• 更新日 : 2026年2月10日

ストックオプションの確定申告｜税金額の計算や課税時期、申告方法について

ストックオプションとは、簡単に説明すると、将来、株式をあらかじめ決定した価格で購入できる権利のことです。なお、ストックオプションを得たときや、ストックオプションの権利を実行したとき、さらには取得した株式を売却したときなど、ストックオプションに関連して経済的な利益が生じる可能性のあるタイミングがいくつかあります。ただし、実際に課税されるかどうかや課税のタイミングは、ストックオプションの種類（税制適格か非適格か）によって異なります。

この記事では、ストックオプションと税金の関係、確定申告のやり方まで解説します。

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ストックオプション取引による収入は確定申告が必要？

まず、ストックオプションとはどのような制度か、確定申告が必要なのはどのようなケースか、概要を解説します。

ストックオプションは決まった価格で株を購入する権利

ストックオプションとは、新株予約権の一種です。新株予約権は、株式会社があらかじめ決定した行使価格で株式を交付することを約束するもので、所有者には一定期間の間に行使価格で株式を取得する権利が与えられます。

そして、新株予約権の一種であるストックオプションは、株式会社の取締役、監査役、雇用関係にある使用人など、主に会社内部の者に対して新株予約権を付与する制度のことをいいます。

ストックオプション所有者は、ストックオプションの行使価格に対して株式の時価が高ければ、時価よりも低い金額で株式を取得することが可能です。権利行使によって株式の含み益を得ることができ、所有し続けることで、さらなる利益を狙うこともできます。現金による支給とは異なりますが、株式の時価が行使価格よりも上昇している場合は、付与された者の給与や報酬の上乗せと考えることもできるでしょう。

そして、ストックオプションを付与する会社側からすると、付与する取締役や使用人などが、企業価値の向上や経営成績の向上のために頑張ってくれるのではと期待がもてます。取締役や使用人の頑張りで業績が上がれば、株式の時価も上昇する可能性があるためです。このように、社員や役員のモチベーションを上げることなどを理由にストックオプションの付与は行われます。

ストックオプション取引で確定申告が必要なケース

ストックオプションを所有する場合、いくつかの時点で所得税が課される可能性があります。つまり、確定申告が必要なケースがあるのです。

そして、確定申告の必要性について知る前に理解しておきたいのが、ストックオプションの種類です。ストックオプションは、大きく分けると税制適格ストックオプションと税制非適格ストックオプションの2種類があり、有償ストックオプションは税制非適格ストックオプションの一形態として扱われます。それぞれで課税のタイミングや課税の有無、計算方法などが異なります。

ストックオプションの課税のタイミング

ストックオプションの課税時期は、取得から売却までを考えると3つの段階に分けられます。

ストックオプションを取得したとき

ストックオプションを取得したときとは、将来、行使価格で株式を取得する権利を得たときです。ストックオプションを取得した段階では、株式を購入する権利を得ただけであって、権利を行使するかどうかはまだわかりません。課税については、経済的利益があること、つまり何らかの利益があることを重視します。権利だけでは経済的利益を得ることは確定していないため、原則としてストックオプションを取得した段階では課税されません。

ストックオプションの権利を行使したとき

ストックオプションの権利を行使するとは、あらかじめ決められた行使価格で株式を実際に取得することをいいます。取得時点での株式の時価が行使価格を上回っている場合、市場価格より低い金額で株式を取得できたことになります。利益は確定していませんが、税制非適格ストックオプションの場合には、時価と行使価格との差額が経済的利益とみなされ、権利行使時に課税されることがあります。

ストックオプションの権利行使によって取得した株式を譲渡したとき

ストックオプションの権利行使後は、株式を取得する権利から、株式の所有へと変化します。所有する株式の譲渡は課税対象になるため、通常の株式譲渡と同様に課税されます。

つまり、ストックオプションに関連して課税されるタイミングは、主に権利行使時と株式譲渡時ですが、税制適格ストックオプションの場合は株式譲渡時のみ課税されます。ただし、次の見出しで詳しく説明しますが、ストックオプションの種類によって課税の有無が変わります。

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ストックオプションにかかる税額の計算方法と必要書類は？

税制適格ストックオプション、税制非適格ストックオプション、有償ストックオプションに分けて、それぞれの税金の計算式と必要書類を解説します。

税制適格ストックオプションにかかる税金の計算と必要書類

会社法に定められた無償発行であること、譲渡禁止規定があること、付与契約時の時価以上の行使価格を設定することなど、ストックオプション税制の数々の要件を満たしたストックオプションを「税制適格ストックオプション」といいます。

ストックオプションでは権利行使時と株式譲渡時に課税される可能性があると説明しましたが、税制適格ストックオプションは権利行使時に関しては課税を繰り延べられます。つまり、課税対象になるのは株式譲渡時だけで、権利行使時には課税されないということです。

株式譲渡時の税金の計算

税制適格ストックオプションの取得費については、権利行使時の時価ではなく、株式取得にあたり実際に負担した価額、すなわち行使価格を取得費として計算します。また、申告分離課税で、譲渡益に対して20％（所得税15％、住民税5％）と復興特別所得税が課税されます。

税制非適格ストックオプションにかかる税金の計算と必要書類

税制適格ストックオプションに該当しない、無償のストックオプションを「税制非適格ストックオプション」といいます。税制非適格ストックオプションは、権利行使後に取得した株式の譲渡時点だけでなく、ストックオプションの権利行使時も課税される点に注意が必要です。

権利行使時の税金の計算

権利行使時には、権利行使価格よりも行使時の時価が高い場合に、差額分が所得金額として課税対象になります。ストックオプションは、通常、取締役や使用人に対して交付するものであるため、一般的には給与所得です。給与所得の場合は、発行会社にて源泉徴収の対象となります。ただし、すでに退職している場合は退職所得、業務に関連する第三者の場合は事業所得や雑所得になることもあります。

株式譲渡時の税金の計算

譲渡時の税金は、税制適格ストックオプションのときと考え方は同じです。
取得費は権利行使時の価格となり、譲渡時に利益があれば確定申告が必要です。ただし、権利行使後に特定口座（源泉徴収あり）に株式を入庫した場合は、原則、確定申告は不要です。

有償ストックオプションにかかる税金の計算と必要書類

有償ストックオプションとは、取締役や使用人などが、公正な価額の算定に基づいて一定額を支払って取得するストックオプションをいいます。税制適格ストックオプションや税制非適格ストックオプションのように無償で付与されるものではないため、原則として取締役や使用人の給与とは扱われません。そのため、公正な価額で取得している限り、ストックオプションの権利行使時に課税されることはありません。課税の対象となるのは、権利行使後に取得した株式を譲渡したときです。

株式譲渡時の税金の計算

有償ストックオプションの場合、取得費は権利行使時の時価ではなく、権利行使にあたり実際に負担した価額で計算され、ストックオプション取得時の発行価格が含まれます。

ストックオプション取引における確定申告の記入例

税制非適格ストックオプションでは権利行使時にも所得税が課税される可能性はありますが、給与所得として課税されることが多いため、今回は権利行使後に株式を譲渡したケースの確定申告について解説します。

なお、上場株式であれば特定口座の利用が可能で、特定口座（源泉徴収あり）に株式を入庫した場合の譲渡益は源泉徴収の対象となるため、基本的に確定申告は必要ありません。

［株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書（特定権利行使株式分及び特定投資株式分がある場合）］

出典：確定申告書等の様式・手引き等（令和７年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分）｜国税庁

計算明細書は、まず2面から記入していきます。例は、上場株式で一般口座での譲渡なので、2面の下、「特定口座以外で譲渡した株式等の明細」に詳細を記入します。赤枠の合計額は、1面に転記する部分です。

2面から該当する箇所に金額を転記し、最終的な所得金額を出します。例は、上場株式なので上場株式等の欄に金額を記載、ストックオプションなので、内訳は「内、特定権利行使株式分」に記載します。赤枠は、確定申告書第三表（分離課税用）に転記する箇所です。

［確定申告書第三表（分離課税用）］
明細書に記入した内容をもとに、確定申告書第三表に数字を転記します。

出典：確定申告書等の様式・手引き等（令和７年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分）｜国税庁

税金の計算の欄は、例では上場企業の譲渡所得に該当するため、88番の（80）対応分に記入します。今回、一般株式等の譲渡所得はないため、95番の合計額には88番の金額をそのまま転記します。

出典：確定申告書等の様式・手引き等（令和７年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分）｜国税庁

株式の譲渡所得については、課税所得金額に所得税15％を乗じて、税額を算出します。課税所得は今回150万円であるため、15％の22.5万円が所得税額となり、これに復興特別所得税が加算されます。

［確定申告書第一表］

出典：確定申告書等の様式・手引き等（令和７年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分）｜国税庁

分離課税を申告するため、確定申告書第一表の「分離」に〇をします。

出典：確定申告書等の様式・手引き等（令和７年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分）｜国税庁

第三表で計算した額を31番に転記し、最終的な申告納税額を計算します。なお、第三表で復興特別所得税が計算外なのは、この段階で加算されるためです。納める税額がある場合、100円未満を切り捨てた額が納税額になります。

ストックオプションにかかる確定申告の注意点

ストックオプションに関連して、確定申告は、主に権利行使後の株式を譲渡した際に必要になることがあります。ただし、源泉徴収口座ありの特定口座から譲渡したなど、譲渡の事実はあっても確定申告が不要なこともあるため、状況をよく整理しておきましょう。

仮に、譲渡所得の確定申告を忘れ、申告漏れとなったときは、無申告加算税が納付税額に課せられることもあります。無申告加算税は、税務調査前に自主的に期限後申告した場合には税率が軽減されるため、申告漏れに気づいたら速やかに申告を行うようにしましょう。

ストックオプションにかかる確定申告のやり方はこれでばっちり

ストックオプションの所有者に所得税が課せられる可能性があるのは、ストックオプションの種類によっては権利行使したとき、また権利行使後に株式を譲渡したときです。所有しているだけでは所得税は課されません。中でも重要なのは、権利行使後の株式譲渡時の確定申告です。この記事でも解説したやり方で、必要があれば確定申告しましょう。

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• 監修：前田健太郎（公認会計士）

  公認会計士として監査法人にて会計監査およびUS監査に従事した後、M&Aアドバイザリー会社で財務デューデリジェンスや企業価値評価を担当。事業会社ではM&A案件の企画から実行・PMIまで一貫して携わり、あわせて事業計画策定、システム導入など経営実務にも深く関与。
  また、起業・開業コンサルティングや事業計画書作成の支援実績も豊富で、スタートアップから既存事業の新規立ち上げまで幅広く対応。
  近年は再生可能エネルギー分野において、商務交渉、金融機関対応、大型案件のプロジェクト管理を手がける。
  数字に強く、現場感のある文章を得意とし、会計・M&A・事業開発の知見を活かして、専門的な内容も実務目線でわかりやすく伝えることが強み。