Q. 住民税の指定番号はどこから入力（変更）できますか？

「基本設定」画面内にある「住民税」画面より入力できます。
なお、「従業員情報」の「詳細情報」より「一般情報」内の「住民税」項目で「納付先市区町村」で指定した市区町村が表示されますので、先に従業員の登録を終えてから、設定を行ってください。