- 更新日 : 2025年11月13日
医療費控除で住民税も安くなる
医療費が多くかかった年は、確定申告で所得税が安くなることをご存知の方も多いでしょう。実は、医療費控除では住民税も安くなります。所得税の確定申告をすれば、住民税のために追加で手続きをする必要はありません。

医療費控除・住民税減額シミュレーションシート
「医療費控除 住民税」「医療費控除 住民税 どれくらい安くなる」などで検索された方向けに、無料で提供しています。ぜひご自由にダウンロードして活用ください。
医療費控除とは
医療費控除とは、所得税の計算をするときに、課税対象の所得から医療費を差し引くものです。医療費は本人のものだけでなく、同一生計の家族のものも含みます。
医療費控除の金額は、実際に支出した医療費から10万円を引いた額です。生命保険・医療保険から入院給付金を受け取った場合や、健康保険から高額療養費・家族療養費・出産育児一時金などを受け取った場合は、その金額も医療費から差し引きます。
医療費控除の金額の計算方法は、次の図で表すことができます。

具体的な計算式は以下の通りです。
(※)所得が200万円未満の人は所得の5%
保険金の対象となる医療費よりも高い保険金が補填される場合、医療費を超える部分の金額は切り捨てとなります。そのほかの医療費の支払いから差し引かれることはありません。
医療費控除の対象になるものとならないもの
医療費控除の対象になるものとならないものは、次の表のとおりです。幅広い範囲の費用が認められる一方で、診療や医療に直接関係ないものは認められません。
医療費控除の対象になるもの |
|
医療費控除の対象にならないもの |
|
平成29年からセルフメディケーション税制が創設される
医療費控除の特例として、平成29年からセルフメディケーション税制が創設されます。セルフメディケーションとは、「自分自身の健康に責任を持ち、軽度な身体の不調は自分で手当てすること」をいいます。
セルフメディケーション税制では、医薬品の購入金額が1万2,000円を超えると所得控除が受けられます(上限は8万8,000円)。
ただし、健康維持や病気の予防のために健康診断や予防接種などを行っていることが条件です。また、医薬品であれば何でもよいわけではなく、対象となる品目が指定されています。
なお、セルフメディケーション税制と医療費控除を同時に適用することはできません。
この記事をお読みの方におすすめのガイド3選
この記事をお読みの方によく活用いただいている人気の資料・ガイドを紹介します。すべて無料ですので、ぜひお気軽にご活用ください。
※記事の内容は、この後のセクションでも続きますのでぜひ併せてご覧ください。
人事・労務の年間業務カレンダー
毎年大人気!人事労務の年間業務を月別にまとめ、提出や納付が必要な手続きを一覧化しました。
法改正やシーズン業務の対応ポイントについて解説するコラムも掲載していますので、毎月の業務にお役立てください。
所得税・住民税の課税・非課税ルール
所得税や住民税の課税・非課税の判断は、正確な給与計算の根幹となる重要な要素です。
本資料では、給与担当者が実務で迷いやすい項目を中心に、課税・非課税のルールを体系的に整理し、業務上の注意点についても解説します。
年末調整でよくある質問&回答集
年末調整で従業員から寄せられやすい19の質問と回答例、担当者として業務を進めるうえで知っておきたいポイントをまとめました。
資料で紹介した内容を従業員に事前周知するなど、年調業務の負担軽減にお役立てください。
医療費控除は住民税にも適用される
医療費控除は課税の対象になる所得から医療費を差し引くものです。医療費控除を適用するために確定申告をすると、所得税だけでなく住民税も安くなります。住民税のために追加で手続きをする必要はありません。
所得にかかる住民税の税率は10%(都道府県民税・市区町村民税の合計)であることから、医療費控除額の10%に当たる金額だけ住民税が安くなります。
所得税の場合、年末調整で納税が済んでいる人は、医療費控除で安くなった分だけ税額が還付されます。ただし、住民税は翌年6月以降に納めるため、所得税のように還付されることはありません。医療費控除で安くなった後の税額を6月以降に納めることになります。
医療費控除は所得税と住民税の節税になる
医療費控除は本人や同一生計の家族のための医療費を所得から差し引くものです。入院や通院の費用だけでなく、医薬品の購入費や介護の費用も対象になります。
医療費控除を適用すると、所得税だけでなく住民税も安くなります。ただし、確定申告をすると安くなった税額がすぐに住民税に反映されたり、税額が還付されたりするわけではありません。住民税に反映されるのは、翌年6月からになる点を覚えておきましょう。
よくある質問
医療費控除とは?
所得税の計算をするときに、課税対象の所得から医療費を差し引くもので、医療費は本人のものだけでなく、同一生計の家族のものも含みます。詳しくはこちらをご覧ください。
医療費控除の対象になるものは?
「医師・歯科医師による診療・治療のための費用」や、「人間ドックや健康診断の費用」などが対象になります。詳しくはこちらをご覧ください。
医療費控除は住民税にも適用される?
されます。所得にかかる住民税の税率は10%(都道府県民税・市区町村民税の合計)であることから、医療費控除額の10%に当たる金額だけ住民税が安くなります。詳しくはこちらをご覧ください。
※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。
人事労務の知識をさらに深めるなら
※本サイトは、法律的またはその他のアドバイスの提供を目的としたものではありません。当社は本サイトの記載内容(テンプレートを含む)の正確性、妥当性の確保に努めておりますが、ご利用にあたっては、個別の事情を適宜専門家にご相談いただくなど、ご自身の判断でご利用ください。
関連記事
-
# 給与計算
従業員の所得税はいつ払う?納期や納付方法、納付期限を過ぎた場合を解説
従業員の給与には所得税が課せられます。企業は、給与から徴収した所得税を納付期限までに納めなくてはなりません。 当記事では、所得税の納付期限や納付方法、特例などについて解説します。納…
詳しくみる -
# 給与計算
就業規則に必要な賃金規定の作成・変更方法は?記載例やテンプレートをもとに解説
就業規則の賃金規定は、従業員の生活に直結し、モチベーションや会社への信頼感を大きく左右する非常に重要な部分を占めます。 しかし、「賃金規定をどのように作成・変更すれば良いのか」「法…
詳しくみる -
# 給与計算
有給を入社後すぐに付与したい場合はどうする?要件や注意点を解説
有給休暇を入社後すぐに付与することは可能です。本来は入社から6ヶ月後に付与することが原則ですが、前倒しの付与は労働者に不利益を与えるものではなく、かえって「ゆとりある生活を保障する…
詳しくみる -
# 給与計算
退職金の住民税・所得税は優遇されている!?
会社を辞めたときなどに受け取る退職金は、退職所得として税金が課されることになります。 ただ、給与所得などの他の所得と違い、退職所得に課される所得税・住民税の計算は優遇されています。…
詳しくみる -
# 給与計算
給与計算の最新トレンド|2025年以降の法改正、DX化、システム選びまで徹底解説
2025年、給与計算業務は法改正の頻発とテクノロジーの進化により、大きな変革期を迎えています。育児・介護関連の法改正や、子ども・子育て支援金制度の導入が迫る中、人事・労務担当者には…
詳しくみる -
# 給与計算
固定残業代制度とは?仕組みからメリット・デメリット、注意点まで徹底解説
「固定残業代」や「みなし残業」という言葉を、給与明細や求人票で目にしたことがある方は多いでしょう。しかし、その仕組みを正しく理解しているでしょうか。本記事では、固定残業代制度につい…
詳しくみる


