更新日 : 2025年6月2日

36協定の本社一括届出とは？適用条件や申請の流れ・注意点を解説

企業が従業員に法定時間外の残業や休日労働をさせる場合、労使間で36協定（サブロク協定）を締結し、所轄の労働基準監督署へ届け出る必要があります。従来、この届出は原則として事業所ごとに行う必要があり、事業所が多い企業ほど大きな手間となっていました。しかし近年、法改正や行政手続の電子化により、本社が各事業所分をまとめて届け出る「36協定の本社一括届出」制度が整備され、多くの企業が活用しています。

本記事では、36協定の本社一括届出制度についての基本概要や適用条件、申請手続きの流れ、注意すべきポイントを解説します。

複数事業所の36協定はまとめて提出できる
36協定の本社一括届出制度を適用可能な企業と条件
- 協定内容がおおむね同一であること
事業場ごとに異なる代表者でも電子申請であれば本社一括届出が可能
36協定の本社一括届出制度のメリット・デメリット
- メリット
- デメリット
36協定の本社一括届出の申請の流れ
36協定の本社一括届出の必要書類
36協定の本社一括届出の注意点
グループ会社やフランチャイズ先も含めて本社一括届出できる？
事業場ごとに従業員数や仕事内容が異なる場合は本社一括届出できる？
一部の事業所だけ本社一括届出の対象から外すことはできる？
まとめ

複数事業所の36協定はまとめて提出できる

36協定の本社一括届出とは、本社を持つ企業が複数事業所の36協定届を一度にまとめて提出できる制度です。通常、36協定（時間外・休日労働に関する労使協定）は事業場（事業所）単位で締結・届出するものですが、本社一括届出制度を利用すれば、一定の条件下で事業場ごとに個別提出する必要がなくなります。本社（企業本部）を管轄する労働基準監督署長宛てに、全対象事業所分の協定届を一括して届け出ることが可能になります。

これにより、各支店・工場・営業所ごとに別々の書類を用意して監督署へ提出する手間が省け、企業全体で効率的に法定手続を行えるようになります。

36協定自体は労働基準法第36条に基づく労使協定であり、法定労働時間を超える残業や法定休日労働を合法的に行うために必須の手続きです。36協定が適切に締結・届出されていない間に行われた残業は違法となり、企業や担当管理者が罰則の対象となり得ます（※違反時は6か月以下の懲役または30万円以下の罰金）。そのため、本社一括届出制度を活用する場合でも、各事業所での36協定の締結自体は省略できない点に注意が必要です。

あくまで「届出手続」を一本化する制度であり、企業内の全事業場で統一の36協定を締結し、本社経由でまとめて届け出るものだと理解してください。

36協定の本社一括届出制度を適用可能な企業と条件

本社一括届出を利用できるのは、複数の事業所を持つ企業で、かつすべての対象事業所で締結する36協定の内容が統一されている場合です。次の条件を満たす必要があります。

協定内容がおおむね同一であること

時間外労働や休日労働の上限時間、特別条項（※臨時的に法定上限を超えて残業させる場合の取り決め）を含め、協定書の主要な内容が各事業場で統一されていることが求められます。事業所ごとに異なっていて構わない項目はごく一部（事業所名や所在地、労働者数、協定締結日等の事務的事項）に限られ、それ以外の実質的な協定事項は全事業場で同一でなければなりません。「1日および1か月の時間外労働の上限時間」「休日労働をさせる場合の具体的事由・日数」「協定の有効期間」などは統一が必要な項目です。

もし本社と支店で就業ルールや残業上限が異なる場合は、本社一括届出は認められないため、事前に社内規程や運用を見直して内容を揃えておく必要があります。

事業場ごとに異なる代表者でも電子申請であれば本社一括届出が可能

36協定の締結当事者である労働者代表の扱いもポイントです。当初、本社一括届出が認められるのは「各事業場の労働者代表が同一人物（または各事業場で組織された同一の労働組合）」の場合に限られていました。しかし2021年の要件緩和により、事業場ごとに異なる代表者でも電子申請であれば本社一括届出が可能となっています。

これは、従来は全国に支店を持つ企業でも全事業場を網羅する労働組合がなければ本社一括が難しかったところ、現在は労働組合がなく各事業所で選出された代表者それぞれと協定を結ぶ場合でも、一括申請できるようになったことを意味します。したがって、自社に労働組合がなくても本社一括届出制度を利用できるようになりました。

なお、紙で届出を行う場合（電子申請を利用しない場合）については、この労働者代表の要件緩和は適用されません。電子化以前と同様、各事業場の労働者代表がすべて同一人物であるケース（例：全事業場で同一の労組が36協定を締結している場合）でなければ、本社一括届出は認められない点に注意が必要です。しかし現在では、ほとんどの企業が電子申請を活用して本社一括届出を行っており、紙での一括届出は特殊なケースといえるでしょう。

36協定の本社一括届出制度のメリット・デメリット

本社一括届出制度を利用するメリットとデメリットは以下のとおりです。

メリット

「本社一括届出」を利用する最大のメリットは、労務手続の負担軽減です。従来、事業所ごとに36協定届を提出する場合、本社人事は各事業所から必要書類を取りまとめ、内容の不備がないか確認し、それぞれの所轄監督署へ個別に届出状況を管理する必要がありました。多くの企業では36協定を毎年更新するため、事業所数が多いほどこの作業は膨大な時間と労力を要します。

本社一括届出を活用すれば、こうした年次業務を一度の手続きに集約できるため、手間や管理工数を大幅に削減できます。

さらに、電子申請を組み合わせることで、印刷・郵送費用の削減や24時間いつでもオンライン届出可能といった利点も得られます。紙の書類を何通も用意して各地に郵送したり、人員が監督署に出向いたりする必要がなくなるため、コスト削減と業務効率化の両面でメリットがあります。また、本社で一括管理することで協定内容の統一性が保たれやすくなり、法令遵守状況を本社が一元的に把握できる点も利点と言えるでしょう。

企業全体で残業上限や運用ルールが統一されていれば、各拠点間のばらつきを防ぎ、コンプライアンスの強化にもつながります。

デメリット

一方で、本社一括届出にはいくつか留意すべき点（デメリット）もあります。第一に、前述のように実質的には電子申請による手続が前提となるため、パソコンや電子政府サイト（e-Gov）の操作に不慣れな担当者にとってはハードルがあることです。初回利用時にはe-Govへのアカウント登録や対応ソフトのインストールなど事前準備も必要であり、紙の届出に比べて最初は手間取る可能性があります。

特に中小企業で事業所数が少ない場合、あえて電子申請に切り替えるより従来どおり紙で個別届出した方が手軽だと感じるケースもあるでしょう。このため、本社一括届出の恩恵は主に事業所数が多い企業でこそ大きくなり、小規模な企業ではメリットが相対的に小さい点は考慮が必要です。

もう一点、申請手続のスケジュール管理にも注意が必要です。電子申請では入力ミス等により届出が受理されない（不受理）場合もあり、その対応に時間がかかると協定の効力開始に間に合わなくなるリスクがあります。36協定は効力発生日までに届出を済ませておかないと、その間の残業は違法となってしまいます。したがって、余裕を持ったスケジュールで準備・申請することが重要です。

初めて本社一括届出を行う際は特に、事前に操作を確認し、必要書類を揃え、期限ギリギリにならないよう注意しましょう。また、制度を利用するために協定内容や就業規則を統一する社内調整が必要な場合、それ自体に時間と労力がかかる点も認識しておくべきです。

36協定の本社一括届出の申請の流れ

36協定の本社一括届出を行う際の基本的な手順を示します。ここでは電子申請（e-Gov）を利用したケースを前提とします。

労使協定の準備・締結

まず前提として、事業場ごとに36協定そのものを締結しておきます。事業場ごとに労働者代表（または労働組合）と協議し、残業・休日労働の条件を定めた協定書を作成し、署名・押印します（内容は全事業場で統一）。また必要に応じて就業規則の変更届も準備します。

各事業場で締結した協定書は会社で保管し、後述の協定届出書に添付または記録する形で扱います。

e-Govへのログイン

政府のオンライン手続サイト「e-Gov電子申請システム」にアクセスし、企業の代表IDもしくは担当者IDでログインします。事前にGビズIDなど必要な認証取得が済んでいない場合は登録を行いましょう。

手続きの選択

e-Gov上で該当する手続きを検索します。キーワードに「時間外労働本社一括」等を入力し、一覧から「時間外・休日労働に関する協定届（本社一括届）」を選択します。36協定届は「一般条項のみ」「特別条項付き」で様式が異なるため、自社の協定種別（特別条項の有無）に応じた手続きを選びます。

一括届出事業場一覧の作成・添付

本社一括届出では、対象となる全事業場の一覧をCSV形式ファイルで添付する必要があります。厚生労働省提供の「一括届出事業場一覧作成ツール」(Excelマクロ)に各事業場の名称・所在地・労働者数など所定の項目を入力し、CSVファイルを生成します。生成されたCSVファイルを電子申請画面でアップロードすると、届出書に事業場リストが反映されます。

最大30,000事業場まで一つのCSVで登録可能であり、大規模企業でも一度の申請で全事業場を網羅できます。

申請書フォームの入力

電子申請用の36協定届出書フォームに必要事項を入力します。主な入力内容は、時間外・休日労働の上限時間（1日・1か月・1年の延長時間）、法定休日労働の条件、協定の有効期間、特別条項の内容（適用条件や延長限度）などです。紙の様式第9号（または9号の2）に相当する項目を画面上で埋めていくイメージです。

新様式では協定当事者（労働者代表）が適正に選出されたこと等を確認するチェック欄もありますので、漏れなくチェックします。

添付書類の確認

通常、36協定届の電子申請では協定書そのものの添付は省略されます。紙提出時は協定書の写し等を添付することもありますが、電子申請では入力内容とCSV一覧で足りるケースが多いです。ただし、就業規則の変更届を同時に提出する場合は就業規則本文や新旧対照表を添付する必要があります（本社一括届出が可能ですので、必要な場合は就業規則届も同時に本社一括で提出します）。

管轄署の選択と送信

届出先として本社所在地を管轄する労働基準監督署を選択します。本社一括届出では全事業場分を本社管轄の労基署長に提出する決まりです。管轄署を選んだら内容を最終確認し、電子署名（担当者名の入力等）を経てオンライン送信します。

受理確認

申請後、e-Gov上で受付番号が発行されます。後日、受理が完了すると処理状況が「完了」に変わり、受理通知（PDF）をダウンロードできます。不備があれば差し戻し（要修正）となりますので、適宜ステータスを確認しましょう。

受理通知書は社内で保管するとともに、必要に応じて各事業場にも共有します。

以上が電子申請による基本的な流れです。なお、紙で提出する場合は、本社を管轄する労基署に事業場ごとの協定届（様式第9号等）をまとめて提出します。その際、各事業場の協定書コピーを添付し、「本社と各事業場の協定内容は同一である」旨を書面に記載する必要があります（労働者代表が全事業場で同一の場合のみ可）。

現在は電子申請への移行が進んでいるため、紙提出は特殊なケースと言えます。

36協定の本社一括届出の必要書類

本社一括届出を行う際に準備すべき書類・データは次のとおりです。

36協定書（労使協定書本体）
各事業場で締結した協定書です。労働者代表と使用者の署名押印がある原本を社内保管し、必要に応じてコピーを提出用に用意します。電子申請では提出省略できますが、監督署から求められた場合に提示できるよう保管義務があります。
36協定届出書
時間外・休日労働に関する協定届（様式第9号または第9号の2）です。電子申請の場合はオンラインフォームへの入力で代替されますが、紙提出時は様式用紙を事業場数分作成します（本社一括時はそれらを一括提出）。本社一括届出では1通の届出書にまとめますが、各事業場欄の記載方法が定められています。
一括届出事業場一覧（CSVファイル）
電子申請で一括届出する際に必要な事業場リストです。事業場ごとの名称・所在地・労働者数等を記載したCSVファイルを作成します。厚労省提供のツールを使うと様式どおりのCSVが得られます。紙提出の場合は同様の内容を一覧表にした用紙を添付することになります。
就業規則および就業規則変更届（必要に応じて）
36協定に伴い就業規則を変更した場合は、その変更届と就業規則の写しを提出します。本社一括届出では就業規則についても一括提出が可能です。36協定を一括で届け出る場合と同様に、就業規則の内容も全事業場で同一である必要があるため、その点の宣言も書面上で行います。
電子申請用の環境
書類ではありませんが、e-Gov利用のためのGビズID（もしくは電子証明書）や対応PC等も事前に準備しておきます。初めて利用する際は環境設定マニュアルに沿ってJavaの設定やソフトインストール等を行います。

これらを揃えた上で、前項の手順に従って申請を進めます。特にCSVの作成は一括届出特有の作業ですので、事前に厚労省のツールをダウンロードし入力フォーマットを確認しておくとスムーズです。

36協定の本社一括届出の注意点

本社一括届出の申請プロセスにおいて、留意すべきポイントをまとめます。

協定内容の統一を徹底する

届出前提となる協定内容が事業場間で統一されていないと、本社一括届出は受理されません。申請前に各事業場の協定項目（残業上限や特別条項条件など）に齟齬がないか最終確認しましょう。もし一部事業場だけ例外的な扱いが必要な場合は、その事業場は一括届出から外して個別に届出する判断も必要です。

労働者代表の適正選出

電子申請では事業場ごとに別々の代表者でも構いませんが、その代表者が適法に選出された過半数代表者であることが前提です。管理監督者ではない従業員の中から、投票や挙手など民主的手続で選ばれた代表でなければなりません。申請フォームのチェック欄でも確認事項となっているため、各事業場での選出プロセスを社内で記録しておきましょう。

代表者氏名は協定届出書にも記載されます（電子申請では各事業場欄に入力）ので、誤字脱字なく正確に入力します。

届出期日の管理

36協定届は新協定の適用開始日の前日までに届出を済ませる必要があります。例えば有効期間を毎年4月1日から翌年3月31日までとしている場合、更新届出は3月31日までに受理されていなければなりません。不受理の場合の差し戻し対応も考慮し、余裕をもって申請することが肝要です。

特に初回の本社一括届出時は想定外の不備指摘が出る可能性もありますので、時間に余裕をもたせましょう。

入力ミス・漏れ

電子申請では手入力項目が多いため、上限時間の単位間違い（例：月45時間のところを日45時間と誤記）やチェック忘れなどに注意します。確認画面を印刷するか、ダブルチェック体制で送信前に内容を検証すると安心です。不備があると受理されず差し戻しとなり、再申請の手間が発生します。

特別条項の扱い

特別条項付き36協定の場合、限度時間を超える残業の条件や回数制限など詳細な記載が必要です。新様式では一般条項部分と特別条項部分で書式が分かれています。電子申請でも該当部分の入力漏れや不備に注意しましょう。また、特別条項適用時の割増賃金率なども正しく入力する必要があります（様式第9号の2の場合）。

監督署への補足説明

本社一括届出を初めて行う際、労基署から問い合わせが来る場合があります。「事業場一覧CSVの内容確認」や「本当に全事業場で内容統一されているか確認したい」といったケースです。その際には協定書や就業規則を提示できるよう準備しておくとともに、「本社と各事業場の協定内容は同一である」ことを説明できるようにしておきましょう。

必要に応じて事業場ごとの労働者代表の選出議事録などを求められることもあります。

届出後のフォロー

届出が受理された後、受理通知書（電子申請ならPDF）を必ず保存し、本社および各事業場で保管します。これは監督署の届出控えにあたるもので、後日確認が入った際に提示可能なようにしておきます。また、届出内容に沿って各事業場で残業管理が運用されているか、本社労務部門が継続してモニタリングすることも重要です。

以上のポイントを押さえれば、本社一括届出の手続きはスムーズに進められるでしょう。

グループ会社やフランチャイズ先も含めて本社一括届出できる？

本社一括届出ができるのは同一企業（同一法人）内の事業場に限られます。グループ会社（別法人）はそれぞれ独自に36協定を締結・届出する必要があります。また、フランチャイズチェーンの場合、加盟店は独立した事業主ですので本部が代行して届出することはできません。

それぞれの加盟店オーナーが管轄労基署へ届出を行う必要があります。誤って本部の協定でカバーできていると考えると違法状態になりますので注意してください。逆に、同一企業であれば支社・支店・工場・営業所など名称を問わず本社一括届出の対象となります。海外の支店は日本の労基法の適用外なので国内事業場のみが対象です。「ひとつの36協定届でまとめられるのは、ひとつの会社の中の複数事業場」という点を押さえておきましょう。

事業場ごとに従業員数や仕事内容が異なる場合は本社一括届出できる？

事業場ごとの従業員数や業務内容が異なっていても、36協定の内容（残業枠や適用条件など）が統一されていれば本社一括届出が可能です。従業員数はCSV一覧に記載しますが、人数の多寡自体は問題になりません。ただし業務内容の違いによって「この事業場だけ特別条項で月80時間まで残業させたい」等の差を設けたい場合は、統一とは言えなくなるので本社一括は利用できません。

業種混在の企業（例：一部はシフト制店舗運営、一部はオフィスワーク）でも、労使協定の時間外労働条件を一つに決められるなら一括届出できますし、内容を合わせるために上限を厳しい方に揃える（緩い方に合わせず厳格な方に寄せる）といった工夫も考えられます。協定内容を全社で一本化できるかどうかが適用範囲の判断基準となります。

一部の事業所だけ本社一括届出の対象から外すことはできる？

本社一括届出の対象から外す事業所を作ることも可能です。すべての事業場を必ずまとめなければいけないわけではありません。10事業所中9事業所は協定内容統一で一括届出し、残り1事業所だけ単独で別途届出するといった対応も可能です。

その事業所は本社一括届出のCSV一覧に含めず、従来どおり個別の協定届を管轄労基署へ提出します。このように部分的な本社一括適用も実務上行われています。ただし、その場合でも過半数代表者の選出手続などはもちろん必要です。

将来的には外した事業所も含めて統一できるよう、本社として働きかけていくとよいでしょう。また、一度本社一括届出した事業所を後から外すことも可能ですが、協定期間の途中で内容を変更する場合は労使再協議と届出が必要になるため、手続きが煩雑になります。できれば最初から統一可能な範囲を見極めて一括届出対象に含めることが望ましいです。

まとめ

36協定の本社一括届出とは、複数事業場を持つ企業が一括して36協定を届け出る制度です。手続きの負担を軽減し、労務管理を統一できるメリットがあります。2021年の要件緩和により、活用の幅が広がっています。ただし、協定内容の統一や労働者代表の適正な選出が必須であり、注意が必要です。

本社一括届出を適切に行うことで、企業のコンプライアンス強化と業務効率化を両立できるでしょう。

※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。

監修：涌井好文（社会保険労務士）
平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。