• 更新日 : 2026年10月8日

国民年金保険料控除証明書を出さないとどうなる？税金への影響と対処法

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年末調整や確定申告の時期になると、手元にあるはずの書類が見当たらないことはよくある話です。特に「社会保険料（国民年金保険料）控除証明書」はハガキで届くため紛失しやすく、提出を忘れてしまうケースも少なくありません。出さないと社会保険料控除が適用されず、数万円単位で税負担が増えることもあります。出し忘れた場合の影響と対処法を解説します。

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国民年金保険料控除証明書を出さないとどうなる？

控除証明書を提出しなかった場合、所得税と住民税の計算で、本来受けられるはずの控除が受けられなくなります。紛失した場合は日本年金機構のウェブサイトなどで再発行を申請できます。再発行が間に合わないときは、金融機関や役所の領収印がある領収証書や振込受領書も証明書の代わりに使えます。

【社会保険料（国民年金保険料）控除証明書イメージ図】

参照：社会保険料（国民年金保険料）控除証明書｜日本年金機構

社会保険料控除が適用されず所得税・住民税が増える

支払った国民年金保険料の全額が所得から差し引かれなくなるため、課税所得が増えて税負担が重くなります。国民年金保険料は、支払った全額が社会保険料控除の対象です。

この控除を適用すると、税率をかける課税所得が減り、税金が安くなります。証明書を出さないと、年末調整や確定申告で保険料を支払った事実を税計算に反映できず、本来払わなくてよかった税金を納めることになります。

国民健康保険料の算定にも影響が出る

自営業や個人事業主の場合、確定申告で控除を申告しないと翌年の国民健康保険料まで高くなるおそれがあります。翌年の国民健康保険料は、前年の所得をもとに決まるためです。

国民年金保険料の控除を計上し忘れると課税所得が高く計算され、連動して国民健康保険料も上がる可能性があります。税金だけでなく社会保険料の負担まで増えることになります。

参照：No.1130 社会保険料控除｜国税庁

そもそも国民年金保険料控除証明書はいつ届く？

控除証明書は毎年10月下旬から11月上旬にかけて、日本年金機構から発送されます。この時期を過ぎても手元にない場合は、紛失している可能性が高いため再発行の手続きが必要です。

発送時期と電子データでの受け取り

その年の1月から9月までに納付した人には、10月下旬から11月上旬にハガキで届きます。10月以降に初めて納付した場合は、翌年2月上旬の発送です。

ハガキだけでなく、電子データ（XMLファイル）での受け取りもできます。受け取った電子データはe-Taxでの確定申告や、会社の年末調整システムにそのまま使えます。なお、電子データの送付対象になっている人には書面の郵送は行われません。

10月以降に支払った分の扱い

証明書の発行後に納付した分は、手元の領収証書が証明書の代わりになります。10月以降に支払った見込額が証明書に含まれていない場合や、発行後に追加で納付した場合が該当します。

納付書の半券である領収証書を、控除証明書とあわせて提出します。年末に追納や前納をした人は、この点を見落としやすいので注意してください。

会社員にも控除証明書が届くケース

その年に1か月でも国民年金を支払っていれば、会社員であっても控除証明書が届きます。厚生年金に加入していても、次のようなケースでは申告が必要です。

年の途中で入社した場合、給与から天引きされる厚生年金保険料は会社が計算しますが、入社前に自分で払った国民年金は会社では確認できません。控除証明書を提出しないと、入社前の期間分だけ控除を受けられません。

従業員から質問されたときの企業の対応

年末調整の時期であれば、保険料控除申告書への記入と証明書の添付を案内します。対応は時期によって分かれます。

参照：社会保険料（国民年金保険料）控除証明書｜日本年金機構

国民年金保険料控除証明書の提出漏れの影響は？

提出漏れによる影響は、年収と支払額によって変わります。前納せずに毎月納付した場合、令和8年度の国民年金保険料は月額17,920円で、12か月分では215,040円です。この金額を控除できなかった場合、手取りは3万円以上減ることもあります。代表的な条件で試算します。

年収400万円・独身のケース

1年分の保険料を控除し忘れると、手取りで約3万2千円のマイナスになります。内訳は次のとおりです。

所得税の税率は課税される所得金額によって変わるため、実際の金額は前後します。

所得600万円・夫婦分を納付するケース

自営業で所得が高く、配偶者の保険料もまとめて支払っている場合は影響が大きくなります。所得税の税率が上がるためです。

所得が高く支払額が大きい人ほど、出し忘れによる影響は大きくなります。なお、1月から3月は前年度の保険料額が適用されるため、実際の年間納付額は上の試算と多少ずれます。

追納や前納で多額を支払った場合はさらに注意

過去の未納分の追納や2年前納を利用した年は、支払額が40万円を超えることもあります。その全額が控除の対象です。

数十万円分の支払いを申告し忘れると、上のケース2と同じかそれ以上の金額を損することになります。支払額が大きい年ほど、提出漏れがないか入念に確認してください。国民年金保険料は毎年度見直され、令和9年度は月額18,290円になることが決まっています。

参照：国民年金の保険料はいくらですか。｜日本年金機構

年末調整で国民年金保険料控除証明書を忘れたら？

年末調整の期限に間に合わなかったとしても、会社の再年末調整のタイミングか、翌年の還付申告で控除を受けられます。

会社の再年末調整に間に合うか確認する

1月下旬までであれば、会社が年末調整をやり直してくれる場合があります。源泉徴収票がまだ配布されておらず、かつ翌年1月31日までであれば、再調整できるケースがあります。

ただし対応できるかは会社の事務処理の状況によります。まずは社内の担当者に相談してみるとよいでしょう。

翌年の確定申告で還付申告を行う

年末調整に間に合わなかった分は、翌年の2月16日から3月15日までに確定申告をすれば控除を受けられます。払いすぎた税金を取り戻すための申告を還付申告と呼びます。

会社員であっても、年末調整で処理しきれなかった控除は自分で税務署に申告できます。用意するものは次のとおりです。

手続きは、国税庁の確定申告書等作成コーナーで源泉徴収票の内容を入力し、社会保険料控除の欄に国民年金の支払額を追加してデータを送信するだけです。払いすぎた所得税は1か月から1か月半ほどで指定口座に振り込まれます。住民税についても自治体に通知され、翌年の税額が正しく計算されます。

確定申告の期限が過ぎた場合

還付申告は、通常の確定申告期間とは関係なく、対象となる年の翌年1月1日から5年間行えます。確定申告の時期を過ぎてしまった場合でも手続きは可能です。

たとえば令和8年（2026年）分の控除を忘れた場合、令和9年1月1日から令和13年12月31日まで申告できます。数年前の控除証明書が出てきた場合でも、さかのぼって申告すれば税金が戻ります。

すでに確定申告を済ませていて、あとから控除の申告漏れに気づいた場合は、還付申告ではなく更正の請求という手続きになります。更正の請求ができるのは、原則として法定申告期限から5年以内です。

参照：No.2030 還付申告｜国税庁

国民年金保険料控除証明書の再発行のやり方は？

手元に控除証明書がない場合は、速やかに再発行を依頼します。郵送を待たずに電子データで受け取る方法も広がっています。

ねんきんネットで再発行を申請する

日本年金機構のウェブサービス「ねんきんネット」から、24時間いつでも再交付を申請できます。申請から手元に届くまで1週間程度かかるため、急ぎの場合には向きません。

マイナポータル連携で電子データを取得する

マイナポータルとねんきんネットを連携させれば、ハガキを待たずに電子データをダウンロードできます。受け取ったデータは、そのままe-Taxや会社の年末調整システムに使えます。

申請すると、マイナポータルのお知らせなどに控除証明書のデータ（XML形式）が届きます。ただしXMLデータはそのまま印刷しても証明書としては使えません。書面で提出したい場合は、QRコード付き証明書として印刷できる形式に変換する必要があります。

急ぎなら年金事務所の窓口へ

年金事務所の窓口であれば、その場で発行してもらえるケースがあります。マイナンバーカードや運転免許証などの本人確認書類と、基礎年金番号がわかるものを持参します。

受付時間や持ち物は事前に電話で確認してから向かうと確実です。

金額だけわかっている場合はどうなるか

申告書への記入はできますが、後日あらためて証明書の提出を求められます。国民年金保険料について社会保険料控除を受けるには、控除証明書か領収証書の添付が義務づけられているためです。

e-Taxで申告する場合は、記載内容を入力して証明書を5年間保存することで添付を省略できる規定があります。一方、書面で提出する場合や年末調整では原本の添付が必要です。金額だけ書いて出すことは認められないため、必ず再発行の手続きを行ってください。

参照：「ねんきんネット」による通知書再交付申請｜日本年金機構

家族の国民年金を支払った場合も控除対象になる？

生計を一にする配偶者や子どもの国民年金保険料を負担している場合、支払った人がその全額を控除できます。自営業や個人事業主にとっては効果の大きい節税策です。

生計を一にする親族の分も全額控除できる

配偶者や20歳以上の子どもなど、生計を一にする親族の保険料を支払った場合、その全額を控除として申告できます。国民年金には扶養の考え方がなく、家族それぞれに納付義務があります。

ただし税法上は、実際に支払った人が控除を受けられます。大学生の子どもの国民年金や、収入の少ない配偶者の国民年金を自分の口座から支払っている場合は、自分の保険料と合算して申告できます。

口座振替やクレジットカード払いの名義に注意

家族の分を控除するときは、誰が支払ったかが判断の分かれ目になります。子どもの国民年金を子ども自身の口座から引き落としている場合、親が控除を受けることは原則できません。

親が控除を受けたい場合は、親名義の口座やクレジットカードから支払う設定に変えるか、納付書を使って親が現金で支払う必要があります。年度が切り替わる前に、納付方法を見直しておくとよいでしょう。

参照：国民年金保険料｜日本年金機構

国民年金保険料控除証明書を出し忘れても税金は取り戻せる

国民年金保険料の控除証明書を出し忘れると、所得税と住民税の負担が増え、自営業の場合は翌年の国民健康保険料まで上がることがあります。ただし手元になくても再発行はできますし、提出期限を過ぎても還付申告という手段が残されています。

還付申告は対象年の翌年1月1日から5年間、すでに申告済みの場合の更正の請求も法定申告期限から5年以内であれば行えます。

まずは手元の書類の状況を確認し、期限内に手続きを進めて払いすぎた税金を取り戻しましょう。

参照：No.2026 確定申告を間違えたとき｜国税庁

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• 監修：涌井 好文（社会保険労務士）

  平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。

• 監修：加治 直樹（経営労務コンサルタント）

  銀行に20年以上勤務し、融資融資から資産運用、年金相談まで幅広く相談業務の経験あり。中小企業の決算書の財務内容のアドバイス、資金調達における銀行対応までできるコンサルタント。退職後、かじ社会保険労務士事務所として独立。現在は行政で企業及び労働者の労働相談業務を行いながら、セミナー講師など幅広く活動中。