• 更新日 : 2026年10月21日

個人事業主が何年も確定申告してないとどうなる？ペナルティや対処法を解説

個人事業主で、何年もの間確定申告をしていない人もいます。納めるべき所得税がある場合は、確定申告の提出が必要です。実際に確定申告をずっとしていなかった場合、どのような問題が発生する可能性があるのでしょうか。何年も確定申告をしていない個人事業主へのペナルティや対処法を解説します。

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個人事業主が何年も確定申告してないとどうなる？

個人事業主として開業したものの、何年も確定申告をしていない場合、所得控除や青色申告特別控除が受けられなくなるほか、追徴課税や社会的信用の低下といった不利益が生じる可能性があります。

各種控除が受けられない

確定申告をしないと、本来受けられるはずの所得控除や税額控除が適用されず、所得税を余分に支払ってしまう可能性があります。

所得税の計算には、所得金額から差し引ける「所得控除」や所得税額から直接差し引ける「税額控除」があります。これらは、申告者の状況などを加味して設けられている項目です。

個人事業主でも、業務委託元から所得税の源泉徴収を受けていたり、個人事業以外の所得で源泉徴収を受けていたりする場合は、確定申告をしないことで各種控除（所得控除や税額控除）を適用できないデメリットがあります。

結果として、本来よりも多く所得税を納めてしまっている可能性があります。

住民税の申告が必要になる

確定申告を行っていない場合は、原則として別途住民税の申告が必要となります。申告を行わないと、国民健康保険料（税）の軽減措置が適用されず正しく算定されないなどの問題が生じる可能性があります。

住民税の申告とは、1月1日時点で住民登録をしている自治体に対して、前年の所得を報告する手続きです。所得税の確定申告が不要な場合や、収入がなかった・赤字で所得がなかった場合であっても、基本的には住民税の申告が求められます。

ただし、収入がない場合で同一世帯の家族の扶養に入っているケースなど、自治体によっては申告が不要となる例外もあります。住民税の申告が必要かどうかや詳しい手続きについては、お住まいの市区町村の窓口や公式Webサイトにて確認することをおすすめします。

ただし、所得税の確定申告書を提出する人や公的年金等の雑所得のみの人などは、住民税の申告対象から除外されています。所得税の確定申告をすることで、住民税の申告も完了するためです。

確定申告をしない場合も、所得・扶養等の状況によって、住民税の申告が必要になるケースがあります。申告をしない場合は、国民健康保険料が正しく算定されないなどの問題が発生します。

青色申告特別控除が受けられない

所得税の確定申告において、青色申告を選択している事業者は、青色申告特別控除の特典を受けられます。青色申告特別控除は、不動産所得または事業所得が生じる事業を営む事業者が適用できる制度です。

不動産所得または事業所得の金額から、最大55万円（電子申告または電子帳簿保存の要件を満たす場合は最大65万円。いずれも令和8年分まで）を差し引いて所得の計算ができます。

帳簿付けにおいて現金主義を採用している場合は、最大10万円の控除を受けられます。

55万円・65万円の控除を受けるには、青色申告の承認を受けたうえで、期限内に確定申告書を提出する必要があります。期限後申告の場合、控除額は10万円となります。確定申告をしていない場合は、適用の対象外となります。

参照：75 万円の青色申告特別控除｜国税庁

確定申告の基礎知識

所得税の青色申告決算書とは？書き方・種類・提出方法などについて解説！

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無申告加算税、延滞税、重加算税などの追徴課税がある

行政制裁として、申告義務が適正に行われなかった場合には、加算税が課されることがあります。

本来納めるべき所得税があるにもかかわらず、申告期限までに確定申告をしなかったときに課されるのが「無申告加算税」です。税率は、期限後申告をした時期や税務調査の状況などによって異なります。例えば、税務調査による決定等の場合、令和5年分以後は、納付すべき税額のうち50万円までの部分に15％、50万円を超え300万円までの部分に20％、300万円を超える部分に30％の税率が適用されます。なお、一定の要件を満たす自主的な期限後申告では、税率が軽減される場合があります。

仮装隠ぺいがあるなど悪質な場合は、無申告加算税に代えて40％の重加算税を課されることがあります。

延滞税は、税金が期限までに納付されない場合に課される利息のようなものです。納めるべき税金があるにもかかわらず確定申告をしないときは、上記の加算税に加えて、延滞税も加算されます。

国民健康保険の軽減が受けられない

国民健康保険に関して、所得が少ない世帯に関しては、2割、5割、または7割の軽減措置が設けられています。いずれも、法令により定められた所得基準を下回る世帯が適用できる制度です。

確定申告を行わないでいると、所得不明の状態となることから、国民健康保険料を正しく計算できません。実際に基準を下回っていたとしても、自治体側で所得を把握できないため、国民健康保険料の軽減を受けられません。

給付金や助成金が受けられない

個人向けの給付金や助成金、手当については、非課税など、所得金額が支給の判定基準になっているものがあります。所得を基準にした給付金などについては、国民健康保険料の軽減措置と同じく所得不明という理由で受けられない可能性があります。

社会的信用が低下する

確定申告や住民税の申告をしておらず、市区町村が所得を把握できない場合、所得金額が記載された所得証明書を取得できないことがあります。取引や手続きなどで所得証明書の提出を求められた場合、金額が記載された書類を提出できず、社会的信用が低下してしまうおそれがあります。

銀行融資が受けられない

確定申告をしないと確定申告の控えなども手元にないことになるため、公的に所得を証明できなくなります。所得不明であることから、金融機関も融資額の回収可能性などを判断できず、融資の申込みをしても受けられない可能性があります。

賃貸契約や住宅ローン契約を結べない

確定申告をしないと収入や所得を証明できる材料がありません。銀行融資が受けられない理由と同じ理由で、不動産の賃貸契約や住宅ローンの契約を結べない可能性があります。

刑事責任を問われる可能性がある

確定申告を正当な理由なしに提出しないでいると、1年以下の拘禁刑もしくは50万円以下の罰金刑に処される可能性があります。また、悪質な脱税と疑われ、強制調査（査察調査）を経て有罪になった場合、10年以下の拘禁刑もしくは1,000万円以下の罰金（またはその両方）に処される可能性があります。なお、免れた税額が1,000万円を超える場合は、罰金額が免れた税額以下まで引き上げられることがあります。

個人事業主の無申告者はどのくらい？

国税庁の「令和6事務年度　所得税及び消費税調査等の状況」によると、所得税無申告者の調査状況は4,812件（前年は5,274件）、1件当たりの申告漏れ所得金額は2,992万円（前年は2,590万円）でした。

追徴課税の総額は252億円（前年は220億円）となっています。

一方、消費税の追徴課税に関して、令和6事務年度は165億円（前年は214億円）となっています。

出典：令和６事務年度における所得税及び消費税調査等の状況

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個人事業主が何年も確定申告をしていないとなぜバレる？

何年も確定申告をしてこなかった個人事業主が、あるきっかけで無申告だったことが税務署にバレるケースがあります。無申告が発覚する主なパターンとして、取引先の支払調書、税務署・国税局による税務調査、第三者からの情報提供などを通じて発覚すること、などがあります。

取引先の支払調書で発覚するケース

支払調書とは、報酬の支払者が税務署に提出する法定調書の一種です。報酬・料金・契約および賞金の支払調書、不動産の使用料等の支払調書などがあります。支払調書は、取引先と無申告の個人事業主との報酬の受け渡しを裏付ける書類です。

取引先から税務署に提出される支払調書と対象者の所得との整合性が取れず、無申告が発覚することがあります。

国税局や税務署の税務調査で発覚するケース

税務署や国税局は、法人や個人事業主の一部について税務調査を実施しています。税務署や国税局が、実際に保管されている帳簿などの書類を確認して、不正などがないか確認する手続きです。直接的に税務調査を受けなかったとしても、取引先経由で税務調査を受けることになり、無申告が発覚するケースがあります。

第三者の税務署への告発で発覚するケース

国税庁のホームページには、匿名で情報を提供できるページがあります。取引先などを経由していなくても、第三者からの情報提供で無申告が発覚するケースがあります。

個人事業主の確定申告に時効はない？

確定申告には、時効があります。無申告の場合は法定申告期限から原則5年、偽りその他不正の行為がある場合は7年です。時効になった場合、過去にさかのぼって無申告の税金は課されないことになります。

時効になるからといって長く放置せず、確定申告が無申告の状態にある場合は、早期に申告をすることが重要です。

個人事業主の年収が160万円以下や赤字の場合は？

「178万円の壁」という言葉がありますが、これは個人事業主には適用されず、給与所得者に該当する場合に関係のある言葉です。アルバイトやパートなどで年間の給与収入が178万円以下で、かつ他に所得がない場合、所得税が発生しないことになります。

これは、給与所得控除の下限（最低保障額）74万円＋基礎控除額104万円の合計が178万円になるためです。

ただし、「178万円の壁」が適用されるのは給与所得者に限った話です。事業所得などに該当する個人事業主については、この178万円の壁はありません。

個人事業主に関係してくるのは、基礎控除額の104万円です。 事業所得のある個人事業主については、給与収入の額ではなく、事業所得（収入から必要経費を差し引いた金額）が基礎控除を下回る104万円以下、もしくは基礎控除以外の所得控除の合計額が所得金額を上回る場合に、所得税の確定申告が不要（課税されない）となります。

なお、基礎控除以下で所得金額が0円になる場合、または事業所得が赤字になる場合で、納めるべき所得税額がない場合は、確定申告の必要性はありません。

ただし、青色申告を選択している場合は、確定申告をしないことで赤字の翌年以降の繰り越し控除ができなくなるため、注意しましょう。

個人事業主が何年も確定申告してない場合の対処法

個人事業主が何年も確定申告をしてこなかった場合は、税務署や税理士に相談したり、過去分をまとめて申告したりすることで対応できます。

税務署に自主的に相談する

確定申告が必要であるにもかかわらずしなかった場合の罰則として、無申告加算税があると説明しました。無申告加算税は、税務署からの調査の通知を受ける前または受けた後に、自主的に期限後申告をした場合は低い加算割合が適用されます。

税務調査を受けることで多額の追徴課税を課されないようにするためにも、無申告の状態に気付いた時点で、税務署に自主的に相談することをおすすめします。

税理士に相談する

確定申告をしようと考えていても、どのようにすればよいかわからない場合は、税務の専門家である税理士に相談することをおすすめします。税理士に依頼することで、確定申告に対する不安を取りのぞけるほか、正確な申告を期待できます。

過去分の確定申告をする

確定申告のやり方自体に不安がない場合は、自主的に過去にさかのぼって無申告の時期から確定申告をする選択肢もあります。

過去分をまとめてする場合は、計算ミスを防ぐために確定申告ソフトの活用がおすすめです。

何年も確定申告をしていない個人事業主は早急な対策が必要

個人事業主で、何年も確定申告をしていないケースもあります。ただし、赤字が続いていたり、所得が極端に低い時期が続いていたりするなどで納めるべき所得税がない場合は、問題ありません。しかし、納めるべき所得税があるにもかかわらず無申告の状態が続くと、さまざまな問題が生じる可能性があります。

確定申告が必要な個人事業主については、税務署に相談するなど早急な対策が必要です。

個人事業主の確定申告は以下の記事で解説しています。この記事を読んで確定申告をする人は参考にしてください。

確定申告の基礎知識

【個人事業主・自営業向け】確定申告のやり方をわかりやすく解説

Point個人事業主は確定申告が必要？年間の事業所得が104万円を超える個人事業主は、原則として確定申告が必要です。 事業所得が104万円以下なら原則不要（基礎控除額を下回るため） 104万円以下でも源泉徴収された税金の還付が受けられる場合がある 赤字の場合も青色申告なら繰越控除のため申告が有利になることがある申告する場合は、青色申告と白色申告のどちらかを選ぶ必要があります。個人事業主、フリーランス、副業を始めた方が最初に直面するのが確定申告です。必ずしも全員に申告義務があるわけではありませんが、事業を営...

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マネーフォワード クラウド確定申告の導入事例

データ連携機能を使って、銀行やクレジットカードの明細データを自動で取り込むようになってからは、会計ソフトへの入力作業が減ったので、作業時間は1/10くらいになりましたね。

ハンドメイド作家・ブロガー 佐藤 せりな 様

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• 監修：橋爪 祐典（税理士）

  2018年より税理士法人に勤務し、中小企業の決算・申告から財務デューデリジェンス等の高度な会計分析まで幅広く従事。株式会社・合同会社の設立登記支援を多数手がけ、税務署や自治体への各種届出から、創業融資・事業計画書作成、補助金申請の実務支援まで一貫して対応しています。 実務においては、最新の制度改正を踏まえた解説や、役員報酬のシミュレーション、キャッシュフロー計算書を用いた毎月の収支説明など、経営判断に直結する専門知識を提供。相続案件まで含めた多角的な視点を活かし、起業家の挑戦を実務面から強力にバックアップします。

• 監修：福留 聡 (公認会計士)

  福留聡税理士事務所代表、Amaterasu有限責任監査法人統括代表社員、MFクラウドプラチナメンバーで日米の公認会計士及び税理士資格を有し、金融商品取引法及び会社法の会計監査及びIPO監査（準金融商品取引法監査）、上場準備支援、決算支援、IFRS導入支援、日米の法人及び個人事業主の税務顧問、新規法人設立時の税務・会計サポート等を行っている。本、雑誌、DVD等で約50の出版をしており、代表的な著作として『7つのステップでわかる税効果会計実務入門』がある。帳票テンプレート集や起業関連テンプレート集の監修を担当。