更新日 : 2025年7月7日

補助金申請代行サービスとは？個人事業主が活用するメリットや注意点を解説

確定申告の時期になると、経費や資金繰りに頭を悩ませる個人事業主の方も多いでしょう。そんな中、事業の成長や新たな取り組みを後押ししてくれるのが国や自治体の「補助金」です。しかし、補助金の申請手続きは複雑でハードルが高いため、補助金申請代行サービスを利用して専門家に任せるケースが増えています。

本記事では、補助金申請代行サービスの基本的な仕組みからメリット・申請の流れ・注意点を解説します。

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補助金申請代行サービスの仕組み

まずは「補助金」と「補助金申請代行サービス」の基本について押さえましょう。

そもそも補助金とは

補助金とは、国や地方公共団体が企業や個人事業主に対して交付する返済不要の資金のことです。新規事業の支援、地域産業の振興、環境対策、創業促進など政策目標の達成を目的としており、要件を満たした事業者に対して給付されます。融資と異なり返済義務はありませんが、その代わり資金の使途が限定されており、事業計画の提出や事後の報告が必要です。

また、似た制度に「助成金」もありますが、一般的に補助金は審査に合格する必要がある競争的な資金であるのに対し、助成金は条件を満たせば受給できる資金という違いがあります。補助金・助成金とも事業者にとって貴重な資金源ですが、申請にはそれぞれ専門知識が求められます。

補助金申請代行サービスの概要

補助金申請代行サービスとは、補助金の申請手続きを専門家（代行業者やコンサルタント）が事業者に代わって行ってくれるサービスです。最新の公募情報の収集、自社（自営業）の状況に合った適切な補助金の選定、そして申請書類の作成・提出までを一括して代行します。補助金の公募要件は複雑で、提出書類も事業計画書や見積書など多岐にわたり準備に時間と労力がかかります。専門知識を持つプロに依頼することで、こうした煩雑な作業を任せられ、効率的かつ確実に申請手続きを進められます。初めて補助金に挑戦する個人事業主の方でも、代行サービスを利用すれば専門家のサポートのもと安心して申請に臨めるでしょう。

申請代行を依頼できる専門家や機関

補助金申請代行サービスを提供しているのは、主に国家資格を持つ専門家やコンサル会社です。代表的な依頼先としては、補助金申請の書類作成を得意とする行政書士、資金調達や会計に強い税理士、経営全般に詳しい中小企業診断士、人材雇用の助成金に詳しい社会保険労務士（社労士）、そのほか金融機関のコンサル部門や民間の補助金コンサル会社などが挙げられます。特に行政書士は、官公庁に提出する書類作成の専門家であり補助金申請の書類作成を業として認められた唯一の資格です。そのため、多くの代行サービスでは行政書士が中心となって書類をチェック・作成しています（一方、雇用関係の助成金申請代行は社労士のみが法律上代理可能です）。依頼先によってサポート範囲や得意分野が異なるため、事業内容やニーズに合った専門家に相談すると良いでしょう。

補助金申請代行サービスのメリット

プロに補助金申請を任せることで、個人事業主の皆さんにはどのような利点があるのでしょうか。ここでは補助金申請代行サービスを利用する主なメリットを紹介します。

手間と時間の大幅な削減

補助金を自力で申請する場合、公募情報を調べて自社が要件を満たすか確認し、必要書類を揃えて申請書を書き上げるまで、膨大な時間と労力を要します。本業が忙しい個人事業主にとって、この作業負担は大きな悩みでしょう。申請代行サービスを利用すれば、煩雑な準備作業を専門家に任せられるため時間と労力を節約できます。さらに、経験豊富なプロが的確な申請書を作成してくれるため、内容不備による差し戻しリスクも減り、結果的に採択率の向上も期待できます。本業に専念しながら補助金申請を進められる点は、大きなメリットといえるでしょう。

補助金申請の流れが把握でき安心

「補助金に応募してみたいが、具体的に何をいつすれば良いのか分からない…」と不安に感じる方も少なくありません。初めての申請では、審査結果が出てから資金が振り込まれるまでのタイムラインが掴みにくく戸惑いがちです。例えば「採択されたらすぐ補助金がもらえる」と誤解していると、実際には事業完了後の後払いと知って資金計画が狂うケースもあります。申請代行サービスを利用すれば、担当者が申請から受給までの一連の流れを丁寧に説明してくれるため、補助金制度の全体像を把握しやすくなります。いつ自己資金を用意し、いつ補助金が入金されるか見通せるので、資金繰りの不安も軽減されるでしょう。プロのサポートによって得られる安心感も、見逃せないメリットです。

補助金申請代行サービスの注意点

便利な申請代行サービスにも留意すべき点があります。利用前にデメリットやサービスの限界を理解しておくことで、「こんなはずではなかった」という事態を防げます。ここでは、補助金申請代行を利用する際の主なデメリットと注意点について説明します。

利用コスト（報酬）が発生する

当然ながら、補助金の申請代行を依頼すると専門家への報酬費用が発生します。料金体系は代行業者や補助金の種類によって様々ですが、多くの場合着手金（依頼時の固定報酬）と成功報酬（採択時の追加報酬）の二段階になっているのが一般的です。着手金の相場はおおむね5〜20万円程度で、例えば小規模事業者持続化補助金など簡易なものは低め、ものづくり補助金のように書類作成が大変なものは高めに設定されます。成功報酬は採択された補助金額の10〜20%程度が目安で、補助金額が少ない案件ほど割合が高く、大きい案件では割合が低めになる傾向です。これら費用は採択可否にかかわらず一定額支払う必要があるため、補助金を受け取って得られる金額との差引で費用対効果を検討しておくことが大切です。ただし、代行費用は事業経費として計上できる場合もあります。いずれにせよ「無料で利用できるサービスではない」点は心得ておきましょう。

サポート範囲に限界がある

申請代行サービスの支援範囲は基本的に「申請書の提出まで」であり、採択後の事業実施や報告書作成は依頼者自身で行う必要があるケースが多いです。補助金は採択後、実際にプロジェクトを遂行し、中間報告や実績報告を経て初めて補助金の受給となります。代行業者の中には、交付申請の手続きや事業計画のブラッシュアップ、報告書作成までサポートしてくれるところもありますが、それは例外であり多くは書類提出までで契約終了となります。したがって、「採択された後も全部任せきり」というわけにはいかない点に注意しましょう。事業の遂行や経費管理、報告義務は事業主の責任であり、必要に応じて追加相談や別途専門家の力を借りることも検討が必要です。サービス利用時にはどこまでサポートしてもらえるのかを事前に確認し、想定とのミスマッチが無いようにしておくことが重要です。

悪質な業者が存在する

補助金申請代行業者の中には悪質な業者も存在します。相場を逸脱する高額な報酬を要求したり、依頼者の了解を得ずに不適切な申請内容で提出してしまうようなケースです。そのような業者に当たってしまうと、金銭的損失だけでなく最悪の場合は補助金の返還や信用失墜につながりかねません。信頼できる代行業者を選ぶには、事前に評判や実績、資格保有の有無をしっかり確認することが大切です。口コミや紹介、過去の採択件数なども参考になります。また初回相談時の対応も重要な見極めポイントです。こちらの質問に丁寧に答えてくれるか、費用やサポート範囲について明確に説明してくれるか、といった点をチェックしましょう。少しでも不信感がある場合は契約を見送り、他の専門家を検討する勇気も必要です。

補助金申請の基本的な流れ

ここで、補助金の一般的な申請から受給までの流れを確認しておきます。補助金によって若干異なることもありますが、基本的な手順は以下のとおりです。

1. 公募情報の確認と計画立案

まずは希望する補助金の公募要領を確認し、自社が応募要件を満たすかをチェックします。補助金の募集情報は各省庁や自治体の公式サイトに掲載され、年に数回募集期間が設けられるものもあります。公募期間や提出期限、求められる事業の内容・経費項目などをよく読み、自社で取り組みたい事業計画に合致するか検討しましょう。人気の補助金は締切が早まるケースもあるため、見逃さないよう注意が必要です。応募可能と判断したら、どのような事業に補助金を使うか計画を練る段階に入ります。代行業者に相談すれば、この時点から最適な補助金選びや事業計画の方向性についてアドバイスをもらえるでしょう。

2. 申請書類の準備と提出

応募する補助金が決まったら、指定の申請書類一式を準備します。一般的には申請書（交付申請書）、事業計画書、使途内訳を示す経費明細や見積書、企業概要や財務状況を示す資料などが必要になります。これら書類は審査の根拠となる重要資料のため、正確に記入するのはもちろん、事業の意義や実現可能性が伝わるよう内容を充実させることがポイントです。経験者のアドバイスによれば、「自社でしかできない取り組みであること」「地域経済や社会への貢献度」を盛り込むと評価が高まる傾向にあります。代行サービスを利用する場合は、ヒアリングを経て専門家がこうした観点を踏まえた申請書作成をサポートしてくれます。書類が揃ったら期限内に提出しましょう。現在は多くの補助金で電子申請（オンライン申請）が主流となっており、事前にGビズIDの取得やシステム登録が必要な場合もあります。代行業者であれば電子申請の代行も行ってくれるため、不慣れなIT操作に戸惑う心配も軽減されるでしょう。

3. 審査・採択結果の通知

申請を終えると、各補助金の事務局により書類審査や必要に応じた面談・ヒアリングが実施され、採択されるかどうかの結果が通知されます。審査基準は補助金の種類によって異なりますが、共通して重視されるのは事業計画の実現可能性、事業の社会的意義や波及効果、自社ならではの強みや独自性などです。

例えば、ものづくり補助金の場合は、新技術の導入による競争力強化や地域経済への貢献度が見られますし、持続化補助金では販路開拓への効果や実施体制の明確さなどが重視されます。審査に通過した場合は「採択通知」が届き、その後、交付申請や事業の実施に進みます。不採択となった場合でも、再チャレンジが可能な制度も多く、フィードバックを活かして次回に備えることができます。

採択結果が通知された後も、補助金が即座に振り込まれるわけではありません。実際には「交付決定通知」が発行されたのち、事業を遂行し、完了報告と精算手続きを経て、ようやく補助金が支払われます。このプロセス全体を正しく理解しておくことで、資金繰りの計画も立てやすくなります。代行サービスを利用している場合は、各フェーズで必要な対応や提出書類についてアドバイスを受けられるため、安心して手続きを進められるでしょう。

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個人事業主が活用できる補助金

最後に、個人事業主として利用しやすい代表的な補助金をいくつか紹介します。補助金ごとに対象となる取り組みや条件が異なるため、自身の事業に合った制度を選ぶ参考にしてください。

小規模事業者持続化補助金

小規模事業者の販路開拓や生産性向上の取り組みを支援する補助金です。商工会議所などの助言を受けながら申請を進める仕組みで、広告宣伝費や機械装置の導入費用など幅広い経費が対象となります。

IT導入補助金

中小企業・小規模事業者がITツールやソフトウェアを導入する際の費用を支援する補助金です。会計ソフトや受発注システムなど、生産性向上に資するITツールの導入費用の一部が補助されます。対象となるITツールは事前に事務局に登録されたものに限られるなど、一定の条件がありますが、自社のデジタル化・効率化を進める絶好の機会となるでしょう。

ものづくり補助金

中小企業や小規模事業者が革新的な製品・サービスの開発や生産プロセスの改善を行う際に活用できる大型の補助金です。製造業だけでなく、飲食業やサービス業など幅広い業種で活用できます。補助上限額が数百万円以上と大きく、新設備の導入や新商品の開発といった思い切った投資を後押しする貴重な資金源です。

事業再構築補助金

新型コロナウイルス感染症の影響で売上が減少した中小企業などが、事業転換や新分野進出に挑戦する際に利用できる補助金です。例えば、飲食店がオンライン販売に進出したり、製造業が異業種のサービス展開を図ったりするような大胆な事業再構築を支援します。補助金額の上限が数千万円〜1億円超と非常に高額で、採択されれば大規模な投資を行う場合にも大きな助けとなります。

補助金申請代行は個人事業主の強力なサポーター

補助金申請代行サービスは、煩雑な申請作業をプロに任せられる心強い存在です。とりわけ一人で確定申告や経営に奔走している個人事業主にとって、資金調達の専門家から得られる支援は大きな助けとなるでしょう。補助金の活用を検討する際は、ぜひ信頼できる代行サービスに相談してみてください。また、補助金で受け取った資金には税金がかかるため、確定申告時には所得に計上して適切に申告する必要があります。正しい知識と専門家のサポートを得て、補助金を事業成長の力強い味方にしてください。

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※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。

監修：福留聡 (公認会計士)
福留聡税理士事務所代表、監査法人パートナー、MFクラウドプラチナメンバーで日米の公認会計士及び税理士資格を有し、法定監査、IPO支援、決算支援、IFRS導入支援、日米の法人の税務顧問等を行っている。本、雑誌、DVD等で約50の出版をしており、代表的な著作として『7つのステップでわかる税効果会計実務入門』がある。