• 更新日 : 2026年10月23日

年末調整と確定申告は両方必要？二重課税にならない仕組みとケース別の手続きを解説

年末調整を終えたのに確定申告も必要なのか、両方行うと税金が二重に取られないか不安に感じる方は少なくありません。年末調整と確定申告は役割が異なる手続きであり、両方行っても二重課税にはならない仕組みになっています。副業所得が年20万円を超える場合や医療費控除を申請する場合など、両方の手続きが必要になるケースは複数あります。本記事では、該当するケースの判断基準と手続きの流れを整理します。

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年末調整と確定申告の違いは？両方行っても二重課税にならない理由

年末調整は会社が従業員に代わって行う所得税の精算手続き、確定申告は個人が自ら税務署に所得を申告する手続きです。両方を行っても、確定申告は年末調整という仮精算をもとに最終的な税額を計算し直すものであるため、同じ所得に二重に課税される仕組みにはなっていません。

制度の違いを比較表で確認できる

両制度は手続きの主体や対象者、対応できる控除の範囲が異なります。まずは全体像を比較表で押さえておきましょう。

参考：年末調整｜国税庁

両方行っても二重課税にはならない

結論として、年末調整と確定申告を両方行っても二重課税にはなりません。確定申告書には年末調整済みの源泉徴収票の内容を転記し、すでに納めた税額を差し引いたうえで最終的な税額が計算される仕組みだからです。

年末調整が「仮精算」、確定申告が「本精算」にあたるとイメージすると分かりやすいでしょう。差額が生じた場合は追加納付または還付という形で調整されるだけで、同じ所得に対して税金が二重にかかることはありません。

年末調整後の確定申告はどんなケースで義務になる？

所得税法上、年末調整を受けていても確定申告が義務となるケースがあります。該当する主なケースは次のとおりです。

申告を怠ると無申告加算税や延滞税の対象になるため、早めに確認しておきたいところです。それぞれのケースを具体的に見ていきましょう。

給与収入が2,000万円を超える場合

給与の年間収入が2,000万円を超える人は、そもそも年末調整の対象外です。この場合は必ず確定申告で税額を確定させる必要があります。

□ 年間の給与収入が2,000万円を超えている場合は、年末調整の対象外となり確定申告が必要です。役員報酬が高額な経営者にとっては毎年のルーティンとなるケースが多いため、顧問税理士と連携し、12月中に必要書類を整理しておくとスムーズに進められます。

参考：No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人｜国税庁

副業・兼業の所得が20万円を超える場合

本業の給与とは別に、副業やフリーランスの報酬で年間20万円を超える所得（収入から経費を差し引いた額）がある場合で納税が発生する場合は、確定申告が必要です。

□ 副業の所得が20万円を超えている場合は確定申告の対象です。たとえば副業の年間報酬が50万円で、経費が10万円だったとすると所得は40万円となり、20万円を超えるため確定申告の対象になります。クラウドソーシングやフリマアプリでの継続的な売上がある人も注意が必要です。

2カ所以上から給与を受けている場合

年末調整は原則として主たる勤務先（甲欄が適用される勤務先）1カ所でしか行えません。パート・アルバイトの掛け持ちや、複数社から役員報酬を受けているケースでは、従たる勤務先の給与分を確定申告で合算する必要があります。

従たる給与の年収が20万円を超える場合は確定申告が必要です。ただし、従たる給与の年収が20万円以下で、年末調整済みの主たる給与以外に所得がなければ確定申告は不要とされています。

人事労務の基礎知識 ｜マネーフォワード クラウド給与

年末調整の対象とならない人とは？ | 給与計算ソフト「マネーフォワード クラウド給与」

給与所得者であっても、年末調整を受けられない人、また、例外的に年末調整が不要な人がいます。年末調整が不要なケースとはどのような場合か、その場合にはどう対処すべきか、あらかじめ理解しておきましょう。

年の途中で退職し年末調整が未済の場合

退職後に年内中に再就職しなかった場合、年末調整を受けられません。月々の源泉徴収は概算で天引きされているため、確定申告をしないと所得税を多く納めたままになるケースが大半です。

□ 年末調整を受けずに年を越した場合は、確定申告で精算するとよいでしょう。退職金についても、「退職所得の受給に関する申告書」を提出していなければ一律20.42%（所得税および復興特別所得税）が源泉徴収されるため、確定申告で正しい税額に精算した方が有利になることが多いといえます。

参考：No.1420 退職金を受け取ったとき（退職所得）｜国税庁

年末調整後の確定申告で還付を受けられるケースは？

年末調整と確定申告の両方を行うことで、納めすぎた税金が戻ってくるケースがあります。主な対象は次のとおりです。

義務ではないものの、対象者にとっては活用の余地がある制度です。

医療費控除で税金が戻る

医療費控除は年末調整では適用できず、確定申告でのみ申請できる控除です。1年間に支払った医療費の合計が10万円（総所得金額等が200万円未満の場合はその5%）を超えた場合、超過分が所得から差し引かれます。

たとえば年間の医療費が25万円だったとすると、10万円を差し引いた15万円が控除額です。歯科矯正（治療目的のものに限る）やレーシック、通院の交通費も対象になるため、領収書やレシートは年間を通じて保管しておくとよいでしょう。

参考：No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）｜国税庁

住宅ローン控除の初年度は申告が必要になる

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、初年度のみ確定申告が必要です。2年目以降は年末調整で対応できますが、最初の年は税務署に申告書と借入金の年末残高証明書、登記事項証明書などを提出しなければなりません。

控除率は年末残高の0.7%で、住宅ローン減税の適用期限は令和8年度税制改正により2030年（令和12年）まで延長されています。借入限度額や控除期間は住宅の省エネ性能などにより異なるため、初年度の申告を忘れると控除が受けられない点にも注意しましょう。

参考：住宅税制｜国土交通省

ふるさと納税でワンストップ特例を使わなかった場合

ワンストップ特例制度（確定申告をしなくてもふるさと納税の寄附金控除を受けられる仕組み）を利用しなかった場合や、寄附先が6団体以上の場合は、確定申告で寄附金控除を申請する必要があります。

ワンストップ特例は住民税からのみ控除される仕組みですが、確定申告では所得税と住民税の両方から控除される点も覚えておきたいポイントです。寄附先が5団体以内であればワンストップ特例の対象ですが、6団体以上になると特例は使えず確定申告が必須になります。

参考：ふるさと納税ワンストップ特例の適用について｜国税庁

年末調整で控除の申請漏れがあった場合

生命保険料控除証明書の提出を忘れた、扶養親族の追加が間に合わなかったなど、年末調整で控除を申請し忘れた場合も、確定申告で取り戻すことができます。後述する「年末調整のやり直し」が間に合わなかった場合の救済手段としても有効です。

年末調整と確定申告を両方行う場合の手続きの流れは？

年末調整と確定申告の両方を行う場合、手続きは「年末調整→源泉徴収票の受領→確定申告書の作成・提出」の順で進めます。基本的な流れを整理しましょう。

源泉徴収票が確定申告の基礎資料になる

年末調整が完了すると、会社から源泉徴収票が交付されます。確定申告書にはこの源泉徴収票に記載された給与収入額・所得控除額・源泉徴収税額を転記するため、受け取ったら紛失しないよう保管しておきましょう。

バックオフィス担当者の視点では、源泉徴収票の早期交付が従業員の申告準備をスムーズにし、再発行依頼の問い合わせ削減にもつながります。12月の給与確定後、できるだけ早い時期に配布するのが望ましいでしょう。

確定申告の手順を確認する

年末調整済みの会社員が確定申告を行う際の流れは以下のとおりです。

なお、還付がある場合は申告後おおむね1〜2か月で指定口座に振り込まれます。申告期限は原則として翌年の2月16日〜3月15日ですが、還付申告（税金が戻る申告）の場合は翌年1月1日から提出でき、5年間遡って申告できます。

参考：No.2020 確定申告｜国税庁

e-Taxとマイナポータル連携で効率化できる

e-Tax（国税電子申告・納税システム）を使えば、自宅から24時間いつでも申告書を提出できます。さらにマイナポータル（行政手続きをオンラインで行うための政府の個人向けサービス）と連携すると、生命保険料控除証明書やふるさと納税の寄附金受領証明書などの控除データが自動取得され、手入力の手間を減らせます。

マイナンバーカードとスマートフォン（またはICカードリーダー）があれば利用可能です。書類管理の手間を削減したい場合は、活用を検討する余地があるでしょう。

年末調整のやり直しと確定申告はどちらを選ぶ？

判断基準は翌年1月31日です。この日までなら会社側で年末調整をやり直し、2月以降なら従業員が確定申告で対応します。控除漏れが発覚した場合に、会社と従業員のどちらが動くべきかの判断材料を整理しましょう。

翌年1月末までなら会社側でやり直せる

年末調整の再計算は、源泉徴収票などの法定調書を税務署へ提出する翌年1月31日が期限の目安です。この期限内であれば、会社は修正した源泉徴収票を作成し直し、差額を翌月の給与で調整する形になります。

バックオフィス担当者としては、従業員から控除漏れの報告を受けたら「1月末に間に合うかどうか」で対応方針を判断するとよいでしょう。やり直しの方が従業員に確定申告の手間を負担させずに済むため、社内満足度の面でもメリットがあります。

参考：法定調書の提出手続｜国税庁

2月以降は従業員の確定申告で対応する

1月末を過ぎてから控除漏れが判明した場合、会社側でのやり直しはできません。従業員に確定申告で修正してもらう必要があります。対応の判断基準を表にすると次のとおりです。

この場合、会社側は源泉徴収票を速やかに交付し、確定申告で控除を追加申請できる旨を従業員に案内するだけで対応が完了します。

副業20万円以下でも住民税の申告は必要になる

副業の所得が20万円以下なら申告不要というルールは所得税に限った話です。住民税にはこの免除規定がないため、副業の所得があれば市区町村への住民税申告が求められます。

確定申告を行えば住民税の申告は不要になりますが、所得税の確定申告をしない場合は、別途自治体の窓口で住民税の申告書を提出しなければなりません。年末調整だけで済ませたつもりでも、副業収入がある場合はこの点を見落とさないよう注意しましょう。

参考：地方税法｜e-Gov法令検索

人事労務の基礎知識 ｜マネーフォワード クラウド給与

住民税の納付方法｜知っておきたい住民税の基礎知識 | 給与計算ソフト マネーフォワード クラウド

住民税は、1年間（1月から12月まで）の所得をもとに計算され、翌年の6月から納付がスタートします。住民税の納付の方法は、会社勤めで給与をもらっている場合と個人事業者では異なる場合があります。それぞれについてみてみましょう。

年末調整と確定申告のよくある質問

年末調整と確定申告を両方行う場合に、読者が抱きやすい疑問をQ&A形式で整理します。

確定申告すると会社に副業がばれる？

確定申告書の「住民税に関する事項」で「自分で納付」を選択すれば、副業分の住民税は会社経由ではなく自宅に届く納付書で納めることになります。この方法であれば、住民税の増額から副業を推測されるリスクを減らせるでしょう。

ただし、自治体によっては「自分で納付」の選択が反映されないケースも報告されています。心配な場合は、住民税の通知が届く前に自治体の税務課へ直接確認するのが確実です。

年末調整を忘れたらどうなる？

年末調整の書類を期限内に会社へ提出できなかった場合、会社は年末調整を行えません。この場合、毎月の概算で天引きされた所得税がそのまま確定税額として扱われます。

多くの場合、月々の源泉徴収額は多めに設定されているため、年末調整をしないと税金を納めすぎた状態が続きます。翌年に確定申告を行えば差額が還付されるため、年末調整を出し忘れた方は確定申告で取り戻しましょう。

還付申告は5年以内なら遡って申請できる？

還付申告は、該当する年の翌年1月1日から5年間提出できます。過去の領収書や源泉徴収票がまだ手元にある方は、見直してみる価値があるでしょう。確定申告書等作成コーナーでは過去の年分を選択して申告書を作成できるため、遡及申告も比較的スムーズに進められます。

参考：No.2030 還付申告｜国税庁

年末調整と確定申告の両方をしないとペナルティはある？

義務となるケースで確定申告をしなかった場合、期限後申告として無申告加算税や延滞税が課される可能性があります。申告納税額や申告が遅れた期間に応じて税額が加算される仕組みのため、該当する場合は速やかに申告することが大切です。

参考：No.2024 確定申告を忘れたとき｜国税庁

確定申告は税理士に依頼すべき？

副業の所得区分が複雑な場合や、複数の控除を併用する場合は、税理士に相談すると申告内容の確認漏れを防ぎやすくなります。一方で、源泉徴収票と控除証明書をもとにした単純な還付申告であれば、確定申告書等作成コーナーやe-Taxを使って自分で作成することも十分可能です。依頼するかどうかは、申告内容の複雑さや時間的な余裕に応じて判断するとよいでしょう。

年末調整と確定申告を両方行う際のポイント

年末調整と確定申告を両方行っても二重課税にはならず、確定申告は年末調整という仮精算を本精算する手続きです。副業所得が20万円超の場合や医療費控除・住宅ローン控除の初年度など、該当するケースは意外と多くあります。まずは手元の源泉徴収票で自分が該当するケースに当てはまるか確認し、必要に応じてe-Taxで申告書の作成を始めてみてください。

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マネーフォワード クラウド確定申告の導入事例

データ連携機能を使って、銀行やクレジットカードの明細データを自動で取り込むようになってからは、会計ソフトへの入力作業が減ったので、作業時間は1/10くらいになりましたね。

ハンドメイド作家・ブロガー 佐藤 せりな 様

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• 監修：中野 裕哲（税理士,特定社会保険労務士,行政書士,ファイナンシャルプランナー（CFP（R）、一級ファイナンシャル・プランニング技能士）

  V-spiritsグループ／税理士法人・社会保険労務士法人・行政書士法人V-spirits、V-Spirits総合研究所株式会社代表。起業準備から起業後の経営まで、窓口ひとつで支援するV-Spiritsグループを主催。年間約300件の起業相談を無料で受け、多くの起業家を世に送り出している。経済産業省後援の起業経営支援ポータルサイト「DREAM GATE」にて11年連続相談件数日本一、最優秀賞受賞他8部門受賞。 専門分野はビジネスプランのブラッシュアップ、事業計画書作成、融資・補助金・助成金の支援、税務会計、人事労務、会社設立、許認可等。その他にも、ブランディング、マーケティング、集客・販促などのアドバイス、人脈の紹介まで行う。
  
  著者・監修書に『一日も早く起業したい人が「やっておくべきこと・知っておくべきこと」』（明日香出版社）、『オールカラー 個人事業の始め方』『オールカラー 一番わかる会社設立と運営のしかた』（ともに西東社）、『相談件数No.1のプロが教える 失敗しない起業 55の法則』（日本能率協会マネジメントセンター）などがある。
  
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