更新日 : 2025年6月2日

36協定に提出期限はある？未提出のリスクや提出漏れの場合の対応を解説

36協定は、労働基準法第36条に基づき、法定労働時間を超えて時間外労働や休日労働を行うために必要な労使協定ですが、適切なタイミングで締結・届出しなければ、労働基準法違反となり、罰則の対象になる可能性があります。

特に、年度末や新年度のタイミングでは36協定の更新手続が集中し、提出期限を忘れてしまうケースも少なくありません。

本記事では、36協定の提出期限の基本ルールから注意点、提出遅れによるリスク、法改正情報について解説します。

36協定の概要
- 時間外労働の上限規制
- 36協定の適用対象
36協定が適用される企業や業種に違いはある？
36協定の提出期限
- 残業や休日労働を命じる前に36協定を締結・届出しておく
- 有効期間が満了する前に次の36協定を締結・届出する
36協定の提出遅れによるリスク
36協定の提出漏れに気付かず残業させてしまった場合の対応
【2025年最新】36協定に関する法改正や行政指導
- 直近の法改正による変更点
- 行政指導
36協定を適切に管理するためのポイント
- 提出スケジュールの管理
- 労働基準監督署とのやり取り
36協定を運用するための注意点
まとめ

36協定の概要

36協定とは、労働基準法第36条に基づき労使間で締結される「時間外・休日労働に関する協定届」のことです。日本の労働基準法では、原則として労働時間は1日8時間・週40時間以内（法定労働時間）とされ、週に1日または4週を通じて4日以上の法定休日を与える必要があります。この法定時間や休日を超えて労働させる場合、事前に労働者（労働組合または労働者代表）との間で36協定を締結し、所轄の労働基準監督署に届出を行わなければなりません。

36協定を締結・届出しないまま法定時間を超える残業や休日労働を命じることは違法となります。

36協定が必要とされる理由は、企業側の一方的な判断で無制限に残業や休日出勤をさせないよう労働者の健康や福祉を守るためです。労基法第36条では、労使協定によって初めて法定時間外の労働が許容される仕組みを定めています。つまり36協定は、時間外労働・休日労働の法的根拠であり、使用者が時間外労働を命じる際の最低条件です。

協定では「時間外労働を行う業務の種類」「1日、1か月、1年あたりの時間外労働の上限」などを具体的に定める必要があります。このように36協定によって労働時間の上限枠を明確化し、労働者に過度な負担が及ばないようにしています。

時間外労働の上限規制

労働基準法の改正により2019年4月（中小企業は2020年4月）からは、36協定で定める時間外労働に罰則付きの上限規制が導入されました。臨時的な特別な事情がない限り月45時間・年360時間が上限であり、特別の事情があって労使が合意する場合でも年720時間、複数月平均80時間以内（休日労働含む）、単月100時間未満（休日労働含む）という絶対的な限度を超えることはできません。また、月45時間超の残業が認められるのは年6ヶ月までに制限されています。

これらの上限規制も36協定に明記し遵守する必要があります。違反すれば労働基準法違反として罰則の対象となるため、36協定は単なる届出書類ではなく労働時間管理の中核として重要な役割を持っています。

36協定の適用対象

36協定が適用される労働者の範囲にも注意が必要です。一般の従業員は原則として全員36協定の対象ですが、労基法上の「管理監督者」は労働時間や休日の規制が適用除外となるため、36協定の対象外です。もっとも、誰が管理監督者に当たるかは肩書きだけでなく実態で判断されます。

管理監督者以外のパートタイムや契約社員も含め、法定時間を超えて労働させる可能性がある従業員については、きちんと36協定を結んでおく必要があります。

36協定が適用される企業や業種に違いはある？

36協定の届出義務は、業種や企業規模を問わず、法定労働時間を超える労働をさせる全ての事業場に適用されます。大企業では2019年4月から、中小企業も2020年4月から時間外労働の上限規制が適用され、現在では基本的に全企業が同じルールの下で36協定を締結・届出する必要があります。したがって、「うちは小規模だから提出しなくてもいい」といった例外は認められません。

もっとも、一部の業種については時間外労働の上限規制に経過措置や特例が設けられていました。例えば建設業、自動車運転業務、医師、砂糖製造業（鹿児島・沖縄）の4業種については、5年間上限規制の適用が猶予されていました。しかし、猶予期間が経過し、2024年4月1日からは、これらの業種でも本格的に上限規制の適用が開始されています。これに伴い、2024年4月以降始期となる36協定届からはそれら業種向けの新しい様式が用意され（様式第9号の3の2～9号の5）、業種ごとの特例内容を踏まえた協定届を提出する必要があります。

現在は、適用猶予業種であっても上限規制が適用されていますが、一般業種とは扱いが異なる部分もあるため注意が必要です。建設業と砂糖製造業については2024年4月から原則どおり月45時間・年360時間の上限規制が適用されています（建設業でも「災害時の復旧・復興業務」を除き通常の上限規制が適用）。自動車運転業務では特別条項付き36協定を結ぶ場合の年間時間外労働の上限が960時間に緩和されています。また月100時間未満・複数月平均80時間以内といった一般的な特別条項付き36協定における月間上限規制は適用されません。医師についてはさらに特殊で、特別条項付き36協定の場合で年間1860時間（休日労働含む）まで時間外労働が可能となる水準が設けられています。

これら特例業種でも36協定の届出自体は必須であり、猶予期間中も含め協定未締結の残業が許されていたわけではない点に注意してください。あくまで時間外労働時間の上限設定に関する特例があったのみで、36協定の届出義務そのものは全業種共通です。

36協定の提出期限

36協定の届出には法令上明確な提出期限日が定められているわけではありません。しかし、実務上は以下の2点を厳守する必要があります。

残業や休日労働を命じる前に36協定を締結・届出しておく

協定の締結・届出が労働者への時間外労働命令の前提条件です。したがって、例えば新年度から残業をさせたい場合は、その開始日より前に労基署への届出を済ませておく必要があります。36協定届には「対象期間の起算日」（その協定で時間外労働を開始する日）を記載しますが、起算日の前日までに所轄労基署へ提出しておくのが原則です。

例えば協定の起算日を4月1日とするなら、遅くとも前日の3月31日までに届出手続を完了させなければなりません。

有効期間が満了する前に次の36協定を締結・届出する

36協定には有効期間を定める必要があり（最長3年、労働協約の場合を除き通常1年）、多くの企業では1年間を有効期間としています。したがって、更新する場合は前回協定の有効期限が切れる前に新たな協定を結び、届出を行う必要があります。一般的には毎年同じ時期に更新するケースが多く、例えば協定期間を4月1日から翌年3月31日までと定めている場合は、翌年度分を3月31日までに提出する流れになります。

以上のように、「残業を開始する前」かつ「前協定の期限内」に届け出を行うことが提出期限の基本ルールです。届出自体は労使協定の締結後であればいつでも可能ですが、一度でも期限切れの空白期間が生じてその間に残業や休日出勤が行われれば、その期間の労働は違法な状態となってしまいます。

万一、更新を失念して協定期限が過ぎてしまった場合でも、気付いた時点で速やかに届出を行うことが肝要です（届出が遅れても受理自体はされますが、遅れた期間に時間外労働があれば法違反となります）。

36協定の提出遅れによるリスク

36協定の提出遅れや未提出には重大なリスクがあります。協定未届けのまま残業や休日労働を行わせた場合は労基法違反となり、企業や責任者は罰則の対象となります。法定の罰則としては、労働基準法第119条に基づき、6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金が科される可能性があります。

この刑事罰は企業だけでなく、現場の管理監督責任者（工場長や部門長など）個人に対しても科され得る点に留意が必要です。36協定違反で書類送検された事例も少なくなく、労基署の監督や社員からの申告等によって発覚すれば法的措置は免れません。

罰則は刑事上の処罰にとどまらず、企業の社会的信用の低下にも直結します。厚生労働省では重大な労働基準法違反が認められた企業名をホームページ上で公表する措置も取っています。いわゆる「ブラック企業リスト」に掲載されることで企業イメージの悪化や採用難につながるリスクもあります。

さらに、36協定違反の状態で長時間労働を強いられ労災（過労死や過労自殺等）に至った場合には、使用者として安全配慮義務違反の民事責任を問われ、高額の損害賠償請求を受ける可能性もあります。

36協定の提出漏れに気付かず残業させてしまった場合の対応

36協定の提出失念により協定が切れていた場合、その期間の時間外労働は違法となります。しかし現実に労働させてしまった以上、企業は速やかに協定を遅れ届け出するとともに、当該期間の違法状態に対する社内是正策を講じる必要があります。労基署に自己報告して指導を仰ぐケースもありますが、まずは再発防止策（管理体制の見直し等）を整え、同様のミスが起きないようにすることが大切です。

罰則を受ける事態になれば企業にも従業員にもデメリットしかありません。36協定の提出期限管理はコンプライアンス上最優先事項と認識し、期限切れの空白を絶対に作らないことが求められます。

【2025年最新】36協定に関する法改正や行政指導

近年、働き方改革関連法の施行などに伴い36協定を取り巻くルールにもいくつか変更がありましたので紹介します。

直近の法改正による変更点

時間外労働の上限規制の法定化（2019年施行）により、従来は厚生労働大臣の告示で示されていた残業時間の上限基準が法律上の規制となり、違反時には罰則を伴う強制力を持つようになりました。企業は36協定届に法定の限度時間内で残業上限を定める必要があり、労基署も届出内容をより厳格にチェックするようになっています。

また、2024年4月からは前述の特例業種（建設、自動車運転、医師、砂糖製造）への上限規制適用開始に伴い、36協定届の様式変更が行われています。建設業や運送業向けに新たな協定様式（様式9号の3の2～9号の5）が導入され、これら業種では旧様式が使えなくなりました。対象企業は誤った様式で届出しないよう注意が必要です。

新様式では、年間960時間の上限や月100時間未満など、それぞれの特例内容に対応した記載欄が設けられているため、業種ごとの規制に沿った正確な記入が求められます。

また、2021年4月には36協定届の押印省略が可能となり、様式自体も改訂されました。これにより労基署提出時の企業印は不要となり、電子申請もしやすくなっています。DX推進の一環で、厚労省は労働関係手続の電子化を進めており、36協定届もオンラインで提出可能です。

電子申請は24時間受付が可能で労基署の窓口混雑を避けられるメリットがありますが、事前にGビズID（政府共通の電子申請用アカウント）の取得やPCの設定が必要になるため、早めの準備が必要です。

行政指導

行政当局からの最新の指導内容として注目すべきは、36協定の有効期間に関する厚生労働省の通知（2024年6月）です。労基法上、36協定の有効期間は労働協約を除き明確な上限はありませんが（最長3年まで設定可能）、厚労省は「協定内容を定期的に見直す必要がある」との観点から有効期間は最長でも1年とすることが望ましいとの指導方針を示しました。この通知に基づき、各労働基準監督署では有効期間を1年超（例えば2年や3年）として届出された36協定に対し、次回以降は1年で締結するよう指導文書を交付する対応を取ることになっています。

協定期間を複数年に設定している企業は少数派ですが、仮に自社で2年以上の協定を結んでいる場合は早めに1年更新へ切り替えることが求められるでしょう。

また、各労働局・労基署は年度末になると「36協定の届出をお忘れなく！」といった注意喚起を行っています。新年度（4月）開始を起算日とする協定が多いため、年度末時点で自社の36協定が切れていないか確認し、切れている場合は速やかに届出を行うよう呼びかけています。行政も協定の未更新による空白期間防止に力を入れており、企業としても提出漏れがないようスケジュール管理を徹底する必要があります。

36協定を適切に管理するためのポイント

36協定を適切に管理するために意識したい点を解説します。

提出スケジュールの管理

36協定の届出スケジュール管理は、人事労務担当者の重要な業務の一つです。一般的な協定有効期間は1年であるため、「毎年一回、同じ時期に届出が必要」と心得ておきます。多くの企業では年度単位（例えば4月～翌3月）で協定を結んでいるため、毎年年度末の3月頃に更新手続を行うケースが多いでしょう。

提出期限を失念しないよう、社内カレンダーに締結・届出のスケジュールを組み込み、リマインダー設定をすることをおすすめします。例えば「毎年2月中に労使協議を実施→3月中旬までに協定書作成→3月末までに届出完了」といった具体的なスケジュールをあらかじめ決め、担当者間で共有しておくと安心です。

事業場が複数ある会社では、事業場ごとに36協定の管理が必要な点にも注意してください。36協定は事業場単位で締結・届出するものとされており、本社で一括して1通提出すれば全社を網羅できるわけではありません。たとえ内容が同一でも、営業所・支店ごとに所轄の労基署へ届出が必要です。

各事業場で有効期間の起算月が異なる場合もありますので、それぞれの期限を一覧表などにまとめ、管理簿を作成して管理するとよいでしょう。一元管理システムや労務管理ソフトを導入すればリマインド機能等でミスを防止できますが、難しい場合はエクセル等で一覧表を作成し明確に期限を把握することが大切です。

労働基準監督署とのやり取り

労基署への届出手続を円滑に行うためのポイントを押さえておきましょう。まず、届出方法には窓口持参・郵送・電子申請の3つがあります。窓口に持参する場合は協定届を正副2部（原本と写し）用意し提出します。労基署で内容チェック後に原本が受理され、控え（写し）には受付印が押されて返却されます。

郵送提出の場合も基本は2部送付し、返信用封筒（切手貼付・送り先明記）を同封すれば受付印を押した控えが返送されてきます。郵送の際は記録が残る簡易書留やレターパックなどを利用し、送付状で書類の内容を明記すると親切です。

労基署への届出書類は到着日付で受理されます。つまり、郵送の場合は労基署に書類が到着した日が正式な受理日となります。「期日ぎりぎりに投函したが届いたのが起算日当日を過ぎていた」ということがないよう、余裕を持って発送することが大切です。

年度末〜年度初め（3〜4月）は労基署が36協定や就業規則の届出で大変混み合う時期です。郵送・電子申請は到着順に処理されるため、控えの返送まで時間がかかる傾向がありますが、内容に問題がなければ届いた日付で有効に受理されます。

したがって、控えの到着が多少遅れても心配しすぎず、まずは期限内到着を確保することが最優先です。

近年は労基署窓口の混雑緩和やコロナ禍の非対面手続推進の観点から、電子申請の活用が強く推奨されています。電子申請の場合、労基署への持参や郵送が不要になり、WEB上で届出が完結します。2021年4月以降は36協定届への電子署名も不要となり、GビズIDを取得すれば比較的簡便に提出可能です。

ただし初回利用時はアカウント登録やブラウザ設定等に時間を要するため、締切間際になって焦らないよう事前準備を済ませておくことがポイントです。電子申請であっても受付日は送信日が基準になりますので、紙と同様に期限内に送信を完了させましょう。

36協定を運用するための注意点

最後に、36協定を適切に運用するための実務上の注意点を整理します。

協定書の内容の妥当性を確認する

36協定には法定の上限範囲内で残業の限度時間や休日労働の回数などを定めますが、業務実態に即した現実的な数字を設定することが重要です。上限いっぱいまで定めればよいというものではなく、「時間外労働・休日労働は必要最小限にとどめる」という指針も示されています。協定は残業ありきではなく、できる限り残業削減を図る中でやむを得ない範囲を定めるというスタンスで作成しましょう。

また、特別条項を付ける場合は、その理由や条件を具体的に明記する必要があります。「業務多忙のとき」等の曖昧な理由では認められず、例外的かつ一時的なケースに限定することが求められます。「年度末の決算業務のため」や「○月の繁忙期対応のため」など、具体性を持たせた記載にしましょう。

特別条項を付けたからといって無制限に残業できるわけではなく、前述の法定上限（年720時間等）の範囲内で、かつ月45時間超の残業は年6回までという制約もあります。協定に定めた範囲を超えて残業させれば協定違反となり罰則リスクが生じますので、現場への周知徹底と実績管理を厳格に行いましょう。

労働者代表の適正な選出・協議

労働組合がない事業場では労働者の過半数代表者との協定締結が必要です。代表者は管理監督者でない一般従業員から選出しなければならず、使用者が一方的に指名することは許されません。社内で代表者選出の選挙や挙手による投票を行い、その記録（過半数代表の選出証明書等）を残しておくとよいでしょう。

仮に代表選出手続を怠ったまま協定届を提出しても形式上は受理されることがありますが、協定自体が無効と見做されるリスクがあります。書類上の届出が済んでいても中身が不備では意味がありません。

就業規則の整備や諸規程の改定とも絡めて、労使協議のプロセスを適正に踏むよう留意してください。

協定内容の社内周知と保存

届出を行った36協定は、就業規則などと同様に従業員に周知する義務があります。労働基準法第106条および施行規則に基づき、協定書の写しを各作業場の見やすい場所に掲示・備付けることや、書面配布や社内イントラへの掲載などの方法で従業員がいつでも閲覧できる状態にしておきましょう。残業が恒常的にある部署の社員には、協定で自分たちの残業時間の上限がどう定められているかを認識させることも労務管理上有益です。

また、36協定書および届出控えは5年間（当面3年間の経過措置）保存することが義務付けられています。これは2020年の労基法改正で保存期間が延長されたものです。保存期間中に労基署から求められた場合いつでも提示できるよう、適切に保管してください。

残業実績の定期点検と見直し

36協定は一度出したら終わりではなく、定期的に見直すことが肝心です。協定で定めた範囲内であっても、実際の残業時間が長くなればなるほど労働者の健康リスクは高まります。使用者には36協定の範囲内でも安全配慮義務があることが指針でも明示されています。

協定期間中も長時間労働が常態化していないか労務担当者がチェックし、必要に応じて業務体制の改善や人員配置の見直しを経営層に提言することも求められます。法定限度ギリギリの残業が続く部署があるなら、次回協定締結時に特別条項の扱いを再検討したり、働き方改革の更なる推進を図ったりする機会としましょう。36協定の更新は単なる事務作業ではなく、職場の労働時間状況を振り返り是正するための契機と捉えることが重要です。

これらのポイントを踏まえ、36協定の管理に当たっては「期限を守ること」はもちろん、「内容を守ること」「手続きを守ること」まで含めたトータルなコンプライアンス対応を心がけてください。

まとめ

コンプライアンスを守り健全な労務管理を実現するためには、36協定の適切な提出と運用が基本中の基本です。

提出期限に遅れることなく毎年更新することで、法違反の空白期間を作らずに済みます。万一提出漏れがあれば即座に是正し、二度と起こさないよう社内体制を整備することが重要です。

毎年の協定締結時には自社の残業状況を振り返り、生産性向上や業務効率化の視点も交えて労使で建設的な話し合いを行いましょう。単に法律違反を防ぐだけでなく、社員の健康と企業の持続的発展につながる働き方改革の推進にもつながるはずです。36協定を正しく管理し、法令遵守と職場環境の改善の両立を図ることで、企業としての信頼性と生産性を高めていきましょう。

※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。

監修：涌井好文（社会保険労務士）
平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。