Q. 「Airレジ」と「Square」間での連携をしている場合に、重複を回避する方法はありますか？

現在、重複する明細がある場合も、特にチェックは行われず、そのままの形で取り込まれています。
そのため、AirレジとSquareや、AmazonとAmazonの決済クレジットカードなどで、同じ取引について複数の明細が取り込まれる場合があります。
この場合には、どちらかを仕訳の対象外としてください。
もしくは、片方の連携の解除を検討してください。