作成日 : 2025年8月19日

医療法人のM&Aとは？スキーム別の特徴やポイントを解説

医療法人のM&Aは、少子高齢化や医師の偏在といった社会的な背景から、近年ますます注目を集めています。しかし、一般企業のM&Aとは異なる点が多いため、具体的な検討に入る前に、その特徴やスキームについて理解を深めることが重要です。

この記事では、医療法人のM&Aを検討している方に向けて、M&Aの概要から主要なスキームの種類、それぞれのスキームにおけるメリット・デメリット、そして成功させるためのポイントについて詳しく解説します。

医療法人のM&Aの特徴

医療法人のM&Aは、一般的な株式会社のそれとは異なる性質を持ちます。

最も大きな違いは、医療法人が持つ非営利性です。株式会社のように利益を株主に配当することが認められておらず、M&Aも事業の継続と地域医療への貢献という側面を強く意識する必要があります。

また、事業の譲渡や法人の合併には、原則として都道府県知事などの行政庁による認可が不可欠です。この許認可手続きが、医療法人M&Aのスケジュールや成否に大きな影響を与えます。

さらに、出資持分の定めの有無によっても、選択できる手法や手続きが大きく異なります。これらの特性を理解することが、M&Aを円滑に進めるための基礎となります。

医療法人のM＆Aにおける「持分」とは？

「持分」とは、医療法人に対して出資した額に応じて認められる、法人の財産に対する権利のことです。株式会社における「株式」に近いものと考えると理解しやすいでしょう。

この「持分」があるか、ないかによって、医療法人の性質とM&Aの手法が根本的に異なります。

持分あり医療法人（経過措置型医療法人）

「持分あり医療法人」は、2007年（平成19年）の医療法改正前に設立された、旧来のタイプの医療法人です。出資者は、出資額に応じて法人の純資産に対する財産権（持分）を持っています。法人が解散する場合や、出資者が退社する際には、その時点の法人の純資産額に応じて、持分割合の金銭が払い戻されます。

M&Aにおいては、この「出資持分」そのものを売買（譲渡）することで、経営権を移転させるのが最も一般的な手法です。ポイントは以下の通りです。

株式会社の株式譲渡と同様に、買い手が出資持分の過半数を取得すれば、実質的な経営権を掌握できます。合併や事業譲渡と異なり、原則として行政庁の許認可が不要なため、手続きが比較的迅速に進められます。
売り手である出資者は、持分を譲渡することで、これまで築き上げてきた病院の価値（内部留保など）を譲渡対価として受け取ることができます。

しかし、持分あり医療法人は事業承継において大きな課題を抱えています。法人の経営が順調で利益が蓄積されるほど、法人の純資産額が増加し、それに伴って出資持分の評価額も非常に高額になります。これにより、後継者への贈与や相続の際に莫大な税金がかかり、事業承継を困難にする大きな要因となっています。この問題を解決するために、M&Aが選択されるケースが非常に多くあります。

持分なし医療法人

2007年の医療法改正以降に設立が認められた、現在の主流となっている法人形態です。医療の非営利性を徹底する観点から、財産権としての「持分」という概念がありません。

たとえ法人に多額の利益（内部留保）があったとしても、それは特定の個人のものではなく、法人のものです。法人が解散した場合、残った財産は国や地方公共団体、または他の医療法人に帰属します。

「持分」が存在しないため、「持分譲渡」というM&Aの手法は使えません。そのため、経営権を移転させるには、以下のような別の手法を用いる必要があります。

合併（他の医療法人との統合）

事業譲渡（病院やクリニックといった事業そのものを、他の法人へ売却）

これらの手法は、行政庁の認可が必要になるなど、手続きが複雑になります。また、役員の交代や入退社によって経営権を移転させる方法もありますが、金銭の対価を得ることが難しく、創業者利益を確保しにくいという側面があります。

「持分あり」と「持分なし」の比較まとめ

両者の違いをまとめると、以下のようになります。

項目	持分あり医療法人（経過措置型）	持分なし医療法人
財産権の有無	あり（出資額に応じた財産権）	なし（法人財産は特定の個人に帰属しない）
設立時期	原則、2007年3月以前	原則、2007年4月以降
主なM&A手法	出資持分譲渡	合併、事業譲渡
承継・M&Aの動機	高額な相続税・贈与税対策、創業者利益の確定	経営の安定化、事業エリアの拡大
手続きの複雑さ	（持分譲渡の場合）比較的シンプル	（合併・事業譲渡の場合）複雑で時間を要する

このように、自院が「持分あり」なのか「持分なし」なのかを正確に把握することが、M&Aや事業承継を検討する上で最も重要な第一歩となります。

医療法人のM&Aスキーム

医療法人のM&Aで用いられる手法は、主に「合併」「事業譲渡」「分割」の3つに大別されます。どの手法を選択するかは、法人の目的、経営状況、後継者の有無、そして何を達成したいかによって決まります。

例えば、複数の医療法人が統合して経営基盤を強化したい場合は「合併」が適しています。特定の診療科や施設のみを切り出して売却・取得したいのであれば「事業譲渡」が有効な選択肢となります。

また、法人内の一部門を独立させたり、他法人へ承継させたりする組織再編には「分割」が用いられます。それぞれのスキームには法的な手続き、税務上の取り扱い、許認可の要件が異なるため、自院の状況に最も合致した手法を見極めることが肝心です。

スキーム	対象法人	主なメリット	主なデメリット	手続き期間の目安	主要な行政許認可
合併	全ての法人類型	権利義務の包括承継経営資源の集約によるシナジー同一医療圏内での病床移動が可能	簿外債務を含む全ての債務を承継手続きが煩雑で、総社員の同意が必要組織文化の統合が困難	約1年	都道府県知事の認可
事業譲渡	全ての法人類型	承継する資産、負債を選択可能簿外債務を引き継ぐリスクを遮断	許認可の再取得が必要（病床は承継されない）従業員や取引先との契約再締結が煩雑	最低6ヶ月以上	診療所の廃止・開設届（行政の事前理解が重要）
分割	持分なし医療法人 (社会・特定医療法人は除く)	特定事業部門を包括的に承継従業員の雇用契約も自動承継適格要件を満たせば税制優遇	対象法人が限定される比較的新しい制度で判例、実例が少ない法的手続きが複雑	約2ヶ月以上（内容による）	都道府県知事の認可

【合併の場合】医療法人のM&A

医療法人の合併は、二つ以上の法人が一つの法人格に統合される手法です。すべての権利義務を包括的に承継するため、手続きが比較的簡素になる場合があります。後継者問題を抱える法人と、事業規模の拡大を目指す法人が統合することで、双方の課題を解決し、地域における医療提供体制の強化を図ることが可能です。

合併のメリット

合併における最大の利点は、スケールメリットを享受できる点にあります。複数の法人が一つになることで、医薬品や医療機器の共同購入によるコスト削減、重複する管理部門の統合による経営効率化が期待できます。

また、各法人が有していた人材や専門的な知見、技術などを集約し、提供できる医療サービスの質的向上にもつながります。

許認可も包括的に承継されるため、事業譲渡のように個別の許認可を取り直す手間がかからないことも、手続き上の大きな魅力といえるでしょう。これにより、安定した経営基盤のもとで、より高度で多様な医療ニーズに応える体制を構築できます。

合併前後の法人類型

合併を行う際、存続する法人と消滅する法人の法人類型によって、合併が可能かどうかが決まります。医療法人には「出資持分あり社団医療法人」と、それ以外の「出資持分なし医療法人（社団・財団）」があり、その組み合わせが重要です。

合併の可否は、以下の表の通りです。

	消滅法人（吸収される法人）
存続法人（吸収する法人）	出資持分あり医療法人	出資持分なし医療法人（社団・財団）
出資持分あり医療法人	可	不可
出資持分なし医療法人（社団・財団）	可	可

上の表が示すように、存続する法人が「出資持分なし医療法人」であれば、相手の法人の類型に関わらず合併が認められます。

一方で、存続する法人が「出資持分あり医療法人」の場合、合併できる相手は同じく「出資持分あり医療法人」に限られます。出資持分のある法人が、持分のない法人を吸収することはできません。

このルールは、より非営利性の高い「出資持分なし医療法人」への移行を促す国の政策を反映したものであり、合併計画を立てる上で必ず確認すべき基本的な制約となります。

合併のスケジュール

医療法人の合併手続きは、複数の段階を経て進められ、計画の開始から完了まで通常1年程度の期間を見込む必要があります。主な流れは以下の通りです。

ステップ	主な手続き内容	期間の目安・ポイント
1. 準備・計画	合併スキームの検討、相手方法人の選定、基本合意の締結、デューデリジェンス（買収監査）など。	M&Aの目的を明確にし、法務・財務・労務など多角的な観点から課題を洗い出します。
2. 合併契約の締結	各法人の社員総会で特別決議を経て、合併契約書を正式に締結します。	合併比率やスケジュール、職員の処遇といった重要事項をここで確定させます。
3. 債権者保護手続き	官報への公告と、把握している債権者への個別の催告を行います。	債権者が異議を申し立てる期間として、最低1ヶ月間を確保する必要があります。
4. 合併認可申請	主務官庁（都道府県など）に対して、合併の認可を申請します。	申請から認可が下りるまで、通常3ヶ月～6ヶ月程度を要します。行政との事前相談が重要です。
5. 合併登記	行政からの認可後、2週間以内に法務局で合併の登記を申請します。この登記によって法的な効力が発生します。	存続法人の変更登記と、消滅法人の解散登記を同時に行います。
6. 事後手続き	資産の名義変更、保健所や厚生局への届出、許認可の承継手続き、職員の社会保険手続きなどを行います。	診療を滞りなく継続するための各種事務手続きを完了させます。

このように、合併の手続きは多岐にわたります。各段階で詳細な書類作成と厳密な期限管理が求められるため、計画段階から医療法人のM&Aに精通した専門家と連携しながら、計画的に進めることが不可欠です。

合併のポイント

合併を成功させるためには、法的な手続きの遵守はもちろん、組織文化の融合が極めて大きな意味を持ちます。

出身母体の異なる職員間の待遇や労働条件、業務の進め方などを丁寧にすり合わせ、新たな理念やビジョンを共有する取り組みが欠かせません。この調整を怠ると、職員のモチベーション低下や離職を招きかねません。

また、合併によって法人格が一つになるため、消滅する法人が抱えていた債務や偶発的なリスクもすべて引き継ぐことになります。そのため、契約前のデューデリジェンス（買収監査）を徹底し、相手方法人の財務状況や法務リスクを正確に把握しておくことが、将来の安定経営を守る上で非常に大切です。

【事業譲渡の場合】医療法人のM&A

事業譲渡は、医療法人が運営する病院やクリニックなどの事業の一部または全部を、他の法人へ売却する手法です。譲渡する資産や負債の範囲を個別に契約で定めることができるため、柔軟な取引設計が可能です。買い手は必要な事業だけを取得でき、売り手は特定の事業を切り離して経営資源を集中させることができます。

事業譲渡のメリット

事業譲渡の大きな利点は、承継する資産や負債の範囲を当事者間の合意で柔軟に設定できることです。

買い手は、必要な医療機器や不動産のみを選んで引き継ぎ、予期せぬ簿外債務などを引き継ぐリスクを回避できます。一方、売り手は不採算部門のみを切り離して売却し、中核事業に経営を集中させるといった戦略的な判断が可能です。

また、法人の経営権自体は元の法人の手元に残ります。このため、譲渡後も法人は存続し、他の事業を継続したり、譲渡で得た資金を元に新たな展開を図ったりすることもできます。この柔軟性が、事業譲渡が多くの場面で選択される理由です。

事業譲渡のスケジュール

医療法人の事業譲渡は、必要な許認可を新たに取得するプロセスが含まれるため、計画から完了までには相応の期間を要します。行政庁の審査期間なども考慮すると、全体で半年から1年以上を見込むのが一般的です。

主な手続きの流れは、以下の表の通りです。

ステップ	主な手続き内容	ポイント・期間の目安
1. 準備・基本合意	譲渡スキームの検討、相手方の選定、秘密保持契約の締結、基本合意書を締結します。	譲渡対象となる事業の範囲（資産、負債、従業員など）の大枠をここで定めます。
2. デューデリジェンス	譲受側（買い手）が、譲渡対象事業の財務、法務、労務などの実態を詳細に調査します。	調査結果を基に、譲渡価格や最終的な契約条件を交渉します。
3. 最終契約・社内決議	デューデリジェンスの結果を踏まえ、正式な事業譲渡契約書を締結します。譲渡側（売り手）は、社員総会の特別決議で契約の承認を得ます。	譲渡する資産や負債、従業員の処遇などを個別に、かつ詳細にリストアップして定めます。
4. 許認可の新規取得	【最重要】譲受側（買い手）が、保健所や地方厚生局などに対し、診療所開設許可や保険医療機関の指定などを新たに申請し、取得します。	全体のスケジュールを最も左右する部分です。審査に数ヶ月以上かかることも多く、行政との事前相談が不可欠です。
5. 資産・従業員の移転	不動産の所有権移転登記、医療機器の引き渡し、リース契約の再契約など、資産を個別に移転します。従業員とは新たに雇用契約を締結します。	移転する資産が多いほど手続きが煩雑になります。従業員への丁寧な説明と合意形成が求められます。
6. 取引完了	事業譲渡日に、資産の引き渡しと譲渡代金の決済を行います。この日をもって、事業の運営主体が正式に譲受側へ移ります。	滞りなく事業を引き継ぐための最終確認を行います。

このように、事業譲渡のプロセスは、特に許認可の新規取得に時間がかかる点が特徴です。この期間は予測が難しい場合もあるため、余裕を持ったスケジュールを立て、計画の初期段階から専門家と緊密に連携することが、円滑な取引の実現につながります。

事業譲渡のポイント

事業譲渡を円滑に進める上で最も注意すべきは、許認可の取り扱いです。事業譲渡では、原則として買い手が新たに診療所開設許可などを取得し直さなくてはなりません。保健所や地方厚生局との事前協議を密に行い、スムーズに許認可が得られるよう準備を整えることが肝要です。

また、従業員の処遇も繊細な対応が求められます。事業譲渡に伴い、従業員は一度退職し、譲受法人と新たに雇用契約を結ぶのが一般的です。これまでの労働条件が維持されるかなど、従業員の不安を払拭するための丁寧な説明とコミュニケーションが、人材の流出を防ぎ、事業の円滑な引き継ぎを支えます。

【分割の場合】医療法人のM&A

分割は、医療法人が行う事業の一部または全部を切り離し、新たに設立する法人（新設分割）または既存の他の法人（吸収分割）に承継させる組織再編の手法です。特に、病院が運営する介護部門を別法人化するなど、事業の専門性を高め、経営の効率化を図る目的で活用されるケースが増えています。

分割のメリット

分割を活用する利点は、特定の事業部門を包括的に承継させられることにあります。事業譲渡のように資産や契約を一つひとつ移転する必要がなく、手続きを効率化できる可能性があります。これにより、例えば収益性の高い部門とそうでない部門を分け、それぞれに適した経営戦略を展開するといった機動的な組織運営が可能になります。

また、介護事業や健診事業など、医療とは異なるノウハウが求められる部門を分割して専門性を高め、サービス品質の向上を図ることもできます。法人全体の経営リスクを分散させる効果も期待できるため、多角的な事業展開を行う医療法人にとって有効な手法です。

分割のスケジュール

医療法人の分割手続きは、法務・労務の両面で対応すべき事項が多く、計画から完了までには複雑なプロセスを伴い、時間を要します。特に、従業員の権利保護に関する手続きが重要となります。

主な手続きの流れは、以下の表の通りです。

ステップ	主な手続き内容	ポイント・期間の目安
1. 準備・計画	分割スキーム（新設分割か吸収分割か）の検討、分割計画書を作成します。	どの事業・資産をどのように切り出すか、法務・税務上の影響を詳細に検討します。
2. 従業員への通知・協議	【重要】労働契約承継法に基づき、分割対象となる事業に従事する従業員に対して、分割の内容や労働条件について事前通知・協議を行います。	従業員の理解と協力を得るための重要なプロセスです。後の手続きと並行して進めます。
3. 分割計画の承認	社員総会の特別決議で、作成した分割計画書を承認します。	従業員や債権者への手続きを進めるための、法的な意思決定となります。
4. 債権者保護手続き	官報での公告と、把握している債権者への個別の催告を行います。	合併の場合と同様、債権者が異議を申し立てるための期間（最低1ヶ月）を確保する必要があります。
5. 分割認可申請	主務官庁（都道府県など）に対して、分割の認可を申請します。	医療法人の分割は前例がまだ多くないため、行政との念入りな事前協議が成功の鍵です。審査には数ヶ月を要します。
6. 分割登記	行政からの認可後、2週間以内に法務局で分割の登記を申請します。この登記によって法的な効力が発生します。	新設分割の場合は設立登記、吸収分割の場合は変更登記を行います。
7. 事後手続き	資産の名義変更、保健所や厚生局への届出、許認可の承継手続きなどを完了させます。	分割後の法人が滞りなく事業を継続するための最終手続きです。

このように、分割の手続きは合併や事業譲渡と共通する部分もありますが、特に労働契約の承継に関する手続きが加わるため、より丁寧な対応が求められます。実例がまだ多くない組織再編手法であるため、計画の初期段階から法務・労務の専門家と緊密に連携することが不可欠です。

分割のポイント

医療法人の分割において留意すべきは、その手続きの複雑さです。会社分割は比較的新しい制度であり、医療法人における実例はまだ多くありません。そのため、法務や税務に関する論点が多く、知見を持つ専門家の支援が不可欠です。

また、吸収分割の場合、承継先の法人が医療法人である必要があります。株式会社など、他の法人格の営利法人に病院事業を承継させることはできません。

さらに、分割によって従業員の所属法人が変わるため、労働条件や就業規則の調整、丁寧な説明を通じて、従業員の理解と協力を得ることが、組織再編を成功に導く上で非常に大切になります。

未来へつなぐ医療法人のM&A

医療法人のM&Aは、単に事業を売買する取引ではありません。それは、地域医療の継続性を確保し、変化する医療ニーズに対応しながら経営基盤を強化するための、極めて戦略的な経営判断です。後継者不在、医師や看護師の確保難、診療報酬改定への対応といった厳しい環境の中、M&Aは自院の存続と発展、そして従業員の雇用を守るための有力な選択肢となります。

この記事で解説した合併、事業譲渡、分割といった各手法は、それぞれに利点と留意点があります。どの手法が最適解となるかは、各法人が置かれた状況や目指す未来像によって異なります。自院の価値を客観的に評価し、将来のビジョンを明確に描いた上で、最適なパートナーと共に最良の道筋を探ることが求められます。そのためには、早期からの検討開始と、医療法人のM&Aに精通した専門家との連携が、成功への道を切り拓くでしょう。

※ 掲載している情報は記事更新時点のものです。