更新日 : 2025年6月2日

36協定の更新とは？手続きの流れや必要書類・提出期限をわかりやすく解説

企業の人事労務担当者にとって、36協定の更新は毎年欠かせない重要な業務です。36協定は、従業員に法定時間を超える残業や休日労働をさせるために必要な労使間の協定であり、適切に締結・届出を行わなければ違法な長時間労働となってしまいます。

本記事では、36協定の基本から更新手続き、人事担当者が注意すべき事項をわかりやすく解説します。

36協定の更新とは

まず、36協定とは何か、そしてなぜ定期的な更新が必要なのかを確認しましょう。

36協定とは

36協定とは、労働基準法第36条に基づき時間外労働（法定労働時間を超える残業）や休日労働に関する労使協定のことです。使用者（会社）が労働者に対し、1日8時間・週40時間という法定労働時間を超えて残業させたり、法定休日に労働させたりする場合、事前に書面で労使協定を締結し所轄の労働基準監督署に届け出る必要があります。この労使協定を俗に「36協定」と呼び、届け出る書面を「36協定届」といいます。

36協定は事業場ごとに締結する必要があり、事業所が複数ある企業では原則として事業場単位で協定を結んでそれぞれ届け出ます。また、労働組合がない場合は従業員の過半数を代表する者（以下、過半数代表者）との間で協定します。36協定がないまま法定労働時間を超えて残業させることは労基法違反となり、6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金刑の対象です。

そのため、残業や休日出勤が発生する企業では36協定の締結・届出は必須の措置となります。

36協定の更新が必要な理由

36協定は一度結べば終わりではなく、定期的な更新が必要です。労働基準法上、時間外労働に関する協定では1年を超える期間について延長時間を定めることができないため、協定の有効期間は最長でも1年間とされています。厚生労働省も「36協定は定期的に見直す必要があることから、有効期間は1年とするのが望ましい」としており、多くの企業では毎年年度ごと（例えば4月1日から翌年3月31日まで等）に期間を区切って締結しています。

また、36協定は労基署へ届出してはじめて法的効力を持つため、有効期間が切れる前に新しい協定を締結して届け出る必要があります。更新を怠り協定の効力が切れた状態で残業させれば、その間の残業は違法となり罰則の対象です。36協定違反の罰則は会社だけでなく現場の労務管理責任者個人にも及ぶ可能性があるため、人事担当者は期限管理に十分注意しなければなりません。

一般的に36協定届の提出期限は「前回協定の有効期限まで」と考え、例えば有効期間が3月末までなら遅くともその月中に次年度分を届け出ることが求められます。

このように36協定は毎年更新・届出が必要な労務管理上の重要事項といえます。

36協定の更新の流れと必要書類

36協定の更新の基本的な流れは次のとおりです。

過半数代表者の選出

労働組合がない事業場では、まず従業員の過半数代表者を選出します。選出は民主的な方法（投票、挙手など）で行い、管理監督者は代表者になれません。会社が一方的に指名することはできず、使用者の意向で代表者が決まった場合その36協定は無効となります。

過半数代表者の適正な選出は協定の前提となる重要なステップです。

協定内容の協議

過半数代表者（または労働組合）と会社側で、今後の時間外・休日労働の上限や条件について話し合います。業務の繁閑や法定の上限規制を踏まえ、月何時間・年何時間まで残業を認めるか、いわゆる「特別条項」（繁忙時等に限度時間を超えて残業させる特例）の有無とその上限時間などを決定します。特別条項を設ける場合は、残業が必要な具体的事由や限度を明確にし、年○回までなど適用回数も定める必要があります。

協定書と36協定届の作成

協議で合意した内容に基づき労使協定書を作成し、労使双方が署名または記名押印します。同時に所轄労基署に提出するための「時間外・休日労働に関する協定届」も作成します。協定届には事業場名、過半数代表者名、協定期間、時間外労働の上限時間（月○時間・年○時間）や特別条項の詳細（理由、上限、回数など）を記載します。

様式第9号は厚労省や労働局のサイトからダウンロード可能で、2024年4月以降用に一部新様式も公表されています（後述）ので、自社の業種に合った最新版を使用しましょう。

労基署へ届出

作成した36協定届を所轄の労働基準監督署長宛てに提出します。提出方法は窓口持参のほか郵送や電子申請でも可能です。協定の効力開始日までに必ず届出を行うことが重要です。届出自体に法律上の厳密な期限はありませんが、先述のとおり前協定の終了日までに間に合うよう提出します。

届出が受理されると労基署から受付印が押された控えが返されます（電子申請の場合は受付通知）。

従業員への周知

届出を終えた36協定は、その内容を従業員に周知しなければなりません。協定書または36協定届の写しを社内の見やすい場所に掲示したり、社内イントラネットに掲載したりして、全従業員が閲覧できるようにします。周知を怠ると労基法第106条違反となり30万円以下の罰金の対象となる可能性がありますので注意しましょう。

協定書の保存

作成した労使協定書は会社で5年間（経過措置により当面の間は3年間）保存する義務があります。これは労基法109条で定められた労働関係書類の保存義務です。保存期間中に労基署から提出を求められる場合もありますので、きちんと保管しておきます。

以上が36協定更新の一連の手順と必要書類です。ポイントは過半数代表者の適正な選出と期限内の届出であり、このどちらが欠けても協定は無効となり得ます。更新時期の1～2ヶ月前から準備を始め、代表者の選出→協議→書類作成→届出という流れをスムーズに進めると良いでしょう。

36協定届の提出期限と違反時のペナルティ

36協定届の提出期限について、法律上は「協定を締結したら速やかに届出可能」であり明確な期限日は定められていません。しかし前述のように協定の有効期間は最長1年ですから、更新の場合は前回協定の有効期間満了日までに提出する必要があります。例えば有効期間を毎年4月1日から翌年3月31日までとしている場合、3月31日までに次年度分の届出を済ませなければなりません。

年度末や年初は労基署が混雑し、担当者も繁忙のため、早め（1～2週間程度余裕をもって）の届出提出が望ましいでしょう。

万が一届出を失念・遅延すると、協定切れの期間中の残業は労基法違反となり罰則のリスクが生じます。時間外・休日労働に関する規定違反（労基法32条・35条違反）には「6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金」という刑事罰が科される可能性があります。通常はただちに刑罰というより、労働基準監督署からの指導や是正勧告が先行しますが、悪質なケースでは法人と責任者が書類送検され起訴・罰金刑となった事例も実際にあります。

罰則の対象者は企業（法人）だけでなく、現場責任者である工場長や部門長なども含まれ得ます。人事労務担当者としては、自社の36協定届の期限を確実に管理し、提出漏れ・遅れがないよう社内でリマインダーを設定する、電子申請を活用する等の対策が重要です。なお、36協定自体を締結せず残業させていた場合は当然違法ですし、たとえ協定は結んでいても届出をしていないと法律上は効力が認められません。

日頃から提出状況を点検し、「36協定が切れていた」という事態を防ぎましょう。

36協定の更新における注意点

36協定の更新業務において、人事労務担当者が特に注意すべきポイントを整理します。更新手続きで陥りがちな落とし穴や、従業員との合意形成のコツについて見ていきましょう。

申請・更新時にありがちなミスや見落とし

36協定の申請・更新では、いくつかの典型的なミスや見落としが発生しがちです。以下に主なものを挙げ、対策を解説します。

過半数代表者の選出不備
過半数代表者は民主的手続きで選出する必要があります。ありがちな落とし穴は「毎年同じ人をなんとなく代表にしてしまう」「管理職的ポジションの社員を代表に選んでしまう」ケースです。管理監督者に該当する人（部長や店長クラスなど）は労働者側代表にはなれません。
また、会社が指名したり親睦会の代表を自動的に充てたりすると協定自体が無効になる恐れがあります。会社側が一方的に選任した過半数代表で36協定を結んでいた企業（静岡県の東洋印刷㈱）が書類送検された例もあります。対策としては、毎年更新時に必ず従業員による信任投票等を実施し、「36協定締結担当の代表」を正式に選出する手続きを踏むことです。
選出結果の書面を残しておけば、いざという時の証拠にもなります。
協定記載事項の不備
協定届の記載で見落としがちなのが、残業が必要な具体的事由の記載や細かな数値設定です。特別条項を設ける場合、単に「業務繁忙のため」と書くだけでなく、例えば「年度末の受注増加による一時的繁忙のため」など具体性を持たせます（協定様式にも「時間外労働をさせる必要のある具体的事由」を記載する欄があります）。また、延長時間の上限も法律の範囲内で明確に定めます。
まれに上限時間を空欄にしたり「必要なだけ」と記載したりすると受理されませんし、仮に通っても無制限の残業は認められないので意味がありません。36協定で定める上限は、法定の上限内で具体的な数字を記載する—これが鉄則です。
法定上限を超えた内容にしてしまう
法改正により、36協定で定めても超えてはならない絶対的上限が決まりました（前述の月100時間未満・年720時間等）。落とし穴として、「知らずに法定を超える数値を協定に盛り込んでしまう」ケースが考えられます。特別条項で「月残業120時間まで可能」などと記載すると、明らかに法の上限（月100時間未満)を超えているためその協定は無効です。
必ず最新の法律上限を把握し、それ以内の範囲で協定を結びましょう。特に建設業や運送業など、上限規制が2024年3月末まで猶予されていた業種では注意が必要です。
特別条項の乱用
特別条項付き36協定では、残業45時間超の月は年6回までという制約があります。しかし業務によっては毎月のように45時間超の残業が発生し、「結果的に年7回以上特別条項を使ってしまった」という事態も起こりえます。協定上、年6回までと決めていたものを超過した違反となり、やはり労基法違反です。
過去には年6回の限度を超えて特別条項を適用した企業が書類送検された例もあります。この落とし穴を防ぐには、特別条項の利用回数を人事部でしっかりカウントし、6回に達した時点でそれ以上の残業が出ないよう調整することです。頻繁に特別条項が発動するようであれば、人員計画の見直しや業務改善を検討すべきシグナルと捉えましょう。
残業代を支払っていれば安心という誤解
「残業代は払っているから違法ではないだろう」という誤解も落とし穴です。確かに未払い残業代は重大な問題ですが、支払いの有無にかかわらず法定上限を超える残業そのものが違法となる点を忘れてはいけません。ABCマート（靴販売）のケースでは残業代を支払っていたにもかかわらず、36協定の上限（月45時間等）を超える残業をさせていたことで会社が書類送検されています。
人事担当者は「残業代払い=合法」ではないことを肝に銘じ、時間そのものの上限規制を遵守する意識を周知徹底する必要があります。
協定の未周知・未保存
協定届を提出して満足してしまい、社内周知をしなかったり、協定書を紛失してしまったりするケースもあります。周知義務違反は労基法106条で罰則の可能性がありますし、協定書不保存は109条違反となりうる行為です。労基署の調査では36協定の周知状況や協定書の保管も確認されますので、届出後の社内掲示・データ保管まで気を抜かないようにしましょう。

チェックリストを作るなどして、一つ一つ確実に対処することが大切です。

従業員との合意形成のポイント

36協定は労使協定ですから、従業員（労働者側）との十分な合意形成が欠かせません。形だけ協定書にサインをもらえば良いというものではなく、従業員の理解と協力を得るプロセスが重要です。従業員との円滑な合意形成のためのポイントを紹介します。

背景と必要性を説明する
協定更新の際には、まず従業員代表や労働組合に対し「なぜその残業上限が必要なのか」を丁寧に説明しましょう。「今期は新プロジェクト立ち上げで一時的に業務量が増えるため、繁忙期は月60時間まで残業を認めたい」といった具合に、具体的事情と会社の考えを共有します。必要性が不明なまま高い残業枠を提示されると、従業員側も納得しづらくなります。
労働者側の声を反映する
協定内容は労使の話し合いで決める建前ですから、従業員側の意見もできる限り尊重します。「年間360時間では業務が回らず現場が困る」という声があれば、応援要員の手配など他の策も検討したうえで必要最小限の上限設定を検討します。一方「残業上限を低くして健康管理を徹底してほしい」という要望が出れば、将来的な残業削減計画を示すなど前向きな対応が必要です。
協定は労使の妥協点であることを念頭に、現場の実情と社員の健康のバランスをとった合意を目指しましょう。
代表者任せにしない
過半数代表者が一人で判断するのではなく、その代表者が従業員から広く意見を収集できるよう配慮します。代表者が部署ごとの意見を聞き取ったり、必要に応じて全体集会を開いて質疑応答を行ったりする時間を設けるのも良いでしょう。会社側もその場に同席し、疑問に答えたり法的な制約を説明したりすることで透明性の高い合意形成につながります。
合意内容を周知し記録する
協定締結後は、その内容（残業の上限や特別条項の条件など）を改めて全従業員に周知し、「この範囲内で労使合意しました」という認識を共有します。従業員から見れば、自分たちの代表が会社と取り決めた労働条件ですから、知る権利がありますし、周知することで会社として守る意思があることの表明にもなります。また、合意に至るプロセス（代表者選出の日時・方法や協議内容）を議事録などで記録に残しておくと、後日のトラブル防止に役立ちます。
建前と運用のギャップを埋める
時に現場では「協定では45時間だが、実際はもっと残業している」という乖離が起こり得ます。こうした形骸化を防ぐため、協定内容と実態が合っていない場合は協定を見直すか、業務量を調整するかの対応が必要です。従業員との信頼関係を保つためにも、「協定は協定、現場は別」ではなく、協定どおりの運用をする姿勢を示しましょう。
もし協定変更が必要なほど状況が変わった場合は、都度労使で話し合い、協定の変更・再届出も検討します。

36協定の更新は労使コミュニケーションの場と捉えることができます。法律遵守だけでなく従業員のモチベーションや健康にも目を向け、双方にとって納得感のある協定を結ぶことが、人事担当者の腕の見せどころと言えるでしょう。

36協定のトラブルを防ぐための対策

トラブルを未然に防ぐため、企業として講じるべき対策をまとめます。

労働時間の実態把握と早期是正

自社の労働時間データを定期的にチェックし、36協定の範囲を超える懸念がある部署・時期を洗い出しましょう。例えば月残業が40時間を超えた社員が多い部署は要注意です。そうした部署には業務量調整や人員増配置などの支援策を講じ、問題が深刻化する前に是正します。

これは労基署の是正勧告を受けてから対応するのでは遅く、企業自ら主体的に取り組むべき事項です。

適切な労務管理者の配置と教育

各現場で労働時間を管理する管理職や現場リーダーに対し、36協定の内容と法定上限について十分な教育を行います。「45時間を超えたらこれ以上部下に残業させない」「年6回以上の特別条項適用は認めない」など具体的ルールを周知し、現場判断で協定違反が起こらないようにします。また、万一業務が逼迫して協定限度を超えそうな場合は人事部に相談・承認を仰ぐ仕組みを作り、現場任せにしないことも大切です。

健康管理の強化

長時間労働は労災（過労死等）のリスクを高めます。法令では月80時間超の残業者に医師による面接指導を実施することが義務付けられていますが、企業独自にも基準を設けてケアを行いましょう。例えば「月80時間超の残業が2ヶ月連続した社員は産業医面談に加えて特別休養を与える」といった措置です。

協定内だから安心ということはなく、協定内でも過労の兆候があれば健康面からブレーキを掛けることが重要です。

労基署との良好な関係構築

定期的に労基署の窓口や労働基準協会などが開催する説明会・研修に参加し、最新情報の収集や相談を行うと良いでしょう。労基署は敵ではなく、適法な労務管理への支援者でもあります。36協定の届出について不明点があれば事前に確認し、適切なアドバイスを受けることもトラブル予防につながります。

万一違反が発覚した際の迅速な対応

もし36協定違反（届出漏れや上限超過）が発生してしまった場合は、速やかに是正措置を取りましょう。遅れた届出はただちに提出し、超過残業があれば原因を分析して再発防止策を講じ、労基署への報告や謝罪を適切に行います。隠蔽工作は禁物であり、誠意ある対応を取ることで最悪の事態（起訴など）を回避できる可能性があります。

これらの対策を日頃から実践し、「違反しない」「させない」企業風土を築くことが何よりの予防策です。社員の健康と企業の持続的発展のためにも、36協定遵守を土台とした働き方の改善に継続的に取り組みましょう。

以上の対策を講じ、企業として36協定の更新と適正な労務管理を続けていけば、法令違反による制裁リスクを低減できるだけでなく、従業員の健康と士気の向上、ひいては持続的な企業成長につながります。毎年の36協定更新を単なる事務作業で終わらせず、職場環境を見直す機会として活用し続けることが、今後ますます重要になるでしょう。

まとめ

36協定は労働時間管理の根幹をなすものであり、その適切な更新と運用は法令遵守のみならず従業員の働きやすさにも直結します。2024年4月から、それまで適用が猶予されていた一部業種でも上限規制が適用され、残業上限規制は全ての企業に行き渡りました。今後はこのルールの下で、いかに生産性を高めつつ社員の健康を守るかが問われていきます。

人事担当者は最新情報にアンテナを張り、適切な36協定の更新と職場環境の改善に継続的に取り組みましょう。そうすることで、自社のリスクを減らし、働く人にとっても安心・安全でやりがいのある職場を実現できるはずです。

※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。

監修：涌井好文（社会保険労務士）
平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。