• 作成日 : 2025年12月11日

合同会社の持分譲渡とは？株式との違いや必要な手続き、評価方法、税金まで徹底解説

合同会社の経営において、事業承継やM&A、社員構成の変更などで「持分譲渡」を検討する場面があります。しかし、合同会社の持分譲渡は、株式会社の株式譲渡ほど単純ではなく、会社法に基づく特有の制限と手続きが存在します。

この記事では、合同会社の持分（社員たる地位）を譲渡する際の法律上の制限、必要な手続きの流れ、社員の同意要件、持分の評価方法、さらには税務上の取り扱いまで詳しく解説します。

合同会社の持分譲渡とは？

合同会社の持分譲渡とは、社員が会社に対して有する権利義務の総体である「社員たる地位」を、他の人（既存社員または第三者）に譲り渡すことを意味します。 この「持分」とは、単なる出資額に応じた財産的価値ではなく、利益配当や残余財産分配を受ける権利（自益権）と、業務執行や意思決定に参加する権利（共益権）を含む、包括的な地位そのものを指します。

株式会社の「株式」との違い

合同会社の「持分」と株式会社の「株式」の違いは、「譲渡の自由度」と「権利の性質」にあります。

株式会社が「資本的結合」を重視し、株式が原則自由に譲渡できるのに対し、合同会社は「人的会社」と呼ばれ、社員同士の信頼関係を基礎とします。 そのため、「誰が社員であるか」が会社の運営に重要であり、見知らぬ第三者が自由に経営に参加することを防ぐため、持分譲渡は法律で厳しく制限されています。

参考：持分会社の社員の持分は譲渡できますか？ | ビジネスQ&A｜J-Net21[中小企業ビジネス支援サイト]

合同会社の持分譲渡は自由にできる？

合同会社の持分譲渡は、会社法によって厳しく制限されており、原則として「他の社員の同意」がなければその効力を生じません。

この同意要件は、譲渡する社員が「業務を執行する社員」か「業務を執行しない社員」かによって異なります。

業務を執行する社員の持分譲渡

業務を執行する社員が持分を譲渡する場合、原則として「他の総社員の同意」が必要です。

これは、会社法第585条4項に定められた非常に厳格なルールです。合同会社では、定款で特に定めなければ全社員が業務執行社員となります。経営の中核を担う地位の移転であるため、社員1人でも反対すれば譲渡は実行できません。この要件は定款で緩和することもできないと解されています。

参考：会社法｜e-Gov法令検索

業務を執行しない社員の持分譲渡

業務を執行しない社員（出資のみを行う社員など）が持分を譲渡する場合、原則として「業務執行社員の過半数の同意」が必要です。

ただし、この要件は「定款」で別段の定めを置くことが可能です。例えば、「業務執行社員の全員の同意」と厳しくしたり、「総社員の同意」としたり、逆に「承認不要」と緩くしたりすることも理論上は可能です。したがって、まずは自社の定款を確認することが不可欠です。

合同会社の持分譲渡に必要な手続きは？

持分譲渡の手続き は、当事者間の合意だけでなく、社内承認や法務局への登記申請など、複数のステップを踏む必要があります。

持分譲渡の一般的な手続きの流れは、以下の通りです。

1. 定款の確認

まず、自社の定款を確認し、持分譲渡に関する独自の規定がないかを調べます。

特に「業務を執行しない社員」の譲渡について、会社法の原則（業務執行社員の過半数の同意）とは異なる定めが置かれている可能性があるため、法的な承認要件を正確に把握します。

2. 持分譲渡契約の締結

持分を譲渡する社員（譲渡人）と、譲り受ける人（譲受人）との間で、「持分譲渡契約書」 を締結します。

この契約書には、譲渡する持分の内容、譲渡価額（対価）、支払方法、譲渡実行日、そして「社員の承認が得られなかった場合は契約が失効する」といった条件などを明記します。この契約書は、後のトラブル防止や登記申請の際の証拠資料となります。

契約書には通常、以下の内容を盛り込みます。

3. 他の社員からの承認取得

法律および定款の定めに従い、必要な範囲の社員から持分譲渡に関する承認を得ます。

譲渡対象が業務執行社員の持分であれば「他の総社員の同意」が、業務を執行しない社員の持分であれば原則「業務執行社員の過半数の同意」（または定款の定め）が必要です。実務上は、社員総会で議決するか、必要な社員全員から「同意書（承諾書）」に署名・捺印をもらう形で証拠を残します。

4. 定款変更の手続き

持分譲渡により社員構成が変わる場合（例：第三者が新社員として加入する、既存社員が持分全部を譲渡して退社する）、定款の変更が必要になります。

合同会社の定款には全社員の氏名・住所が記載されているため、この記載を変更する必要があります。定款変更 は、原則として「総社員の同意」によって行います。持分譲渡の承認と同時に、定款変更についても同意を得ておくと効率的です。

5. 法務局への変更登記申請

持分譲渡そのものは登記事項ではありませんが、譲渡に伴い「社員の氏名・住所」や「業務執行社員」に変更が生じた場合は、変更登記が必要です。

例えば、第三者への譲渡で新社員が加入する場合や、既存社員が持分全部を譲渡して退社する場合は登記が必要です。逆に、既存社員間で持分の一部を譲渡し、社員構成や業務執行社員に変更がない場合は登記不要です。

この登記は、変更発生日から2週間以内に法務局へ申請する義務があり、登記事項の変更を第三者に主張するための対抗要件 としての役割も持ちます。

参考：商業・法人登記の申請書様式｜法務局

合同会社の持分譲渡の対価はいくらにすべき？

持分譲渡の対価（譲渡価額）は、当事者間の合意で自由に決められますが、税務上は「適正な時価」での取引が前提となります。

合同会社の持分には市場価格がないため、会社の純資産や収益性に基づき、適正な時価を評価 する必要があります。

持分の主な評価方法

時価の算定は、株式会社の非上場株式の評価に準じて行われることが多く、「財産評価基本通達」に基づき計算されます。

主な評価方法には以下のようなものがあります。

参考：（類似業種比準価額）｜国税庁

無償譲渡や低額譲渡の注意点

適正な評価を行わず、例えば出資額（簿価）のままや、無償（贈与）または著しく低い価額で譲渡すると、税務署から「みなし贈与」や「寄附金」として指摘を受けるリスクがあります。特に個人間での無償譲渡は、譲り受けた側に高額な贈与税が課される可能性があるため注意が必要です。

合同会社の持分譲渡にかかる税金は？

持分譲渡によって譲渡側に利益（譲渡益）が出た場合、税金が課されます。譲渡益は、「譲渡価額 − 取得費（出資額など） − 諸経費」で計算されます。

譲渡する側（個人）にかかる税金

個人が持分を譲渡した場合、その譲渡益は一般株式の株式譲渡益として、申告分離課税（税率約20%）となります。

参考：No.3152 譲渡所得の計算のしかた(総合課税)｜国税庁

譲渡する側（法人）にかかる税金

法人 が持分を譲渡した場合、その譲渡益は他の事業収益と同様に「益金」として扱われ、法人税等の課税対象となります。

譲受する側（買い手）の処理

買い手側は、支払った対価を「出資（持分）」として資産計上します。売買取引であるため、原則として買い手側に課税は発生しません。ただし、前述の通り、時価よりも著しく低い価額で譲り受けた場合は、みなし贈与（贈与税）や寄附金課税の問題が生じる可能性があります。

合同会社の持分譲渡以外に事業承継の方法はある？

合同会社の事業承継（M&A）において、持分譲渡は最も一般的な手法ですが、他の選択肢として「相続・贈与」や「事業譲渡」といったスキームも存在します。

相続や贈与による持分の承継

事業譲渡

事業譲渡は、持分（会社そのもの）を移転するのではなく、会社の「事業の一部または全部」を切り出して売買する手法です。

持分譲渡は会社の資産、負債、契約関係などが包括的に買い手に引き継がれます。一方、事業譲渡は、特定の事業に関連する資産や従業員を選別して売買できるため、買い手は不要な負債を引き継ぐ必要がないメリットがあります。ただし、契約関係や許諾は個別に移転・再取得の手続きが必要となり、手間がかかります。

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合同会社の持分譲渡を円滑に進めるために

この記事では、合同会社の持分譲渡における基本的なルール、承認要件、具体的な手続き、そして税務上の注意点について解説しました。

株式会社の株式譲渡とは異なり、合同会社の持分移転は「総社員の同意」といった、社員間の人的信頼関係を重視した厳格な制限が課されています。

手続きを円滑に進めるためには、まず自社の定款変更 の履歴も含めて内容を正確に確認し、法律の要件を満たしているか、また評価 や税務の観点からも問題がないか、司法書士や税理士などの専門家に相談しながら慎重に進めることが不可欠です。社員の地位の譲渡は、会社の根幹に関わる重要な行為であることを認識しておきましょう。

• 監修：佐藤 大貴（税理士）

  上場企業で10年間経理、事業管理部門に従事後、税理士資格を取得し、独立開業。
  税理士業務を行う傍ら、租税教育にも力を入れ、各種セミナーなどを行う。