更新日 : 2025年6月2日

有給を使い切ったら欠勤扱い？クビのリスクは？評価やボーナス、給与計算まとめ

有給休暇を使い切った後に欠勤すると、給与や評価、最悪の場合は解雇（クビ）につながるのではないかと不安になる方も多いです。企業の人事担当者も、従業員の欠勤が続いた際にどのように対応すればよいのか迷うことがあるでしょう。

この記事では、「有給を使い切った後の欠勤」がどのように扱われるのか、給与計算の仕組み、評価やボーナスへの影響、さらには解雇のリスクについて詳しく解説します。

有給を使い切ったら欠勤になる？
- 有給と欠勤の違い
有給を使い切った上で欠勤が続きそうな場合はどうする？
有給を使い切った上で欠勤する従業員に企業がすべき対応
有給を使い切った欠勤の給与計算方法
欠勤した従業員の手当やボーナスはどうすべき？
1ヶ月以上長期欠勤した場合の給与・社会保険の対応
有給を使い切った上で欠勤をした従業員はクビにできる？
- 解雇が認められるケース
- 解雇する際の注意点
有給を使い切った欠勤のリスクを理解しよう
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有給を使い切ったら欠勤になる？

有給休暇を使い切ると、それ以降の休みは「欠勤」として扱われることが一般的です。ただし、病気や家庭の事情などやむを得ない理由がある場合は、会社側の判断で別の対応が取られることもあります。

そもそも欠勤とは、労働者が出勤すべき日に会社を休むことを指します。有給休暇や特別休暇とは異なり、基本的に給与が支払われません。

有給と欠勤の違い

有給休暇は労働基準法に基づき、給与を受け取りながら休める制度ですが、欠勤は労働者側の事情で休むため、給与の支払い義務は会社にはありません。

有給を使い切った上で欠勤が続きそうな場合はどうする？

自分の欠勤が続きそうな状況にある場合、早めに上司や人事部に相談しましょう。まずは直属の上司に面談の機会をもらい、欠勤の理由や事情を正直に伝えましょう。

例えば体調不良が続いているなら、現在の健康状態や治療の見通しを説明し、業務負荷を軽くしてもらうなどを相談します。家庭の事情（育児・介護など）の場合も、具体的に状況を共有して柔軟な働き方ができるかどうか話し合いましょう。

相談の際には、自分から解決策の提案もしてみます。例えば「医師から○週間の安静が必要と言われたため、その間は在宅勤務に切り替えられないか」「子どもの送迎時間の都合で朝遅れる日があるので、フレックスタイムを利用できないか」等です。

会社として受け入れ可能な範囲であれば、上司も調整を検討してくれるでしょう。人事部にも並行して相談すれば、社内制度の紹介や必要な手続き案内などサポートを受けられます。

もし上司との関係で相談しづらい場合は、人事担当者や産業医・カウンセラー等の社内相談窓口を利用する方法もあります。いずれにせよ、黙って欠勤を繰り返すよりも誠意を持って事情を説明し協力を仰ぐ方が、信頼関係を損ねずに問題解決に近づけます。

有給を使い切った上で欠勤する従業員に企業がすべき対応

従業員が有給を使い切った後に欠勤する場合、会社としては適切に対応する必要があります。

欠勤理由を確認する

まず、従業員が欠勤した際は、欠勤の理由を確認します。体調不良や家族の事情など正当な理由なのか、寝坊や私用によるものなど正当とは言えない理由なのかによって対応が異なります。理由が健康問題であれば、必要に応じて医師の診断書を提出させ、今後の就労について判断します。一方、正当な理由のない欠勤であれば、口頭で注意・指導を行い、再発防止を促すことが必要です。

欠勤の理由や連絡状況は毎回詳細に記録しておきます。例えば「○月○日朝に本人から体調不良の連絡あり」「無断欠勤に対し翌日事情を聴取」といった形で記録し、継続的な欠勤の場合に備えて経緯を残します。また、欠勤の背後にハラスメントなど職場環境の問題が潜んでいる可能性もあるため、社員からそのような訴えがあれば事実関係を調査する義務があります。

健康問題による欠勤の場合は休職や傷病手当金を検討する

欠勤が健康問題によるもので長期化する場合、以下のような制度の適用を検討します。

(1) 傷病手当金の申請

健康保険に加入している場合、傷病手当金を申請することで、給与の3分の2相当額が支給される可能性があります。対象となる条件は以下のとおりです。

業務外の傷病で療養のために働けない状態である
連続する3日間を含め4日以上の休業が発生している
会社から給与の支払いがない、または一部のみ支給されている

申請手続きには、医師の意見書を添えた申請書を健康保険組合または協会けんぽに提出する必要があります。

(2) 休職制度の適用

就業規則で休職制度を設けている場合、一定期間の休職を認めることができます。休職期間は会社ごとに異なりますが、一般的には3ヶ月～1年程度の範囲で規定されていることが多いです。

休職を認める場合、診断書を提出させる
休職期間満了時に復職可能かどうか判断し、復職が難しい場合は退職扱いとなるケースもある

また、休職中は給与の支給義務はありませんが、社会保険料の支払いについては会社と従業員で確認を行う必要があります。

(3) 労災の可能性がある場合

業務上の傷病である場合、労災保険の申請を行い、休業補償給付を受けることが可能です。この場合、会社側が労働基準監督署に「休業補償給付支給請求書」を提出する必要があります。

就業規則を確認する

欠勤対応を適切に行うには、就業規則上の定めを整備・見直ししておくことが前提となります。就業規則には欠勤の届出手続きや無断欠勤した場合の扱い、懲戒事由としての欠勤規定などを明記しておきます。例えば「始業時刻までに連絡なく欠勤した場合は懲戒の対象となる」「無断欠勤が◯日以上続いた場合は自然退職とみなす」等の規定があれば、指導や処分を進める根拠になります。

欠勤が続くと給与やボーナスに影響があることを伝える

従業員が頻繁に欠勤すると、会社は欠勤分の給与を控除することになります。また、欠勤が多いと勤務成績の評価にも影響し、昇給やボーナスの査定に響く可能性もあります。そのため、欠勤が長引く場合は、どのような影響があるのかを事前に従業員に伝えておきましょう。就業規則の内容をきちんと説明し、従業員が理解できるようにすることが重要です。

有給を使い切った欠勤の給与計算方法

社員が欠勤した場合、その日数分の給与はノーワーク・ノーペイ（働かなければ賃金なし）の原則に従い控除されるのが一般的です。

給与計算は、「月給÷月の所定労働日数×欠勤日数」で欠勤控除額を算出し、その分を差し引きます。

例として、月給を30万円、月の所定労働日数を20日と仮定し、1日・5日・10日欠勤した場合の控除額をシミュレーションしてみます。

1日欠勤した場合：300,000円 ÷ 20日 × 1日＝ 15,000円 の控除。月給30万円の社員が1日休むと、約1万5千円が差し引かれ、当月の支給額は285,000円ほどになります。
5日欠勤した場合：300,000円 ÷ 20日 × 5日＝ 75,000円 の控除。1週間相当欠勤すると月給の4分の1が減額され、支給額は225,000円程度に減ります。
10日欠勤した場合：300,000円 ÷ 20日 × 10日＝ 150,000円 の控除。半月を休むと月給の半分がカットされ、支給額も半減して150,000円ほどとなります。

※上記は月給制の場合の計算例です。日給制や時給制の場合は、働いた日や時間に応じて賃金を支給する形となるため、結果的に欠勤した分は支払われない点は同じです。また月の所定労働日数は会社によって異なり、月ごとに1日当たりの控除額が変動することもありますが、計算式自体は共通です。なお、年間における月平均所定労働日数を使って計算すれば、月によって1日当たりの控除額は変動しません。

欠勤した従業員の手当やボーナスはどうすべき？

欠勤は基本給だけでなく、賞与（ボーナス）や各種手当にも影響を及ぼすことがあります。

皆勤手当・精勤手当

「皆勤手当」はその名の通り、一定期間欠勤・遅刻・早退がなかった従業員に支給される手当です。一般的な皆勤手当は月額5千～1万円程度が多く、1日でも欠勤や遅刻をすると支給されないのが通常です。例えば皆勤手当1万円の会社では、どんな理由であれ月内に欠勤が1回でもあればその月の皆勤手当はゼロになります。また遅刻2回以内なら半額支給といった緩和措置を設けて「精勤手当」としている企業もあります。いずれにせよ欠勤が発生すると手当分収入が減るため、皆勤手当を当てにしている場合は注意が必要です。

賞与（ボーナス）

賞与（ボーナス）は、勤務成績や出勤状況を考慮して算定されます。評価期間中の欠勤日数が多いと人事評価でマイナスとなり、賞与額が減額される可能性があります。

例えば半年間で欠勤ゼロの社員を「A評価」、欠勤5日以上の社員は「B評価」とし、評価に応じて賞与支給月数に差をつけるといった制度が考えられます（評価基準は会社ごとに異なります）。

また、賞与算定に出勤率を反映する会社では、一定以上欠勤すると賞与支給の減額・不支給となる場合もあります。極端なケースでは「支給日前日まで○日以上連続欠勤した場合は賞与支給しない」という規定を設ける企業もあります。日頃から欠勤を減らすことが賞与アップにつながる点も留意しましょう。

その他の手当

通勤手当や食事手当などは出勤しなかった日数分を日割り減額する会社が多いです。逆に住宅手当や家族手当など出勤と直接関係ない手当は欠勤しても満額支給されるケースが一般的ですが、会社によっては欠勤日数比例で減額することもあります。どの手当を欠勤控除の対象とするかは企業の裁量であり、就業規則に定めが必要です。自社のルールを確認し、欠勤が手当に与える影響を把握しておきましょう。

1ヶ月以上長期欠勤した場合の給与・社会保険の対応

1ヶ月以上の長期欠勤が発生した場合、給与や社会保険の扱いは通常の欠勤とさらに異なる対応が必要です。

給与の扱いと傷病手当金

本人都合で1ヶ月以上連続欠勤する場合、その期間は基本的に無給となります。会社としては休業補償義務はありません。一方で、健康保険に加入していれば傷病手当金を受給できる可能性があります。傷病手当金は病気やケガで働けず会社から給与を十分に受け取れないときに支給されるもので、連続する3日間の待機期間の後、4日目以降の欠勤日について標準報酬日額の約67%（2/3）の金額が最長1年6ヶ月支給されます。

例えば1ヶ月まるまる病気欠勤し会社から給与が出ない場合、条件を満たせばその月の生活費として健康保険から手当金が支給されるわけです。長期欠勤に入る際は会社を通じて速やかに傷病手当金の申請手続きを行いましょう。

なお、会社が独自に休職制度を設けている場合は、一定期間の欠勤を「休職」として扱い、復職までの地位を保障しつつ給与は無給とする措置がとられます。就業規則に休職規定がある場合、その適用も検討されます。

社会保険料の徴収

長期欠勤で給与がゼロの場合でも、健康保険料・厚生年金保険料といった社会保険料の支払い義務は免除されません。会社は毎月、会社負担分と従業員負担分を合わせて保険料を納付する必要があります。

通常は給与から天引きしますが、給与が出ない以上、会社は従業員から直接保険料を徴収する必要があります。具体的には、欠勤期間中は社員に毎月請求書を送り、本人負担分を銀行振込などで納めてもらう方法が考えられます。

あるいは復職後の給与からまとめて差し引く方法もありますが、長期間になる場合は都度徴収した方が滞納リスクを避けられます。このような手続きを円滑にするため、就業規則の休職規定などに「休業中の社会保険料の扱い」について定めておくことが望ましいです。

雇用保険・労災保険など

雇用保険料は原則として賃金支払いが発生した月のみ課されるため、給与が全くない月は雇用保険料は発生しません。労災保険料は会社負担で全社員分を納めているので、個人への直接影響はありません。長期欠勤者について会社が留意すべきは、社会保険料の徴収と公的給付（傷病手当金や育児・介護休業給付など）の案内です。

特に無断欠勤で連絡が取れないようなケースでは、一定期間が経過した時点で懲戒解雇や自然退職の手続きも検討されますが、法律上は慎重な手順が求められます（長期欠勤＝即解雇は認められにくいため）。まずは所在確認や通知書の送付など必要な対応をとった上で、やむを得ず退職扱いとする流れになります。

有給を使い切った上で欠勤をした従業員はクビにできる？

従業員が有給を使い切った後に欠勤を続けた場合、企業がその従業員を解雇（クビ）にできるかどうかは慎重に判断する必要があります。労働法では解雇には厳しい制限があり、正当な理由なしに解雇すると違法となることがあります。適切な手続きを踏まなければ、不当解雇として無効と判断されるおそれがあるため、慎重に対応することが求められます。

解雇が認められるケース

解雇が適切と判断されるには、以下の条件を満たす必要があります。

1. 長期間の無断欠勤

従業員が会社に連絡をせずに長期間無断で欠勤を続けた場合、就業規則に基づいて「自然退職」とみなす、または「懲戒解雇」の対象とすることができます。ただし、就業規則にこのような規定が明確に定められていない場合、いきなり解雇するのではなく、まず従業員に状況を確認し、対応を検討することが必要です。解雇が認められる無断欠勤の期間は、14日以上がひとつの目安です。しかし、この期間以上の無断欠勤だからといって必ずしも解雇が認められるわけではないことに注意してください。

2. 業務への影響が大きい

欠勤が続くことで職場の業務に支障が出ている場合も、解雇が検討されることがあります。例えば、重要なポジションを担う従業員が欠勤を続けることで、他の従業員の業務負担が増え、会社の運営に大きな影響を及ぼすような状況が該当します。

3. 繰り返しの注意や警告を無視

会社が欠勤について何度も口頭や書面で注意を促しているにもかかわらず、従業員が欠勤を改善しない場合、懲戒処分の対象となることがあります。注意や指導を重ねても改善されない場合、段階的に処分を重くし、最終的に解雇に至ることがあります。

解雇する際の注意点

企業が解雇を行う際は、以下の点に留意しなければなりません。

労働基準法第19条を遵守する

業務上の病気やけがで休業している従業員については、療養期間中およびその後30日間は解雇してはならないと定められています。

就業規則に基づいて対応する

解雇事由が就業規則に明記されているか確認し、規定に沿って進めることが必要です。

話し合いを行い慎重に手続きする

いきなり解雇を行うのではなく、まずは従業員と話し合いを行い、復職の意思を確認することが望ましいです。場合によっては休職制度の活用を提案するなど、別の選択肢も検討することが重要です。

正式に解雇通知を送る

無断欠勤が続く場合は、内容証明郵便などで正式な解雇通知を送ることが必要です。

企業側が十分な説明を行わずに解雇すると、従業員が不服を申し立て、裁判や労働審判に発展する可能性があります。そのため、解雇の判断をする前に、弁護士や社労士など専門家に相談しながら慎重に進めることが望ましいです。

有給を使い切った欠勤のリスクを理解しよう

有給を使い切った後の欠勤は、給与の減額や評価の低下、最悪の場合は解雇につながることがあります。従業員としては欠勤の影響を理解し、必要な場合は早めに会社と相談することが大切です。

企業側も適切な対応を行い、公平な判断をすることで、労使双方にとって納得のいく結果につながります。

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※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。

監修：涌井好文（社会保険労務士）
平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。