金額の基準が異なるため、自分の業種がどの区分に該当するのかを事前に確認しておくことが重要です。国税庁の公式サイトなどでは、報酬区分ごとの基準額や提出対象の詳細が公表されており、参考になります。継続的に取引がある場合は、1件あたりの金額が少なくても年間で基準額を超える可能性があるため、取引の開始時点からマイナンバー提供を視野に入れておくと安心です。

クライアントが支払調書を作成する際、マイナンバーの記載が必要なため、原則として受注者である個人事業主は、マイナンバーを提供する必要があります。「なぜこの会社にマイナンバーを提供しなければならないのか」と疑問に思うかもしれませんが、背景には法定調書に関する税務上の義務があることを理解しておきましょう。

参考：タックスアンサー　No.7431「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」の提出範囲と提出枚数等｜国税庁

マイナンバー提供のタイミングと方法

マイナンバーの提供を求められるタイミングは、取引先によって異なります。契約書の締結時点でマイナンバーの提供を求める企業もあれば、年末や翌年初頭など、支払調書の作成時期に合わせて提供を求める場合もあります。いずれにしても、年間取引額が法定の基準額を超えると、最終的には提供が必要になるため、あらかじめその旨を把握しておき、求められた際には速やかに対応できる準備を整えておくことが大切です。

取引先へのマイナンバーの提供方法としては、取引先が用意したマイナンバー提供書類に番号を記載し、署名・捺印の上で返送する形式が一般的です。マイナンバーの提供依頼の際には、マイナンバーの確認だけでなく、本人確認も同時に行われます。これは「その番号が本当に本人に帰属するものか」を確認するために義務付けられているプロセスです。

本人確認の方法として最も簡便なのが、マイナンバーカードの提示です。カード1枚でマイナンバーの確認と本人確認の両方を一度に行えるため、手続きがスムーズになります。カードを持っていない場合は、「通知カードまたは住民票写し」と「運転免許証」などの本人確認書類を提示し、マイナンバーの確認と本人確認を別々の書類で行う必要があります。

直接会って確認する機会がない場合には、書留郵便でコピーした書類を送付したり、暗号化したファイルをオンラインストレージにアップロードするなど、安全性の高い手段で提出します。マイナンバーを取り扱うすべての事業者には、マイナンバーの収集・保管・廃棄のルールを定め、マイナンバーの目的外利用を禁止することが求められており、社内規程の整備を含む安全管理措置を講じることが義務付けられています。

最後に、マイナンバーの提供が法律上の義務かどうかという点について触れておきます。実のところ、個人がマイナンバーの提供を拒否したからといって罰則が科されるわけではありません。しかし、発注者は税務署への報告義務を負っているため、番号が提供されなければ正しく支払調書を作成できません。このような状況は発注者にとって不都合であり、信頼関係に影響を及ぼす可能性があります。そのため、原則として求められた場合には、適切な方法で提供することが望ましいとされています。

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個人事業主が発注者としてマイナンバーを扱うケース

個人事業主が発注者（支払う側）となり、外部の人に仕事を依頼する場合を見てみましょう。相手が個人事業主やフリーランスであれば、その人のマイナンバーを取り扱う必要が生じます。法人に依頼する場合との違いや、マイナンバー収集の手順・注意点を解説します。

法人に支払う場合と個人に支払う場合の違い

個人事業主が外部に業務を依頼する場合、支払先が法人か個人かによって、取り扱う番号の種類が異なります。相手が株式会社などの法人であれば、必要とする番号は「法人番号」（13桁）です。法人番号の場合は請求書や契約書などに記載してもらう方法などで十分です。また、法人番号は国税庁のウェブサイトで検索可能な公開情報であり、取り扱いに制限がありません。仮に請求書や契約書などに記載がない場合でも、必要に応じて個人事業主自らウェブサイトによる検索が可能です。

一方、支払先が個人事業主やフリーランスである場合は、その人固有のマイナンバーを取得する必要があります。たとえばデザイナーに業務委託し、報酬を支払った結果、一定金額を超える場合には、税務署へ提出する「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」に相手の氏名・住所・マイナンバー・支払金額その他必要な情報を記載する必要があります。

これは、前項で説明した受注者側の立場を裏返したものです。つまり、報酬を支払う側としては、金額が一定以上となれば法定調書の作成及び提出義務が生じるため、その際にマイナンバーの収集が求められます。源泉徴収の要否や支払額の基準によって異なりますが、「報酬等を支払う際には、必要に応じてマイナンバーの提供を依頼する」という意識を持っておくと安心です。仮に相手がマイナンバーの提供を拒んだ場合でも、調書提出義務自体は免除されませんので、自社で確認できる範囲の情報をもとに提出を行うことになります。

なお、事業者には法令に基づきマイナンバーを収集する義務があります。相手方がマイナンバーの提供を拒んだことにより調書にマイナンバーの記載ができない場合には、自社の収集義務違反でないことを明確するためにも、マイナンバーの提供を求めた経過等を記録・保存することが大切です。

マイナンバー収集の手順と注意点

発注者としてマイナンバーを収集する際は、(1) マイナンバー提供の依頼 → (2) マイナンバーと本人確認書類の取得 → (3) 情報の安全な保管と利用、という流れが基本です。

まず(1)の依頼ですが、契約締結時や報酬額が一定以上になる可能性がある段階で、「支払調書作成のため、マイナンバーのご提供をお願いします」とあらかじめ伝えておくとスムーズです。本来、マイナンバーは必要性が生じたときに取得するのが原則ですが、個人情報保護委員会のガイドラインでは、契約締結が確実に見込まれる場合など、将来的な提出に備えて事前に取得することも認められています。

参考：特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）第4-3-(1)

続いて(2)の本人確認については、発注者には「提供されたマイナンバーが提供者本人のものかどうかを確認する」法的義務があります。対面で契約を結ぶ場合は、マイナンバーカードを提示してもらい、マイナンバーと本人の一致を確認するのが最も確実な方法です。

遠隔地の相手であれば、マイナンバーカードの写しか、マイナンバーカードを持っていない場合には通知カードやマイナンバー記載の住民票の写しと、運転免許証などの本人確認書類をセットで郵送してもらいましょう。

この場合は、簡易書留や特定記録郵便などの手段で送ってもらうと、受領確認ができて安心です。メール添付による送信は避け、やむを得ず電子的に送ってもらう場合は、パスワード付きの暗号化ファイルを使用し、パスワードは別の経路で共有するようにします。

最後の(3)は保管と管理です。マイナンバーは「特定個人情報」に該当し、通常の個人情報よりも高いレベルの安全管理措置が法律で義務付けられています。紙の書類であれば、鍵付きのキャビネットに保管することが求められます。電子データで管理する場合には、暗号化やアクセス制限をかけ、外部からの不正アクセスや内部からの漏えいを防ぐようにします。

マイナンバーを受領した時点で、管理責任が発注者に発生します。万が一、マイナンバーが漏えい・紛失した場合、個人情報保護委員会による是正指導や勧告の対象になることもあり得ます。取得したマイナンバーは目的が済んだら速やかに廃棄・削除することが原則です。支払調書を提出し終えた後、一定期間が経過したら、紙はシュレッダーで裁断、電子データは完全に消去するなど、適切に処分しましょう。

個人事業主が従業員を雇う場合のマイナンバー管理

個人事業主で従業員を雇用している方（またはこれから雇う予定の方）も、給与支払いや社会保険の手続きで従業員やその家族のマイナンバーを取り扱う必要があります。ここでは雇用主として知っておくべきポイントを解説します。

従業員・扶養家族のマイナンバー取得と提出書類

個人事業主が従業員を雇用する際は、まず従業員本人のマイナンバーを取得し、必要な書類に正確に記載することが求められます。給与支払いに伴って作成する「給与所得の源泉徴収票」のうち税務署や市区町村へ提出するものや「扶養控除等申告書」、年末調整関連書類、また社会保険や雇用保険の資格取得届などでマイナンバーの記載が必要になります。これらの書類は税務署や自治体、年金事務所、ハローワークなどの公的機関に提出されるため、正確なマイナンバーの取得が不可欠です。

加えて、従業員に配偶者や扶養親族がいる場合、これらの家族のマイナンバーも必要になります。たとえば年末調整で配偶者控除や扶養控除を受ける場合は、配偶者や扶養親族の氏名・生年月日・マイナンバーを記入する必要があり、従業員1人に対して複数人分のマイナンバーを取り扱うことになります。

マイナンバーの取得にあたっては、本人からマイナンバーカードの写しを提出してもらうのが一般的です。カードがない場合は、通知カードやマイナンバーが記載された住民票と運転免許証などの本人確認書類を併せて確認する必要があります。

従業員・扶養家族のマイナンバーの保管と安全管理

従業員やその家族から収集したマイナンバーは、「特定個人情報」として厳格に管理しなければなりません。事業者の規模に関係なく、マイナンバーを扱うすべての事業者には、安全管理措置の実施が義務付けられています。

紙媒体で保管する場合は、鍵のかかる保管庫や引き出しにしまい、不要になったら確実にシュレッダー等で廃棄することが必要です。電子データの場合は、パスワード付きファイルや暗号化されたストレージを使用し、アクセスできる人を限定するなどのセキュリティ対策を講じる必要があります。

マイナンバーの保存期間についても注意しましょう。法定調書や社会保険手続きに使用した後の書類は、法律で定められた保存期間を過ぎたら速やかに廃棄・削除が必要です。保存期間は書類によって異なり、たとえば税務関連は7年、労働者名簿は5年、雇用保険関連は4年などと定められています。

万が一、マイナンバーを記載した書類を紛失した場合や、第三者の目に触れる事態が発生した場合には、速やかに調査・報告を行い、再発防止策を講じる必要があります。過失による漏えいがすぐに罰則に直結するわけではありませんが、個人情報保護委員会からの行政指導や社会的信用の低下といった重大な影響を招く可能性があるため、日頃から慎重な対応が求められます。

事業主は税務署や自治体、年金事務所、ハローワークなどの公的機関への各種書類提出のため従業員にマイナンバーの提供を求める義務がありますが、従業員側が提供を拒否しても法的な罰則はありません。ただし、事業主は提供を求めた経緯を記録するなどの対応が必要になるため、円滑な手続きのためにも、利用目的を丁寧に説明し提供を求めることが一般的です。

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個人事業主の確定申告とマイナンバーの関係

個人事業主にとって毎年の一大イベントである確定申告書の作成・提出にもマイナンバーが関係しています。ここでは確定申告時のマイナンバー記載のルールと、マイナンバーカード等を活用した電子申告について解説します。

確定申告書へのマイナンバー記載義務

2016年分以降、所得税の確定申告書には納税者本人のマイナンバー記載が義務付けられました。第一表の右上に自身のマイナンバーを記入し、配偶者控除や扶養控除を適用する場合は、第二表に配偶者や扶養親族の番号も記入します。事業専従者がいる場合も、その事業専従者のマイナンバーを記載します。

申告書提出時には本人確認書類も必要です。税務署の窓口ではマイナンバーカードの提示、郵送の場合はマイナンバーカードの両面コピー、または通知カードと運転免許証などの本人確認書類のコピーを添付します。こうした確認措置は、他人のマイナンバーで虚偽申告するのを防ぐために導入されました。

マイナンバー未記載の申告書も受理はされますが、これは義務がないという意味ではありません。国税庁も「罰則や不利益はない」としつつ、法令上は記載が必要と明示しており、記載するのが一般的な対応となっています。

マイナンバーカードを使った電子申告の活用

電子申告（e-Tax）は、紙の申告書の提出に代わる方法として普及が進んでいます。マイナンバーカードの電子証明書を用いて本人確認を行い、すべての申告手続きがインターネット上で完結します。窓口に出向いたり書類を郵送したりする必要がなく、自宅から24時間いつでも提出可能です。

電子申告には還付処理の迅速化、計算ミス防止、過去データの活用といったメリットがあり、業務の効率化に直結します。さらに、2020年分以降、青色申告特別控除の満額（65万円）を受けるには電子申告が条件となりました。紙提出では55万円に減額されるため、節税面からも電子申告は有効です。

電子申告を行うには、マイナンバーカードのほかにICカードリーダーまたは対応スマートフォンが必要です。初回は電子申告用の利用者識別番号を取得する必要がありますが、一度取得すれば利用者識別番号が変わることはないので次回以降は簡単に電子申告を利用できます。

マイナンバー制度への理解を深め、正しく対応しよう

マイナンバー制度は、個人事業主にとっても避けて通れない仕組みです。確定申告や報酬の受け取り、外注先への支払い、従業員の雇用といったさまざまな場面でマイナンバーの記載・取得・管理が必要になります。マイナンバーの性質や利用目的を正しく理解し、法律に基づいた取り扱いを行うことが、信頼性のある事業運営につながります。マイナンバーカードの活用も含め、日常業務に即した対応を心がけましょう。