更新日 : 2025年12月11日

合同会社を清算するには？手続きや清算人の役割、費用、税金申告まで徹底解説

合同会社の清算とは、会社の解散を決めた後、会社に残った財産（資産や負債）を整理し、最終的に会社を消滅させるまでの一連の流れを指します。合同会社を清算するには、法務局への登記や税金申告など、法律に基づいた厳格な手続きが必要です。

本記事では、合同会社の清算について、具体的な手順、必要な費用、清算人の役割、注意すべき税務処理まで詳しく解説します。

そもそも合同会社の清算とは？
合同会社の清算手続きの流れは？
合同会社の清算で必要な登記申請は？
合同会社の清算にかかる費用は？
- 実費
- 専門家報酬
合同会社の清算に関する税務処理・確定申告は？
合同会社の清算手続きに関する注意点は？
合同会社を円満に清算するために

そもそも合同会社の清算とは？

合同会社の清算とは、解散した会社の法律関係を処理し、会社を法的に消滅させるための一連の手続きを指します。

具体的には、会社が解散すると、まず清算人が選任されます。清算人は、会社の未回収の売掛金を回収し、保有資産（不動産、在庫など）を売却・現金化します。その上で、買掛金や借入金などの債務を弁済（返済）します。全ての債務を返済してもなお財産が残る場合（残余財産）、それを社員（出資者）に分配します。

これらの財産整理がすべて完了し、最終的に法務局へ「合同会社清算結了」の登記を申請することで、会社の法人格が完全に消滅します。

解散・清算・廃業・清算結了の違いは？

「解散」は営業活動を停止する法的な決定、「清算」は解散後に行う財産整理の後片付け、「清算結了」が後片付けの完了報告にあたります。

「廃業」は法的な用語ではなく、一般的に「事業をやめる」という意味で使われます。法人の場合、「解散」および「清算」という法的手続きを踏む必要があります。

用語	概要
解散	会社の営業活動（通常のビジネス）を停止する法的な決定または状態。解散しただけでは会社は消滅せず、「清算手続き中」の会社として存続する。
清算	解散後に開始される、会社の財産を整理する具体的なプロセス。資産の現金化、債務の弁済、残余財産の分配などを行う。
廃業	一般的に「事業をやめる」という意味で使われる言葉。法人の場合は「解散」「清算」の手続きを指すことが多い。
清算結了	清算手続きがすべて完了し、法務局に「清算結了登記」を行うことで、会社の法人格が法的に消滅した状態。

合同会社の清算手続きが必要になるケースは？

合同会社が解散する主な理由は、以下の通りです。

総社員の同意：社員全員が事業の終了に合意した場合。
定款で定めた解散事由の発生：定款に定めた解散条件（例：設立から10年経過）を満たした場合。
社員の欠亡：社員が誰もいなくなった場合。

多くの場合、総社員の同意によって自主的に会社の廃業を決め、解散・清算手続きへと進みます。

合同会社の清算手続きに必要な「清算人」とは？

清算人とは、解散した会社の清算事務（財産整理や債務弁済など）を行う権限を持つ人です。

清算人の主な役割は、以下の3つです。

現務の結了：継続中の契約の解除、従業員の解雇など、進行中の業務を終わらせること。
債権の取立てと債務の弁済：売掛金などを回収し、買掛金や借入金などを支払うこと。
残余財産の分配：会社の全債務を返済した後、残った財産を社員に分配すること。

原則として、解散前の「業務執行社員」がそのまま清算人（法定清算人）になります。ただし、総社員の同意によって、別の人物（他の社員や、司法書士などの第三者）を清算人として選任することも可能です。一人合同会社の場合は、その社員が自動的に清算人となるのが一般的です。

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合同会社の清算手続きの流れは？

合同会社の清算は、解散の決定から始まり、清算結了登記が完了するまで、最低でも約2〜3ヶ月を要します。これは、法律で定められた官報公告の期間が最低2ヶ月必要なためです。

以下に、一般的な合同会社の清算の手続きの流れを示します。

1. 解散の決定と解散登記

まず、社員全員の同意（総社員の同意）により、会社の解散日を決定します。

合同会社は、原則として総社員の同意がなければ解散できません（会社法第641条）。

総社員の同意：社員全員で解散について合意し、「総社員の同意書」または「解散に関する社員総会議事録」を作成します。この際、同時に「清算人」も選任するのが一般的です。
解散登記の申請：解散日から2週間以内に、会社の本店所在地を管轄する法務局へ「解散登記」と「清算人就任登記」を申請します。

参考：商業・法人登記の申請書様式｜法務局

2. 清算人の選任と就任登記

解散と同時に、会社の財産整理を行う「清算人」を選任します。

通常は、これまでの業務執行社員がそのまま清算人となりますが、別の人を選ぶことも可能です。この決定を「総社員の同意書」などの書類に残します。

3. 債権者保護手続き（官報公告）

会社の債権者（取引先、金融機関など）に対し、会社が解散したことを知らせ、債権を申し出るよう促す手続きです。

会社法に基づき、清算会社は債権者に対して、解散した旨を「官報」に公告（掲載）し、かつ、判明している債権者には個別に通知（催告）する義務があります（会社法第660条）。

官報公告の掲載：解散後、遅滞なく官報販売所に申し込み、解散公告を掲載します。公告には「解散したこと」「債権者は一定期間内（最低2ヶ月以上）に申し出ること」「期間内に申し出ないと清算から除斥される（返済対象から外れる）可能性があること」を記載します。
個別催告：会社が把握している債権者（買掛先、借入先、未払金のある相手など）には、個別に書面で解散の事実と債権申出の催告を行います。
待機期間：この官報公告に記載した最低2ヶ月の期間が経過するまでは、原則として債務の弁済や残余財産の分配はできません。

参考：官報

4. 現務の結了と財産の換価

清算人は、会社の残務処理（現務の結了）と、資産の現金化（換価）を進めます。清算人の職務として、法律で定められています（会社法第658条、第649条）。

現務の結了：継続中の契約の解消、従業員の退職手続き、事務所の解約など、事業活動を完全に終わらせるための業務を行います。
財産の換価：在庫商品、機械設備、不動産、有価証券などの会社資産を売却し、現金に換えます。また、未回収の売掛金や貸付金があれば、それらを回収します。

5. 債務の弁済

公告期間が終了した後、回収・換価した現金から、会社の債務（買掛金、借入金、未払費用など）を支払います。

債権者保護手続きを経た後、清算人は会社の債務を弁済しなければなりません（会社法第662条）。申し出があった債権や、会社が把握していた債務を支払います。

資産（現金）が全ての債務を支払うのに不足する場合（債務超過）、通常の清算手続きは行えず、「特別清算」や「破産」といった裁判所が関与する手続きに移行する必要があります。

6. 残余財産の分配

全ての債務を弁済した後、会社に財産が残った場合（残余財産）、それを社員（出資者）に分配します。

残余財産の分配は、原則として定款の定めに従いますが、定めがなければ各社員の出資価額に応じて行われます（会社法第666条）。分配が完了したら、その内容を明確にした計算書を作成します。

7. 決算報告書の承認

清算人は、解散から清算結了までの全ての収支をまとめた「決算報告書」を作成し、社員の承認を得ます。

清算事務が終了した後、清算人は遅滞なく決算報告書を作成し、社員の承認を受けなければなりません（会社法第667条）。決算報告書には、債権の取立て、資産の処分、債務の弁済、残余財産の分配などの詳細な内容を記載します。この承認をもって、合同会社の清算事務は実質的に完了します。

8. 清算結了登記

最後に、法務局へ「清算結了登記」を申請します。これが受理されると、会社の登記簿が閉鎖され、法人格が完全に消滅します。

決算報告書の承認後、本店所在地では2週間以内に清算結了の登記を申請する必要があります（会社法第929条）。「決算報告書」を添付して申請します。この登記が完了した日が、会社の「命日」となります。

合同会社の清算で必要な登記申請は？

合同会社の清算手続きでは、法務局に対して「解散・清算人就任登記」と「清算結了登記」の合計2回の登記申請が必要です。

各申請書の書き方については、法務局のウェブサイトで雛形を確認するか、司法書士に依頼します。

登記の種類	タイミング	登録免許税（費用）
解散・清算人就任登記	解散日から2週間以内	39,000円解散登記：30,000円清算人就任登記：9,000円
清算結了登記	決算報告書の承認日から2週間以内	2,000円

登記の種類

タイミング

登録免許税（費用）

解散・清算人就任登記

解散日から2週間以内

39,000円

解散登記：30,000円
清算人就任登記：9,000円

清算結了登記

決算報告書の承認日から2週間以内

2,000円

合同会社の清算にかかる登録免許税（法務局に納める税金）の合計は、最低でも 41,000円となります。

合同会社の清算にかかる費用は？

合同会社の清算にかかる費用は実費と専門家報酬に大別され、実費だけでも最低約7万〜8万円程度は見込んでおく必要があります。

実費

登記費用（登録免許税）：41,000円
内訳は、解散・清算人就任登記 39,000円、清算結了登記 2,000円です。
官報公告費用：約35,000円〜 50,000円
債権者保護手続きのための官報掲載料です。掲載する行数によって変動します。

専門家報酬

これらの手続きを専門家に依頼する場合、以下の報酬が別途かかります。

司法書士への報酬（登記申請代行など）：約60,000円〜 120,000円
税理士への報酬（各種確定申告）：約100,000円〜 250,000円

合同会社の清算に関する税務処理・確定申告は？

会社の清算に伴い、通常の確定申告とは異なるタイミングで、複数回の税金申告（法人税、消費税など）が必要になります。

解散事業年度の確定申告

事業年度の開始日から解散日までの期間の申告です。

期間：事業年度開始日〜解散日
申告期限：解散日の翌日から2ヶ月以内
内容：通常の事業活動を行っていた期間の所得（利益）に対する法人税、消費税、地方税などを計算し、申告・納付します。

清算事業年度の確定申告

解散日の翌日から始まる清算手続き中の期間の申告です。

期間：解散日の翌日から1年間ごと（清算が1年以内に終わらない場合）
申告期限：各清算事業年度の終了日の翌日から2ヶ月以内
内容：清算中の収支（資産売却益、債務免除益など）を計算します。清算中に財産を分配した場合は、その旨も記載します。

清算が1年を超えて長引く場合は、毎年この申告が必要になります。

残余財産確定事業年度の確定申告

清算手続きが完了し、残余財産（社員に分配する最終的な財産）が確定した時点での最終申告です。

期間：清算事業年度の開始日（または直前の清算事業年度の翌日）〜残余財産確定日
申告期限：残余財産確定日の翌日から1ヶ月以内
内容：清算における最終的な所得を計算し、確定した残余財産の額を報告します。

もし、解散日の翌日から1年以内に残余財産が確定した場合、「清算事業年度の確定申告」は行われず、この「残余財産確定事業年度の確定申告」のみとなります。

その他の税務手続き

法人税等の申告のほか、消費税の申告や、税務署・自治体への各種届出が必要です。

消費税：解散事業年度、清算事業年度ともに、課税売上があれば消費税の申告・納付が必要です。資産の売却（換価）も課税売上に含まれるため注意が必要です。
各種届出
- 税務署：「異動届」（解散時と清算時）
- 都道府県・市町村：「異動届」（解散時と清算時）（※地方税に関する届出）
- 社会保険・労働保険：従業員がいれば、「適用事業所全喪届」（年金事務所）や「雇用保険適用事業所廃止届」（ハローワーク）などが必要です。

税務処理は非常に複雑であり、特に残余財産が確定した際の所得計算や、みなし配当課税（出資額以上に残余財産を受け取った場合）の問題も生じるため、税理士への相談・依頼が強く推奨されます。