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  • 更新日 : 2025年2月20日

派遣社員の経費精算はどうする？交通費精算の流れや、経費計上について解説

派遣社員の経費精算は、正社員などの直接雇用の従業員とは扱いが異なるケースがあります。そのため、正しい知識に基づいて適切に処理しなければなりません。

本記事では、派遣社員の交通費精算や出張旅費の精算方法をはじめ、人材派遣費用の仕訳の仕方、インボイス制度との関係などについて詳しく解説します。

派遣社員の経費精算の流れ

派遣社員の経費精算の流れは、直接雇用の従業員とは異なります。派遣社員に発生する経費精算の流れを、交通費精算を例に解説します。

派遣社員が派遣元に経費申請する

派遣社員の交通費は、原則として派遣先ではなく派遣元に申請しなければなりません。所定の申請書に必要事項を記載したうえで、領収書や明細書を添付して提出します。

交通費精算では、自宅から派遣先までの経路の記入が必要です。経費申請はできるだけ速やかに、決められた期間内に行いましょう。多くの場合、発生から1ヶ月後が目安になっています。

派遣元が派遣社員に支払いをする

派遣元の経理部門は、受け取った申請書と添付書類、通勤ルートなどを入念にチェックしたうえで、問題がなければ申請どおりに経費を支払います。

不明点があったり、疑問が生じたりした場合は経理部門から派遣社員に確認が入ります。また、記入漏れなどのミスがあった場合は差し戻しとなり、再度申請書を提出しなければなりません。

派遣元が派遣先に請求を行う

派遣元は、派遣社員に申請された経費について派遣先に請求します。このプロセスにおいても、あらためてすべての経費が適切であることを確認し、正確な金額を請求します。

なお、派遣元は消費税を課税したうえで請求しなければなりません。派遣社員の給与は派遣元から支払われるため、交通費などの経費も派遣サービス料に含まれ、課税対象になるためです。

派遣先が派遣元に支払いをする

派遣元からの経費精算の請求をチェックした後、特段指摘すべき点がなければ派遣先は派遣元に対して申請に基づいた支払いを行います。

派遣社員の交通費精算は、この流れが基本です。交通費精算については、派遣社員と派遣先の間で直接の支払いが行われることは原則としてありません。ただし、出張旅費などの「経費」となると、また扱いが変わるため注意が必要です。詳しくは次項で説明します。

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派遣社員を出張させる場合の経費精算

ここでは、派遣社員の出張や、出張旅費の扱いについて見ていきましょう。

出張させるには契約書に明記することが前提

派遣社員を出張させる場合、まず派遣契約書に出張が発生する可能性がある旨を明記しておく必要があります。契約書に出張業務についての記載がない場合、派遣社員を出張させられません。

ただし、双方の合意がある場合は契約を変更することで出張させることが可能になります。派遣社員の出張に関しては、まず契約書を確認しましょう。

旅費は派遣先が負担する

派遣社員の出張に伴う旅費は、原則として派遣先企業が負担します。これには交通費、宿泊費、日当などが含まれます。

ただし、実際の支払いは派遣元を通じて行われることが多く、派遣元が一時的に立て替えた後、派遣先に請求するという流れが一般的です。派遣元は適切な経費管理と正確な請求書作成を行い、速やかに請求する必要があります。

なお、出張旅費をはじめとする業務上で発生する経費については、派遣先と派遣元双方が同意し、その旨を契約書などに定めた場合に限り派遣先が直接派遣社員に経費を支払うことも可能です。

派遣社員を雇用する際の経費はどこが負担する？

派遣社員を雇用する際の初期費用や給与支払いなど、経費の負担について詳しく解説します。

採用・教育などの準備費用

派遣社員の採用や教育にかかる初期費用は、原則として派遣元が負担します。

これには求人広告の掲載費用や説明会の設営費用、面接にかかる交通費、さらには採用後の研修プログラムの実施費用などが含まれます。また、社会保険なども派遣元が手続きを行うため、派遣先の負担はほぼありません。

派遣先にとっては、コストなしに即戦力になる人材を効率よく導入できるメリットがあるといえます。

基本給

派遣社員は派遣先で業務を行っているものの、雇用主は派遣元です。そのため基本給は派遣元が派遣社員に支払います。

派遣元は派遣社員の基本給を含めた派遣サービス料を派遣先に請求し、派遣先はその請求に基づいて支払いを行う仕組みです。

福利厚生費

健康診断、各種手当などの福利厚生の費用も、直接派遣社員に支払うのは派遣元です。流れは基本給と同じで、派遣元はその費用を派遣先に請求します。

「同一労働同一賃金」実現のため、労働者派遣法が2020年4月に改正されました。これは同じ業務についている労働者であれば雇用形態による待遇差をなくそう、という動きです。

この流れから賃金のみならず福利厚生についても、正社員とそれ以外の労働者で待遇差が解消されつつあります。そのため派遣社員であっても福利厚生施設の利用や各種教育訓練、育休や産休など、さまざまな福利厚生が利用できる企業もあります。

所得税・住民税

派遣社員の所得税は、派遣元が源泉徴収の形で天引きし、派遣社員に代わって納税手続きを行います。これはどの派遣会社でも変わりありません。

ただし、住民税については、派遣会社によって扱いが異なります。一般的には派遣社員が納税時期に自分で納税する「普通徴収」ですが、中には給与から天引きの「特別徴収」を行っているケースもあります。特別徴収の場合は所得税と同じ扱いで派遣元が徴収し、納税を行います。

社会保険料

派遣社員の健康保険や厚生年金などの社会保険料も、通常は派遣元が負担したうえで、派遣先にその分の費用を請求します。

雇用保険、労災保険といった労働保険料に関しても同様です。手続きについてもすべて派遣元が行います。なお、派遣元は派遣先に健康保険・厚生年金・雇用保険の資格取得確認等の事実を通知する義務があります。

人材派遣料金の経費精算で使用する勘定科目

人材派遣料金における経費精算ではどのような勘定項目が使用されるのでしょうか。詳しく見ていきましょう。

人材派遣料金は人件費ではない

一般的に企業において、従業員に支払う給与や手当、退職金などの費用は「人件費」に仕訳します。ただし、派遣社員は派遣先企業が直接雇用しているわけではありません。そのため人材派遣料金は「人件費」ではないことを、前提として把握しておきましょう。

派遣社員は外部から一時的に労働力の提供を受けている、という位置付けであり、直接雇用の正社員とは異なる会計処理が必要です。

人材派遣料金は「外注費」か「人材派遣費」で計上する

派遣社員を受け入れている企業が派遣社員に対する支払いに使用する勘定項目は、「人材派遣費」が一般的です。ただし、実務ベースで見たときに、中には「外注費」や「外注工賃」として仕訳するケースもあります。

どの勘定項目で仕訳するのかは、実際の就業状況や契約先との関係に応じて派遣先企業が判断します。「このケースはこの勘定項目」と一概に決められるわけではないため、実態に即した形で勘定項目を振り分けることが大切です。

派遣社員の利用料金は課税対象？

人材派遣費用で注意すべき税金は、消費税です。人材派遣費には派遣社員の給与や保険料などのすべてが含まれており、所得税などの手続きは派遣元が行うため、気にする必要はありません。

では、人材派遣費についての消費税は、どのような扱いになるのでしょうか。

人材派遣料金は課税対象

人材派遣費用は派遣先企業から派遣元である人材派遣会社への支払いであり、派遣社員に直接「給与」として支払うわけではありません。「人材派遣」というサービスの利用に対する支払いです。

そのため消費税の課税対象となり、派遣先企業にとっては「課税仕入れ」として扱われます。派遣料金に含まれる消費税は仕入税額控除の対象です。

派遣社員の交通費も、派遣会社からの請求に基づいて支払う場合は派遣料金の一部として課税対象となるため、適切な税務処理を行うことが大切です。

派遣社員とインボイス制度

派遣社員にかかる費用の扱いについて、インボイス制度の視点からも理解しておく必要があります。

インボイス制度とは

インボイス制度は、2023年10月1日から導入された消費税の新しい申告制度で、正式には「適格請求書等保存方式」といいます。この制度は、複数の税率に対応した消費税の仕入税額控除を適正に行うための仕組みです。

インボイス制度において、消費税の仕入れ額控除を受けるためには一定の要件を満たした適格請求書であるインボイスの発行と保存が欠かせません。インボイスを発行できるのは税務署に登録された「適格請求書発行事業者」のみです。適格請求書には、発行事業者の登録番号や適用税率、税額などの詳細な情報が記載されている必要があります。

なお、適格請求書発行事業者の登録が受けられるのは、消費税の納税義務がある課税事業者です。インボイスの発行ができない免税事業者から仕入れた場合、原則として消費税の仕入税額控除はできません。ただしインボイス制度実施後6年間は、免税事業者からの仕入れであっても一定割合の控除が可能な経過措置が設けられています。

人材派遣会社がインボイス登録事業者の場合

人材派遣会社がインボイス登録事業者、つまり適格請求書発行事業者である場合、支払った人材派遣費用の消費税の仕入税額控除が可能です。

派遣先企業は、人材派遣会社から適格請求書の発行を受け、保存する必要があります。また、発行された適格請求書が適格請求書と認められるための要件を満たしているかを確認しておきましょう。

請求書が適格請求書としての要件を満たしていない場合は、仕入税額控除が受けられません。

人材派遣会社がインボイス登録事業者でない場合

派遣元の人材派遣会社がインボイス登録事業者でない場合は、原則として人材派遣料の仕入税額控除は受けられません。ただし、先にも少し触れたとおり経過措置が適用されている間は一部の控除が受けられます。

インボイス制度実施から3年後の2026年9月30日までは免税事業者からの仕入れにつき80％、2026年9月30日～2029年9月30日の間は50％の控除が可能です。

経過措置が終了する2029年9月30日以降は、一切の仕入税額控除が受けられません。経過措置があるとはいえ、派遣先企業の負担は段階的に増加することになります。

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派遣社員の経費精算は正社員とは異なる

派遣社員の経費精算は、直接雇用の従業員とは扱いが異なります。また、人材派遣費の仕訳やインボイス制度にも注意が必要でしょう。

派遣社員は正社員よりもコストを抑えて即戦力となる人材を得られる手段ではありますが、雇用形態が違うことによって経理上の扱いにも差があります。そのため、正しく理解しておくことが大切といえるでしょう。

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