• 作成日 : 2026年10月23日

マイナ保険証で医療費控除の確定申告はどうする？連携手順・領収書・家族分の注意点

マイナ保険証とマイナポータルを連携すると、保険診療の医療費通知情報を取得でき、確定申告書等作成コーナーの医療費控除の明細書に自動入力できます。本記事では、マイナ保険証を使った医療費控除の確定申告について、連携の仕組みから準備物、申告・送信までの共通手順、領収書の保存、家族分の合算、データが反映されないときの対応までを、本人が迷わず進められる順番で解説します。

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マイナ保険証で医療費控除の確定申告はどう変わる？

マイナ保険証とe-Taxを連携させると、保険診療の医療費データが確定申告書等作成コーナーに自動転記され、領収書を1枚ずつ集計する作業がほぼ不要になります。ただし、マイナ保険証・マイナポータル・e-Taxはそれぞれ役割が異なるため、まずはこの3つを区別して理解しておくと、手続き全体の流れがつかみやすくなります。

マイナ保険証・マイナポータル・e-Taxはそれぞれ何をする仕組み？

結論として、マイナ保険証は医療機関での資格確認、マイナポータルはデータの取得・管理、e-Taxは申告書の送信という、別々の役割を持つ仕組みです。3つをまとめて「マイナンバーカード連携」と捉えてしまうと、手続きの途中でどこまで完了しているか分かりにくくなります。

医療費控除の確定申告では、この3つを「受診時はマイナ保険証」「データ取得はマイナポータル」「送信はe-Tax」という順番で使うことになります。

医療費データはいつ確定申告に反映される？

確定申告に使う1年分の医療費通知情報は、例年原則2月9日に、申告年分の1月から12月までのデータが一括で取得可能になります。それ以前の時期には、データを取得できない点に注意が必要です。

確定申告の受付開始は例年2月16日前後のため、医療費データがそろってから申告書を作成するとスムーズです。還付申告は2月16日より前でも可能ですが、2月9日より前に自動入力を試みてもデータが反映されないため、早めに動きたい場合は手入力での作成も選択肢になります。

参考：マイナポータル連携で医療費通知情報を取得できる時期｜国税庁

マイナ保険証で医療費控除を申告する共通の手順は？

マイナ保険証を使った医療費控除の確定申告は、準備物の確認、連携設定、データ取得、内容確認・不足分追加、申告・送信という5つのステップで、青色申告の有無にかかわらず共通して進められます。

STEP1 準備物を確認する

マイナンバーカードと、カード読み取りに対応したスマートフォンまたはICカードリーダーを用意します。e-Taxを初めて利用する場合は、利用者識別番号（16桁）が必要になりますが、マイナンバーカード方式でアカウントを作成すれば自動発行されるため、事前に税務署へ届け出る手間はかかりません。

STEP2 連携設定を行う（マイナポータル×e-Tax）

マイナポータルで健康保険証としての利用登録を済ませたうえで、マイナポータルのメニューからe-Taxとの連携設定を行います。初回の設定には10〜15分ほどかかりますが、一度設定すれば翌年以降はそのまま使えます。

STEP3 データを取得する（確定申告書等作成コーナー）

確定申告書等作成コーナーにアクセスし、マイナポータル連携を選択すると、医療費通知情報が自動で取得され、医療費控除の明細書に反映されます。取得できる範囲は保険診療分が中心のため、次の章で詳しく仕分けを確認します。

STEP4 内容を確認し、不足分を追加する

自動取得された内容を確認し、自費診療や通院の交通費など、自動連携されない費用を手入力で追加します。入力後は、医療費控除の明細書全体に過不足がないかをあらためて確認します。

STEP5 申告書を作成し、送信する

所得税の確定申告書を作成し、e-Taxで送信します。ここまでの4ステップが完了していれば、送信自体は画面の案内に沿って進めるだけです。

青色申告を行う方の補足（65万円控除とあわせて送信する場合）

青色申告を行う個人事業主は、STEP5で所得税の確定申告書とあわせて青色申告決算書（または収支内訳書）も送信する必要があります。65万円の青色申告特別控除を受けるには、複式簿記による記帳などの要件に加えて、e-Taxによる電子申告または優良な電子帳簿保存のいずれかを満たす必要があるためです。

確定申告書等作成コーナーでは、青色申告決算書のデータと医療費控除の明細を1つの申告データにまとめて送信できるため、複式簿記が前提ですが、医療費控除のためにマイナポータル連携を設定すれば、65万円控除の要件もあわせて満たせることになります。

参考：65万円の青色申告特別控除の適用要件｜国税庁

確定申告の基礎知識

青色申告特別控除とは？65万円・75万円控除の条件や税金のメリットを解説

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マイナ保険証で自動取得できる費用・手入力が必要な費用の違いは？

マイナポータルで自動取得されるのは保険診療の自己負担額が中心で、自費診療や通院の交通費などは手入力が必要です。どの費用が自動で取り込まれるかを事前に把握しておくと、STEP4での確認や申告漏れの防止に役立ちます。

自動取得される費用・手入力が必要な費用の一覧

主な医療費の仕分けは次のとおりです。

手入力が必要な費用は、スマートフォンで領収書を撮影し、月ごとにフォルダ分けして保存しておくと、申告時に探す手間を減らせます。交通費は領収書が出ない場合が多いため、通院日・医療機関名・経路・運賃をその都度記録しておく方法が実用的です。

参考：医療費控除を受ける方へ｜令和7年分確定申告特集｜国税庁

人間ドック・健康診断の費用はいつ医療費控除の対象になる？

人間ドックや健康診断の費用は、原則として医療費控除の対象になりません。ただし、その結果重大な疾病が発見され、引き続き治療を受けた場合には、診察に先立つ検査として扱われ、人間ドック費用を含めて医療費控除の対象になります。

例えば、人間ドックで異常が見つかり、その後に投薬治療を受けたケースでは、人間ドック費用と治療費の合計を医療費控除に含められます。異常なしの場合は対象外となるため、結果通知書を確認してから判断しましょう。

参考：No.1122 医療費控除の対象となる医療費｜国税庁

マイナ保険証で医療費控除を申告するとき、領収書はいつ保存が必要？

自動取得した医療費通知情報のデータをそのまま確定申告書に添付すれば、原則として領収書の保存は不要です。一方、手入力で作成した場合や、データを印刷したものを添付する場合は、医療費の領収書を確定申告期限等から5年間、自宅で保存する義務が生じます。

自費診療や通院の交通費のように、そもそも自動取得の対象外となる費用については、マイナポータル連携の有無にかかわらず、領収書やメモを5年間保存しておく必要があります。「連携したから領収書は一切不要」と考えてしまうと、税務署から提示を求められた際に対応できなくなるため注意しましょう。

参考：No.1119 医療費控除に関する手続について｜国税庁

マイナ保険証で家族分の医療費控除を合算するには？

生計を一にする家族の医療費は、申告者本人が支払った医療費であれば家族分をまとめて1人の確定申告で医療費控除を申請できます。マイナポータルの代理人設定を使えば、家族の医療費通知情報も自動取得の対象に加えられます。

代理人設定の手順を確認する

家族の医療費データを自分のマイナポータルに連携するには、確定申告をする本人を代理人、家族を委任者として、マイナポータルで代理人設定を行う必要があります。手順は次のとおりです。

一度代理人設定を完了すれば、翌年以降は再設定不要で、毎年自動的に家族分のデータが連携されます。

参考：マイナポータル連携で家族分の控除証明書等を取得するための設定｜国税庁

15歳未満の子どもの医療費は親のアカウントに合算できる？

15歳未満の子どもについては、親権者などの法定代理人がマイナポータルで代理人設定を行うことで、子どもの保険診療データを親のアカウントに連携できます。15歳未満の方は本人によるオンライン手続きができず、法定代理人による代理手続きが必要とされているためです。

子どものマイナンバーカードを使って手続きを行い、親を代理人に指定すれば、医療費控除の合算対象として親の確定申告にまとめられます。家族全員分の保険診療データを1か所に集約しておけば、年間の医療費が10万円（または総所得金額等の5パーセント）を超えるかどうかの判定もスムーズに行えるでしょう。

参考：よくある質問：マイナンバーカードについて｜デジタル庁

マイナ保険証の医療費データが反映されない場合はどうする？

医療費データが反映されない主な原因は、取得時期が2月9日より前であること、またはマイナポータル側の連携設定が未完了であることです。いずれの場合も、原因を切り分ければ対応できます。

2月9日より前に申告を進めたい場合は、自動取得を待たずに、手元の領収書をもとに医療費控除の明細書を手入力で作成して提出できます。2月9日を過ぎてもデータが取得できない場合は、STEP2の連携設定（健康保険証としての利用登録、e-Taxとの連携設定）が完了しているかをあらためて確認しましょう。家族分が反映されない場合は、代理人設定と、代理人として委任を受ける操作の両方が完了しているかを確認する必要があります。

取得した医療費データに誤りがあった場合はどうする？

取得したデータの医療機関名や金額に誤りがあると感じた場合は、まず手元の領収書や医療費通知と照合します。データ自体を修正することはできないため、相違がある場合は、医療費控除の明細書上で金額を修正したうえで申告し、領収書は確定申告期限等から5年間保存しておきます。

マイナ保険証と医療費控除の確定申告に関するよくある質問

マイナ保険証を使った医療費控除の確定申告で、つまずきやすい疑問をQ&A形式で整理します。

マイナ保険証に未対応の医療機関ではどうする？

未対応の医療機関でも、保険診療であれば医療費データはマイナポータルに反映されます。2024年12月2日に従来の健康保険証の新規発行が停止され、マイナ保険証を基本とする仕組みへの移行が進んでいるためです。

マイナ保険証の読み取り端末がない医療機関では、資格確認書を提示して受診すれば、保険請求データが医療保険者経由でマイナポータルに送られる仕組みになっています。

参考：よくある質問：マイナンバーカードの健康保険証利用について｜デジタル庁

セルフメディケーション税制と医療費控除は併用できる？

併用はできません。どちらか一方を選択して申告します。セルフメディケーション税制は、特定の市販薬（スイッチOTC医薬品等）の購入費用について、年間1万2千円を超えた分を8万8千円を上限に控除できる医療費控除の特例です。

どちらが有利かは費用の内訳によって変わるため、次の比較表で確認しておくとよいでしょう。

年間の医療費が10万円を超える場合は通常の医療費控除のほうが控除額が大きくなりやすく、病院にはあまり行かないが市販薬の購入が多い場合は、セルフメディケーション税制のほうが有利になることもあります。確定申告書等作成コーナーでは両方の控除額を試算できるため、比較してから選ぶとよいでしょう。

参考：No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（医療費控除の特例）【セルフメディケーション税制】｜国税庁

マイナ保険証で医療費控除の確定申告を進めるときのポイント

マイナ保険証・マイナポータル・e-Taxはそれぞれ役割が異なり、受診時の資格確認、データの取得、申告書の送信という流れで使い分けます。準備物の確認から申告・送信までの5ステップを踏めば、医療費控除の確定申告は青色申告の有無にかかわらず共通して進められますが、自費診療や交通費などの対象外費用は手入力と領収書の保存が必要です。家族分は代理人設定で合算でき、データが反映されない場合も原因を切り分ければ対応できます。

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マネーフォワード クラウド確定申告の導入事例

データ連携機能を使って、銀行やクレジットカードの明細データを自動で取り込むようになってからは、会計ソフトへの入力作業が減ったので、作業時間は1/10くらいになりましたね。

ハンドメイド作家・ブロガー 佐藤 せりな 様

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• 監修：中野 裕哲（税理士,特定社会保険労務士,行政書士,ファイナンシャルプランナー（CFP（R）、一級ファイナンシャル・プランニング技能士）

  V-spiritsグループ／税理士法人・社会保険労務士法人・行政書士法人V-spirits、V-Spirits総合研究所株式会社代表。起業準備から起業後の経営まで、窓口ひとつで支援するV-Spiritsグループを主催。年間約300件の起業相談を無料で受け、多くの起業家を世に送り出している。経済産業省後援の起業経営支援ポータルサイト「DREAM GATE」にて11年連続相談件数日本一、最優秀賞受賞他8部門受賞。 専門分野はビジネスプランのブラッシュアップ、事業計画書作成、融資・補助金・助成金の支援、税務会計、人事労務、会社設立、許認可等。その他にも、ブランディング、マーケティング、集客・販促などのアドバイス、人脈の紹介まで行う。
  
  著者・監修書に『一日も早く起業したい人が「やっておくべきこと・知っておくべきこと」』（明日香出版社）、『オールカラー 個人事業の始め方』『オールカラー 一番わかる会社設立と運営のしかた』（ともに西東社）、『相談件数No.1のプロが教える 失敗しない起業 55の法則』（日本能率協会マネジメントセンター）などがある。
  
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