Q. 残業手当が０円のままです。自動で計算されないのでしょうか？

「基本設定」＞「支給項目設定」で設定されている計算方法を確認してください。
初期設定では、以下のとおりに計算方法が設定されています。

　・割増基礎 ÷ 所定労働時間（月平均） × 1.25 × 残業時間

「割増基礎」および「所定労働時間（月平均）」は自動計算されます。
「給与計算」画面の「勤怠項目」のうち「残業時間」に数値を入力すれば、上記の式に従って残業手当は自動で計算されます。