• 更新日 : 2026年6月4日

住宅借入金等特別控除申告書はどこでもらう？入手方法を解説

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住宅借入金等特別控除申告書（住宅ローン控除申告書）は、適用初年度か2年目以降かで入手先が異なります。初年度は確定申告、2年目以降は税務署から送付される書類で年末調整を行うのが基本です。

担当者としては、従業員から「書類はどこでもらうのか？」「なくしてしまった」といった質問を受ける場面もあるでしょう。

この記事では、「住宅借入金等特別控除申告書」をどこでもらうのか、初年度・2年目以降・紛失時のパターン別に、入手方法や担当者が知っておくべきポイントを解説します。

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住宅借入金等特別控除申告書とは？

「住宅借入金等特別控除申告書」とは、住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）を年末調整で受けるために必要な書類です。

住宅ローン控除の適用を受けるためには、初年度は、自身で必ず確定申告が必要ですが、2年目以降は勤務先の年末調整で控除を受けられます。その年末調整の際に、従業員が勤務先に提出するのがこの申告書です。

「給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書」と「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除証明書」が一体となった形式になっています。

控除証明書との違い

従業員から「申告書と証明書は違うのか」と聞かれることもあるかもしれません。

実際には、2年目以降に税務署から送られてくる書類は、この申告書と証明書が1枚の用紙（控除期間分がセット）になっており、従業員はこれに金融機関発行の「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」を添付して提出します。

参考：A1-40　年末調整のための(特定増改築等)住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請手続｜国税庁

【初年度】住宅借入金等特別控除申告書はどこでもらう？

住宅ローン控除を初めて受ける年（初年度）は、年末調整では手続きできません。従業員本人が確定申告を行う必要があり、申告書は税務署の窓口や国税庁のウェブサイトで入手します。

初年度は、控除を受けるための要件（居住開始日、所得、住宅の面積など）を満たしているかを税務署が詳細に確認する必要があるため、必ず確定申告が求められます。

担当者としては、新築・購入した従業員から質問された際に「1年目はご自身で確定申告が必要です。会社の年末調整ではできません」と案内しましょう。確定申告の期間は、原則として翌年の2月16日から3月15日です。

国税庁のウェブサイトで入手・作成する

国税庁の「確定申告書等作成コーナー」を利用するのが便利です。画面の案内に従って必要な金額や情報を入力すれば、控除額などが自動計算され、申告書をPDFで作成・印刷できます。

また、申告書等の様式（PDF）をダウンロードし、手引きを見ながら手書きで作成することも可能です。

参考： 確定申告書等の様式・手引き等｜国税庁、 確定申告書等作成コーナー｜国税庁
《記載例》給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書｜国税庁

税務署の窓口で入手する

お住まいの地域を管轄する税務署の窓口に行けば、確定申告書や（特定増改築等）住宅借入金等特別控除額の計算明細書など、必要な用紙一式を受け取れます。

e-Tax（電子申告）を利用する

マイナンバーカードと対応スマートフォン（またはICカードリーダライター）があれば、e-Tax（国税電子申告・納税システム）を利用して、オンラインで申告を完結させることもできます。この場合、紙の申告書を入手する必要はありません。

参照： 【e-Tax】国税電子申告・納税システム｜国税庁

【2年目以降】住宅借入金等特別控除申告書はどこで入手する？

2年目以降は、初年度の確定申告を終えると、税務署から残りの控除期間分の「住宅借入金等特別控除申告書」がまとめて本人宛に郵送されます。

初年度の確定申告が無事に受理されると、その年の10月頃に、税務署から控除を受けられる残りの年数分の申告書（証明書と一体）が自宅に届きます。

従業員は、毎年1枚ずつ、送付された申告書に必要事項を記入し、「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」（金融機関から毎年送付）とともに、勤務先の年末調整担当者（人事・バックオフィス）へ提出します。

税務署からまとめて郵送される点に注意

たとえば、認定住宅の新築などで控除期間が13年の場合、初年度の確定申告後に残り12年分の申告書が一度に送られてきます（住宅の種類や入居年により控除期間は異なります）。これを毎年1枚ずつ使っていくことになります。

参考：《記載例》給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書兼（特定増改築等）住宅借入金等特別控除計算明細書｜国税庁

従業員自身での保管が必須

まとめて送られてくるため、従業員は翌年以降の分を紛失しないよう、ご自身で大切に保管しておく必要があります。

人事担当者としては、年末調整の案内時に「住宅ローン控除が2年目以降の方は、税務署から送られた書類（残り年数分）のうち、該当年度のものを提出してください。紛失しないようご注意ください」といったアナウンスをするのが親切でしょう。

住宅借入金等特別控除申告書を紛失した場合はどうする？

もし申告書（2年目以降の分）を紛失した場合は、税務署に申請することで再発行が可能です。e-Taxを利用した電子的な再発行（ダウンロード）もできます。

年末調整の時期に、従業員から「税務署からもらった書類をなくした」という相談は少なくありません。その場合、従業員本人に以下の手続きをしてもらう必要があります。即日は難しい場合もあるため、早めの対応を促しましょう。

税務署に申請して再発行する

所轄の税務署に対し、「年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請書」を提出します。

この交付申請書は、国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。必要事項を記入し、郵送または税務署の窓口で提出します。申請後、税務署から申告書（控除証明書）が再発行されます。

参考：A1-40　年末調整のための(特定増改築等)住宅借入金等特別控除関係書類の交付申請手続｜国税庁
年末調整で住宅借入金等特別控除の適用を受ける方へ｜国税庁

e-Taxやシステムで再発行（ダウンロード）する

マイナンバーカードなどをお持ちであれば、e-Taxの「QRコード付証明書等作成システム」を利用して、申告書（控除証明書）のデータを電子ファイル（PDF）でダウンロードすることもできます。

参考： 【e-Tax】国税電子申告・納税システム｜国税庁

会社（人事）は再発行できない点を伝える

申告書は税務署が本人（納税者）に対して発行するものです。勤務先（会社）が従業員の代理で再発行を申請することはできません。「紛失した場合は、ご自身で税務署に再発行を申請してください」と案内する必要があります。

住宅ローン控除申告書が電子化（データ交付）された場合は？

2020年（令和2年）分の年末調整から、従業員が希望すれば、申告書（控除証明書）を紙ではなくデータ（電子交付）で受け取れるようになりました。

これにより、紙の書類を長期間保管する手間や紛失リスクが軽減されます。会社側も、年末調整の電子化を進めている場合は、データでの提出を受け付けることで業務効率化につながります。

電子交付のメリット

電子交付を受けるための手続き

従業員本人が、初年度の確定申告をe-Taxで行う際や、別途e-Taxで「（特定増改築等）住宅借入金等特別控除証明書の電磁的記録による交付申請」を行う必要があります。

参考： 住宅借入金等特別控除証明書の電子交付について｜e-Tax 国税電子申告・納税システム

会社側の準備

従業員からデータで申告書の提出を受けるには、会社側が使用している給与計算ソフトや年末調整システムが、国税庁の仕様に準拠したデータ（XMLファイル）の取り込みに対応している必要があります。

令和8年（2026年）分以降の変更点

2025年12月に公表された「令和8年度税制改正大綱」において、住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）の適用期限の延長と内容の見直しが盛り込まれました。

申告書の入手方法そのもの（初年度は確定申告、2年目以降は税務署から郵送）に大きな変更はありませんが、従業員から制度について相談を受ける場面も想定されるため、人事・労務担当者は改正の概要を押さえておきましょう。

令和8年度税制改正大綱における住宅ローン控除の主な改正点

令和8年度税制改正大綱で示された住宅ローン控除の主な改正点は、以下のとおりです。

年末調整実務への影響

2年目以降の年末調整で使用する「住宅借入金等特別控除申告書」の入手方法や提出の流れに、現時点で大きな変更はありません。

一方で、控除率・借入限度額・控除期間などの制度内容は変更されるため、申告書に記載される控除額や計算明細の内容が変わる可能性があります。年末調整の計算を行う担当者は、国税庁が公表する「年末調整のしかた」や「給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引」などで最新情報を確認しましょう。

参考：令和８年度税制改正の大綱｜財務省、住宅を新築又は新築住宅を取得した場合（住宅借入金等特別控除）｜国税庁、給与所得者の（特定増改築等）住宅借入金等特別控除申告書の記載例｜国税庁

住宅借入金等特別控除申告書の入手先まとめ

住宅借入金等特別控除申告書（住宅ローン控除申告書）の入手先は、控除を受ける年数によって異なります。初年度はご自身で確定申告が必要なため、税務署や国税庁サイトで申告書を作成・入手します。

2年目以降は、初年度の申告後に税務署から残りの控除期間分の申告書がまとめて郵送されるため、それを利用します。もし紛失した場合は、税務署に再発行を申請するか、e-Taxでダウンロードが可能です。人事担当者としては、従業員からの問い合わせに備え、これらのパターンを把握しておくとスムーズな案内ができるでしょう。

※本記事の内容は2025年12月公表の税制改正大綱をもとにしています。税制改正大綱は自民党が毎年12月頃に発表する改正のドラフトであり、国会での審議を経て翌年春頃に法律として制定されます。最終的に制定された法律の内容と異なる場合があります。

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• 監修：松本 幸一（社会保険労務士）

  元ハローワーク正職員の社会保険労務士。ハローワーク時代に社会保険労務士試験に合格し、その後社会保険労務士事務所、企業人事部勤務を経て独立。官・民・士業の三視点からのアドバイスを得意とする。独立後は顧問業務のほかWebメディア記事を通じた情報発信などを行っている。

• 監修：仁科 翔吾（仁科社会保険労務士事務所）

  社会保険労務士。大学卒業後、食品系メーカーに就職し生産管理や品質管理、人員管理などさまざまな業務に携わる。その後、社会保険労務士事務所に転職し、令和3年に社労士資格を取得。現在は製造業や小売業、介護福祉業などさまざまな業種の労務相談や年金相談業務等に従事している。法改正などの最新情報はいち早くキャッチすることを心がけており、Webメディア等を通じた情報発信も積極的に行っている。