• 更新日 : 2026年2月9日

iDeCo(個人型確定拠出年金)の確定申告はどうやる?手順や書類の書き方

iDeCo(個人型確定拠出年金)とは、60歳以降の方が受け取れる公的年金とは別に給付を受けられる私的年金の一つであり、20歳以上の個人が加入できます。掛金を運営管理機関に払い込んで運用益を計上し、60歳になったところで掛金と運用益を「年金」や「一時金」という形で受け取ります。

今回は、iDeCoの節税メリットを確実に受けるための確定申告書の書き方を徹底解説。準備すべき必要書類から、期限を過ぎてしまったときのリカバリー方法まで、初心者の方にも分かりやすくお伝えします。

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iDeCo(個人型確定拠出年金)は確定申告が必要?

iDeCo(個人型確定拠出年金)は、国が推奨する私的年金制度です。厚生労働省や金融庁が監督しており、掛金・運用益・受取時のすべてで税制優遇が受けられるのが大きな特徴です。

確定拠出年金には「企業型」と「個人型(iDeCo)」の2種類がありますが、この記事ではiDeCoに関連する3つの節税タイミングに注目します。

  1. 掛金を支払ったとき(所得控除
  2. 運用益が出たとき(非課税
  3. 給付金を受け取ったとき(公的年金等控除・退職所得控除)

それでは、会社員の方で確定申告が「不要なケース」と「必要なケース」の判断基準を見ていきましょう。

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iDeCoの確定申告が不要なケース

多くの会社員の方は、勤務先の年末調整を利用することで、確定申告の手間をかけずに節税の恩恵を受けられます。まずは、申告が不要となる条件を確認してみましょう。

1.掛金を支払ったとき

iDeCoの掛金は、所得税の計算においては、「所得控除」の対象となります。

iDeco 所得控除 イメージ

iDeCoの所得控除を受ける方法は、「年末調整」と「確定申告」の2通りです。 会社員の場合、基本的には勤務先の年末調整で精算が完結するため、別途確定申告を行う必要はありません(ただし、医療費控除など他の申告がない場合に限ります)。

年末調整でiDeCoの控除を受ける際は、書類内の「小規模企業共済等掛金控除」という項目を使用します。自分で掛金を払い込んでいる場合は、その中の「個人型年金加入者掛金」の欄に、年間の払込総額を記入してください。

給与所得者の保険料控除申告書

出典:確定申告書等の様式・手引き等(令和7年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分)|国税庁

iDeCoの掛金にかかる「払込証明書」を添付して、記載された金額を該当欄に記入すれば完了です。ただし、e-Taxにおいては証明書に基づいて金額を入力して送信すれば、税務署への提出を省略できます。(5年間の保管が必要となります)

参考:e-Taxを利用して所得税の確定申告書を提出する場合の「生命保険料控除の証明書」などの第三者作成書類の添付省略の制度について教えてください。|国税庁

2. 運用益を計上したとき

投資の利益には課税されるのが原則ですが、iDeCoの運用益は税制優遇により全額非課税となります。 利益がそのまま全額再投資されるため効率的な資産形成ができるうえ、運用益に関する確定申告の手間も一切かかりません。

3. 給付金・一時金を受け取ったとき

iDeCoの給付金を受け取る際の税務処理は、「どのように受け取るか」によって異なります。 確定申告が不要になる主なケースをまとめました。

給付の種類受取方法確定申告の要否備考
老齢給付金一時金(一括)原則不要退職所得とみなされ、支払時に精算されるため。
障害給付金年金 または 一時金不要法律により全額非課税と定められています。
死亡一時金一時金不要所得税ではなく「相続税」の対象となるため。

「老齢給付金」を年金形式で受け取る場合は、受取額や他の公的年金の合計額によって確定申告が必要になることがあります。

詳しくは以下のサイトを参照してください。

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iDeCoの確定申告が必要なケース

働き方や加入のタイミングによっては、年末調整に間に合わず、ご自身で確定申告を行わなければならないケースがあります。以下の条件に当てはまる方は注意が必要です。

1.掛金を支払ったとき

iDeCoの所得控除のために確定申告が必要なケースは以下の通りです。

勤務先で年末調整を受けられなかった方
  • 年収が2,000万円を超えている
  • 年の途中で退職し、再就職していない
  • iDeCoの「掛金払込証明書」の到着が遅れ、年末調整の期限に間に合わなかった

すでに年末調整でiDeCoの申告を終えていても、以下のケースでは確定申告が必要です。

年末調整は済んだが、他の控除を追加したい方
個人事業主やフリーランスの方

そもそも年末調整という仕組みがないため、iDeCoの所得控除を受けるには、毎年の確定申告が必須となります。

2. 給付金・一時金を受け取ったとき

「老齢給付金」を年金形式で受け取る場合、以下の2つの条件をどちらも満たせば、原則として確定申告は不要です。

  1. 公的年金等の収入金額の合計が「400万円以下」である (iDeCoの年金 + 国民年金や厚生年金の合計)
  2. 年金以外の所得(給与所得や副業所得など)が「20万円以下」である

    つまり、iDeCoを含めた年金総額が400万円を超えたり、現役で働きながら年金をもらっていて給与所得が20万円を超えたりする場合は、確定申告が必要になります。

    詳しくは以下のサイトを参照してください。

    iDeCo(個人型確定拠出年金)の確定申告に必要な書類

    確定申告をする場合に用意する書類はこちらです。

    対象者必ず用意する書類
    会社員(年末調整未完了)
    • 給与所得の源泉徴収票(「年調未済」のもの)
    • 小規模企業共済等掛金払込証明書(iDeCo)

    2カ所以上から給与をもらっている場合は、すべての勤務先の源泉徴収票が必要です。

    個人事業主・フリーランス

    他の控除を受ける方は、 医療費控除や、初年度の住宅ローン控除を併用する場合は、それぞれの領収書や計算明細書を別途用意してください。

    なお、申告手続きについては、添付書類の提出が一部省略されています。

    iDeCoの「小規模企業共済等掛金払込証明書」についても、e-Taxによる確定申告の場合には、上述のとおり添付が省略できます。

    参考:e-Taxを利用して所得税の確定申告書を提出する場合の「生命保険料控除の証明書」などの第三者作成書類の添付省略の制度について教えてください。

    iDeCo(個人型確定拠出年金)の確定申告の手順・書き方

    iDeCoの所得控除を受けるための、確定申告書の作成手順を簡単なフローにしてみました。

    iDeCo 確定申告の手順

    では、具体的な記載箇所を実際の確定申告書で確認しましょう。

    掛金払込証明書の確認

    まずはiDeCoの掛金払込証明書の見方からです。

    掛金払込証明書、見方

    証明書には「9月までに(実際に)払い込まれた金額」と「10~12月に払い込まれる予定金額」が2段書きされています。

    確定申告書にはその「合計金額」を記載することになります。

    なお「10~12月に払い込まれる予定金額」については、念のためご自身で払い込まれているか通帳等で確認することをおすすめします。

    確定申告書第二表に記載

    次に「合計金額」を確定申告書の第二表に記載します。

    確定申告書 第二表 小規模企業共済

    出典:確定申告書等の様式・手引き等(令和7年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分)|国税庁

    「年末調整」をしていない場合は払込金額を「支払保険料等の計」「うち年末調整等以外」の両方に記載します。

    「年末調整」をしている場合は源泉徴収票の「社会保険料等の金額」上段の内書きを「支払保険料等の計」に記載します。一般に源泉徴収票と金額が同じである場合には、「保険料等の種類」の欄に「源泉徴収票のとおり」と記載し、「支払保険料等の計」に金額を記入するだけで問題ありません。

    iDeCo、給与所得、源泉徴収票、社会保険料

    出典:[手続名]給与所得の源泉徴収票(同合計表)|国税庁
    令和 年分 給与所得の源泉徴収票」を加工して作成

    確定申告書第一表に転記

    第二表に記載した金額の合計額を第一表に転記します。

    確定申告書 第一表 小規模企業共済等掛金控除

    出典:確定申告書等の様式・手引き等(令和7年分の所得税及び復興特別所得税の確定申告分)|国税庁

    確定申告書第一表に転記したところで、その他の所得控除と合算し、各種所得金額の合計額から控除することになります。

    iDeCo(個人型確定拠出年金)の確定申告を忘れてしまったら?

    iDeCoの掛金は所得控除の対象です。万が一、確定申告を忘れてしまっても、所得控除の手続きを忘れた場合には「還付申告」という方法で還付を受けられます。

    還付申告は「iDeCoの掛金を支払った翌年の1月1日から5年間」の間に提出できます。

    No.2030 還付申告|国税庁

    これに対して、受領した場合に確定申告が必要なiDeCoの給付金・一時金を申告し忘れた場合には「所得税を安く納めてしまった」ことになります。

    所得の計上漏れ等により、所得税が増える修正を行う場合には「修正申告」を行うことになります。

    確定申告の期限後に修正申告をした場合、2.4%(又は8.7%)の延滞税がかかります。

    No.9205 延滞税について|国税庁

    さらに申告を忘れていることを税務署から指摘されて修正した場合、本来納めるべき所得税との差額や延滞税の他に10%などの過少申告加算税がかかります。

    No.2026 確定申告を間違えたとき|国税庁

    間違いに気づいたときは自主的に、速やかに修正申告を行いましょう。

    iDeCo(個人型確定拠出年金)を理解したうえで正しい税務申告を

    iDeCoは税制上の優遇措置が数多くあるため運用する方が増加しており、利用者数は270万人を超えました。始めることを検討されている方や、既に始めているがいまいち分からないという方は、まずはその仕組みについて理解を深め、正しい税務申告をするようにしましょう。

    参考:iDeCo(個人型確定拠出年金)の加入者数等について|iDeCo公式サイト

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