• 更新日 : 2026年10月7日

研究論文を整理する文献管理ソフト・アプリ（無料あり）

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文献管理ソフトは、研究論文のPDFと書誌情報をまとめて整理し、参考文献リストの作成まで自動化できるツールです。論文管理ツールやリファレンスマネージャーとも呼ばれ、無料で使えるものもあります。

選ぶ際は、「日本語対応しているか」「検索しやすいか」などを比較することがおすすめです。本記事では、文献管理ソフト・アプリや、無料版と有料版の違いなどについて解説します。

文献管理ソフトとは？

文献管理ソフトとは、研究のために集めた論文の情報とPDFを一元管理し、参考文献リストの作成まで支援するツールです。リファレンスマネージャーや引用マネージャーなどと呼ばれることもあります。大学図書館では文献管理ツールと呼ばれ、多くの大学が学生・教職員向けに提供しています。

文献管理ソフトを使えば、参考文献にする研究論文をPDFごと一括で管理できます。

北海道大学附属図書館は、文献管理ツールでできることを次のように整理しています。

多数の論文を読んでいると、どの論文にどの記述があったのかがあいまいになりがちです。探し出すまでに時間がかかれば、その分だけ研究や仕事に充てられる時間が削られます。一元管理しておけば、著者名やキーワードから目的の論文にたどり着けます。

参照：文献管理ツール｜北海道大学附属図書館

文献管理ソフトの主な機能

文献管理ソフトの機能は、集める・整理する・書くの3段階に分けて捉えられます。共通の基本機能に加え、近年はAIによる読解支援が加わりました。

文献の整理・タグ付け

取り込んだ論文をフォルダとタグで分類できる点が、文献管理ソフトの基本機能です。ローカルフォルダを探し回らなくても、パソコン・タブレット・スマートフォンから同じライブラリを開けます。

タグ付けは、分類だけでなく作業状況の共有にも使えます。

文献のデータベースの作成

著者名・論文名・掲載誌名・発行年といった書誌情報を、手入力せずに蓄積できます。PDFをドラッグ＆ドロップするだけで書誌情報を自動抽出するソフトもあります。

書誌情報がデータベースになっていると、次のような見直しがしやすくなります。

グループで共有

研究室やプロジェクト単位で、文献リストやPDFを共有できます。共同研究では、誰がどの文献を追加したのかが見えると重複した読み込みを避けられます。

ただし共有できる範囲はソフトによって分かれます。

無料版ではグループ数やメンバー数に上限が設けられているケースもあるため、チーム規模と照らして確かめておくと安心です。

参考文献リストの作成

ハーバード方式やバンクーバー方式など、指定のスタイルでリストを自動生成できます。方式ごとに著者名・発行年・ページの並べ方が細かく決まっており、手作業では抜けや表記ゆれが起きやすい部分です。

参考文献リストは、どこまでが既発表の内容で、どこからが自分の主張なのかを分ける記載でもあります。対応スタイル数はソフトによって幅があり、数千種類に対応するものもあります。

Microsoft Wordなどと連動

Microsoft Word（以下、Word）と連動すれば、執筆中の原稿に引用をそのまま挿入できます。論文はWordで書くことが多いため、引用の挿入とリストの更新を原稿上で完結できると手戻りが減ります。

連動の仕組みはソフトごとに専用のプラグインとして用意されています。

投稿先を変えてスタイルを差し替える場合も、リスト全体が自動で組み替わります。

AIによる要約・関連論文の提案

近年はPDFやライブラリ全体に質問できるAI機能を備えたソフトが増えています。ReadCubeは、根拠となる箇所とあわせて回答を得られるAIアシスタントを提供しており、EndNoteも2025年版でAI機能を取り込みました。

AI機能でできることは、おおむね次のとおりです。

ただし出版社の許諾条件によってAI利用の可否は分かれます。ReadCubeは論文ごとにAI利用が認められているかを示す表示を用意しており、扱う前に確かめておきたい部分です。

参照：文献管理ツール｜東京科学大学図書館

文献管理ソフト・アプリ（無料あり）

文献管理ソフトは、論文に特化した専用ツールと、汎用のメモ・ナレッジ管理ツールに大きく分かれます。ここでは代表的なものを、専用ツールから順に取り上げます。

代表的なものを、専用ツールから順に取り上げます。

EndNote：投稿先に合わせて引用スタイルを切り替えられる

EndNoteは、投稿先ごとに引用スタイルを一括で差し替えられる文献管理ソフトです。Clarivate社が提供しており、デスクトップ版のほかWeb版のEndNote onlineがあります。

東京科学大学図書館の案内では、機関版は学内ネットワークからの最終ログインから1年間リモートアクセスが有効とされています。年に一度は学内から接続する運用になります。

ReadCube Papers：AIアシスタントで論文の要点を確かめられる

ReadCube Papersは、PDFやライブラリ全体にAIで質問できる文献管理ソフトです。文献リストにメモを残せるため、英語論文でも日本語のメモを添えておけば内容を思い出しやすくなります。

引用の挿入はSmartCiteが担当し、執筆中の原稿からライブラリを呼び出せます。

Mendeley：英語論文の管理と研究室での共有に向く

Mendeleyは、無料で使える文献管理ソフトのなかでも研究室単位の共有機能が整っています。PDFをライブラリに追加すると書誌情報が自動で抽出されます。

慶應義塾大学メディアセンターは、日本語論文には基本的に対応していないため英語論文を主に扱う人に向くと案内しています。従来のMendeley Desktopは後継のMendeley Reference Managerへ移行が進んでおり、これから始める場合はReference Managerを選ぶことになります。

Zotero：Webページや多様な資料も取り込める

Zoteroは、閲覧中のページ上でクリックするだけで文献情報を取り込める無料のオープンソースソフトです。WindowsやmacOS、Linuxに対応し、iPadやiPhoneからも利用できます。

公式のクラウド同期は無料枠が小さめですが、WebDAVに対応した外部ストレージを同期先に指定して容量を確保する使い方が知られています。

Paperpile：ブラウザとドキュメント中心の執筆に合う

Paperpileは、Google Chromeと各種Googleサービスに合わせて設計された文献管理ソフトです。大阪大学附属図書館の案内では有料アプリケーションとして紹介されています。

RefWorks：大学が契約していれば個人負担なく使える

RefWorksは、大学が契約している場合に学生・教職員が個人負担なく使える文献管理ツールです。Ex Libris社が提供しています。

研究室での共同利用や業績集の公開といった、組織単位での使い方を想定した機能が整っています。

Notion：論文と作業メモを同じ場所で扱える

Notionは、論文の情報を階層構造に分けて整理できる汎用ツールです。ページがブロックで構成されるため、テーマごとにページを分けて論文の要約をぶら下げられます。

専用ソフトのような引用スタイルの自動出力は備えていないため、参考文献リストの作成は別ツールと組み合わせる想定になります。

Stock：研究メモの共有と進捗管理を兼ねられる

Stockは、研究メモと関連論文をノート単位でまとめ、チームで共有できるツールです。実験の記録や気づきを書き、関連する論文PDFを添付しておけば、共同研究の経緯を時系列で追えます。

文献そのものの管理よりも、読んだ内容をどう活かすかの記録に重心があるツールです。

ナレカン：社内資料と論文をまとめて検索できる

ナレカンは、社内に蓄積した情報へ横断的にアクセスできるナレッジ管理ツールです。論文PDFを蓄積しておけば、文献管理の用途にも使えます。

企業の調査部門など、論文と社内資料を同じ場所で扱いたい場面に向きます。

Cite This For Me：引用リストの作成だけを素早く済ませられる

Cite This For Meは、引用の生成と文献リストの保管に絞ったWebツールです。書籍のタイトルやURL、学術論文の情報を入力すると、指定した形式の引用文が生成されます。

提出前に引用だけ整えたい場面で使われます。

文献管理ソフト・アプリの選び方

文献管理ソフト・アプリの選び方は、扱う文献の言語、検索のしやすさ、対応デバイス、無料版の制限を見比べます。所属機関が契約しているツールがあれば、そこから確かめると費用をかけずに始められます。

進め方としては、次の順で絞り込むと迷いにくくなります。

日本語対応か

日本語の文献を多く扱うなら、日本語検索とマニュアルの言語を先に確かめます。海外製のソフトには、画面もマニュアルも英語のみというものがあります。

確かめておきたいのは、次のような項目です。

慶應義塾大学メディアセンターは、Mendeleyについて日本語論文には基本的に対応していないと案内しています。扱う論文が英語中心かどうかで、評価は変わります。

検索しやすいか

ファイル本文まで検索できるかどうかで、目的の論文にたどり着く速さが変わります。検索の仕組みはソフトやプランによって異なります。

全文検索が上位プラン限定になっているケースもあるため、どの区分で使えるかを確かめておきましょう。

マルチデバイス対応か

パソコン・タブレット・スマートフォンのどこから開けるかを確かめます。移動中や出先で論文を確認したい場合、対応デバイスの範囲がそのまま使い勝手になります。

次の区分に分けて見ておくと、必要な環境で動くかを判断しやすくなります。

提供状況は変わることがあります。モバイルアプリが提供終了になる例もあるため、主に使う環境で動くかどうかを起点に選ぶと影響を抑えられます。

無料版と有料版の違いは何か

無料版には、クラウド容量・共有人数・サポート範囲に制限が設けられています。無料版が期間限定のものもあれば、容量の上限だけを設けているものもあります。

有料版に切り替える判断材料になりやすいのは、次の項目です。

利用シーンに照らして、最初から有料版が必要かどうかを見立てておくと、途中での移行を避けられます。

所属機関が契約しているか

大学に所属していれば、機関版を個人負担なしで使える場合があります。多くの大学図書館が、EndNote onlineやMendeley機関版、RefWorksなどを提供しています。

鹿児島大学附属図書館の案内では、Mendeleyの無料版と機関版の差は次のとおりです。

機関版には有効期間があり、学内ネットワークからの最終ログインから12か月といった条件が設定されているケースがあります。在籍しなくなった後は無料版の仕様に戻るため、卒業や異動の前にデータの扱いを決めておくと安心です。

文献管理ソフトを使うときの注意点は？

便利な一方で、出版社の規約やツールの提供状況に関わる注意点があります。導入前に押さえておくと、あとから困りにくくなります。

PDFの自動収集は大量ダウンロードとみなされることがある

PDFのフルテキストを自動収集する機能は、出版社から大量ダウンロードとみなされる場合があります。電子ジャーナルの使用許諾条件では、短時間に大量のファイルをダウンロードする行為が禁じられています。

大阪大学附属図書館は、大量ダウンロードとみなされると大学全体に利用制限などのペナルティが科される可能性があると注意を促しています。東京科学大学図書館が案内する運用は次のとおりです。

後継版への移行が起きることがある

文献管理ソフトでは、後継版への移行や提供形態の変更が起こります。Mendeleyでは、従来のMendeley Desktopの新規ダウンロードが2022年8月末にいったん終了し、後継のMendeley Reference Managerが提供されています。

デスクトップ版は再開されたものの、ソフトウェアのアップデートは行われていません。特定のツールに大量の文献を蓄積するほど、乗り換えの負担は大きくなりやすい傾向があります。

導入の段階でこうした点を見ておくと、あとから移行しやすくなります。

機関版は契約期間で利用条件が変わる

機関版は大学と提供元の契約に基づくため、契約期間の終了で利用条件が変わります。大阪大学附属図書館は、Mendeley機関版の導入期間を2027年3月31日までとし、それ以降の継続は未定と公表しています。

契約が終了した場合や在籍しなくなった場合は、機関版から無料版へ自動でダウングレードされます。ダウングレードでデータが消えるわけではありませんが、無料版の上限を超える分は自分で移す必要があります。

長期にわたる研究計画では、契約に左右されない無料ツールを併用する進め方も検討できるでしょう。

文献管理ソフトで論文管理の手間を減らす

文献管理ソフトは、研究論文のPDFと書誌情報を一元管理し、参考文献リストの自動作成まで担うツールです。タグ付けやデータベース化によって必要な論文にすぐ戻れるようになり、投稿先に合わせた引用スタイルの切り替えも原稿上で完結します。

選ぶときは、日本語対応と検索のしやすさ、対応デバイス、無料版の制限を見比べます。大学に所属していれば機関版を個人負担なしで使えることもあるため、まず図書館の案内を確かめるとよいでしょう。

決めきれない場合は、無料で使える論文管理ツールに数本の論文を入れて試し、操作の感触を確かめてから移行する進め方もあります。

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• 監修：青井 真吾（AOIS Consulting株式会社代表取締役）

  大学卒業後はIT企業に入社。システムエンジニアとして大手企業向けのERPシステム開発を経験。その後ITコンサルタントとして独立。人材派遣会社の基幹システムの開発、不動産会社の商業施設での販促システムの導入、自動車メーカーでコネクティッドカー開発のプロジェクト管理、SIerでのSalesforceの導入、ファッション業界の企業でのDX推進プロジェクトを経験。現在はAOIS Consulting株式会社を設立し、コンサルティングの傍らIT記事の監修および執筆を手掛ける。