一度削除した仕訳を復元することはできません。
一方、連携サービスから入力で明細から入力した仕訳は、明細一覧ページより「対象外解除」のボタンを押すことで、明細が再び「連携サービスから入力」ページに表示されます。

なお、定期的に、仕訳帳のエクスポートボタンを押し、マネーフォワード クラウド形式で仕訳をファイル出力しておくことで、後ほどインポートを行うことができます。