• 更新日 : 2026年6月17日

【人事向け】家賃補助金とは？公的制度と住宅手当の違いや注意点

「家賃補助金」という言葉は、国や自治体の非課税となる「公的制度」と、給与所得として課税対象になる企業の「住宅手当」の両方を指して使われます。

これらを混同して従業員へ案内すると、所得税や社会保険料の計算で思わぬ労務トラブルを招く恐れがあります。

本記事では、人事・労務担当者が知っておくべき両者の明確な違いや支給条件から、自社の住宅手当を見直す際の法務・税務リスクまで実務視点で徹底解説します。

家賃補助金は公的制度・住宅手当の両方に使う言葉

「家賃補助金」は、国や自治体の公的制度と、企業が支給する住宅手当の両方を指す言葉です。

従業員から相談を受けた人事・労務担当者は、どちらの制度を指しているのか、確認する必要があります。両者は支給主体や目的だけでなく、税務上の扱いや、社会保険料への影響も異なるためです。

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公的制度と会社の住宅手当の違い

公的制度と会社の住宅手当は、どちらも家賃負担を軽くする仕組みです。ただし、制度の性質が異なります。

公的制度は、国や自治体が主体です。要件を満たせば、原則として非課税で給付されます。主な目的は、生活困窮者の救済や、子育て世帯・新婚世帯の定住促進です。

たとえば「住居確保給付金」は、離職や休業で家賃の支払いが難しくなった人を対象とする制度です。一定の要件を満たすと、自治体から家賃相当額が支給され、生活の立て直しを支援します。

一方、企業の住宅手当は、会社が独自に設ける福利厚生の制度です。法律上の支給義務はなく、導入の有無や金額は各企業が決めます。主な目的は、採用力の強化や従業員の離職防止です。

また、住宅手当を給与に上乗せして現金で支給する場合、原則として全額が給与所得になります。そのため、所得税や住民税の課税対象となり、社会保険料の計算にも含まれます。

家賃補助金は2種類

家賃補助金は、自治体が支給する制度と、企業が福利厚生として支給する制度の2種類です。管轄する組織や制度の目的、申請手続きの主体が異なります。

1.自治体の家賃助成

ひとつ目は、国や地方自治体が公的な予算で実施する、家賃助成制度です。地域の人口減少を防ぐ定住促進や、住民の生活基盤の安定を目的としています。対象者は、新婚世帯・子育て世帯・若年の単身者など、制度ごとに異なります。

また、助成金には、制度の目的に沿った要件がつきものです。以下のような要件を満たすことで、助成金を受け取れます。

申請窓口は、各市区町村の役所です。企業を通さず、従業員本人が直接手続きを行います。

自治体の家賃助成には「国の支援事業」と「自治体独自の助成金」が混在しています。従業員から助成金の相談を受けた場合は、居住地や転居予定地の自治体ホームページを確認し、要件に該当するよう案内しましょう。

2.会社の住宅手当・家賃手当

ふたつ目は、企業が従業員に福利厚生として支給する住宅手当や、家賃手当です。従業員の毎月の経済的負担を軽くし、長く働きやすい環境を整える狙いがあります。

支給条件や金額は、企業ごとに異なります。家賃手当の場合、賃貸物件の契約者に限り、家賃を補助する制度が一般的です。しかし、世帯主であることや、会社から一定距離内に住んでいることを条件として、手当を設ける企業もあります。

自治体の制度と異なり、現金で支給される住宅手当は、所得税の課税対象です。さらに、社会保険料の算定基礎にも含まれるため、手取り額に影響します。

人事・労務担当者は、自社の就業規則や賃金規程に沿って、支給対象や停止条件を適切に管理しましょう。

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【事例】自治体の家賃助成

自治体の家賃助成は、地域ごとに対象者や支給要件が細かく決められています。従業員から公的支援について相談された際、地域の事例を知っておくと案内がスムーズです。

東京都の事例

東京都内では、複数の区が若年層や子育て世帯向けに、家賃助成を実施しています。たとえば世田谷区では、未就学児を育てる世帯が対象の助成金があります。

また、千代田区の「次世代育成住宅助成」は、親元近居や区内転居をする世帯が支援対象です。千代田区の制度では、世帯の状況によって補助金の上限額が変わります。このような制度は、所得上限や年齢制限が定められているため、誰でも利用できるわけではありません。

加えて、自治体の予算上限に達すると、募集期間中でも受付を終了する場合があります。従業員へ案内する際は、該当する区の最新の募集要項を必ず確認するよう伝えましょう。

参照：世田谷区「保育園や幼稚園を使う方向けの補助金について 」
参照：千代田区「次世代育成住宅助成」

大阪市の事例

大阪市でも、地域活性化や定住促進を目的とした、家賃助成制度があります。代表例が、大阪市住まい公社による新婚世帯・子育て世帯向けの家賃補助制度です。また、大阪府内では、新婚・子育て世帯向けに家賃の減額補助事業が実施されるケースもあります。

このような制度は、公的賃貸住宅や特定優良賃貸住宅などへの入居を条件とする場合があります。したがって、個人で契約した民間賃貸住宅が、すべて対象になるわけではありません。

申請時には、住民票・所得証明書・賃貸借契約書の写しなどが求められます。企業の人事・労務担当者は、従業員から就労証明書の発行を依頼される場合もあります。

参照：大阪市「住居確保給付金（家賃補助）について」
参照：大阪市住まい公社「新婚世帯・子育て世帯向け家賃補助」

特定世帯向け制度（新婚・子育て・単身）

全国の自治体では、新婚世帯や子育て世帯に特化した、家賃補助制度が設けられています。

たとえば、内閣府が主導する「結婚新生活支援事業」は、全国の市区町村が導入する代表的な支援制度です。婚姻日における夫婦の年齢や世帯所得を定め、家賃や引越費用を補助します。また、富山県射水市の制度では、夫婦のいずれかが40歳未満であることを申請要件としています。

一方、単身者向けの公的な家賃補助制度は、ファミリー向けに比べて限定的です。東京都新宿区など、一部自治体が若年単身者向けに、助成を行うケースはあります。しかし、新婚世帯や子育て世帯に比べると、十分な整備はされていません。

企業の家賃補助（住宅手当）の相場や目的

企業が家賃補助（住宅手当）制度を設計する際は、金額相場や支給目的の設定が不可欠です。制度を新設・見直しする際は、相場だけでなく、法的リスクや運用負担も確認しましょう。

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支給条件と相場

企業の住宅手当は、従業員本人が賃貸物件を契約し、世帯主であることを条件とするケースが一般的です。厚生労働省の統計調査によると、住宅手当の平均支給額は月額17,000円前後です。ただし、企業規模や拠点の地域によって相場は異なります。

また、従業員数が1,000人を超える大企業では、月額20,000円以上を支給するケースもみられました。一方、中小企業では月額16,000円から19,000円程度と、やや低めに設定されるケースもあります。

全国規模で事業を展開する企業は、都市部と地方で家賃相場が異なるため、勤務地や居住地によって支給額に差を設けることも珍しくありません。持ち家の従業員については、住宅ローン補助として少額を支給するか、対象外とする企業に分かれます。

出典：厚生労働省「令和７年就労条件総合調査 結果の概況」

企業が住宅手当を導入する目的

企業が住宅手当を導入する目的は、優秀な人材の確保と、既存社員の定着です。

家賃は生活費の中でも、大きな割合を占めます。会社が家賃の一部を補助することで、従業員の経済的な不安を軽減できるでしょう。求人票でも福利厚生の充実を示せるため、採用市場での競争力向上につながります。

また、住宅手当の支給によって、従業員のエンゲージメント向上も可能です。賃貸以外の従業員を支給対象に含めるため、会社から一定距離内に住むことを条件にした「近距離手当」を導入する企業もあります。通勤による疲労を減らし、業務の生産性を高める目的です。

近年は、テレワークの普及により、住宅手当を「在宅勤務手当」へ移行する企業も増えています。自社の経営課題や働き方に合わせて、制度の目的を明確にしましょう。

住宅手当を支給する際の注意点

住宅手当を支給する際は、「同一労働同一賃金」の原則に従い、雇用形態による差別化を避けましょう。

正社員と非正規雇用労働者の間で、合理的な理由なく支給額や条件に差を設けると、法的な問題につながります。職務内容や転勤の有無が同じであれば、雇用形態にかかわらず、公平な扱いが必要です。

また、既存の住宅手当を会社の都合で一方的に減額・廃止すると、不利益変更に該当するリスクがあります。制度を見直す際は、従業員への説明や同意の取得、代替措置の検討が欠かせません。

就業規則や賃金規程には、支給要件を明記しましょう。公平で透明性のある運用が、従業員とのトラブル防止につながります。

自治体の支援を受けている従業員に家賃補助を調整する？

従業員が自治体の支援を受けていても、会社が住宅手当を減額できるとは限りません。

就業規則や賃金規程に「公的助成を受けている場合は減額する」と明記されていない場合、勝手な減額は不合理と判断される可能性があります。規程に根拠のない減額は、労働条件の不利益変更にあたるためです。

企業は、従業員との労働契約や社内規程に従って、手当を支給する義務があります。公的支援と会社の手当の二重取りを防ぎたい場合は、事前に規程を整備し、どのような場合に支給額を調整するかを明記しましょう。

家賃補助金は課税対象になる？

国や自治体の公的制度と企業の手当では、課税ルールが異なります。給与計算でミスを防ぐため、以下の内容を確認しましょう。

公的制度は原則非課税

国や自治体が支給する家賃の助成金や給付金は、原則として非課税になります。生活困窮者の支援や少子化対策など、社会福祉的な目的で支給されるためです。

受給した従業員本人は、確定申告で所得として申告する必要はありません。企業の給与計算や年末調整にも、基本的には影響しない仕組みです。

ただし、自治体が独自に実施する移住支援金などは、名目によって一時所得や雑所得として課税対象になる場合があります。従業員から相談を受けた際は、自治体の窓口や募集要項で課税の有無を確認するよう案内しましょう。

また、公的支援の申請や受給は従業員本人が行うため、企業側で特別な税務処理は発生しません。

企業の手当は給与課税対象

企業が従業員へ毎月現金で支給する住宅手当・家賃手当は、全額が給与所得です。所得税と住民税の課税対象になり、給与計算では課税支給額に含めます。

また、手当は賃金の一部と判定されるため、社会保険料の算定基礎にも組み込まれます。住宅手当を新設・増額した場合、社会保険の改定が必要となる場合もあるでしょう。

たとえば月額20,000円の手当を新たに支給すると、額面給与は増えます。しかし、税金と社会保険料も増えるため、手取り額が20,000円増えるわけではありません。従業員へ説明をする際は、支給額がそのまま手取り増になるわけではない旨を伝えましょう。

企業の人事・労務担当者の対応

人事・労務担当者には、従業員の生活状況に応じた情報提供と、手続き対応が求められます。ライフイベントや働き方の変化に合わせて、社内制度を正しく適用し、必要な書類を整えることが重要です。

従業員への公的制度の案内

従業員から家賃補助の相談を受けた際は、まず自社制度の有無と内容を説明します。社内制度の対象外である場合や、自社に制度がない場合は、国や自治体の公的制度を案内しましょう。

利用できる制度は、従業員の居住自治体や、世帯状況によって異なります。結婚・子育て・転居などの事情によって、利用できる制度が変わるため、管轄の自治体ホームページを確認するよう促しましょう。とくに若手社員や新婚世帯は、自治体の家賃助成が適用される場合もあります。

会社側で就労証明書など、書類の作成を依頼された場合は、速やかに発行して申請を支援しましょう。

休業・退職時の手続き

従業員が休業や退職をする際は、住宅手当の扱いを就業規則に沿って確認しましょう。

育児休業や傷病休職などの長期的な無給期間中は、手当の支給を一時停止する企業もあります。自社の支給条件に、「通常通り勤務していること」などの規定があるか確認しましょう。

退職時は、退職日を基準に日割り計算するのか、当月分を全額支給するのかを、規程に従って処理します。対応を誤ると、給与の過払いや不足が発生し、退職時のトラブルにつながりかねません。

また、従業員が転居や結婚をした場合は、申請書類の不備による支給漏れや不正受給を防ぐため、新しい住民票や賃貸借契約書の写しを提出してもらいましょう。

従業員ごとの煩雑な確認作業や手続きの負担を減らすには、外部サービスの活用が効果的です。「マネーフォワード クラウド福利厚生賃貸」を利用すれば、物件の契約や退去に伴う業務負担を軽減できます。

人事労務の業務負担を最小限に抑えつつ、効果的な福利厚生制度を構築するため、導入を検討してみてはいかがでしょうか。

• 監修：松本 幸一（社会保険労務士）

  元ハローワーク正職員の社会保険労務士。ハローワーク時代に社会保険労務士試験に合格し、その後社会保険労務士事務所、企業人事部勤務を経て独立。官・民・士業の三視点からのアドバイスを得意とする。独立後は顧問業務のほかWebメディア記事を通じた情報発信などを行っている。