更新日 : 2025年6月2日

36協定と変形労働時間制の関係は？それぞれの仕組みや運用の注意点をわかりやすく解説

36協定と変形労働時間制は、働き方改革や労務管理において重要なキーワードです。36協定と変形労働時間制の導入は、労働基準法の遵守と労働者の健康確保、企業の適正な労務運用に欠かせません。

本記事では、36協定の概要と意義や変形労働時間制の仕組み、両者の関係や動向について解説します。

36協定とは

36協定（サブロク協定）とは、「時間外・休日労働に関する労使協定」の通称で、労働基準法第36条に基づく協定を指します。

法律上、使用者（会社）は原則として労働者に法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超えて労働させたり、法定休日に労働させたりしてはいけません。しかし業務上どうしても必要がある場合、事前に労働者との間で協定を結び所轄の労働基準監督署に届け出ることで、一定の範囲内で時間外労働や休日労働が認められます。この労使協定こそが36協定です。

36協定がないまま残業や休日出勤をさせることは労働基準法違反となり、企業に罰則（6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金）が科される可能性があります。

36協定の法的根拠は労働基準法第36条であり、ここで「使用者は、労働者との協定（=36協定）を結び、これを行政官庁に届け出た場合でなければ、法定時間外や法定休日に労働させてはならない」旨が定められています。つまり36協定は法定労働時間の例外を認めるための必須の手続きであり、企業側にとっては残業や休日労働を合法的に行わせるための「免罪符」といえます。

一方で労働者側にとっては、際限ない長時間労働を防ぐ歯止めとなる重要な協定です。

36協定が必要な理由

36協定が求められる最大の理由は、労働者を守るための法定労働時間制度を企業が一方的に破れないようにする点にあります。

日本の法定労働時間は原則「1日8時間・週40時間」です。この枠を超えて労働させるには、労使間の合意が必要であり、それを文書にしたものが36協定です。36協定なく時間外労働をさせることは違法であり、前述のとおり罰則の対象になります。

労働基準監督署の監督指導では、36協定を締結・届出していないまま月に175時間もの違法な時間外労働をさせていたケースが発覚しています。このように、36協定は企業が遵守すべき最低限のルールであり、労働時間管理の基本なのです。

さらに近年の「働き方改革関連法」施行による労働基準法改正によって、時間外労働には明確な上限規制が設けられました。36協定を締結すれば無制限に残業させてよいわけではなく、法律で定められた上限を超える残業はできません。改正法では、時間外労働は原則として月45時間・年360時間以内に収める必要があります。

臨時的な特別の事情がある場合のみ、特別条項付きの36協定を結ぶことで上限を超える残業が認められますが、それでも年720時間以内、かつ複数月平均80時間以内（休日労働含む）、単月100時間未満（休日労働含む）といった厳しい制限があります。また特別条項を使って月45時間超の残業ができるのは年6回までという回数制限もあります。

これらの上限規制は大企業で2019年4月から、中小企業でも2020年4月から適用されており、違反した場合は罰則の対象です。36協定はこうした法定の残業上限を遵守するための枠組みとしての意義も持っています。

36協定の届出方法と必要な内容

36協定を締結したら、所轄の労働基準監督署長にその協定内容を届け出ます。届出に用いる様式を一般に「36協定届」と呼びます。協定届には以下のような内容を盛り込みます。

時間外・休日労働をさせる必要のある具体的事由（理由）
時間外・休日労働をさせる業務の種類（該当部署や作業内容など）
時間外・休日労働をさせる労働者の範囲や人数
延長することができる労働時間の上限（1日について何時間まで、1ヶ月・1年で何時間まで等）
対象期間（1年間に限定）
協定の有効期間（一般的には最長1年間とされ、毎年更新するのが通例）

実際の36協定届の様式では、法定労働時間を超えて労働させる業務の内容、1日および1か月の時間外労働の上限時間、法定休日労働の有無、特別条項を設ける場合はその理由と上限時間・回数などを記載します。36協定書には、協定当事者として使用者（会社側）と労働者代表の署名押印が必要です。なお、2021年4月以降、36協定届に対する署名・押印は廃止されています。

特に注意すべき点は、労働者側の代表者（過半数代表者）の選出方法です。36協定は労使間の協定ですから、会社が一方的に内容を決めるものではありません。労働者代表は、その事業場の労働者の過半数による信任・選挙で選ばれた者でなければなりません。

会社が指名した人物を代表者として協定を結んでも無効となる恐れがあります。労働者代表を会社側が指名して36協定を届け出ていたため、協定が無効（適正な締結ではない）と判断され是正指導を受けた事例があります。36協定を有効に機能させるためにも、代表者の選出手続は民主的に行うことが重要です。

変形労働時間制とは

変形労働時間制とは、労働基準法の定める法定労働時間の枠内で、特定の期間内における労働時間の配分を柔軟に調整できる制度です。通常、法定労働時間は1日8時間・週40時間ですが、変形労働時間制を採用するとある期間を平均して週40時間以内であれば、ある日や週に法定時間を超えて働かせることが可能になります。簡単に言えば、「忙しい時期は労働時間を長く、その代わり暇な時期は短くして、平均で法定内に収める」という働き方です。

変形労働時間制を導入する目的

変形労働時間制を導入する目的は、業務量の繁閑や季節変動に対応し、効率的な人員配置と残業代削減を図ることにあります。

月末月初のみ忙しい業務であればその期間の労働時間を長めに設定し、中旬の閑散期に労働時間を短縮することで、月全体として法定労働時間内に収めることができます。こうすることで、忙しい日が続いてもあらかじめシフト調整で対応でき、都度の残業を減らすことが期待できます。

ただし、変形労働時間制は労働時間制度の例外的な措置でもあるため、導入には所定の手続きを踏む必要があり、運用にあたっては労働者への周知徹底や労務管理上の注意が求められます。

変形労働時間制の種類

労働基準法で認められている変形労働時間制には、主に以下の種類があります。それぞれ適用条件や手続きが異なるため、概要を押さえておきましょう。

1ヶ月単位の変形労働時間制（労基法第32条の2）

最も一般的な変形労働時間制です。1ヶ月以内の一定期間を平均して週40時間以内となるように労働時間を配分します。例えば1ヶ月を単位期間とし、繁忙期の週は1週あたり48時間働く代わりに他の週を32時間に抑える、といった設定が可能です。1日あたり最大10時間まで労働させることができます。導入方法は比較的簡便で、就業規則に該当シフトの定めを記載するか、労使協定を締結して定めることで実施できます（労使協定を締結する場合でも、従業員数10人以上なら就業規則への記載・届出が必要です）。多くの企業で採用されている方式ですが、あらかじめ各日の労働時間を具体的に定め、労働者に周知しておく必要があります。これが不十分だと制度自体が無効と判断されることもあるので注意が必要です（後述の裁判例参照）。

1年単位の変形労働時間制（労基法第32条の4）

1ヶ月超～1年以内の期間を平均して週40時間以内に収める制度です。季節的に業務量が大きく変動する業種（例：夏場繁忙の観光業や製造業の繁忙期対応など）で利用されます。労使協定を締結して所轄労基署に届出することが必須であり、協定では対象期間や労働日・労働時間の割り振りを定めます。1年単位の変形労働時間制では、法定休日は4週4日以上を確保する必要があり、1日あたりの労働時間は原則10時間、1週あたりは原則52時間が上限とされています。また連続勤務は原則6日まで（特定期間について特例で最大12日まで）など、長期間の変形ならではの制約があります。対象期間が3ヶ月を超える場合には、年間労働日数の上限（280日以内）など追加の規制も設けられています。これら細かな規定に則ってシフトを編成しなければならず、運用には高度な労務管理が求められます。

フレックスタイム制（労基法第32条の3）

労働者が始業・終業時刻を自主的に決定できる制度です。一見他の変形労働時間制とは趣が異なりますが、一定期間内の総労働時間で労働時間を管理する点で広義の変形労働時間制に含まれます。清算期間（平均の算定期間）は原則1ヶ月以内ですが、労使協定を結べば最長3ヶ月まで延長することが可能です（2019年の法改正により拡充）。

清算期間の総労働時間を定め、その範囲内で各日の労働時間配分は労働者の裁量に委ねます。通常、コアタイム（必ず勤務すべき時間帯）とフレキシブルタイム（出退勤を自由に選べる時間帯）を定める運用が多いです。導入には労使協定の締結が必要で、協定には清算期間や総労働時間、コアタイム等を記載します。清算期間が1ヶ月を超える場合には、労使協定を届け出ることも必要です。

フレックスタイム制では清算期間を平均して週40時間を超えないことが求められるため、期間末に不足・超過時間を精算して労働時間を調整します。

1週間単位の変形労働時間制（労基法第32条の5）

あまり利用頻度は高くありませんが、特例的に1週間以内の期間で変形させる制度もあります。常時使用する労働者が30人未満の小売業・旅館・料理店・飲食店など一定の業種に限り認められるもので、1週の労働時間を40時間以内に収めれば、特定の日に10時間まで働かせることができます。こちらも労使協定の締結・届出によって導入します。週単位での変形は、1週間ごとに労働時間をやりくりする簡易な方法ですが、対象となる業種が限定されるため一般の企業にはあまり馴染みがありません。

各制度の特徴と適用条件

上記のように、変形労働時間制には期間の長さに応じた種類があります。それぞれ特徴や適用条件を整理すると以下の通りです。

1ヶ月単位変形
比較的導入しやすく、多くの企業で採用。就業規則への明記または労使協定で導入可能。単位期間は1ヶ月以内。週平均40時間以内なら日によって8時間超勤務OK（ただし1日最大10時間、週最大は法的には特に明示なしだが平均要件に従う）。事前に各日の労働時間スケジュールを定め周知する必要。
適用例：小売業の月間シフト制、サービス業の繁忙日の長時間勤務対応など。
1年単位変形
繁忙期・閑散期が明確な業種向け。労使協定+届出が必須。単位期間は1ヶ月超～1年以内。平均週40時間以内が条件。法定休日は4週4日以上確保。1日上限10時間・1週上限52時間等の規制あり。
少なくとも1ヶ月ごとに区切って労働日と労働時間を特定し、シフト表を組むことが必要です。
適用例：工場の年間生産計画に合わせたシフト、観光業で夏繁忙・冬閑散の時間配分など。
フレックスタイム制
専門職や事務職など時間帯より成果重視の業務で活用。労使協定の締結が必要（清算期間が1ヶ月超の場合は届出も必要）。清算期間を平均して週40時間以内が条件。労働者の自主性を活かせる一方で、清算期間内の総労働時間を超えると時間外労働扱いとなるため管理は必要。
適用例：開発職の裁量労働に近い働き方、コアタイムを設けて出退勤は自由とする制度など。
1週間単位変形
一定の小規模事業所限定。労使協定+届出が必要。週40時間以内・1日10時間以内というシンプルな枠組み。
適用例：従業員20名の飲食店で週3日は10時間営業・他は短時間営業、といったシフト調整等。

変形労働時間制の導入手続き

変形労働時間制を導入するには、種類ごとに以下の手続きが必要です。

就業規則への明記
1ヶ月単位変形の場合、就業規則に変形労働時間制を採用する旨と具体的な労働時間配分を定めることで導入できます。常時10人以上の労働者がいる企業では就業規則の労基署届出も必要です。1年単位変形やフレックス制の場合も就業規則に制度の規定を置き、その上で労使協定を結ぶのが一般的です。
労使協定の締結と届出
1年単位変形、フレックスタイム制、1週間単位変形はいずれも労働者代表との書面による協定締結が法定要件です。協定書には制度の具体的内容（対象期間や総労働時間、労働日・時間の決定方法など）を定め、所轄の労働基準監督署に届出します（フレックスタイム制の場合は清算期間が1ヶ月超の場合のみ届出が必要）。なお1ヶ月単位変形も労使協定で導入することは可能で、その場合は届出が必要です。
労働者への周知
どの種類でも、シフトや労働時間の割り振りを事前に労働者に明示・周知することが不可欠です。特に1年単位変形では少なくとも各期間の開始前に当該期間の勤務表を本人に示し、変更がある場合も所定の手続きで周知しなければなりません。周知が不十分だと、後から「約束と違う時間に働かされた」としてトラブルになる可能性があります。
適切な労働時間管理
変形期間中は、実際の労働時間が計画通りか、法定の範囲内に収まっているかをきちんと管理する必要があります。計画を超えて働いた分は時間外労働となり、36協定の範囲内で処理しなければなりません。計画通りでも、清算期間終了時に総労働時間が法定内に収まっているか確認することが重要です。

36協定と変形労働時間制の関係

変形労働時間制と36協定は、それぞれ労働時間制度と時間外労働に関する制度であり、目的も仕組みも異なります。しかし実際の労務管理では両者を組み合わせて運用するケースが多く、双方の関係を正しく理解することが大切です。

まず、変形労働時間制を導入していても36協定は原則必要です。変形労働時間制によって労働時間の配分を柔軟にしたとしても、法定労働時間の枠組みそのものが無くなるわけではありません。例えば1ヶ月単位の変形制で「繁忙週は1週48時間、他の週は32時間」として平均40時間にしていても、もしある週に50時間働かせれば平均を超え違法になりますし、ある日10時間の予定を超えて11時間働かせればそれは時間外労働となります。

法定労働時間（1日8時間・週40時間）の枠を超えて労働させる可能性がある場合は、変形制の有無にかかわらず36協定の締結・届出が義務付けられるというのが基本的な考え方です。

変形労働時間制を採用している企業でも、残業（時間外労働）が発生するのであれば36協定の締結が必要とされています。変形労働時間制を導入すれば法定時間を超える勤務が可能になりますが、それはあくまで事前に決めた範囲内での話です。予定された勤務をさらに超えて働かせる場合や、法定休日に労働させる場合には36協定による時間外・休日労働の許可が別途必要となります。

1年単位の変形制で年間スケジュールを決めていても、想定外の業務で臨時に休日出勤させるときは36協定がないと対応できません。またフレックスタイム制でも、清算期間の総時間を超えた労働（超過分）は時間外労働として36協定の範囲内で処理することになります。

変形労働時間制は所定労働時間の編成方法、36協定は法定外労働を許容するための手続きであり、両者は目的が異なります。変形制で労働時間を柔軟にしていても、その枠を一歩でも超えれば36協定違反の残業になる点に注意が必要です。変形労働時間制を導入している企業でも念のため36協定を締結しておくことがほとんどです。

特に予測不能な業務量の増減があり得る場合、36協定がないと臨機応変な残業対応ができず、法違反リスクを抱えることになります。

変形労働時間制導入時の36協定の取り扱い

変形労働時間制を導入している企業が36協定を締結する際には、協定上の時間外労働の上限をどう設定するかがポイントになります。通常の労働時間制度なら「月45時間・年360時間」が原則上限ですが、変形制では所定労働時間自体が変動するため、何を「時間外」とみなすか慎重な考慮が必要です。

例えば1ヶ月単位変形で、ある月の労働時間を法定内ギリギリまで配分している場合、その月は所定労働時間自体が173時間程度（週平均40時間換算）になります。その上で残業させればすぐ法定超過となりますから、36協定ではその月の時間外労働を最小限（あるいはゼロ）に設定しておくべきでしょう。一方、閑散期で所定を短く設定している月であれば、余裕枠が大きくなるため若干多めの残業上限を協定で定めることも考えられます。

重要なのは、変形労働時間制で定めた所定労働時間を基準に、法定労働時間を超える部分のみが時間外労働として扱われることです。変形制の枠内であれば法定時間内労働なので残業ではありませんが、枠を超えた瞬間に残業（時間外労働）となる点を押さえておきましょう。

また36協定の届出様式では、変形労働時間制を採用している場合に特有の記入事項は基本的にありませんが、特別条項を設ける場合の理由として「通常時は変形制で対応可能だが、想定を超える業務量発生時に限り実施」等と明記する企業もあります。これは労基署に対し、どういう場合に残業が発生するかを説明する意味合いです。

いずれにせよ、変形制を敷いていても36協定上は一般のケースと同様に法定上限の範囲内で時間外労働の上限時間を定めなければなりません。

変形労働時間制適用時の注意点

変形労働時間制を適用するときに企業が注意すべきポイントや、発生しやすいミスについて解説します。

「変形制を導入すれば残業代が不要」という誤解

変形労働時間制は残業の発生を抑制する効果があるものの、残業そのものをゼロにできるわけではありません。変形労働時間制であっても、所定労働時間を超え、かつ法定労働時間を超える部分には割増賃金の支払いが必要です。

変形労働時間制は、あくまで総枠の中で労働時間を柔軟に割り振る制度です。残業代の支払い漏れがないよう、タイムカード等で実労働時間を正確に把握しましょう。

制度導入の手続き漏れ

「就業規則に書いただけで労使協定を締結していなかった」「労使協定を作成したが労基署に届出していなかった」といったケースは少なくありません。前者の場合、労基署は協定未締結とみなして無効と判断する可能性がありますし、後者の場合も届出義務違反となります。結果として本来の法定労働時間制が適用され、8時間超の労働が全て違法残業になるリスクがあります。制度導入時には就業規則への明記・協定締結・届出という3点セットを確実に実行しましょう。

勤務シフトの周知と記録

特に1年単位の変形制では、「社員に具体的な勤務割当を知らせておらず、その場その場で指示していた」という運用だと無効になり得ます。裁判例では、就業規則に代表的なシフト例だけ載せて個別の勤務表を作成していなかったために変形制自体が否定されたケースもあります。法は“平均週40時間以内”という結果だけでなく、「事前に労働日ごとの時間を特定する」プロセスを重視しています。

したがって労働者に対していつ何時間働くかをあらかじめ明示し、同意を得ていることが大切です。シフト表・勤務予定表は書面または電子データで保存し、本人確認できるようにしましょう。

法定休日の確保

変形労働時間制を採用しても、少なくとも週1日は法定の休日を与えなければなりません（または4週4日以上）。忙しいからといって連続して勤務を入れすぎると、法定休日労働となり違法です。1年単位変形でも連続勤務は6日までが原則です（特定期間は例外あり）。休日の設定忘れがないようシフト編成時にはチェックしましょう。

36協定や変形労働時間制の規定に違反した場合のリスク

36協定や変形労働時間制の規定に違反した場合、企業は様々なリスクを負います。

36協定違反の罰則

36協定を届け出せずに残業・休日出勤をさせた場合や、協定の上限時間を超えて労働させた場合、労基法違反として6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金に処せられる可能性があります。これは刑事罰であり、悪質なケースでは送検・略式起訴されることもあります。

是正勧告・指導

労働基準監督署の臨検で違反が見つかった場合、多くは是正勧告や行政指導が行われます。例えば「36協定の未届け出で違法な残業をさせていた」「36協定の限度（月45時間等）を超える残業が常態化していた」などのケースでは、速やかな是正と協定締結が指導されます。労基署の公表事例では、月80時間の残業上限を超え183時間もの時間外労働をさせていた上に労働者代表の選出が不適切（会社指名）だったために是正指導を受けた例などが報告されています。

企業名の公表

働き方改革以降、悪質な長時間労働の企業は厚生労働省によって企業名が公表されるケースがあります。36協定違反で重大な労災（過労死等）が発生したり、極端な長時間労働が明らかになったりすると、社会的信用の失墜にもつながりかねません。「違反をして企業名を公表されれば信用を失いビジネスに大きな影響を与える」と企業側も認識しておくべきです。

民事上の責任

労働者から未払い残業代の請求訴訟を起こされるリスクもあります。変形労働時間制が適法に導入されていなかった場合、本来払うべき残業代を支払っていなかったとみなされ、高額の残業代や付加金（遅延利息に相当するペナルティ）の支払い命令を受ける可能性があります。裁判例でも、就業規則にシフトパターンを示しただけで実際の勤務割当を網羅的に定めていなかったために変形労働時間制が無効と判断され、従業員に通常の残業代を支払うことになったケース（日本マクドナルド事件・名古屋地裁判決令和4年10月26日など）が報告されています。

企業にとって労務管理上のミスが経済的損失に直結する点にも注意が必要です。

総じて、36協定と変形労働時間制のルール違反は法的ペナルティだけでなく信用失墜や賠償リスクを招きます。日々の運用で「うっかり違反」をしないよう、制度の理解と適切な管理体制を整えることが重要です。

まとめ

36協定と変形労働時間制は、労働時間管理における重要な制度であり、企業として適正に対応することが求められます。

両者は目的が異なりますが、実務上は相互に補完し合う関係にあります。

「変形労働時間制で残業を減らしつつ、やむを得ない残業は36協定でカバーし、法定の枠内に収める」これが理想的な運用です。

逆にどちらか一方でも軽視すると労務トラブルの原因となります。企業としては、36協定と変形労働時間制の正しい知識を持ち、制度の要件を満たした上で運用し、定期的に見直すことが大切です。

働き方改革の進展に伴い、労働時間に関するルールは今後もアップデートされる可能性があります。適正な36協定の締結と効果的な変形労働時間制の導入・運用により、労働者にとっても企業にとってもより良い働き方を実現していきましょう。

※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。

監修：涌井好文（社会保険労務士）
平成26年より神奈川県で社会保険労務士として開業登録を行い、以後地域における企業の人事労務や給与計算のアドバイザーとして活動を行う。退職時におけるトラブル相談や、転職時のアドバイスなど、労働者側からの相談にも対応し、労使双方が円滑に働ける環境作りに努めている。また、近時は活動の場をWeb上にも広げ、記事執筆や監修などを通し、精力的に情報発信を行っている。