Q. 仕訳帳や総勘定元帳、残高試算表などの「PDF出力・CSV出力」で、デザインを変更することはできますか？

貸借対照表などについては、資産の部・負債の部・純資産の部 ごとに改ページすることが可能です。
各種設定＞事業者の設定ページの「資産の部・負債の部・純資産の部 ごとに改ページする」というチェックを確認してください。

なお、それ以外のデザインの変更については対応していません。