e-Taxで確定申告書を提出された場合、書面提出時のように、収受日付印が押された確定申告書の控えは発行されません。
代わりに、確定申告書提出時にe-Taxの「メッセージボックス」に送信される「受信通知」に以下のような機能が用意されております。

メッセージボックスで、証明書をダウンロードする

(1)申告書データのダウンロード

「帳票表示」ボタンをクリックし、確定申告書のPDFファイルをダウンロードすると、送信された確定申告書の内容を確認できます。
ただし、発行されるPDFファイルに従来の控えの様式は添付されません。

(2)電子申請等証明書の交付申請

電子申告をおこなったことを証明する「電子申請等証明書」の交付を申請できます。
また、「電子申請等証明データシート」もダウンロードできます。

e-Taxの操作についての詳細は、e-Taxの窓口にご確認ください。
書面で提出した場合には申告書等の控えに収受日付印がありますが、電子申告の場合どうなりますか。（国税庁ホームページ）

マネーフォワード クラウド確定申告で控え様式をダウンロードする

確定申告書の控え様式が必要な場合には、マネーフォワード クラウド確定申告の「確認・提出」メニュー内「提出書類を確認（PDF）」から、ダウンロードできます。

適切な提出方法については、提出先にご確認をお願いいたします｡